MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Lactobacillus salivarius CECT 5713 plasmid pHN3

Total Repeats: 87

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017499	ATAAAG	2	12	5665	5676	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385839647
2	NC_017499	ATTGAA	2	12	5742	5753	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385839647
3	NC_017499	GCCATT	2	12	9164	9175	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385839649
4	NC_017499	CAAAGG	2	12	10904	10915	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	385839649
5	NC_017499	TCAAAA	2	12	12400	12411	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	385839650
6	NC_017499	CAAACT	2	12	16064	16075	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385839653
7	NC_017499	TAAATA	2	12	17260	17271	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385839654
8	NC_017499	AAGCTT	2	12	18867	18878	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385839656
9	NC_017499	AAAAAT	2	12	24642	24653	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	385839659
10	NC_017499	TCAATT	2	12	25159	25170	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	385839660
11	NC_017499	ATGTAA	2	12	27027	27038	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385839661
12	NC_017499	AATTAT	2	12	30747	30758	50 %	50 %	0 %	0 %	385839665
13	NC_017499	TACTAT	2	12	34544	34555	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	385839669
14	NC_017499	ATTAAA	2	12	38430	38441	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385839670
15	NC_017499	TAAAAG	2	12	39147	39158	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385839671
16	NC_017499	AAAATT	2	12	40484	40495	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385839671
17	NC_017499	CAGGAA	2	12	46180	46191	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	385839674
18	NC_017499	CTGGTA	2	12	46993	47004	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385839674
19	NC_017499	ATATCA	2	12	55897	55908	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385839681
20	NC_017499	AATAGT	2	12	57379	57390	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385839682
21	NC_017499	GCACCA	2	12	60432	60443	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	385839684
22	NC_017499	AGCCTA	2	12	63762	63773	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385839686
23	NC_017499	AGCTAA	2	12	64594	64605	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385839687
24	NC_017499	AGCTAA	2	12	65581	65592	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385839687
25	NC_017499	AAAGTC	2	12	69653	69664	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385839690
26	NC_017499	TTCTTA	2	12	69746	69757	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	385839690
27	NC_017499	GTAACC	2	12	74586	74597	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385839692
28	NC_017499	TCCAAC	2	12	75668	75679	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	385839693
29	NC_017499	AATTTT	2	12	76411	76422	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385839694
30	NC_017499	GCTCAA	2	12	78817	78828	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385839696
31	NC_017499	CTCAAA	2	12	79445	79456	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385839697
32	NC_017499	AGTGAA	2	12	80062	80073	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	385839697
33	NC_017499	ATCTAC	2	12	80339	80350	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385839697
34	NC_017499	TGATAA	2	12	80663	80674	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385839697
35	NC_017499	GCAGGT	2	12	80919	80930	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	385839698
36	NC_017499	AAATCT	2	12	82623	82634	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385839700
37	NC_017499	GAATTA	2	12	88581	88592	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385839705
38	NC_017499	CAATTA	2	12	95126	95137	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385839713
39	NC_017499	TAAAAT	2	12	98782	98793	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385839715
40	NC_017499	TCTTTT	2	12	99224	99235	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385839716
41	NC_017499	ATCTTG	2	12	100262	100273	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385839717
42	NC_017499	TTACTA	2	12	100581	100592	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	385839717
43	NC_017499	AAGACC	2	12	100847	100858	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385839717
44	NC_017499	CATTTT	2	12	101170	101181	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	385839717
45	NC_017499	AAAATG	2	12	102849	102860	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385839718
46	NC_017499	AAATTT	2	12	103440	103451	50 %	50 %	0 %	0 %	385839718
47	NC_017499	AAAGCA	2	12	105390	105401	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	385839719
48	NC_017499	GAGTTT	2	12	106732	106743	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385839719
49	NC_017499	AAATCA	2	12	107304	107315	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	385839719
50	NC_017499	TAAAAA	2	12	109077	109088	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	385839720
51	NC_017499	TAGCAT	2	12	122369	122380	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385839726
52	NC_017499	TGTTGG	2	12	124960	124971	0 %	50 %	50 %	0 %	385839727
53	NC_017499	CTTCTA	2	12	126475	126486	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385839728
54	NC_017499	ATTAAA	2	12	132840	132851	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385839732
55	NC_017499	CTGTTT	2	12	134333	134344	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385839733
56	NC_017499	TTTGCA	2	12	134671	134682	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385839733
57	NC_017499	TTTTTG	2	12	134850	134861	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	385839733
58	NC_017499	GTTTGC	2	12	136100	136111	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	385839734
59	NC_017499	ACAGTT	2	12	137552	137563	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385839735
60	NC_017499	AAATCA	2	12	140179	140190	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	385839736
61	NC_017499	TTTTCT	2	12	144726	144737	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385839739
62	NC_017499	ACTTTG	2	12	147736	147747	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385839742
63	NC_017499	ATTCCG	2	12	156523	156534	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385839745
64	NC_017499	TTCATT	2	12	156763	156774	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	385839745
65	NC_017499	TGGTGA	2	12	159282	159293	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	385839746
66	NC_017499	TTTTAA	2	12	164576	164587	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385839749
67	NC_017499	GTATCA	2	12	170254	170265	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385839752
68	NC_017499	TTCAAC	2	12	170863	170874	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385839753
69	NC_017499	AAATTC	2	12	174954	174965	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385839757
70	NC_017499	CTTTAA	2	12	175480	175491	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	385839757
71	NC_017499	CATAAA	2	12	176836	176847	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	385839758
72	NC_017499	ACCAAT	2	12	182991	183002	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385839762
73	NC_017499	TTTAGC	2	12	187989	188000	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385839767
74	NC_017499	CTTTTT	2	12	189881	189892	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385839768
75	NC_017499	ATCTTC	2	12	199208	199219	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385839773
76	NC_017499	CTATAT	2	12	201110	201121	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	385839775
77	NC_017499	ACCATA	2	12	201435	201446	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385839775
78	NC_017499	TTGCTT	2	12	202425	202436	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385839775
79	NC_017499	CTAATC	2	12	204256	204267	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385839776
80	NC_017499	AGAATA	2	12	215059	215070	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385839784
81	NC_017499	CTTTTT	2	12	216564	216575	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385839785
82	NC_017499	TAAAAA	2	12	224305	224316	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	385839791
83	NC_017499	AATTAA	2	12	232307	232318	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385839796
84	NC_017499	CTATAA	2	12	234254	234265	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385839798
85	NC_017499	GAAGTT	2	12	236691	236702	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385839801
86	NC_017499	AATTCC	2	12	237892	237903	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385839802
87	NC_017499	ACTTAC	2	12	239094	239105	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385839802

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.