MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Lawsonia intracellularis PHE/MN1-00 chromosome

Total Repeats: 8162

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
8001	NC_008011	ATA	7	21	1421921	1421941	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8002	NC_008011	AT	7	14	1421959	1421972	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8003	NC_008011	AAT	2	6	1421975	1421980	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8004	NC_008011	TTA	2	6	1421998	1422003	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8005	NC_008011	TA	3	6	1422002	1422007	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8006	NC_008011	TTA	2	6	1422018	1422023	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8007	NC_008011	ATA	2	6	1422033	1422038	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8008	NC_008011	TA	3	6	1422075	1422080	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8009	NC_008011	T	6	6	1422089	1422094	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
8010	NC_008011	TA	3	6	1422107	1422112	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8011	NC_008011	TA	3	6	1422163	1422168	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8012	NC_008011	ATT	2	6	1422170	1422175	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8013	NC_008011	T	6	6	1422174	1422179	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
8014	NC_008011	TAA	2	6	1422191	1422196	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8015	NC_008011	ATTA	2	8	1422200	1422207	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8016	NC_008011	TA	3	6	1422218	1422223	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8017	NC_008011	TATAA	2	10	1422260	1422269	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
8018	NC_008011	AAAATA	2	12	1422271	1422282	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8019	NC_008011	AT	3	6	1422302	1422307	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8020	NC_008011	TAT	2	6	1422325	1422330	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8021	NC_008011	GTA	2	6	1422334	1422339	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8022	NC_008011	T	7	7	1422344	1422350	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
8023	NC_008011	AT	3	6	1422351	1422356	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8024	NC_008011	ACTA	2	8	1422369	1422376	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
8025	NC_008011	AT	7	14	1422388	1422401	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8026	NC_008011	TA	3	6	1422412	1422417	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8027	NC_008011	AAAATT	2	12	1422430	1422441	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8028	NC_008011	TTA	2	6	1422445	1422450	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8029	NC_008011	AT	7	14	1422466	1422479	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8030	NC_008011	AT	3	6	1422490	1422495	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8031	NC_008011	T	6	6	1422495	1422500	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
8032	NC_008011	TTA	2	6	1422515	1422520	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8033	NC_008011	ATT	2	6	1422562	1422567	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8034	NC_008011	ATA	2	6	1422569	1422574	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8035	NC_008011	AAT	2	6	1422581	1422586	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8036	NC_008011	ATA	2	6	1422590	1422595	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8037	NC_008011	TA	3	6	1422599	1422604	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8038	NC_008011	TA	3	6	1422624	1422629	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8039	NC_008011	ATA	3	9	1422627	1422635	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8040	NC_008011	TAT	3	9	1422636	1422644	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8041	NC_008011	AT	3	6	1422671	1422676	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8042	NC_008011	TAT	2	6	1422696	1422701	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8043	NC_008011	TA	3	6	1422722	1422727	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8044	NC_008011	TAA	2	6	1422779	1422784	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8045	NC_008011	A	6	6	1422796	1422801	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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8049	NC_008011	AT	3	6	1422886	1422891	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8050	NC_008011	ATT	2	6	1422960	1422965	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8051	NC_008011	GTA	2	6	1426191	1426196	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8052	NC_008011	GCT	2	6	1426269	1426274	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
8053	NC_008011	ATGAA	2	10	1426297	1426306	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
8054	NC_008011	TTTA	2	8	1426321	1426328	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
8055	NC_008011	AGGC	2	8	1429275	1429282	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
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8057	NC_008011	TTA	2	6	1430434	1430439	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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8061	NC_008011	T	6	6	1432081	1432086	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
8062	NC_008011	TTG	2	6	1432101	1432106	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8063	NC_008011	ATA	3	9	1432666	1432674	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8064	NC_008011	TTAA	2	8	1432683	1432690	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8065	NC_008011	A	6	6	1432722	1432727	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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8067	NC_008011	TGT	2	6	1432745	1432750	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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8069	NC_008011	TAT	2	6	1434472	1434477	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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8073	NC_008011	TAC	2	6	1434562	1434567	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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8076	NC_008011	GTTAG	2	10	1434603	1434612	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
