MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Lactobacillus acidophilus NCFM chromosome

Total Repeats: 92

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006814	AAGCGA	3	18	59013	59030	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_006814	CGGAGC	2	12	61673	61684	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_006814	TACTTT	2	12	64464	64475	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_006814	CATAAT	2	12	112596	112607	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_006814	GAAAAT	2	12	118299	118310	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_006814	CTTTTA	2	12	140114	140125	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_006814	TTTAAC	2	12	140928	140939	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_006814	GCAATT	2	12	244289	244300	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_006814	AAAGAA	2	12	245194	245205	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_006814	TGGTTA	2	12	317696	317707	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_006814	TAATTA	2	12	339440	339451	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_006814	TTCAAG	2	12	369729	369740	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_006814	AAGCGA	3	18	413537	413554	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_006814	CGGAGC	2	12	416444	416455	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_006814	AGCGAA	2	12	417667	417678	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_006814	AAGCGA	3	18	434005	434022	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_006814	CGGAGC	2	12	436665	436676	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_006814	AGCGAA	2	12	437888	437899	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_006814	AATAAA	2	12	448669	448680	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_006814	TAAGTT	2	12	450716	450727	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_006814	CATTTA	2	12	514127	514138	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_006814	ATAAAA	2	12	546272	546283	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_006814	TTTCTG	2	12	549865	549876	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_006814	TTTAGT	2	12	565410	565421	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_006814	AACATA	2	12	571307	571318	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_006814	ATTTTG	2	12	667062	667073	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_006814	TTAATT	2	12	693968	693979	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_006814	ATCTAT	2	12	696327	696338	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_006814	CATTTT	2	12	712915	712926	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_006814	ATTAGT	2	12	726068	726079	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_006814	TATTAA	2	12	804681	804692	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_006814	TTTAAA	2	12	860619	860630	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_006814	AAAAAT	2	12	869262	869273	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_006814	TTTTTA	2	12	875650	875661	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_006814	ATAGTA	2	12	889861	889872	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_006814	CTTATA	2	12	935463	935474	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_006814	ATATTA	2	12	939704	939715	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_006814	AAAAAT	2	12	962188	962199	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_006814	CTTTTT	2	12	982195	982206	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_006814	ATAATT	2	12	996824	996835	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_006814	TATAAA	2	12	1007125	1007136	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_006814	ATATTT	2	12	1020006	1020017	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_006814	GGTAAT	2	12	1024986	1024997	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_006814	TAAATA	2	12	1041728	1041739	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_006814	AATATT	2	12	1051389	1051400	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_006814	GAGAAT	2	12	1060625	1060636	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_006814	CATTTA	2	12	1096720	1096731	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_006814	TTAAAA	2	12	1104236	1104247	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_006814	ATATTA	2	12	1105390	1105401	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_006814	TTTAAA	2	12	1107389	1107400	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_006814	TTTTAT	2	12	1162865	1162876	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_006814	ATTAAA	2	12	1162887	1162898	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_006814	TAAGAA	2	12	1183386	1183397	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_006814	TAAAAA	2	12	1217799	1217810	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_006814	TAAAAA	2	12	1221687	1221698	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_006814	CATTCG	2	12	1332902	1332913	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_006814	TTTAAT	2	12	1367057	1367068	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_006814	AAATTA	2	12	1401936	1401947	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_006814	TTATAT	2	12	1402177	1402188	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_006814	AATTAA	2	12	1431887	1431898	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_006814	CAAATA	2	12	1443067	1443078	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_006814	TATAAA	2	12	1473591	1473602	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_006814	TAAAAA	2	12	1497173	1497184	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_006814	TTAATA	2	12	1508273	1508284	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_006814	TTTGAT	2	12	1542173	1542184	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_006814	AAAAAG	2	12	1558789	1558800	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_006814	ATCTAA	2	12	1616796	1616807	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_006814	TAAAAA	2	12	1627613	1627624	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_006814	AAAAAT	2	12	1628906	1628917	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_006814	GCTCCG	2	12	1631831	1631842	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
71	NC_006814	TCGCTT	3	18	1634485	1634502	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_006814	TTTTAT	3	18	1676611	1676628	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_006814	AAGAAA	2	12	1689199	1689210	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_006814	TAATTA	2	12	1707902	1707913	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_006814	TAAAAA	2	12	1714893	1714904	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_006814	TATTTA	2	12	1723413	1723424	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_006814	AGCATT	2	12	1725381	1725392	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_006814	AAAGTA	2	12	1747716	1747727	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_006814	ACAATT	2	12	1748662	1748673	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_006814	ATTTCT	2	12	1751441	1751452	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_006814	AAGACT	2	12	1782343	1782354	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_006814	GGCTTC	2	12	1796678	1796689	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_006814	ATAACA	2	12	1810819	1810830	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_006814	TCGCTT	2	12	1825947	1825958	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_006814	ATTTTA	2	12	1826158	1826169	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_006814	TTCTAT	2	12	1838832	1838843	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_006814	ATTATA	2	12	1849218	1849229	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_006814	CGTTTT	2	12	1862779	1862790	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_006814	ATTCCC	2	12	1870487	1870498	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
90	NC_006814	TAAAAA	2	12	1871473	1871484	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_006814	CCTTTT	2	12	1939749	1939760	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_006814	AATTAA	2	12	1942273	1942284	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.