MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Lactococcus lactis subsp. lactis CV56 chromosome

Total Repeats: 938

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017486	TTGCTG	2	12	779	790	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	385829590
2	NC_017486	TTGAAG	2	12	1988	1999	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385829591
3	NC_017486	AATTGA	2	12	6559	6570	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385829593
4	NC_017486	ATCAAA	2	12	7434	7445	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	385829593
5	NC_017486	AAAGAT	2	12	11593	11604	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385829596
6	NC_017486	AAAAAT	2	12	13707	13718	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	385829599
7	NC_017486	TTTTGC	2	12	15128	15139	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385829599
8	NC_017486	GATTGA	2	12	15276	15287	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385829600
9	NC_017486	TTGACA	2	12	19435	19446	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385829603
10	NC_017486	GTTTTT	2	12	20949	20960	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	385829604
11	NC_017486	AAGAAA	2	12	21002	21013	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	385829604
12	NC_017486	AAAGAA	2	12	22701	22712	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	385829608
13	NC_017486	CAGATA	2	12	23743	23754	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385829608
14	NC_017486	GAAATT	2	12	24875	24886	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385829609
15	NC_017486	GTAAAA	2	12	26116	26127	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385829611
16	NC_017486	CAGGTA	2	12	26582	26593	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385829611
17	NC_017486	AGAAAA	2	12	32336	32347	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	385829613
18	NC_017486	TTTCTT	2	12	39118	39129	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385829618
19	NC_017486	ATTTTT	2	12	43149	43160	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	385829625
20	NC_017486	AAAAGG	2	12	48953	48964	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385829635
21	NC_017486	GGAAAG	2	12	49425	49436	50 %	0 %	50 %	0 %	385829635
22	NC_017486	GTTGAC	2	12	50288	50299	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385829636
23	NC_017486	CGGCTG	2	12	52489	52500	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	385829638
24	NC_017486	GATAAT	2	12	52851	52862	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385829639
25	NC_017486	ATCTTT	2	12	63734	63745	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	385829647
26	NC_017486	GAGCAA	2	12	67693	67704	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	385829651
27	NC_017486	GGTCAG	2	12	68241	68252	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	385829652
28	NC_017486	TTGCTT	2	12	70198	70209	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385829654
29	NC_017486	TTTTTA	2	12	70510	70521	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	385829654
30	NC_017486	ACCATT	2	12	70761	70772	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385829654
31	NC_017486	GGCTCA	2	12	70940	70951	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	385829654
32	NC_017486	TTTAGG	2	12	71213	71224	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385829654
33	NC_017486	TCGTAA	2	12	75262	75273	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385829657
34	NC_017486	TCTTTG	2	12	76586	76597	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385829659
35	NC_017486	CTTTTG	2	12	85309	85320	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385829670
36	NC_017486	AAAATT	2	12	85556	85567	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385829670
37	NC_017486	ATCAAA	2	12	87555	87566	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	385829672
38	NC_017486	TGGACG	2	12	90662	90673	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	385829675
39	NC_017486	AATTAG	2	12	99710	99721	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385829685
40	NC_017486	TTTTGA	2	12	101953	101964	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	385829687
41	NC_017486	CTTGAA	2	12	104369	104380	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385829690
42	NC_017486	TATGGG	2	12	109750	109761	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	385829693
43	NC_017486	ATTAAT	2	12	110168	110179	50 %	50 %	0 %	0 %	385829694
44	NC_017486	TTTTCT	2	12	112981	112992	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385829698
45	NC_017486	AGGAAA	2	12	114698	114709	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385829699
46	NC_017486	TGAAAT	2	12	117885	117896	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385829701
47	NC_017486	TTCATA	2	12	120410	120421	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	385829705
48	NC_017486	TCATAA	2	12	124543	124554	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385829711
49	NC_017486	CATGAT	2	12	128405	128416	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385829716
50	NC_017486	AATTAA	2	12	130562	130573	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385829718
51	NC_017486	AAAGAA	2	12	130842	130853	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	385829718
52	NC_017486	AAAGTA	2	12	135231	135242	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385829718
53	NC_017486	GTCAAG	2	12	135304	135315	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385829718
54	NC_017486	ATAATT	2	12	141236	141247	50 %	50 %	0 %	0 %	385829723
55	NC_017486	AGTCGT	2	12	142065	142076	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385829724
56	NC_017486	TGCCTT	2	12	143207	143218	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385829726
57	NC_017486	TTGCTT	2	12	147860	147871	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385829730
58	NC_017486	AATACA	2	12	148821	148832	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	385829731
59	NC_017486	ATTGAA	2	12	149034	149045	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385829731
60	NC_017486	GCTTAT	2	12	149214	149225	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385829731
61	NC_017486	AGTTTG	2	12	156380	156391	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385829739
62	NC_017486	ATAAAA	2	12	160489	160500	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	385829743
