MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Lactobacillus sakei subsp. sakei 23K chromosome

Total Repeats: 239

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007576	TTTTG	2	10	39983	39992	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_007576	TAGAA	2	10	45497	45506	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_007576	GAATT	2	10	48343	48352	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_007576	TTAAA	2	10	62373	62382	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_007576	AATAA	2	10	62895	62904	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_007576	TTTAG	2	10	94655	94664	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_007576	TAATT	2	10	100762	100771	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_007576	AGGTC	2	10	128461	128470	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
9	NC_007576	TTAAT	2	10	139460	139469	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_007576	TAATG	2	10	149764	149773	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_007576	ATTTT	2	10	149818	149827	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_007576	AGTCA	2	10	157497	157506	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_007576	ATAAA	2	10	185515	185524	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_007576	CGATT	2	10	186225	186234	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
15	NC_007576	ATTAA	2	10	196410	196419	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_007576	GATAA	2	10	199790	199799	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_007576	AATCA	2	10	208105	208114	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_007576	GTTAA	2	10	211989	211998	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_007576	AAGAG	2	10	214033	214042	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
20	NC_007576	AATAG	2	10	215643	215652	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_007576	TGAAA	2	10	221031	221040	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_007576	TTTTG	2	10	239887	239896	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_007576	TAAAG	2	10	240720	240729	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_007576	TAAAT	2	10	241413	241422	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_007576	TTTAT	2	10	249319	249328	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_007576	TTAAT	2	10	251406	251415	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_007576	TTCAC	2	10	257953	257962	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
28	NC_007576	ATAGC	2	10	260302	260311	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_007576	TAAAT	2	10	261596	261605	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_007576	ATTAA	2	10	261681	261690	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_007576	AATTT	2	10	272482	272491	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_007576	TAAAT	2	10	272589	272598	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_007576	TTAAT	2	10	297578	297587	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_007576	TAACT	2	10	304020	304029	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_007576	AACAA	2	10	306149	306158	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_007576	GTCTG	2	10	306938	306947	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
37	NC_007576	TCGTG	2	10	307272	307281	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
38	NC_007576	AAGTT	2	10	308294	308303	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_007576	TTGAG	2	10	309499	309508	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
40	NC_007576	CCGTA	2	10	309616	309625	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
41	NC_007576	GTCAG	2	10	309731	309740	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_007576	GAGAT	2	10	310765	310774	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
43	NC_007576	TGAAA	2	10	310910	310919	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_007576	AAATT	2	10	317381	317390	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_007576	ATTTA	2	10	327618	327627	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_007576	CCCTT	2	10	343259	343268	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
47	NC_007576	TTTCA	2	10	353863	353872	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_007576	TAGCG	2	10	358222	358231	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
49	NC_007576	ATATT	2	10	360853	360862	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_007576	TTTAG	2	10	362843	362852	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_007576	AAATT	2	10	373137	373146	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_007576	AAAAC	2	10	375637	375646	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_007576	TTTGT	2	10	375647	375656	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_007576	TGAAA	2	10	422071	422080	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_007576	TTAGT	2	10	429273	429282	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_007576	GTCGG	2	10	429928	429937	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
57	NC_007576	AACAA	2	10	445507	445516	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_007576	GTCTG	2	10	446296	446305	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
59	NC_007576	TCGTG	2	10	446630	446639	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
60	NC_007576	AAGTT	2	10	447652	447661	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_007576	TTGAG	2	10	448857	448866	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
62	NC_007576	CCGTA	2	10	448974	448983	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
63	NC_007576	GTCAG	2	10	449089	449098	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
64	NC_007576	GAGAT	2	10	450123	450132	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
65	NC_007576	TGAAA	2	10	450268	450277	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_007576	TACCG	2	10	450977	450986	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
67	NC_007576	TATAT	2	10	452526	452535	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_007576	GTCTT	2	10	471859	471868	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
69	NC_007576	AACAA	2	10	478862	478871	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_007576	GTCTG	2	10	479651	479660	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
71	NC_007576	TCGTG	2	10	479985	479994	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
72	NC_007576	AAGTT	2	10	481007	481016	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_007576	TTGAG	2	10	482212	482221	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
74	NC_007576	CCGTA	2	10	482329	482338	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
75	NC_007576	GTCAG	2	10	482444	482453	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
