MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Leptospira interrogans serovar Lai str. 56601 chromosome I

Total Repeats: 405

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004342	TAAAAG	2	12	63679	63690	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_004342	TTGAAT	2	12	63757	63768	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_004342	GATTGT	2	12	67304	67315	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_004342	CAAAGA	2	12	67561	67572	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_004342	GAAACA	2	12	71600	71611	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_004342	TTGAAA	2	12	90741	90752	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_004342	ATAAAA	3	18	137694	137711	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_004342	AGAATG	2	12	171344	171355	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_004342	TCGTTT	2	12	194751	194762	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_004342	AGAATT	2	12	205490	205501	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_004342	TAAAAT	2	12	210815	210826	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_004342	CAAATC	2	12	218356	218367	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_004342	TTTTCA	2	12	221156	221167	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_004342	TCTGTT	2	12	242046	242057	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_004342	ATTTTG	2	12	271061	271072	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_004342	TTAAAA	2	12	280179	280190	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_004342	ATTCAA	2	12	290857	290868	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_004342	CTTTGT	2	12	303979	303990	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_004342	TTGTTT	2	12	314288	314299	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_004342	TTTTAA	2	12	315894	315905	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_004342	AAAACA	2	12	325569	325580	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_004342	TGAATT	2	12	330289	330300	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_004342	TAAATT	2	12	349663	349674	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_004342	CCACCC	2	12	350863	350874	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
25	NC_004342	AGAATA	2	12	362196	362207	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_004342	CCCAAA	2	12	376951	376962	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
27	NC_004342	AATTCT	2	12	389534	389545	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_004342	TGAAAA	2	12	419697	419708	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_004342	TATAAA	2	12	430599	430610	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_004342	CGGGAA	2	12	440620	440631	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_004342	ATAAAA	2	12	445166	445177	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_004342	TTAATT	2	12	451518	451529	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_004342	TAAAAA	2	12	455690	455701	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_004342	TTGTTT	2	12	467302	467313	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_004342	GAATTT	2	12	467383	467394	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_004342	TGAAAT	2	12	467621	467632	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_004342	TTTTGT	2	12	480028	480039	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_004342	ATTGAT	2	12	483413	483424	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_004342	AAATTT	2	12	483524	483535	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_004342	TAATTT	2	12	489105	489116	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_004342	AAAATT	2	12	490983	490994	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_004342	TACTTT	2	12	495488	495499	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_004342	AATTTG	2	12	502184	502195	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_004342	TTACAG	2	12	507849	507860	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_004342	TTTAAA	2	12	509820	509831	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_004342	GAAAAA	2	12	519819	519830	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_004342	ATTTTT	2	12	522995	523006	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_004342	AATTTA	2	12	536522	536533	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_004342	AAATTT	2	12	536722	536733	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_004342	AAACAA	2	12	544202	544213	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_004342	TTTCTT	2	12	544294	544305	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_004342	ATATAG	2	12	567928	567939	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_004342	GCAAAA	2	12	579220	579231	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_004342	AAATTT	2	12	579276	579287	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_004342	ATAGCG	2	12	586500	586511	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_004342	CTAAAA	2	12	601104	601115	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_004342	CAAAAT	2	12	611198	611209	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_004342	AAATAG	2	12	611596	611607	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_004342	TGTTTT	2	12	618494	618505	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_004342	TTTATA	2	12	628018	628029	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_004342	CATTGA	2	12	664556	664567	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_004342	GATTTT	2	12	684627	684638	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_004342	GAAATG	2	12	686475	686486	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_004342	GAATAT	2	12	715792	715803	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_004342	GTTAAA	2	12	739114	739125	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_004342	CGATTG	2	12	756435	756446	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_004342	AAAATA	2	12	756448	756459	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_004342	TTGTTT	2	12	777605	777616	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_004342	TTGTTT	2	12	783712	783723	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_004342	ATAATT	2	12	786156	786167	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_004342	GAATCT	2	12	806485	806496	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_004342	TTTATA	2	12	821542	821553	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_004342	GAAATA	2	12	831420	831431	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_004342	ATTTGT	2	12	833887	833898	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_004342	GCTTAT	2	12	854658	854669	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_004342	GAGTTA	2	12	865447	865458	