MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Listeria monocytogenes N53-1 complete genome

Total Repeats: 919

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020558	GAAATT	2	12	6231	6242	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	470208779
2	NC_020558	TCGTAC	2	12	6620	6631	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	470208779
3	NC_020558	TGAAGA	2	12	9549	9560	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	470208780
4	NC_020558	TTATTT	2	12	10918	10929	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	470208781
5	NC_020558	CACATT	2	12	11199	11210	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	470208781
6	NC_020558	GCAAAA	2	12	13949	13960	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	470208785
7	NC_020558	ATTTTC	2	12	19716	19727	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	470208790
8	NC_020558	CTTCAT	2	12	20724	20735	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	470208793
9	NC_020558	TTTTGG	2	12	21088	21099	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	470208793
10	NC_020558	AGTTGC	2	12	23477	23488	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	470208795
11	NC_020558	TTAAAG	2	12	23529	23540	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	470208795
12	NC_020558	ATTGAA	2	12	24737	24748	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	470208796
13	NC_020558	TCGATT	2	12	32256	32267	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	470208805
14	NC_020558	CGATTA	2	12	37968	37979	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	470208809
15	NC_020558	TTATGT	2	12	42454	42465	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	470208812
16	NC_020558	AAAGAT	2	12	46107	46118	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	470208815
17	NC_020558	TGAAAT	2	12	46944	46955	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	470208816
18	NC_020558	TGGCGG	2	12	50077	50088	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	470208820
19	NC_020558	TCAAAA	2	12	50197	50208	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	470208820
20	NC_020558	ACAGTG	2	12	51781	51792	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	470208823
21	NC_020558	TTTATA	2	12	55113	55124	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	470208827
22	NC_020558	GCAGAA	2	12	56560	56571	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	470208827
23	NC_020558	AGGTAA	2	12	56651	56662	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	470208828
24	NC_020558	TGATTT	2	12	63361	63372	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	470208835
25	NC_020558	TTTTGC	2	12	63966	63977	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	470208836
26	NC_020558	ATCACT	2	12	82230	82241	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	470208857
27	NC_020558	AAACAC	2	12	82663	82674	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	470208857
28	NC_020558	AAGATA	2	12	85652	85663	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	470208858
29	NC_020558	TATAAA	2	12	87870	87881	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	470208859
30	NC_020558	TATTAG	2	12	98101	98112	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	470208869
31	NC_020558	TAAAAT	2	12	107927	107938	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	470208881
32	NC_020558	CAAAAT	2	12	108068	108079	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	470208881
33	NC_020558	GTCCGC	2	12	108200	108211	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	470208881
34	NC_020558	GTTTTA	2	12	114832	114843	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	470208889
35	NC_020558	AAGTAA	2	12	120743	120754	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	470208898
36	NC_020558	TTTATG	2	12	121400	121411	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	470208900
37	NC_020558	TCTATT	2	12	126332	126343	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	470208906
38	NC_020558	GTTGCA	2	12	139357	139368	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	470208928
39	NC_020558	GATTGC	2	12	139419	139430	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	470208928
40	NC_020558	TTAAAA	2	12	140092	140103	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	470208929
41	NC_020558	GGCGGT	2	12	145069	145080	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	470208932
42	NC_020558	CGAATT	2	12	147999	148010	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	470208933
43	NC_020558	GTAAAA	2	12	151151	151162	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	470208936
44	NC_020558	TTTTAC	2	12	153198	153209	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	470208940
45	NC_020558	TTTTTA	2	12	154236	154247	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	470208942
46	NC_020558	AAAGTG	2	12	155448	155459	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	470208943
47	NC_020558	AAGCGA	2	12	162945	162956	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	470208950
48	NC_020558	CAATCC	2	12	166231	166242	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	470208953
49	NC_020558	AAAGAT	2	12	168242	168253	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	470208955
50	NC_020558	AAAAGA	2	12	170108	170119	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	470208956
51	NC_020558	TGAAGT	2	12	172471	172482	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	470208957
52	NC_020558	CATTGA	2	12	180604	180615	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	470208964
53	NC_020558	TGCAGC	2	12	181259	181270	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	470208965
