MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Lactobacillus acidophilus NCFM chromosome

Total Repeats: 289

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006814	ATTTT	2	10	10143	10152	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_006814	TTTTA	2	10	21060	21069	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_006814	TGTGT	2	10	24405	24414	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
4	NC_006814	AAAAT	2	10	27402	27411	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_006814	GAAGA	2	10	28366	28375	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_006814	GTAAA	2	10	41548	41557	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_006814	CAAAA	2	10	44898	44907	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_006814	AAGGA	2	10	45181	45190	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
9	NC_006814	AGAGA	2	10	58795	58804	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
10	NC_006814	TCGTG	2	10	60346	60355	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
11	NC_006814	GGCAG	2	10	60745	60754	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
12	NC_006814	GAGAA	2	10	61001	61010	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
13	NC_006814	AAGGC	2	10	62401	62410	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
14	NC_006814	TTTAA	2	10	64604	64613	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_006814	TAATT	2	10	64869	64878	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_006814	CTTAA	2	10	68240	68249	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_006814	TTTTG	2	10	79268	79277	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_006814	TTGTT	2	10	94963	94972	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_006814	TAAAC	2	10	107479	107488	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_006814	CAATA	2	10	109931	109940	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_006814	TTTAA	2	10	113410	113419	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_006814	TTTTA	2	10	121319	121328	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_006814	TAAAA	2	10	155795	155804	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_006814	TAAAA	2	10	158943	158952	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_006814	ATTTT	2	10	158974	158983	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_006814	CATAA	2	10	163061	163070	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_006814	TATAA	2	10	163464	163473	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_006814	AAAAG	2	10	169527	169536	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_006814	ATAAA	2	10	171283	171292	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_006814	TAATT	2	10	179306	179315	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_006814	TATAT	2	10	179336	179345	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_006814	AGTAA	2	10	194721	194730	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_006814	CAAAA	2	10	201507	201516	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_006814	TTTTA	2	10	203567	203576	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_006814	ATAGA	2	10	209439	209448	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_006814	TTAGT	2	10	220583	220592	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_006814	ACCTC	2	10	241689	241698	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
38	NC_006814	TATTT	2	10	246741	246750	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_006814	TTTTA	2	10	250029	250038	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_006814	AGGAT	2	10	251718	251727	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
41	NC_006814	ACTTA	2	10	267246	267255	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_006814	TAAAA	2	10	275223	275232	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_006814	ACGTT	2	10	302821	302830	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_006814	TAGTA	2	10	307680	307689	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_006814	CATTT	2	10	311186	311195	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_006814	AGGAA	2	10	319797	319806	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
47	NC_006814	AAAAG	2	10	326031	326040	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_006814	TAAAA	2	10	329627	329636	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_006814	AATAT	2	10	350452	350461	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_006814	ATATT	2	10	375186	375195	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_006814	TATTT	2	10	407863	407872	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_006814	CAATA	2	10	413281	413290	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_006814	TCGTG	2	10	414870	414879	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
54	NC_006814	GGCAG	2	10	415269	415278	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
55	NC_006814	GAGAA	2	10	415772	415781	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
56	NC_006814	AAGGC	2	10	417172	417181	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
57	NC_006814	TAAAA	2	10	420406	420415	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_006814	GAGAG	2	10	428362	428371	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
59	NC_006814	AGAGA	2	10	433787	433796	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
60	NC_006814	TCGTG	2	10	435338	435347	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
61	NC_006814	GGCAG	2	10	435737	435746	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
62	NC_006814	GAGAA	2	10	435993	436002	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
63	NC_006814	AAGGC	2	10	437393	437402	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
64	NC_006814	TCAAA	2	10	472562	472571	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_006814	TATAA	2	10	476327	476336	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_006814	ATTAA	2	10	495861	495870	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_006814	TAAAA	2	10	497465	497474	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_006814	TAAAA	2	10	524943	524952	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_006814	GATAA	2	10	529531	529540	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_006814	ATTTA	2	10	529576	529585	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_006814	AGTCA	2	10	530369	530378	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
72	NC_006814	CTTGG	2	10	538123	538132	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
