MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Lactobacillus sanfranciscensis TMW 1.1304 chromosome

Total Repeats: 501

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015978	CCAGAT	2	12	5161	5172	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	347533758
2	NC_015978	TGAAGA	2	12	8102	8113	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	347533759
3	NC_015978	GAAAAA	2	12	8397	8408	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	347533759
4	NC_015978	AGATGG	2	12	8429	8440	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	347533759
5	NC_015978	TAAAGG	2	12	12640	12651	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	347533764
6	NC_015978	AACCAA	2	12	13784	13795	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	347533765
7	NC_015978	CGAACA	2	12	14036	14047	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	347533765
8	NC_015978	TGAAGT	2	12	14420	14431	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	347533765
9	NC_015978	GAAGTT	2	12	16039	16050	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	347533767
10	NC_015978	TGAATT	2	12	16446	16457	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	347533767
11	NC_015978	TAAAGT	2	12	19044	19055	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	347533769
12	NC_015978	CCTTTA	2	12	20598	20609	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	347533770
13	NC_015978	AAGTGG	2	12	20723	20734	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	347533771
14	NC_015978	TTATTC	2	12	23608	23619	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	347533773
15	NC_015978	ATTGCC	2	12	24169	24180	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	347533774
16	NC_015978	AAACGA	2	12	27595	27606	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	347533775
17	NC_015978	AATTGC	2	12	28813	28824	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	347533776
18	NC_015978	GAAAAC	2	12	29147	29158	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	347533777
19	NC_015978	CTAAAA	2	12	29508	29519	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	347533777
20	NC_015978	TTTTAA	2	12	51005	51016	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	347533789
21	NC_015978	TGGTGC	2	12	57822	57833	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	347533796
22	NC_015978	CGGGAA	2	12	59488	59499	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	347533798
23	NC_015978	TCACCT	2	12	60003	60014	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	347533798
24	NC_015978	GAATTA	2	12	60211	60222	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	347533799
25	NC_015978	TTGAAG	2	12	61706	61717	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	347533800
26	NC_015978	TAAGTA	2	12	62087	62098	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	347533801
27	NC_015978	AAAAAG	2	12	63424	63435	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	347533801
28	NC_015978	AAAATG	2	12	64536	64547	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	347533802
29	NC_015978	TGATAA	2	12	64909	64920	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	347533802
30	NC_015978	AAATTG	2	12	65925	65936	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	347533802
31	NC_015978	GCAAGC	2	12	69154	69165	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	347533805
32	NC_015978	AAATTA	2	12	70158	70169	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	347533806
33	NC_015978	ATTATG	2	12	73069	73080	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	347533810
34	NC_015978	TAGTGC	2	12	75620	75631	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	347533812
35	NC_015978	ATTTTG	2	12	83327	83338	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	347533820
36	NC_015978	GTTGGT	2	12	83471	83482	0 %	50 %	50 %	0 %	347533820
37	NC_015978	CTTGAA	2	12	83620	83631	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	347533820
38	NC_015978	TAATTT	2	12	88603	88614	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	347533825
39	NC_015978	CATTTT	2	12	90778	90789	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	347533829
40	NC_015978	TTCATT	2	12	90895	90906	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	347533830
41	NC_015978	TTTTTC	2	12	91122	91133	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	347533830
42	NC_015978	AATTGG	2	12	91390	91401	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	347533831
43	NC_015978	AGTTTG	2	12	100460	100471	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	347533840
44	NC_015978	AATAAA	2	12	102513	102524	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	347533842
45	NC_015978	TAATCC	2	12	107867	107878	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	347533848
46	NC_015978	TAAAAA	2	12	109896	109907	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	347533850
47	NC_015978	TTAATT	2	12	112233	112244	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	347533853
48	NC_015978	CGACTA	2	12	116480	116491	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	347533860
49	NC_015978	TATCAA	2	12	116573	116584	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	347533860
50	NC_015978	TGAAAC	2	12	118606	118617	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	347533864
51	NC_015978	AAAAGA	2	12	128114	128125	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	347533869
52	NC_015978	TCAAGT	2	12	129157	129168	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	347533870
53	NC_015978	CTTAAA	2	12	129746	129757	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	347533871
54	NC_015978	AAGTTT	2	12	132983	132994	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	347533875
55	NC_015978	CAGATT	2	12	140563	140574	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	347533881
56	NC_015978	AAAGCG	2	12	142478	142489	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	347533883
57	NC_015978	TTCAAT	2	12	143632	143643	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	347533884
