MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Lawsonia intracellularis N343 plasmid 2

Total Repeats: 465

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020129	TGC	2	6	512	517	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	442556509
2	NC_020129	TGG	2	6	547	552	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	442556509
3	NC_020129	GAA	2	6	561	566	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556509
4	NC_020129	AAG	2	6	604	609	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556509
5	NC_020129	TAA	2	6	635	640	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556509
6	NC_020129	AGA	2	6	659	664	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556509
7	NC_020129	CTT	2	6	781	786	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	442556510
8	NC_020129	AGC	2	6	805	810	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	442556510
9	NC_020129	ATT	2	6	827	832	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556510
10	NC_020129	CAA	2	6	835	840	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	442556510
11	NC_020129	AGC	2	6	900	905	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	442556510
12	NC_020129	ACA	2	6	958	963	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	442556510
13	NC_020129	ATT	2	6	968	973	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556510
14	NC_020129	AAG	2	6	999	1004	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556510
15	NC_020129	CTT	2	6	2328	2333	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	442556511
16	NC_020129	TTC	2	6	2416	2421	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	442556511
17	NC_020129	AGA	5	15	2851	2865	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556512
18	NC_020129	ATT	2	6	2887	2892	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556512
19	NC_020129	GAA	2	6	2894	2899	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556512
20	NC_020129	AAG	2	6	2947	2952	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556512
21	NC_020129	GAA	2	6	2999	3004	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556512
22	NC_020129	TAT	2	6	3136	3141	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556512
23	NC_020129	GAA	2	6	3197	3202	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556512
24	NC_020129	TTA	2	6	3218	3223	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556512
25	NC_020129	ACA	2	6	3257	3262	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	442556512
26	NC_020129	ATT	2	6	3310	3315	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556512
27	NC_020129	TCT	3	9	3361	3369	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	442556512
28	NC_020129	AGT	2	6	3394	3399	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	442556512
29	NC_020129	GAA	2	6	3497	3502	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556512
30	NC_020129	TTA	2	6	3547	3552	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556512
31	NC_020129	CCA	2	6	5123	5128	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	442556513
32	NC_020129	AAT	2	6	5189	5194	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556513
33	NC_020129	TTG	2	6	5208	5213	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	442556513
34	NC_020129	TTA	2	6	5379	5384	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556513
35	NC_020129	GTT	2	6	5491	5496	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	442556513
36	NC_020129	GTT	2	6	5537	5542	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	442556513
37	NC_020129	CAT	2	6	5682	5687	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	442556513
38	NC_020129	GTT	2	6	5778	5783	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	442556513
39	NC_020129	CTG	2	6	5799	5804	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	442556513
40	NC_020129	GTT	2	6	5943	5948	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	442556513
41	NC_020129	TAG	2	6	5961	5966	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	442556513
42	NC_020129	ATT	2	6	6013	6018	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556513
43	NC_020129	TGT	2	6	6034	6039	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	442556513
44	NC_020129	TGA	2	6	6103	6108	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	442556513
45	NC_020129	CAA	2	6	6288	6293	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	442556513
46	NC_020129	CCA	2	6	6542	6547	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	442556513
47	NC_020129	TAA	2	6	6616	6621	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556513
48	NC_020129	CCA	2	6	6632	6637	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	442556513
49	NC_020129	CGT	2	6	6708	6713	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	442556513
50	NC_020129	ATT	2	6	6973	6978	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556513
51	NC_020129	CCA	2	6	7055	7060	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	442556513
52	NC_020129	GAA	2	6	7130	7135	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556513
53	NC_020129	ACC	2	6	7462	7467	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	442556513
54	NC_020129	ATT	2	6	7559	7564	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556513
55	NC_020129	TAT	2	6	7578	7583	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556513
56	NC_020129	GTT	2	6	7621	7626	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	442556513
57	NC_020129	ACC	3	9	7639	7647	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	442556513
58	NC_020129	AAT	2	6	7648	7653	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556513
59	NC_020129	TGT	2	6	7684	7689	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	442556513
60	NC_020129	TAG	2	6	7701	7706	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	442556513
61	NC_020129	GCA	2	6	7814	7819	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	442556513
62	NC_020129	ATA	2	6	7869	7874	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556513
63	NC_020129	TTA	2	6	7895	7900	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556513
64	NC_020129	ATA	2	6	7913	7918	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556513
65	NC_020129	ATT	2	6	8373	8378	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556514
66	NC_020129	TAA	2	6	8382	8387	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556514
67	NC_020129	CTT	2	6	8427	8432	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	442556514
68	NC_020129	CTC	2	6	8508	8513	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	442556514
