MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Lactobacillus sanfranciscensis TMW 1.1304 plasmid pLS2

Total Repeats: 153

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015980	TTA	2	6	207	212	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	347533685
2	NC_015980	CTG	2	6	382	387	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	347533685
3	NC_015980	ACC	2	6	512	517	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	347533685
4	NC_015980	TTA	2	6	529	534	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	347533685
5	NC_015980	AAT	2	6	773	778	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	347533685
6	NC_015980	ATG	2	6	808	813	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	347533685
7	NC_015980	AAG	2	6	846	851	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	347533685
8	NC_015980	GTT	2	6	873	878	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	347533685
9	NC_015980	AAT	2	6	928	933	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	347533685
10	NC_015980	ATA	2	6	974	979	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	347533686
11	NC_015980	ACC	2	6	1182	1187	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	347533686
12	NC_015980	GAA	2	6	1228	1233	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	347533686
13	NC_015980	GTT	2	6	2579	2584	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	347533687
14	NC_015980	CAA	2	6	2605	2610	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	347533687
15	NC_015980	TGA	2	6	2756	2761	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	347533687
16	NC_015980	GAC	2	6	2811	2816	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	347533687
17	NC_015980	TGA	2	6	2837	2842	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	347533687
18	NC_015980	ATT	2	6	3118	3123	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	347533687
19	NC_015980	TGC	2	6	3210	3215	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	347533687
20	NC_015980	AAT	2	6	3238	3243	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	347533687
21	NC_015980	TCT	2	6	3269	3274	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	347533687
22	NC_015980	TCC	2	6	3346	3351	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	347533688
23	NC_015980	GTT	2	6	3377	3382	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	347533688
24	NC_015980	TCT	2	6	3412	3417	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	347533688
25	NC_015980	CAA	2	6	5026	5031	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	347533689
26	NC_015980	ATC	2	6	5033	5038	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	347533689
27	NC_015980	TTG	2	6	5063	5068	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	347533689
28	NC_015980	AAT	2	6	5155	5160	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	347533689
29	NC_015980	CCA	2	6	5175	5180	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	347533689
30	NC_015980	ATC	2	6	5192	5197	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	347533689
31	NC_015980	CAA	2	6	5228	5233	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	347533689
32	NC_015980	CAA	2	6	5344	5349	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	347533689
33	NC_015980	TGG	2	6	5498	5503	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	347533689
34	NC_015980	ATG	2	6	5507	5512	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	347533689
35	NC_015980	CAA	2	6	5567	5572	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	347533689
36	NC_015980	TAA	2	6	5677	5682	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	347533689
37	NC_015980	ATA	2	6	5831	5836	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	347533689
38	NC_015980	ATC	2	6	5858	5863	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	347533689
39	NC_015980	TTG	2	6	5996	6001	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	347533689
40	NC_015980	CGA	2	6	6268	6273	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	347533690
41	NC_015980	AAC	2	6	6324	6329	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	347533690
42	NC_015980	TAT	2	6	6432	6437	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	347533690
43	NC_015980	CTT	2	6	6507	6512	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	347533690
44	NC_015980	ATT	2	6	6595	6600	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	347533690
45	NC_015980	GTA	2	6	6725	6730	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	347533690
46	NC_015980	ATC	2	6	6732	6737	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	347533690
47	NC_015980	CGA	2	6	6767	6772	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	347533690
48	NC_015980	GAT	2	6	6849	6854	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	347533690
49	NC_015980	ACG	2	6	6859	6864	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	347533690
50	NC_015980	TCT	2	6	7004	7009	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	347533690
51	NC_015980	TGG	2	6	7013	7018	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	347533690
52	NC_015980	CTT	2	6	7020	7025	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	347533690
53	NC_015980	CAA	2	6	7057	7062	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	347533690
54	NC_015980	ACC	2	6	7153	7158	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	347533690
55	NC_015980	CTG	2	6	7163	7168	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	347533690
56	NC_015980	GGC	2	6	7201	7206	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	347533690
57	NC_015980	CTT	2	6	7239	7244	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	347533690
58	NC_015980	TTC	2	6	7258	7263	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	347533690
59	NC_015980	CAC	2	6	7265	7270	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	347533690
60	NC_015980	GCT	2	6	7474	7479	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	347533690
61	NC_015980	GCA	2	6	7625	7630	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	347533691
62	NC_015980	CTG	2	6	7638	7643	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	347533691
63	NC_015980	TTG	2	6	7728	7733	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	347533691
64	NC_015980	TTC	2	6	7878	7883	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	347533691
65	NC_015980	ATC	2	6	7901	7906	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	347533691
66	NC_015980	TGA	2	6	7915	7920	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	347533691
