MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Listeria monocytogenes HCC23 chromosome

Total Repeats: 1114

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011660	TAAAAA	2	12	2670	2681	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	217963305
2	NC_011660	GGTGCC	2	12	2795	2806	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	217963306
3	NC_011660	ACTTAG	2	12	3101	3112	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	217963306
4	NC_011660	AATGCA	2	12	12804	12815	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	217963315
5	NC_011660	AACGAC	2	12	13919	13930	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	217963315
6	NC_011660	CAAATA	2	12	17364	17375	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	217963316
7	NC_011660	CATCGC	2	12	18517	18528	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	217963318
8	NC_011660	TGATTA	2	12	23002	23013	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	217963324
9	NC_011660	TTCCGC	2	12	29694	29705	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	217963333
10	NC_011660	CAAACA	2	12	32744	32755	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	217963336
11	NC_011660	GATGAA	2	12	32792	32803	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	217963336
12	NC_011660	AGACCT	2	12	33578	33589	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	217963337
13	NC_011660	ACAAAA	2	12	34130	34141	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	217963337
14	NC_011660	GAAATC	2	12	34341	34352	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	217963337
15	NC_011660	GCCAAA	2	12	37277	37288	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	217963340
16	NC_011660	TTTTAA	2	12	37819	37830	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	217963340
17	NC_011660	TCAACA	2	12	38307	38318	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	217963341
18	NC_011660	GCAGAA	2	12	38351	38362	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	217963341
19	NC_011660	AAATGC	2	12	47845	47856	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	217963349
20	NC_011660	AGTTTT	2	12	57331	57342	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	217963359
21	NC_011660	CCGGCT	2	12	64412	64423	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	217963368
22	NC_011660	GATATT	2	12	65168	65179	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	217963369
23	NC_011660	GCAAAA	2	12	68674	68685	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	217963373
24	NC_011660	TAACTG	2	12	70314	70325	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	217963375
25	NC_011660	CGAAAA	2	12	73619	73630	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	217963379
26	NC_011660	TGAATT	2	12	84109	84120	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	217963389
27	NC_011660	AACATT	2	12	86316	86327	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	217963391
28	NC_011660	CAGTAA	2	12	87017	87028	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	217963392
29	NC_011660	AGAAAT	2	12	87522	87533	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	217963392
30	NC_011660	TTCTAA	2	12	88227	88238	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	217963393
31	NC_011660	CTTCTA	2	12	88634	88645	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	217963393
32	NC_011660	GGTTAT	2	12	90291	90302	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	217963394
33	NC_011660	TCCATC	2	12	92612	92623	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	217963396
34	NC_011660	TGGACT	2	12	95800	95811	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	217963398
35	NC_011660	CCATTT	2	12	100146	100157	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	217963403
36	NC_011660	TCAGGT	2	12	105620	105631	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	217963410
37	NC_011660	AAAAAT	2	12	107261	107272	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	217963410
38	NC_011660	CCATTC	2	12	109020	109031	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	217963411
39	NC_011660	GAAGCA	2	12	109812	109823	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	217963411
40	NC_011660	TGGAAA	2	12	119520	119531	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	217963422
41	NC_011660	TGGCTG	2	12	126009	126020	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	217963428
42	NC_011660	GATTTC	2	12	127279	127290	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	217963429
43	NC_011660	GGAAAA	2	12	133969	133980	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	217963436
44	NC_011660	TTGGTT	2	12	134687	134698	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	217963436
45	NC_011660	AAAAGA	2	12	136331	136342	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	217963437
46	NC_011660	GAAGTA	2	12	138037	138048	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	217963439
47	NC_011660	GTTCCA	2	12	138571	138582	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	217963439
48	NC_011660	GATTTA	2	12	139035	139046	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	217963440
49	NC_011660	ACTTTC	2	12	139692	139703	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	217963440
50	NC_011660	GTTCCA	2	12	142396	142407	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	217963442
51	NC_011660	TAAAGG	2	12	143252	143263	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	217963443
52	NC_011660	AACAAA	2	12	147379	147390	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	217963449
53	NC_011660	GAAATA	2	12	147456	147467	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	217963449