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_004342	ATAAAA	2	12	883661	883672	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_004342	TAAAAA	2	12	883692	883703	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_004342	TTTCAT	2	12	899262	899273	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_004342	CTCTAT	2	12	906981	906992	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_004342	AGCGAT	2	12	911871	911882	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_004342	ATTGTT	2	12	918722	918733	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_004342	TCCGTT	2	12	920385	920396	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_004342	GTAAAA	2	12	924738	924749	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_004342	AAAATA	2	12	928308	928319	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_004342	ATACCT	2	12	931409	931420	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_004342	TTTTAA	2	12	947947	947958	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_004342	TAAAAT	2	12	960784	960795	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_004342	GAAATA	2	12	1036313	1036324	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_004342	TGTTTT	2	12	1038206	1038217	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_004342	TTTTGA	2	12	1038535	1038546	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_004342	GTTTTG	2	12	1038619	1038630	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_004342	TTTCTT	2	12	1044364	1044375	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_004342	ATAAAA	2	12	1075890	1075901	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_004342	TAAAAA	2	12	1080720	1080731	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_004342	AAAATA	2	12	1085534	1085545	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_004342	GAAAAG	2	12	1093786	1093797	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_004342	ATTTTT	2	12	1096321	1096332	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_004342	TAAAAC	2	12	1123945	1123956	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_004342	TGTTTC	2	12	1131617	1131628	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_004342	TAAAAT	2	12	1132040	1132051	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_004342	CCAAAA	2	12	1157137	1157148	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_004342	CGTTTT	2	12	1157338	1157349	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_004342	AAATGG	2	12	1177097	1177108	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
105	NC_004342	AAAATC	2	12	1180259	1180270	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_004342	TTTGAA	2	12	1184666	1184677	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_004342	GGTGAG	2	12	1192243	1192254	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_004342	CTCTGT	2	12	1207101	1207112	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_004342	GTTTTC	2	12	1217298	1217309	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_004342	AAATTT	2	12	1217587	1217598	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_004342	AAAAGA	2	12	1217732	1217743	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
112	NC_004342	AGAATG	2	12	1219314	1219325	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_004342	AAACAG	2	12	1274885	1274896	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_004342	TCTAAG	2	12	1278772	1278783	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_004342	TATTTT	2	12	1282733	1282744	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_004342	GTTTTT	2	12	1288988	1288999	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_004342	GAAAAT	2	12	1290104	1290115	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_004342	AAAAAT	2	12	1290159	1290170	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_004342	ATTTGA	2	12	1296859	1296870	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_004342	AACAAA	2	12	1297207	1297218	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_004342	TGCGAA	2	12	1311300	1311311	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_004342	TAGATT	2	12	1320284	1320295	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
123	NC_004342	TAGAAT	2	12	1343440	1343451	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
124	NC_004342	AAATAC	2	12	1351689	1351700	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_004342	TTGTTT	2	12	1367037	1367048	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
126	NC_004342	AGATTT	2	12	1395088	1395099	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_004342	GATTGG	2	12	1395729	1395740	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
128	NC_004342	GGTTTG	2	12	1404669	1404680	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
129	NC_004342	ATTTTA	2	12	1415159	1415170	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_004342	CGATTT	2	12	1429582	1429593	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_004342	TTTATA	2	12	1444861	1444872	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_004342	ATTTAA	2	12	1470605	1470616	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_004342	TAAAAT	2	12	1476929	1476940	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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253	NC_004342	ATTCTT	2	12	2893412	2893423	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
254	NC_004342	TAATTT	2	12	2899629	2899640	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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256	NC_004342	TTTTAA	2	12	2911467	2911478	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
257	NC_004342	TTTCCA	2	12	2912867	2912878	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
258	NC_004342	TGTTTC	2	12	2932530	2932541	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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377	NC_004342	GAAATA	2	12	3976343	3976354	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
378	NC_004342	AAATTA	2	12	3983936	3983947	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
379	NC_004342	TTTTGT	2	12	4010112	4010123	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
380	NC_004342	GGTTTT	2	12	4025408	4025419	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
381	NC_004342	AAAGTT	2	12	4036806	4036817	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
382	NC_004342	AAGTTT	2	12	4042309	4042320	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
383	NC_004342	AAAATC	2	12	4042333	4042344	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
384	NC_004342	CTTTTT	2	12	4048154	4048165	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
385	NC_004342	AATATT	2	12	4053750	4053761	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
386	NC_004342	AGTTTA	3	18	4054042	4054059	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.