MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Leptospira interrogans serovar Copenhageni str. Fiocruz L1-130 chromosome II

Total Repeats: 1891

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1501	NC_005824	CTC	2	6	295883	295888	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1502	NC_005824	GTAA	2	8	295906	295913	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
1503	NC_005824	A	6	6	295928	295933	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1504	NC_005824	AGT	2	6	296001	296006	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1505	NC_005824	AAAT	2	8	296046	296053	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
1506	NC_005824	T	6	6	296192	296197	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1507	NC_005824	TAAT	2	8	296230	296237	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1508	NC_005824	ATT	2	6	296247	296252	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1509	NC_005824	TCA	2	6	296262	296267	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1510	NC_005824	AGT	2	6	296270	296275	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1511	NC_005824	TTAT	2	8	296349	296356	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
1512	NC_005824	TTG	2	6	296372	296377	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1513	NC_005824	TCT	2	6	296390	296395	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1514	NC_005824	T	7	7	296397	296403	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1515	NC_005824	T	6	6	296442	296447	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1516	NC_005824	TTGT	2	8	296464	296471	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
1517	NC_005824	A	7	7	296515	296521	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1518	NC_005824	TTTA	2	8	296522	296529	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
1519	NC_005824	TAG	2	6	297060	297065	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1520	NC_005824	AAAG	2	8	297073	297080	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
1521	NC_005824	TA	3	6	297120	297125	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1522	NC_005824	TAT	2	6	297212	297217	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1523	NC_005824	AAT	2	6	297227	297232	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1524	NC_005824	TA	5	10	297249	297258	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1525	NC_005824	AAAT	2	8	297421	297428	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
1526	NC_005824	AAC	2	6	297921	297926	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1527	NC_005824	TTTGA	2	10	297971	297980	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
1528	NC_005824	AGA	2	6	298010	298015	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1529	NC_005824	AT	3	6	298027	298032	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1530	NC_005824	AGT	2	6	298040	298045	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1531	NC_005824	AGA	2	6	298187	298192	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1532	NC_005824	ATT	2	6	298246	298251	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1533	NC_005824	GAAACA	2	12	298302	298313	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
1534	NC_005824	AATT	2	8	298322	298329	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1535	NC_005824	CAA	2	6	298333	298338	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1536	NC_005824	CTA	2	6	298394	298399	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1537	NC_005824	A	6	6	298416	298421	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1538	NC_005824	A	6	6	298436	298441	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1539	NC_005824	TACT	2	8	298486	298493	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
1540	NC_005824	CAAAAT	2	12	298495	298506	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
1541	NC_005824	AAAAT	2	10	298553	298562	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
1542	NC_005824	CTGAA	2	10	298578	298587	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
1543	NC_005824	A	7	7	298593	298599	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1544	NC_005824	TAA	2	6	298647	298652	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1545	NC_005824	TATTT	2	10	298682	298691	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
1546	NC_005824	T	7	7	298704	298710	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1547	NC_005824	CCG	2	6	298731	298736	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1548	NC_005824	CTG	2	6	298824	298829	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1549	NC_005824	TTG	2	6	298873	298878	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1550	NC_005824	TAA	2	6	298939	298944	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1551	NC_005824	GACC	2	8	298971	298978	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
1552	NC_005824	ACTT	2	8	299029	299036	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
1553	NC_005824	AAT	2	6	299237	299242	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1554	NC_005824	T	7	7	299260	299266	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1555	NC_005824	GCA	2	6	299321	299326	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1556	NC_005824	CAA	2	6	299329	299334	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1557	NC_005824	CAC	2	6	299358	299363	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1558	NC_005824	AGCAC	2	10	299384	299393	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
1559	NC_005824	TATT	2	8	299404	299411	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
1560	NC_005824	CTT	2	6	299445	299450	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1561	NC_005824	CTT	2	6	299495	299500	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1562	NC_005824	AGG	2	6	299524	299529	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1563	NC_005824	ATGT	2	8	299536	299543	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
