MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Lactobacillus reuteri SD2112 plasmid pLR581

Total Repeats: 198

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015700	CTG	2	6	230	235	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202320
2	NC_015700	TTTTA	2	10	242	251	20 %	80 %	0 %	0 %	338202320
3	NC_015700	T	6	6	284	289	0 %	100 %	0 %	0 %	338202320
4	NC_015700	ATC	2	6	305	310	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202320
5	NC_015700	TAA	2	6	325	330	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202320
6	NC_015700	TCA	2	6	354	359	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202320
7	NC_015700	CTT	2	6	455	460	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202320
8	NC_015700	T	6	6	497	502	0 %	100 %	0 %	0 %	338202320
9	NC_015700	CAT	2	6	542	547	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202320
10	NC_015700	TAT	2	6	584	589	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202321
11	NC_015700	TTG	2	6	681	686	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202321
12	NC_015700	CT	3	6	767	772	0 %	50 %	0 %	50 %	338202321
13	NC_015700	GTT	2	6	779	784	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202321
14	NC_015700	AGT	2	6	834	839	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202321
15	NC_015700	ATT	2	6	863	868	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202322
16	NC_015700	TAA	2	6	965	970	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202322
17	NC_015700	GTT	2	6	1007	1012	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202322
18	NC_015700	ATT	2	6	1014	1019	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202322
19	NC_015700	TTC	2	6	1048	1053	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202322
20	NC_015700	TAA	2	6	1125	1130	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202322
21	NC_015700	GCTTTA	2	12	1135	1146	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	338202322
22	NC_015700	AAATTC	2	12	1203	1214	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	338202322
23	NC_015700	AACTT	2	10	1380	1389	40 %	40 %	0 %	20 %	338202323
24	NC_015700	AGC	2	6	1464	1469	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338202323
25	NC_015700	TG	3	6	1500	1505	0 %	50 %	50 %	0 %	338202323
26	NC_015700	TG	3	6	1535	1540	0 %	50 %	50 %	0 %	338202323
27	NC_015700	TTG	2	6	1664	1669	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202323
28	NC_015700	TAA	2	6	1814	1819	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202323
29	NC_015700	TTGCC	2	10	1840	1849	0 %	40 %	20 %	40 %	338202323
30	NC_015700	CGG	2	6	1872	1877	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	338202323
31	NC_015700	GTT	2	6	1951	1956	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202323
32	NC_015700	CCG	2	6	2214	2219	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	338202324
33	NC_015700	TAA	2	6	2283	2288	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202324
34	NC_015700	A	6	6	2296	2301	100 %	0 %	0 %	0 %	338202324
35	NC_015700	GAT	2	6	2334	2339	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202324
36	NC_015700	ATA	2	6	2343	2348	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202324
37	NC_015700	TCT	2	6	2571	2576	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202325
38	NC_015700	GGC	2	6	2601	2606	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	338202325
39	NC_015700	CGG	2	6	2615	2620	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	338202325
40	NC_015700	GCGG	2	8	2731	2738	0 %	0 %	75 %	25 %	338202325
41	NC_015700	T	6	6	2768	2773	0 %	100 %	0 %	0 %	338202325
42	NC_015700	TGG	2	6	2790	2795	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	338202325
43	NC_015700	CAT	2	6	2811	2816	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202325
44	NC_015700	GA	3	6	2861	2866	50 %	0 %	50 %	0 %	338202325
45	NC_015700	CAG	2	6	2875	2880	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338202325
46	NC_015700	CCG	2	6	2940	2945	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	338202325
47	NC_015700	TAA	2	6	2963	2968	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202325
48	NC_015700	GTG	2	6	3129	3134	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	338202325
49	NC_015700	ACAG	2	8	3137	3144	50 %	0 %	25 %	25 %	338202325
50	NC_015700	GATG	2	8	3148	3155	25 %	25 %	50 %	0 %	338202325
51	NC_015700	GGC	2	6	3170	3175	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	338202325
52	NC_015700	ATGG	2	8	3184	3191	25 %	25 %	50 %	0 %	338202325
53	NC_015700	TGGC	2	8	3194	3201	0 %	25 %	50 %	25 %	338202325
54	NC_015700	AAC	2	6	3286	3291	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338202325
55	NC_015700	A	6	6	3311	3316	100 %	0 %	0 %	0 %	338202325
56	NC_015700	CAG	2	6	3397	3402	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338202325
57	NC_015700	GCA	2	6	3444	3449	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338202325
58	NC_015700	TGGA	2	8	3588	3595	25 %	25 %	50 %	0 %	338202325
59	NC_015700	TC	3	6	3623	3628	0 %	50 %	0 %	50 %	338202325
60	NC_015700	TAGA	2	8	3679	3686	50 %	25 %	25 %	0 %	338202325
61	NC_015700	CGC	2	6	3689	3694	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	338202325
62	NC_015700	GCG	2	6	3740	3745	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	338202325
63	NC_015700	CATC	2	8	3786	3793	25 %	25 %	0 %	50 %	338202325
64	NC_015700	ATA	2	6	3829	3834	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202325
65	NC_015700	CGC	2	6	3863	3868	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	338202325
66	NC_015700	TCC	2	6	3872	3877	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	338202325
67	NC_015700	AAT	2	6	3926	3931	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202325
68	NC_015700	TCC	2	6	3980	3985	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	338202325
69	NC_015700	TGA	2	6	4020	4025	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202325
70	NC_015700	CGG	2	6	4032	4037	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	338202325
71	NC_015700	TTG	2	6	4097	4102	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202325