69	NC_020129	TAT	2	6	8613	8618	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556514
70	NC_020129	TAA	2	6	8679	8684	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556514
71	NC_020129	CTT	2	6	8700	8705	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	442556514
72	NC_020129	GTT	2	6	8949	8954	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	442556514
73	NC_020129	AAG	2	6	8967	8972	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556514
74	NC_020129	CAT	2	6	9138	9143	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	442556514
75	NC_020129	TAA	2	6	9190	9195	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556514
76	NC_020129	TTG	2	6	9382	9387	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	442556514
77	NC_020129	TAA	2	6	9388	9393	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556514
78	NC_020129	AGT	2	6	9409	9414	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	442556514
79	NC_020129	TAA	2	6	9432	9437	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556514
80	NC_020129	TAT	2	6	9453	9458	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556514
81	NC_020129	TTA	2	6	9465	9470	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556514
82	NC_020129	TAC	2	6	10514	10519	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	442556515
83	NC_020129	TCG	2	6	10598	10603	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	442556515
84	NC_020129	GAA	2	6	10677	10682	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556515
85	NC_020129	GAA	3	9	10686	10694	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556515
86	NC_020129	GCA	2	6	10743	10748	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	442556515
87	NC_020129	AAG	2	6	10756	10761	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556515
88	NC_020129	GAA	3	9	10797	10805	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556515
89	NC_020129	ACT	2	6	10866	10871	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	442556515
90	NC_020129	TGA	2	6	10883	10888	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	442556515
91	NC_020129	TGA	2	6	10916	10921	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	442556515
92	NC_020129	TTG	2	6	11042	11047	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	442556515
93	NC_020129	AGA	2	6	11093	11098	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556515
94	NC_020129	AAG	2	6	11134	11139	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556515
95	NC_020129	AGA	2	6	11156	11161	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556515
96	NC_020129	GTA	2	6	11167	11172	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	442556515
97	NC_020129	AGC	2	6	11185	11190	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	442556515
98	NC_020129	AGG	2	6	11197	11202	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	442556515
99	NC_020129	ATA	2	6	11209	11214	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556515
100	NC_020129	TAT	2	6	11216	11221	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556515
101	NC_020129	AGA	2	6	11240	11245	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556515
102	NC_020129	ATG	2	6	11281	11286	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	442556515
103	NC_020129	AGG	2	6	11320	11325	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	442556515
104	NC_020129	TGA	2	6	11333	11338	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	442556515
105	NC_020129	AAG	2	6	11446	11451	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556515
106	NC_020129	AGG	2	6	11465	11470	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	442556515
107	NC_020129	TAA	2	6	11510	11515	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556515
108	NC_020129	GTG	2	6	11533	11538	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	442556515
109	NC_020129	CTG	2	6	11617	11622	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	442556515
110	NC_020129	CTT	2	6	11734	11739	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	442556515
111	NC_020129	TAG	2	6	11789	11794	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	442556515
112	NC_020129	TAT	2	6	11888	11893	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556515
113	NC_020129	TAA	2	6	12050	12055	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556515
114	NC_020129	TTA	2	6	12083	12088	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556515
115	NC_020129	GAA	2	6	12132	12137	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556515
116	NC_020129	AGG	2	6	12173	12178	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	442556515
117	NC_020129	AAC	2	6	12257	12262	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	442556515
118	NC_020129	AGG	2	6	12518	12523	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	442556515
119	NC_020129	AAT	2	6	12549	12554	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556515
120	NC_020129	GAA	2	6	12605	12610	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556515
121	NC_020129	TGA	2	6	12825	12830	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	442556516
122	NC_020129	TTC	2	6	12836	12841	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	442556516
123	NC_020129	ACT	2	6	12915	12920	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	442556516
124	NC_020129	AAG	2	6	13003	13008	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556516
125	NC_020129	AAT	2	6	13043	13048	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556516
126	NC_020129	CAT	2	6	13096	13101	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	442556516
127	NC_020129	ATA	2	6	13112	13117	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556516
128	NC_020129	CAA	2	6	13210	13215	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	442556516
129	NC_020129	TCT	2	6	13272	13277	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	442556516
130	NC_020129	TTC	2	6	13337	13342	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	442556516
131	NC_020129	ATT	2	6	13361	13366	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556516
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382	NC_020129	ATT	2	6	31440	31445	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556530
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390	NC_020129	TGG	2	6	33885	33890	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	442556531
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405	NC_020129	TTC	2	6	34797	34802	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	442556531
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