MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Lactobacillus casei LC2W plasmid pLC2W

Total Repeats: 386

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017475	TCG	2	6	210	215	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385821657
2	NC_017475	ATT	2	6	301	306	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385821657
3	NC_017475	ACT	2	6	324	329	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385821657
4	NC_017475	CTG	2	6	457	462	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385821658
5	NC_017475	GAG	2	6	491	496	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385821658
6	NC_017475	TTG	2	6	824	829	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385821659
7	NC_017475	GGC	2	6	880	885	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	385821659
8	NC_017475	TGG	2	6	1047	1052	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385821659
9	NC_017475	GAC	2	6	1104	1109	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385821659
10	NC_017475	CAG	2	6	1233	1238	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385821659
11	NC_017475	CTT	2	6	1260	1265	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385821659
12	NC_017475	CAA	2	6	1300	1305	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385821660
13	NC_017475	GCA	2	6	1350	1355	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385821660
14	NC_017475	TCG	2	6	1452	1457	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385821660
15	NC_017475	CCT	2	6	1576	1581	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	385821660
16	NC_017475	AAC	3	9	1980	1988	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385821661
17	NC_017475	AGA	2	6	2053	2058	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385821661
18	NC_017475	GAG	2	6	2062	2067	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385821661
19	NC_017475	AGA	2	6	2092	2097	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385821661
20	NC_017475	GTG	2	6	2166	2171	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385821661
21	NC_017475	ATT	2	6	2187	2192	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385821661
22	NC_017475	AAG	2	6	2512	2517	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385821661
23	NC_017475	TCA	2	6	2528	2533	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385821661
24	NC_017475	ACT	2	6	2560	2565	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385821661
25	NC_017475	TCA	2	6	2764	2769	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385821661
26	NC_017475	GCT	2	6	3000	3005	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385821662
27	NC_017475	ATC	3	9	3054	3062	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385821662
28	NC_017475	ATG	2	6	3078	3083	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385821662
29	NC_017475	TAC	2	6	3399	3404	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385821662
30	NC_017475	CGC	2	6	3583	3588	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	385821662
31	NC_017475	TCT	2	6	3646	3651	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385821662
32	NC_017475	TGT	2	6	3692	3697	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385821662
33	NC_017475	CAG	2	6	3718	3723	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385821662
34	NC_017475	GCA	2	6	3731	3736	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385821662
35	NC_017475	TGG	2	6	3803	3808	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385821662
36	NC_017475	TCA	2	6	3835	3840	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385821662
37	NC_017475	TTC	2	6	3960	3965	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385821662
38	NC_017475	ATG	2	6	4041	4046	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385821662
39	NC_017475	GAA	2	6	4200	4205	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385821662
40	NC_017475	GAC	2	6	4230	4235	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385821662
41	NC_017475	GAC	2	6	4308	4313	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385821662
42	NC_017475	TGG	3	9	4406	4414	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385821662
43	NC_017475	GCC	3	9	4479	4487	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	385821662
44	NC_017475	CAA	2	6	4612	4617	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385821662
45	NC_017475	CAA	2	6	4643	4648	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385821662
46	NC_017475	TTG	2	6	4669	4674	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385821662
47	NC_017475	CCG	2	6	4758	4763	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	385821663
48	NC_017475	CCA	2	6	4782	4787	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385821663
49	NC_017475	ATC	2	6	4872	4877	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385821663
50	NC_017475	ATG	2	6	4881	4886	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385821663
51	NC_017475	GCC	2	6	5024	5029	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	385821663
52	NC_017475	CAT	2	6	5030	5035	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385821663
53	NC_017475	CAT	2	6	5057	5062	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385821663
54	NC_017475	GAC	2	6	5120	5125	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385821663
55	NC_017475	GAA	2	6	5153	5158	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385821663
56	NC_017475	CAA	2	6	5213	5218	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385821663
57	NC_017475	TGG	2	6	5292	5297	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385821663
58	NC_017475	GCC	2	6	5411	5416	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	385821663
59	NC_017475	ATC	2	6	5520	5525	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385821663
60	NC_017475	TGA	2	6	5566	5571	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385821663
61	NC_017475	TTG	2	6	5592	5597	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385821663
62	NC_017475	AAT	2	6	5603	5608	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385821663
63	NC_017475	GAC	2	6	5737	5742	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385821663
64	NC_017475	ATG	2	6	5958	5963	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385821663
65	NC_017475	TTC	2	6	6047	6052	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385821663
66	NC_017475	CAT	2	6	6124	6129	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385821663
67	NC_017475	CTA	2	6	6192	6197	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385821664