67	NC_015980	TCA	2	6	7928	7933	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	347533691
68	NC_015980	GAA	2	6	7952	7957	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	347533691
69	NC_015980	ACA	2	6	8083	8088	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	347533691
70	NC_015980	TGA	2	6	8140	8145	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	347533691
71	NC_015980	ATC	2	6	8181	8186	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	347533691
72	NC_015980	GTT	2	6	8199	8204	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	347533691
73	NC_015980	GCG	2	6	8247	8252	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	347533691
74	NC_015980	GAA	2	6	8282	8287	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	347533691
75	NC_015980	TCG	2	6	8289	8294	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	347533691
76	NC_015980	GAT	2	6	8420	8425	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	347533691
77	NC_015980	TGA	2	6	8554	8559	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	347533691
78	NC_015980	GAT	2	6	8569	8574	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	347533691
79	NC_015980	TTA	2	6	8600	8605	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	347533691
80	NC_015980	TTG	2	6	8658	8663	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	347533691
81	NC_015980	TGG	2	6	8679	8684	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	347533691
82	NC_015980	ACG	2	6	8836	8841	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	347533691
83	NC_015980	CAA	2	6	8887	8892	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	347533691
84	NC_015980	GTT	2	6	9023	9028	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	347533691
85	NC_015980	GGT	2	6	9086	9091	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	347533691
86	NC_015980	TTG	3	9	9096	9104	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	347533691
87	NC_015980	TCT	2	6	9124	9129	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	347533691
88	NC_015980	ATT	2	6	9328	9333	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	347533691
89	NC_015980	TAA	2	6	9770	9775	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	347533692
90	NC_015980	TTG	2	6	10007	10012	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	347533692
91	NC_015980	TTG	2	6	10259	10264	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	347533692
92	NC_015980	GAA	2	6	11463	11468	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	347533693
93	NC_015980	CTT	2	6	11504	11509	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	347533693
94	NC_015980	GTA	2	6	11644	11649	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	347533693
95	NC_015980	CGA	2	6	11689	11694	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	347533693
96	NC_015980	TGA	2	6	11769	11774	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	347533693
97	NC_015980	ATA	2	6	11794	11799	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	347533693
98	NC_015980	GAA	2	6	11801	11806	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	347533693
99	NC_015980	CAT	2	6	11831	11836	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	347533693
100	NC_015980	ATC	2	6	12024	12029	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	347533693
101	NC_015980	TCT	2	6	12117	12122	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	347533694
102	NC_015980	GCT	2	6	12127	12132	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	347533694
103	NC_015980	TCA	2	6	12138	12143	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	347533694
104	NC_015980	GTT	2	6	12160	12165	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	347533694
105	NC_015980	TCA	2	6	12231	12236	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	347533694
106	NC_015980	TCT	2	6	12622	12627	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	347533695
107	NC_015980	TGG	2	6	12690	12695	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	347533695
108	NC_015980	TGA	2	6	12723	12728	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	347533695
109	NC_015980	GCT	2	6	12844	12849	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	347533695
110	NC_015980	ACG	2	6	12885	12890	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	347533695
111	NC_015980	TGT	2	6	12920	12925	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	347533695
112	NC_015980	GCG	2	6	13019	13024	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	347533695
113	NC_015980	ATC	2	6	13162	13167	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	347533695
114	NC_015980	TGC	2	6	13239	13244	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	347533695
115	NC_015980	AGA	2	6	13252	13257	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	347533695
116	NC_015980	AAC	2	6	13332	13337	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	347533695
117	NC_015980	ATC	3	9	13392	13400	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	347533695
118	NC_015980	CAA	2	6	13451	13456	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	347533695
119	NC_015980	ATC	2	6	13506	13511	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	347533695
120	NC_015980	GCC	2	6	13546	13551	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	347533695
121	NC_015980	CCA	2	6	13612	13617	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	347533695
122	NC_015980	CAC	2	6	13619	13624	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	347533695
123	NC_015980	ATC	2	6	13665	13670	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	347533695
124	NC_015980	CTT	2	6	13984	13989	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	347533696
125	NC_015980	TGC	2	6	14041	14046	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	347533696
126	NC_015980	CAA	2	6	14124	14129	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	347533696
127	NC_015980	AAG	2	6	14130	14135	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	347533696
128	NC_015980	GCC	2	6	14467	14472	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	347533696
129	NC_015980	TCA	2	6	14489	14494	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	347533696
130	NC_015980	TCA	2	6	14504	14509	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	347533696
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133	NC_015980	AAT	2	6	14622	14627	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	347533696
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.