72	NC_015700	A	6	6	4238	4243	100 %	0 %	0 %	0 %	338202325
73	NC_015700	GGAA	2	8	4293	4300	50 %	0 %	50 %	0 %	338202325
74	NC_015700	GTCC	2	8	4351	4358	0 %	25 %	25 %	50 %	338202325
75	NC_015700	T	6	6	4369	4374	0 %	100 %	0 %	0 %	338202325
76	NC_015700	GTC	2	6	4430	4435	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202325
77	NC_015700	ATT	2	6	4472	4477	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202325
78	NC_015700	ACT	2	6	5165	5170	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202326
79	NC_015700	CAT	2	6	5178	5183	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202326
80	NC_015700	GTT	2	6	5216	5221	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202326
81	NC_015700	GTT	2	6	5361	5366	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202326
82	NC_015700	TTG	2	6	5377	5382	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202326
83	NC_015700	ATT	2	6	5401	5406	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202326
84	NC_015700	TCT	2	6	5549	5554	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202327
85	NC_015700	T	6	6	5594	5599	0 %	100 %	0 %	0 %	338202327
86	NC_015700	ATTAAG	2	12	5632	5643	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	338202327
87	NC_015700	AAGG	2	8	5701	5708	50 %	0 %	50 %	0 %	338202327
88	NC_015700	AAAT	2	8	5711	5718	75 %	25 %	0 %	0 %	338202327
89	NC_015700	ATAA	2	8	5776	5783	75 %	25 %	0 %	0 %	338202327
90	NC_015700	T	6	6	5863	5868	0 %	100 %	0 %	0 %	338202328
91	NC_015700	TAA	3	9	5926	5934	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202328
92	NC_015700	AGT	2	6	5939	5944	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202328
93	NC_015700	CTT	2	6	5978	5983	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202328
94	NC_015700	ATG	2	6	6023	6028	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202328
95	NC_015700	GTTG	2	8	6036	6043	0 %	50 %	50 %	0 %	338202328
96	NC_015700	CA	3	6	6076	6081	50 %	0 %	0 %	50 %	338202328
97	NC_015700	CAC	2	6	6085	6090	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	338202328
98	NC_015700	TAAG	2	8	6139	6146	50 %	25 %	25 %	0 %	338202328
99	NC_015700	TCA	2	6	6283	6288	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202329
100	NC_015700	CGC	2	6	6410	6415	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	338202329
101	NC_015700	ATC	2	6	6677	6682	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202331
102	NC_015700	GTT	2	6	6778	6783	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202331
103	NC_015700	GCA	2	6	6788	6793	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338202331
104	NC_015700	TAA	2	6	6855	6860	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202331
105	NC_015700	TAA	2	6	6883	6888	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202331
106	NC_015700	ACT	2	6	6956	6961	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202331
107	NC_015700	TAA	2	6	7044	7049	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202331
108	NC_015700	TAAA	2	8	7094	7101	75 %	25 %	0 %	0 %	338202331
109	NC_015700	A	6	6	7156	7161	100 %	0 %	0 %	0 %	338202331
110	NC_015700	AAT	2	6	7207	7212	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202331
111	NC_015700	CTA	2	6	7233	7238	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202331
112	NC_015700	CTG	2	6	7242	7247	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202331
113	NC_015700	ATT	2	6	7255	7260	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202331
114	NC_015700	CA	3	6	7280	7285	50 %	0 %	0 %	50 %	338202331
115	NC_015700	GACC	2	8	7389	7396	25 %	0 %	25 %	50 %	338202331
116	NC_015700	CTT	2	6	7429	7434	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202331
117	NC_015700	TGG	2	6	7480	7485	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	338202331
118	NC_015700	CGT	2	6	7525	7530	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202331
119	NC_015700	TAG	2	6	7665	7670	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202331
120	NC_015700	CTC	2	6	7671	7676	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	338202331
121	NC_015700	TAA	2	6	7790	7795	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202332
122	NC_015700	AAT	2	6	7823	7828	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202332
123	NC_015700	CTC	2	6	7863	7868	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	338202332
124	NC_015700	CA	3	6	7940	7945	50 %	0 %	0 %	50 %	338202332
125	NC_015700	TC	3	6	7946	7951	0 %	50 %	0 %	50 %	338202332
126	NC_015700	ATG	2	6	8270	8275	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202333
127	NC_015700	GAA	2	6	8276	8281	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338202333
128	NC_015700	TA	3	6	8286	8291	50 %	50 %	0 %	0 %	338202333
129	NC_015700	ATT	2	6	8303	8308	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202333
130	NC_015700	GAA	2	6	8392	8397	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338202333
131	NC_015700	AGA	2	6	8458	8463	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338202333
132	NC_015700	ATG	2	6	8499	8504	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202333
133	NC_015700	AG	3	6	8544	8549	50 %	0 %	50 %	0 %	338202333
134	NC_015700	AAC	2	6	8556	8561	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338202333
135	NC_015700	ATGACA	2	12	8568	8579	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	338202333
136	NC_015700	ATC	2	6	8725	8730	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202333
137	NC_015700	A	6	6	8786	8791	100 %	0 %	0 %	0 %	338202333
138	NC_015700	GTG	2	6	8806	8811	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	338202333
139	NC_015700	TGT	2	6	8841	8846	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202334
140	NC_015700	T	6	6	8892	8897	0 %	100 %	0 %	0 %	338202334
141	NC_015700	TCA	3	9	9010	9018	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202334
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150	NC_015700	TAAG	2	8	9554	9561	50 %	25 %	25 %	0 %	338202334
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153	NC_015700	A	8	8	9619	9626	100 %	0 %	0 %	0 %	338202334
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.