8077	NC_008011	TATCCT	2	12	1434623	1434634	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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8079	NC_008011	TAA	2	6	1434731	1434736	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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8081	NC_008011	TGG	2	6	1434744	1434749	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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8095	NC_008011	T	6	6	1440322	1440327	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
8096	NC_008011	TA	3	6	1443990	1443995	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8097	NC_008011	TA	3	6	1444006	1444011	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8098	NC_008011	TTA	2	6	1444028	1444033	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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8102	NC_008011	AGA	2	6	1444207	1444212	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8103	NC_008011	AGA	3	9	1444249	1444257	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8104	NC_008011	A	6	6	1444271	1444276	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
8105	NC_008011	AGT	2	6	1444286	1444291	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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8111	NC_008011	AT	3	6	1450118	1450123	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8112	NC_008011	AATAT	2	10	1450125	1450134	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
8113	NC_008011	T	6	6	1452174	1452179	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
8114	NC_008011	T	7	7	1452199	1452205	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
8115	NC_008011	AGA	2	6	1452234	1452239	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8116	NC_008011	T	6	6	1452246	1452251	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
8117	NC_008011	TAT	2	6	1453239	1453244	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8118	NC_008011	AT	3	6	1453243	1453248	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8119	NC_008011	T	6	6	1453274	1453279	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
8120	NC_008011	TTA	2	6	1453283	1453288	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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8123	NC_008011	TAT	2	6	1453444	1453449	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8124	NC_008011	AT	3	6	1453455	1453460	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8125	NC_008011	TAA	2	6	1453543	1453548	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8126	NC_008011	TAAA	2	8	1453553	1453560	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
8127	NC_008011	AATA	2	8	1453605	1453612	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
8128	NC_008011	TAT	2	6	1453615	1453620	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8129	NC_008011	A	6	6	1453621	1453626	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
8130	NC_008011	TCCC	2	8	1453736	1453743	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
8131	NC_008011	TATT	2	8	1453783	1453790	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
8132	NC_008011	GAT	2	6	1453812	1453817	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8133	NC_008011	TAT	2	6	1453831	1453836	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8134	NC_008011	AGG	2	6	1453870	1453875	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
8135	NC_008011	GAG	2	6	1453906	1453911	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
8136	NC_008011	AT	3	6	1453928	1453933	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8137	NC_008011	TTA	2	6	1453987	1453992	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8138	NC_008011	CTA	2	6	1453999	1454004	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8139	NC_008011	TATT	2	8	1454034	1454041	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
8140	NC_008011	TTA	2	6	1454064	1454069	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8141	NC_008011	TAT	2	6	1454073	1454078	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8142	NC_008011	T	7	7	1454137	1454143	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
8143	NC_008011	T	6	6	1454163	1454168	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
8144	NC_008011	AGC	2	6	1454189	1454194	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
8145	NC_008011	TA	4	8	1454199	1454206	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8146	NC_008011	AAT	2	6	1454215	1454220	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8147	NC_008011	T	6	6	1454234	1454239	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
8148	NC_008011	GTT	2	6	1454259	1454264	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8149	NC_008011	ACT	2	6	1454912	1454917	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8150	NC_008011	TA	3	6	1454926	1454931	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8151	NC_008011	TTAT	2	8	1454939	1454946	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
8152	NC_008011	ATA	2	6	1454953	1454958	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8153	NC_008011	AATGTT	2	12	1454970	1454981	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8154	NC_008011	AT	3	6	1455010	1455015	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8155	NC_008011	TCTA	2	8	1455030	1455037	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
8156	NC_008011	TAAGC	2	10	1455088	1455097	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
8157	NC_008011	ACA	2	6	1455106	1455111	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8158	NC_008011	AGA	3	9	1455124	1455132	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8159	NC_008011	TA	3	6	1457497	1457502	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8160	NC_008011	TA	3	6	1457526	1457531	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8161	NC_008011	T	11	11	1457548	1457558	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
8162	NC_008011	TAG	10	30	1457579	1457608	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding

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