63	NC_017486	TTCGGC	2	12	160690	160701	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385829744
64	NC_017486	ATTGGG	2	12	161691	161702	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	385829744
65	NC_017486	AAATAG	2	12	166064	166075	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385829747
66	NC_017486	TCGTAA	2	12	166818	166829	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385829748
67	NC_017486	CTTTTT	2	12	170625	170636	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385829752
68	NC_017486	ATGTTG	2	12	176026	176037	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385829757
69	NC_017486	AGAAGT	2	12	177127	177138	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	385829758
70	NC_017486	AACTTT	2	12	177202	177213	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	385829758
71	NC_017486	TTGGAA	2	12	179450	179461	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385829761
72	NC_017486	GAAGGT	2	12	182438	182449	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	385829766
73	NC_017486	GAAAAC	2	12	182981	182992	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	385829766
74	NC_017486	CTGAAT	2	12	184123	184134	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385829769
75	NC_017486	GCAAAA	2	12	184494	184505	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	385829769
76	NC_017486	AAAAGC	2	12	184535	184546	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	385829769
77	NC_017486	TAAAAA	2	12	186850	186861	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	385829772
78	NC_017486	TGATAA	2	12	188856	188867	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385829774
79	NC_017486	TTGCTT	2	12	188985	188996	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385829775
80	NC_017486	ATTTTA	2	12	189644	189655	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385829775
81	NC_017486	AGATGA	2	12	202617	202628	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	385829787
82	NC_017486	AAAAAT	2	12	202974	202985	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	385829787
83	NC_017486	TGTTGC	2	12	203553	203564	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	385829787
84	NC_017486	AGTTTG	2	12	204191	204202	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385829788
85	NC_017486	TTGAAT	2	12	207062	207073	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	385829790
86	NC_017486	TAACCC	2	12	207380	207391	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	385829790
87	NC_017486	TGAAAA	2	12	210706	210717	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385829792
88	NC_017486	GAGTTA	2	12	213631	213642	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385829794
89	NC_017486	TGAAGA	2	12	215092	215103	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	385829797
90	NC_017486	CTGACC	2	12	219489	219500	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385829803
91	NC_017486	GATGAC	2	12	219734	219745	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385829803
92	NC_017486	ACGTAA	2	12	225124	225135	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385829810
93	NC_017486	ACGTAA	2	12	225148	225159	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385829810
94	NC_017486	AAAGAA	2	12	229049	229060	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	385829812
95	NC_017486	TAAAAA	2	12	229233	229244	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	385829812
96	NC_017486	TGGAAT	2	12	232467	232478	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385829815
97	NC_017486	GCTGTC	2	12	235574	235585	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385829819
98	NC_017486	TGTTAT	2	12	245665	245676	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	385829826
99	NC_017486	GTTCGA	2	12	247851	247862	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385829829
100	NC_017486	ATAAAA	2	12	248548	248559	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	385829829
101	NC_017486	CATAGT	2	12	252217	252228	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385829832
102	NC_017486	GTTGAA	2	12	253726	253737	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385829835
103	NC_017486	TTTGAT	2	12	254777	254788	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	385829836
104	NC_017486	TTATTG	2	12	266486	266497	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	385829848
105	NC_017486	CTCTTT	2	12	268324	268335	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385829851
106	NC_017486	CTTAAA	2	12	268807	268818	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385829851
107	NC_017486	CAAGCC	2	12	269882	269893	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	385829852
108	NC_017486	TCTGGT	2	12	271605	271616	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	385829855
109	NC_017486	AAAAAC	2	12	271705	271716	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	385829855
110	NC_017486	GTCTTG	2	12	271849	271860	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	385829855
111	NC_017486	CTTGGT	2	12	274068	274079	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	385829856
112	NC_017486	TTGAAC	2	12	280364	280375	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385829863
113	NC_017486	GCCAAA	2	12	287748	287759	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385829873
114	NC_017486	AAGCAA	2	12	290599	290610	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	385829876
115	NC_017486	CCAACA	2	12	293538	293549	50 %	0 %	0 %	50 %	385829877
116	NC_017486	GACATC	2	12	295196	295207	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385829879
117	NC_017486	GGGATA	2	12	297164	297175	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	385829881
118	NC_017486	TCAACT	2	12	299872	299883	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385829882
119	NC_017486	TTTGCT	2	12	308187	308198	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385829891
120	NC_017486	TTGCTT	2	12	311938	311949	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385829895
121	NC_017486	ATGATT	2	12	313071	313082	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	385829895
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450	NC_017486	GCTAAA	2	12	1097211	1097222	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385830646
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455	NC_017486	TGCTGA	2	12	1105876	1105887	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385830652
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