73	NC_006814	TTTTA	2	10	544129	544138	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_006814	ATATT	2	10	544492	544501	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_006814	ATTTT	2	10	574042	574051	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_006814	TAAAA	2	10	578804	578813	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_006814	AAGCT	2	10	592111	592120	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_006814	TTTCA	2	10	593079	593088	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_006814	TGAAA	2	10	593089	593098	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_006814	GTAAA	2	10	593160	593169	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_006814	AAATG	2	10	593253	593262	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_006814	TAGCT	2	10	597335	597344	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_006814	TTTAG	2	10	664857	664866	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_006814	TAAAA	2	10	700715	700724	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_006814	AATTA	2	10	709638	709647	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_006814	AAATA	2	10	713022	713031	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_006814	AAATG	2	10	730044	730053	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_006814	TATCT	2	10	732318	732327	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_006814	TGTAT	2	10	732378	732387	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_006814	TAAAA	2	10	738978	738987	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_006814	TATAA	2	10	741870	741879	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_006814	TCAAT	2	10	744771	744780	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_006814	ATTCA	2	10	749190	749199	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_006814	TTTAG	2	10	751955	751964	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_006814	AATTA	2	10	766735	766744	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_006814	AATAT	2	10	767226	767235	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_006814	AAAAT	2	10	769112	769121	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_006814	TATAA	2	10	775070	775079	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_006814	AGCCA	2	10	784142	784151	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
100	NC_006814	CAATT	2	10	784254	784263	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_006814	ATTTA	2	10	796318	796327	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_006814	TTTAT	2	10	796534	796543	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_006814	TAAAG	2	10	802036	802045	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_006814	TAACT	2	10	845002	845011	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_006814	TTTAC	2	10	852032	852041	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_006814	ATCTT	2	10	858331	858340	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_006814	GAGTT	2	10	874220	874229	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
108	NC_006814	ATTTT	2	10	879831	879840	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_006814	GGAGT	2	10	880075	880084	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
110	NC_006814	GTATA	2	10	900415	900424	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_006814	AAAAG	2	10	901231	901240	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_006814	AATTA	2	10	905492	905501	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_006814	TTTTA	2	10	908831	908840	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_006814	ATAAA	2	10	913378	913387	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_006814	GTATA	2	10	921761	921770	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_006814	GAATT	2	10	932471	932480	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_006814	TATTT	2	10	935440	935449	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_006814	CAGGG	2	10	939730	939739	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
119	NC_006814	TTACT	2	10	939849	939858	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
120	NC_006814	TAAAT	2	10	962773	962782	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_006814	GTAAA	2	10	965930	965939	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_006814	GTGGA	2	10	965999	966008	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
123	NC_006814	TTTAT	2	10	969964	969973	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_006814	ATTAC	2	10	973502	973511	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_006814	TAAAT	2	10	973565	973574	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_006814	ATAGA	2	10	982955	982964	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_006814	GGAAC	2	10	982985	982994	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
128	NC_006814	AGACT	2	10	993831	993840	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
129	NC_006814	ATATA	2	10	1019015	1019024	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_006814	TGTAT	2	10	1021496	1021505	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_006814	ATTAA	2	10	1022102	1022111	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_006814	AAGTT	2	10	1025192	1025201	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
133	NC_006814	TTAAG	2	10	1033281	1033290	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
134	NC_006814	TCTTG	2	10	1034132	1034141	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
135	NC_006814	AATTA	2	10	1050802	1050811	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_006814	AAAAT	2	10	1051793	1051802	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_006814	CAAAA	2	10	1052849	1052858	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_006814	TAAAT	2	10	1052891	1052900	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_006814	GGAAA	2	10	1056892	1056901	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
140	NC_006814	TATAA	2	10	1060302	1060311	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_006814	ATCAA	2	10	1060313	1060322	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
142	NC_006814	ATTTA	2	10	1061898	1061907	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_006814	ATTTT	2	10	1072466	1072475	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_006814	TTCTT	2	10	1078661	1078670	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_006814	TGAAA	2	10	1080240	1080249	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_006814	TTAAA	2	10	1081104	1081113	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_006814	GTTTT	2	10	1082883	1082892	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
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287	NC_006814	CAGAG	2	10	1966181	1966190	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
288	NC_006814	TAAGA	2	10	1969069	1969078	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
289	NC_006814	AGTTA	2	10	1969332	1969341	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.