54	NC_020558	TAAAAA	2	12	183497	183508	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	470208967
55	NC_020558	AAAGCA	2	12	196691	196702	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	470208980
56	NC_020558	TTCTTT	2	12	201425	201436	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	470208988
57	NC_020558	GAAAAA	2	12	203514	203525	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	470208990
58	NC_020558	AGGAAA	2	12	203833	203844	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	470208990
59	NC_020558	GAAAAA	2	12	204739	204750	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	470208992
60	NC_020558	AAGGAG	2	12	208619	208630	50 %	0 %	50 %	0 %	470208994
61	NC_020558	GCAAGT	2	12	210509	210520	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	470208996
62	NC_020558	TTAAAG	2	12	212452	212463	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	470208998
63	NC_020558	TGTCGG	2	12	214428	214439	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	470208999
64	NC_020558	GCAGAA	2	12	217457	217468	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	470209001
65	NC_020558	TCTCCA	2	12	218295	218306	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	470209002
66	NC_020558	GGTTTT	2	12	220006	220017	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	470209003
67	NC_020558	ATTGAT	2	12	220920	220931	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	470209005
68	NC_020558	CAGAAC	2	12	221945	221956	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	470209006
69	NC_020558	TTTACC	2	12	235701	235712	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	470209008
70	NC_020558	AGTAAA	2	12	242958	242969	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	470209014
71	NC_020558	ACAGTA	2	12	250068	250079	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	470209026
72	NC_020558	GCATGG	2	12	250617	250628	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	470209027
73	NC_020558	CTGTAG	2	12	253561	253572	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	470209031
74	NC_020558	TTTTAG	2	12	256022	256033	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	470209035
75	NC_020558	GACAAT	2	12	257665	257676	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	470209037
76	NC_020558	TACACT	2	12	263822	263833	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	470209040
77	NC_020558	TTCGTG	2	12	265321	265332	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	470209041
78	NC_020558	GAATTA	2	12	270043	270054	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	470209046
79	NC_020558	CGATGC	2	12	271949	271960	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	470209047
80	NC_020558	TACAAG	2	12	273836	273847	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	470209050
81	NC_020558	CGAAAT	2	12	273890	273901	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	470209050
82	NC_020558	TCTTTT	2	12	276419	276430	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	470209053
83	NC_020558	ATCAAT	2	12	278788	278799	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	470209056
84	NC_020558	ATGAAA	2	12	279116	279127	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	470209057
85	NC_020558	CTTTTA	2	12	280989	281000	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	470209059
86	NC_020558	TAGAAA	2	12	281935	281946	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	470209060
87	NC_020558	ACGTTG	2	12	283715	283726	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	470209063
88	NC_020558	GAAAAC	2	12	285600	285611	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	470209065
89	NC_020558	TAGAAA	2	12	287791	287802	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	470209069
90	NC_020558	GCTGCG	2	12	290871	290882	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	470209074
91	NC_020558	TTTTGA	2	12	291271	291282	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	470209074
92	NC_020558	AAATAA	2	12	294557	294568	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	470209079
93	NC_020558	GAAGGG	2	12	296349	296360	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	470209081
94	NC_020558	TCCATT	2	12	309372	309383	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	470209094
95	NC_020558	TGGGAT	2	12	310668	310679	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	470209095
96	NC_020558	TGCGGG	2	12	311909	311920	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	470209097
97	NC_020558	AGAAAA	2	12	321596	321607	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	470209109
98	NC_020558	GTAAAA	2	12	327644	327655	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	470209117
99	NC_020558	TAGATT	2	12	329661	329672	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	470209119
100	NC_020558	GAGAAA	2	12	334086	334097	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	470209121
101	NC_020558	AAGCAA	2	12	335825	335836	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	470209122
102	NC_020558	CATTAA	2	12	343473	343484	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	470209133
103	NC_020558	ACCAAA	2	12	345085	345096	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	470209135
104	NC_020558	AAAAGA	2	12	351548	351559	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	470209144
105	NC_020558	AAGCGA	2	12	351679	351690	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	470209144
106	NC_020558	AATACA	2	12	352785	352796	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	470209144