76	NC_007576	GAGAT	2	10	483478	483487	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
77	NC_007576	TGAAA	2	10	483623	483632	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_007576	TTTTA	2	10	484158	484167	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_007576	ACATA	2	10	493976	493985	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_007576	GTAAG	2	10	497249	497258	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
81	NC_007576	ATTTA	2	10	561696	561705	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_007576	ATTAA	2	10	564864	564873	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_007576	ATAAA	2	10	578327	578336	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_007576	AATAA	2	10	579537	579546	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_007576	AAAAT	2	10	598389	598398	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_007576	AAATA	2	10	601964	601973	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_007576	TACGC	2	10	602027	602036	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
88	NC_007576	TTAAT	2	10	604275	604284	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_007576	AGAAA	2	10	605197	605206	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_007576	TTATT	2	10	633962	633971	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_007576	AAAAT	2	10	637153	637162	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_007576	AGTAT	2	10	641730	641739	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_007576	CTATA	2	10	649280	649289	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_007576	ATTTA	2	10	652059	652068	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_007576	AATTT	2	10	694278	694287	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_007576	TAAAT	2	10	701504	701513	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_007576	TAGCA	2	10	705291	705300	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
98	NC_007576	TGTTT	2	10	719723	719732	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_007576	ATTTG	2	10	723732	723741	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_007576	TTAAA	2	10	724012	724021	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_007576	TAAGC	2	10	725179	725188	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
102	NC_007576	ATTTT	2	10	727394	727403	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_007576	AAGAT	2	10	736815	736824	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_007576	AACAA	2	10	786826	786835	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_007576	GTTTG	2	10	794365	794374	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
106	NC_007576	GTAGT	2	10	801484	801493	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
107	NC_007576	TTAAA	2	10	801576	801585	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_007576	GTGAG	2	10	803664	803673	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
109	NC_007576	ATTTA	2	10	820580	820589	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_007576	GTTCA	2	10	830184	830193	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
111	NC_007576	TTATG	2	10	834841	834850	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_007576	GCCTA	2	10	835518	835527	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
113	NC_007576	CTAGT	2	10	835727	835736	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
114	NC_007576	TATCA	2	10	860952	860961	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_007576	GAGGG	2	10	861113	861122	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
116	NC_007576	TAGAA	2	10	874802	874811	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_007576	AAGCG	2	10	878596	878605	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
118	NC_007576	TTTTA	2	10	878620	878629	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_007576	TGTAT	2	10	885906	885915	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_007576	GAAAA	2	10	919135	919144	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_007576	ATTAG	2	10	936688	936697	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_007576	AATTT	2	10	948586	948595	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_007576	CTGAT	2	10	955832	955841	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
124	NC_007576	CATTA	2	10	959981	959990	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_007576	AGCAT	2	10	983928	983937	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
126	NC_007576	TTAAA	2	10	988125	988134	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_007576	AATCG	2	10	995257	995266	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
128	NC_007576	TATAT	2	10	1000398	1000407	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_007576	CATTT	2	10	1006005	1006014	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_007576	TCAAA	2	10	1019710	1019719	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_007576	GTCTT	2	10	1022675	1022684	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
132	NC_007576	TCTAA	2	10	1029106	1029115	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_007576	TAAAA	2	10	1048462	1048471	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_007576	ATCAC	2	10	1055930	1055939	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
135	NC_007576	ACGAC	2	10	1091608	1091617	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
136	NC_007576	ATTTA	2	10	1096981	1096990	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_007576	TCTTA	2	10	1108392	1108401	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_007576	CTATT	2	10	1121082	1121091	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
139	NC_007576	TTCTA	2	10	1134870	1134879	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
140	NC_007576	AACAA	2	10	1146991	1147000	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
141	NC_007576	AACAA	2	10	1151246	1151255	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
142	NC_007576	ATTTT	2	10	1157802	1157811	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_007576	AATTA	2	10	1158595	1158604	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_007576	ATACG	2	10	1164341	1164350	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
145	NC_007576	AAGAT	2	10	1164413	1164422	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_007576	TTATT	2	10	1170842	1170851	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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235	NC_007576	AACTT	2	10	1871924	1871933	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
236	NC_007576	CACGA	2	10	1872946	1872955	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
237	NC_007576	CAGAC	2	10	1873280	1873289	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
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239	NC_007576	ATTTA	2	10	1882410	1882419	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.