68	NC_017475	AAG	2	6	6198	6203	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385821664
69	NC_017475	GCT	2	6	6257	6262	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385821664
70	NC_017475	AAG	2	6	6378	6383	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385821664
71	NC_017475	TGA	2	6	6438	6443	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385821664
72	NC_017475	TGA	2	6	6460	6465	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385821664
73	NC_017475	GTT	2	6	6750	6755	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385821665
74	NC_017475	TTA	2	6	6756	6761	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385821665
75	NC_017475	GCG	2	6	6765	6770	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	385821665
76	NC_017475	GGC	2	6	6980	6985	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	385821666
77	NC_017475	CTG	2	6	7110	7115	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385821667
78	NC_017475	CGT	2	6	7238	7243	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385821667
79	NC_017475	CCA	2	6	7296	7301	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385821667
80	NC_017475	GCC	2	6	7463	7468	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	385821667
81	NC_017475	CAA	2	6	7519	7524	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385821667
82	NC_017475	CTC	2	6	7852	7857	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	385821668
83	NC_017475	CAG	2	6	7886	7891	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385821668
84	NC_017475	ATT	2	6	7909	7914	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385821668
85	NC_017475	TTA	2	6	8000	8005	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385821669
86	NC_017475	CCT	2	6	8243	8248	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	385821669
87	NC_017475	GGC	2	6	8390	8395	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	385821669
88	NC_017475	CTC	2	6	8569	8574	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	385821670
89	NC_017475	TCA	2	6	8705	8710	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385821670
90	NC_017475	GTT	2	6	8774	8779	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385821670
91	NC_017475	CAA	2	6	8780	8785	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385821670
92	NC_017475	GTT	2	6	8874	8879	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385821670
93	NC_017475	GTA	2	6	8892	8897	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385821670
94	NC_017475	ACC	2	6	9030	9035	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385821670
95	NC_017475	ATC	2	6	9075	9080	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385821670
96	NC_017475	GAC	2	6	9087	9092	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385821670
97	NC_017475	ACC	2	6	9117	9122	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385821670
98	NC_017475	GAA	2	6	9143	9148	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385821670
99	NC_017475	GAG	2	6	9190	9195	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385821670
100	NC_017475	CTT	2	6	9326	9331	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385821670
101	NC_017475	ACC	2	6	9414	9419	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385821670
102	NC_017475	CAT	2	6	9425	9430	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385821670
103	NC_017475	CGG	2	6	9452	9457	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	385821670
104	NC_017475	GCC	2	6	9519	9524	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	385821670
105	NC_017475	TGA	2	6	9613	9618	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385821670
106	NC_017475	ACC	2	6	9678	9683	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385821670
107	NC_017475	AGC	2	6	9840	9845	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385821671
108	NC_017475	AAT	2	6	9865	9870	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385821671
109	NC_017475	CTT	2	6	9876	9881	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385821671
110	NC_017475	TGA	2	6	9898	9903	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385821671
111	NC_017475	TGG	2	6	9960	9965	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385821671
112	NC_017475	CCA	2	6	10012	10017	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385821671
113	NC_017475	CAC	2	6	10106	10111	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385821671
114	NC_017475	CAA	2	6	10124	10129	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385821671
115	NC_017475	GTC	2	6	10152	10157	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385821671
116	NC_017475	ATA	2	6	10182	10187	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385821671
117	NC_017475	TCA	2	6	10328	10333	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385821671
118	NC_017475	TTG	2	6	10335	10340	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385821671
119	NC_017475	GTT	2	6	10391	10396	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385821671
120	NC_017475	TTG	2	6	10448	10453	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385821671
121	NC_017475	TGC	2	6	10523	10528	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385821671
122	NC_017475	GTT	2	6	11414	11419	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385821672
123	NC_017475	AGC	2	6	11611	11616	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385821672
124	NC_017475	GCC	2	6	11627	11632	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	385821672
125	NC_017475	TGA	2	6	11665	11670	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385821672
126	NC_017475	GTT	2	6	11698	11703	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385821672
127	NC_017475	TGG	2	6	11722	11727	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385821672
128	NC_017475	TCT	2	6	12324	12329	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385821672
129	NC_017475	CGG	2	6	12338	12343	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	385821672
130	NC_017475	GCC	2	6	12383	12388	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	385821672
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379	NC_017475	CAT	2	6	36033	36038	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385821697
380	NC_017475	ACG	2	6	36051	36056	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385821697
381	NC_017475	AGC	2	6	36484	36489	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385821698
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.