58	NC_015978	ATTAAA	2	12	145047	145058	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	347533885
59	NC_015978	AAAAAT	2	12	145322	145333	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	347533885
60	NC_015978	TGACGG	2	12	152033	152044	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	347533887
61	NC_015978	AATAAA	2	12	155105	155116	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	347533890
62	NC_015978	AATAAA	2	12	160103	160114	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	347533895
63	NC_015978	TTCAGT	2	12	164782	164793	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	347533901
64	NC_015978	TATAAT	2	12	167560	167571	50 %	50 %	0 %	0 %	347533902
65	NC_015978	TATATT	2	12	168418	168429	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	347533903
66	NC_015978	TATTTT	2	12	170084	170095	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	347533904
67	NC_015978	AACGTA	2	12	171764	171775	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	347533908
68	NC_015978	CCAAAT	2	12	175471	175482	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	347533910
69	NC_015978	TTTTGC	2	12	175827	175838	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	347533910
70	NC_015978	TATTCA	2	12	177515	177526	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	347533912
71	NC_015978	GATTTG	2	12	183261	183272	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	347533916
72	NC_015978	AATAAA	2	12	184804	184815	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	347533918
73	NC_015978	CGAGTC	2	12	190443	190454	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	347533925
74	NC_015978	TGATAA	2	12	194295	194306	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	347533928
75	NC_015978	GTAAAG	2	12	195392	195403	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	347533928
76	NC_015978	GCCCAA	2	12	195544	195555	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	347533928
77	NC_015978	TTTTGT	2	12	198415	198426	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	347533931
78	NC_015978	ATTTTT	2	12	198759	198770	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	347533931
79	NC_015978	TATCAA	2	12	201333	201344	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	347533932
80	NC_015978	ATTATC	2	12	202930	202941	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	347533933
81	NC_015978	GCAATT	2	12	209761	209772	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	347533936
82	NC_015978	TGAAAC	2	12	210135	210146	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	347533936
83	NC_015978	ATTTTA	2	12	210910	210921	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	347533937
84	NC_015978	GGCTTA	2	12	218066	218077	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	347533942
85	NC_015978	AGTCAA	2	12	218234	218245	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	347533942
86	NC_015978	CTTAAC	2	12	223661	223672	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	347533946
87	NC_015978	TTACTT	2	12	225695	225706	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	347533949
88	NC_015978	TGGTGA	2	12	229251	229262	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	347533952
89	NC_015978	TGATAA	2	12	232057	232068	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	347533953
90	NC_015978	GAAGCA	2	12	235097	235108	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	347533958
91	NC_015978	ATCAAT	2	12	235634	235645	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	347533959
92	NC_015978	AATGAA	2	12	241258	241269	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	347533965
93	NC_015978	AGTTTC	2	12	245344	245355	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	347533972
94	NC_015978	GGCAAA	2	12	249286	249297	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	347533975
95	NC_015978	TGGAAT	2	12	257293	257304	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	347533982
96	NC_015978	GTATTT	2	12	257856	257867	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	347533983
97	NC_015978	CGATAA	2	12	259352	259363	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	347533984
98	NC_015978	ATGGTG	2	12	264561	264572	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	347533991
99	NC_015978	ATAATG	2	12	264777	264788	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	347533991
100	NC_015978	AGTTCT	2	12	269307	269318	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	347533996
101	NC_015978	ATTTTT	2	12	270192	270203	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	347533997
102	NC_015978	TTCAAC	2	12	273405	273416	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	347534001
103	NC_015978	TTAATT	2	12	273680	273691	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	347534001
104	NC_015978	ATTGGG	2	12	275668	275679	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	347534002
105	NC_015978	AGTATT	2	12	276782	276793	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	347534004
106	NC_015978	GAATTT	2	12	277952	277963	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	347534005
107	NC_015978	AGATGA	2	12	281024	281035	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	347534009
108	NC_015978	ATTTTT	2	12	289269	289280	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	347534020
109	NC_015978	AAAATG	2	12	291045	291056	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	347534022
110	NC_015978	CTTTAA	2	12	291833	291844	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	347534023
111	NC_015978	ATCTTG	2	12	296048	296059	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	347534027
112	NC_015978	GTTGAA	2	12	296600	296611	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	347534028
113	NC_015978	GCCCAA	2	12	297374	297385	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	347534028
114	NC_015978	ATGATT	2	12	298927	298938	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	347534030
115	NC_015978	GATTGG	2	12	303040	303051	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	347534033