107	NC_020558	CTGACT	2	12	355276	355287	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	470209148
108	NC_020558	CAGACC	2	12	356658	356669	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	470209149
109	NC_020558	AATGAA	2	12	357333	357344	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	470209150
110	NC_020558	AAAAGC	2	12	362883	362894	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	470209157
111	NC_020558	TAAAAG	2	12	366147	366158	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	470209164
112	NC_020558	GATTTC	2	12	367396	367407	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	470209166
113	NC_020558	TATAAA	2	12	370509	370520	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	470209170
114	NC_020558	GAAATG	2	12	373447	373458	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	470209175
115	NC_020558	CAAGCA	2	12	378354	378365	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	470209181
116	NC_020558	TATCAA	2	12	379503	379514	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	470209183
117	NC_020558	TAACAA	2	12	381374	381385	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	470209186
118	NC_020558	GCAACA	2	12	381484	381495	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	470209186
119	NC_020558	GCAAAT	2	12	381523	381534	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	470209186
120	NC_020558	TTTTTG	2	12	386814	386825	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	470209193
121	NC_020558	TGGTAT	2	12	395099	395110	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	470209204
122	NC_020558	TTTTAT	2	12	395144	395155	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	470209204
123	NC_020558	TATGAT	2	12	395211	395222	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	470209204
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130	NC_020558	TATTAA	2	12	409096	409107	50 %	50 %	0 %	0 %	470209224
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137	NC_020558	GCGATA	2	12	421489	421500	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	470209241
138	NC_020558	AAAAGC	2	12	422579	422590	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	470209242
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143	NC_020558	CTTATG	2	12	437842	437853	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	470209256
144	NC_020558	TCACCA	2	12	440419	440430	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	470209259
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217	NC_020558	AGCCGC	2	12	679999	680010	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	470209534
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220	NC_020558	GCATCC	2	12	688846	688857	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	470209544
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341	NC_020558	TTCGTC	2	12	1139832	1139843	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	470210100
342	NC_020558	GTAGAA	2	12	1140786	1140797	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	470210101
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344	NC_020558	AAAAAG	2	12	1145011	1145022	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	470210104
345	NC_020558	GCTTCT	2	12	1152073	1152084	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	470210110
346	NC_020558	TACAGC	2	12	1161976	1161987	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	470210121
347	NC_020558	AAAAAC	2	12	1172922	1172933	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	470210139
348	NC_020558	TCCACA	2	12	1175747	1175758	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	470210143
349	NC_020558	CTTTTT	2	12	1176057	1176068	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	470210143
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443	NC_020558	TGCTTT	2	12	1465564	1465575	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	470210452
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447	NC_020558	TCTTTT	2	12	1481069	1481080	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	470210470
448	NC_020558	CATCTT	2	12	1482315	1482326	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	470210470
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452	NC_020558	TCTGCT	2	12	1498079	1498090	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	470210489
453	NC_020558	TTTTTC	2	12	1498300	1498311	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	470210489
454	NC_020558	CTAATT	2	12	1505002	1505013	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	470210495
455	NC_020558	GACCTG	2	12	1509603	1509614	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	470210500
456	NC_020558	CTTTTA	2	12	1515717	1515728	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	470210509
457	NC_020558	TTTTGT	2	12	1517851	1517862	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	470210512
458	NC_020558	CCATCC	2	12	1519895	1519906	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	470210516
459	NC_020558	GCAAAA	2	12	1521362	1521373	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	470210518
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461	NC_020558	GCATTC	2	12	1532145	1532156	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	470210527
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481	NC_020558	AGATCA	2	12	1598583	1598594	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	470210615
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500	NC_020558	TGATTT	2	12	1662096	1662107	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	470210680

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