1564	NC_005824	TAC	2	6	299698	299703	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1565	NC_005824	T	7	7	299704	299710	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1566	NC_005824	AC	3	6	299715	299720	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1567	NC_005824	CTA	2	6	299745	299750	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1568	NC_005824	AAG	2	6	299899	299904	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1569	NC_005824	T	6	6	299948	299953	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1570	NC_005824	A	6	6	299956	299961	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1571	NC_005824	GAA	2	6	300026	300031	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1572	NC_005824	ATA	2	6	300037	300042	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1573	NC_005824	GAA	2	6	300084	300089	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1574	NC_005824	TAT	2	6	300090	300095	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1575	NC_005824	CAT	2	6	300116	300121	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1576	NC_005824	CTT	2	6	300139	300144	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1577	NC_005824	TGC	2	6	300155	300160	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1578	NC_005824	ATCCG	2	10	300164	300173	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
1579	NC_005824	GAA	2	6	300198	300203	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1580	NC_005824	ACA	2	6	300342	300347	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1581	NC_005824	AAC	2	6	300386	300391	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1582	NC_005824	T	9	9	300427	300435	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1583	NC_005824	A	6	6	300501	300506	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1584	NC_005824	CGAAT	2	10	300510	300519	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
1585	NC_005824	ATA	2	6	300572	300577	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1586	NC_005824	A	6	6	300713	300718	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1587	NC_005824	TCCAA	2	10	300840	300849	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
1588	NC_005824	AGA	2	6	300855	300860	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1589	NC_005824	TCCC	2	8	300910	300917	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
1590	NC_005824	ATTTT	2	10	300928	300937	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
1591	NC_005824	CGC	2	6	300976	300981	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1592	NC_005824	AAT	2	6	300999	301004	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1593	NC_005824	ACT	2	6	301109	301114	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1594	NC_005824	GTA	3	9	301117	301125	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1595	NC_005824	AAT	2	6	301171	301176	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1596	NC_005824	CTT	2	6	301224	301229	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1597	NC_005824	AGA	2	6	301297	301302	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1598	NC_005824	AAT	2	6	301323	301328	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1599	NC_005824	ACAT	2	8	301423	301430	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
1600	NC_005824	CTT	2	6	301464	301469	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1601	NC_005824	TCC	2	6	301504	301509	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1602	NC_005824	TCA	2	6	301554	301559	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1603	NC_005824	ATC	2	6	301574	301579	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1604	NC_005824	TCA	2	6	301608	301613	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1605	NC_005824	ACT	2	6	301616	301621	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1606	NC_005824	TTC	2	6	301638	301643	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1607	NC_005824	T	6	6	301671	301676	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1608	NC_005824	CT	3	6	302659	302664	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1609	NC_005824	GAA	2	6	302701	302706	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1610	NC_005824	AGA	2	6	303151	303156	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1611	NC_005824	T	7	7	303194	303200	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1612	NC_005824	ATTTT	3	15	303218	303232	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
1613	NC_005824	T	7	7	303229	303235	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1614	NC_005824	A	6	6	303273	303278	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1615	NC_005824	TTTTA	2	10	303407	303416	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
1616	NC_005824	TAA	2	6	304151	304156	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1617	NC_005824	A	6	6	304155	304160	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1618	NC_005824	GAA	2	6	304167	304172	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1619	NC_005824	T	7	7	308260	308266	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1620	NC_005824	A	6	6	308373	308378	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1621	NC_005824	TAA	2	6	308407	308412	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1622	NC_005824	AGT	2	6	308418	308423	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1623	NC_005824	TGT	2	6	308476	308481	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1624	NC_005824	GTA	2	6	308491	308496	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1625	NC_005824	TA	3	6	308615	308620	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1626	NC_005824	CTT	2	6	308643	308648	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1627	NC_005824	AAAAT	2	10	308674	308683	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
1628	NC_005824	ATA	2	6	308710	308715	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1629	NC_005824	TGT	2	6	308767	308772	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1630	NC_005824	A	6	6	308786	308791	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1631	NC_005824	AGAAT	2	10	308938	308947	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
1632	NC_005824	CAGA	2	8	308971	308978	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
1633	NC_005824	A	6	6	309102	309107	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1634	NC_005824	AAAATT	2	12	309147	309158	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1635	NC_005824	GCT	2	6	312200	312205	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1636	NC_005824	A	6	6	312225	312230	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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1638	NC_005824	AAT	2	6	312891	312896	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.