116	NC_015978	TGAAAA	2	12	303765	303776	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	347534034
117	NC_015978	ATTCTA	2	12	304144	304155	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	347534035
118	NC_015978	CGTTTT	2	12	305372	305383	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	347534037
119	NC_015978	CTTTCC	2	12	310710	310721	0 %	50 %	0 %	50 %	347534041
120	NC_015978	AATGTC	2	12	310994	311005	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	347534042
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230	NC_015978	AAGCTA	2	12	661878	661889	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	347534366
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234	NC_015978	ATAATT	2	12	672023	672034	50 %	50 %	0 %	0 %	347534375
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341	NC_015978	CATTGC	2	12	885258	885269	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	347534572
342	NC_015978	ATCAAA	2	12	890749	890760	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	347534577
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344	NC_015978	TTTTTA	2	12	898401	898412	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	347534585
345	NC_015978	AAGTTG	2	12	899621	899632	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	347534585
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453	NC_015978	CCAATT	2	12	1175229	1175240	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	347534864
454	NC_015978	CTGATG	2	12	1182148	1182159	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	347534868
455	NC_015978	TTATGC	2	12	1182884	1182895	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	347534869
456	NC_015978	ATTTAA	2	12	1183003	1183014	50 %	50 %	0 %	0 %	347534869
457	NC_015978	CAAGCT	2	12	1183749	1183760	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	347534869
458	NC_015978	CAATCA	2	12	1188500	1188511	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	347534872
459	NC_015978	TTGCAT	2	12	1189982	1189993	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	347534873
460	NC_015978	TAAATT	2	12	1191525	1191536	50 %	50 %	0 %	0 %	347534875
461	NC_015978	CTTAAA	2	12	1191664	1191675	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	347534875
462	NC_015978	TAAAAT	2	12	1193889	1193900	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	347534877
463	NC_015978	AATGAT	2	12	1196037	1196048	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	347534879
464	NC_015978	ATCTTT	2	12	1197269	1197280	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	347534881
465	NC_015978	TTTTCT	2	12	1200611	1200622	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	347534885
466	NC_015978	TTTTAT	2	12	1203236	1203247	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	347534888
467	NC_015978	TTAGCT	2	12	1203784	1203795	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	347534888
468	NC_015978	AATCAA	2	12	1204251	1204262	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	347534889
469	NC_015978	AATAAA	2	12	1206818	1206829	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	347534891
470	NC_015978	TTTTAT	2	12	1209528	1209539	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	347534894
471	NC_015978	TTAGCT	2	12	1210076	1210087	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	347534894
472	NC_015978	TCAGGA	2	12	1210905	1210916	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	347534895
473	NC_015978	TCTGGT	2	12	1211013	1211024	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	347534895
474	NC_015978	ATTCTG	2	12	1214230	1214241	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	347534897
475	NC_015978	GCGGAA	2	12	1215485	1215496	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	347534898
476	NC_015978	GCAAAA	2	12	1223309	1223320	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	347534904
477	NC_015978	GCAATC	2	12	1231689	1231700	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	347534916
478	NC_015978	TGAAAC	2	12	1235301	1235312	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	347534920
479	NC_015978	AGCACG	2	12	1241012	1241023	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	347534924
480	NC_015978	AAACGT	2	12	1243180	1243191	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	347534927
481	NC_015978	GAAATT	2	12	1245175	1245186	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	347534929
482	NC_015978	TTGTAA	2	12	1246523	1246534	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	347534930
483	NC_015978	ATTAGA	2	12	1247052	1247063	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	347534930
484	NC_015978	TAAATT	2	12	1254320	1254331	50 %	50 %	0 %	0 %	347534937
485	NC_015978	CAACTA	2	12	1257779	1257790	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	347534941
486	NC_015978	AAACAA	2	12	1258470	1258481	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	347534941
487	NC_015978	CTAGCA	2	12	1260867	1260878	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	347534943
488	NC_015978	TCAGGT	2	12	1262108	1262119	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	347534944
489	NC_015978	ATTTCT	2	12	1262304	1262315	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	347534944
490	NC_015978	ACTTTT	2	12	1264114	1264125	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	347534945
491	NC_015978	GGCTGA	2	12	1266117	1266128	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	347534945
492	NC_015978	ACGATA	2	12	1268713	1268724	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	347534946
493	NC_015978	TCGTTT	2	12	1271033	1271044	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	347534948
494	NC_015978	TTTATT	2	12	1272865	1272876	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	347534950
495	NC_015978	CGCAAT	2	12	1284555	1284566	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	347534956
496	NC_015978	TTTTTA	2	12	1285214	1285225	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	347534957
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