54	NC_011660	AAAAAG	2	12	149682	149693	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	217963449
55	NC_011660	ACAGCA	2	12	152085	152096	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	217963452
56	NC_011660	ATCAAG	2	12	152494	152505	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	217963452
57	NC_011660	ATTTTG	2	12	153379	153390	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	217963452
58	NC_011660	TACTGG	2	12	154550	154561	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	217963452
59	NC_011660	TTCTAC	2	12	157444	157455	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	217963454
60	NC_011660	AATCAA	2	12	157691	157702	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	217963454
61	NC_011660	AATAAA	2	12	163927	163938	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	217963458
62	NC_011660	GTGATG	2	12	166548	166559	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	217963463
63	NC_011660	TAGAAA	2	12	173984	173995	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	217963472
64	NC_011660	AAAGCA	2	12	176598	176609	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	217963474
65	NC_011660	AACGCA	2	12	182146	182157	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	217963481
66	NC_011660	TTTGTG	2	12	184026	184037	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	217963484
67	NC_011660	TTTATA	2	12	188548	188559	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	217963487
68	NC_011660	TTCGAT	2	12	188821	188832	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	217963488
69	NC_011660	AATGCC	2	12	189266	189277	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	217963489
70	NC_011660	ACGATT	2	12	194465	194476	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	217963493
71	NC_011660	CGATTT	2	12	196353	196364	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	217963497
72	NC_011660	GAAGAT	2	12	196808	196819	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	217963497
73	NC_011660	GCCATC	2	12	199390	199401	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	217963500
74	NC_011660	TGGTGT	2	12	205462	205473	0 %	50 %	50 %	0 %	217963505
75	NC_011660	TGGTCG	2	12	205648	205659	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	217963505
76	NC_011660	GTTCTT	2	12	210297	210308	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	217963511
77	NC_011660	CAATTG	2	12	214913	214924	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	217963517
78	NC_011660	AAAGTA	2	12	220131	220142	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	217963520
79	NC_011660	CAAATA	2	12	220279	220290	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	217963520
80	NC_011660	TTTAAA	2	12	221881	221892	50 %	50 %	0 %	0 %	217963522
81	NC_011660	TTCTGT	2	12	237380	237391	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	217963531
82	NC_011660	GAATTT	2	12	238400	238411	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	217963533
83	NC_011660	TGTAGA	2	12	240513	240524	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	217963535
84	NC_011660	CAAAAC	2	12	243275	243286	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	217963537
85	NC_011660	TGTAGA	2	12	248827	248838	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	217963542
86	NC_011660	GAAAAT	2	12	249771	249782	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	217963543
87	NC_011660	CGATTG	2	12	250873	250884	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	217963544
88	NC_011660	TCTTTT	2	12	256996	257007	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	217963550
89	NC_011660	CATTAA	2	12	259219	259230	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	217963553
90	NC_011660	TAAATT	2	12	259400	259411	50 %	50 %	0 %	0 %	217963553
91	NC_011660	TTTATA	2	12	263624	263635	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	217963559
92	NC_011660	AAATGG	2	12	276401	276412	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	217963571
93	NC_011660	TGAAAA	2	12	277339	277350	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	217963571
94	NC_011660	AAAAGA	2	12	281285	281296	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	217963572
95	NC_011660	AGCGAA	2	12	281321	281332	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	217963572
96	NC_011660	AAGTTT	2	12	284592	284603	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	217963576
97	NC_011660	TTTGAT	2	12	291237	291248	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	217963585
98	NC_011660	TTTATC	2	12	294861	294872	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	217963588
99	NC_011660	TAAGTT	2	12	295985	295996	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	217963589
100	NC_011660	AAAAGG	2	12	301824	301835	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	217963597
101	NC_011660	GATAGA	2	12	306094	306105	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	217963601
102	NC_011660	AAAGCG	2	12	306209	306220	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	217963601
103	NC_011660	CATTTG	2	12	310337	310348	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	217963604
104	NC_011660	ATAAAA	2	12	318926	318937	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	217963612
105	NC_011660	AGCGAT	2	12	319228	319239	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	217963613
106	NC_011660	GCAAAA	2	12	321825	321836	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	217963615
107	NC_011660	AAAAGA	2	12	324540	324551	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	217963617
108	NC_011660	TAAAAT	2	12	324587	324598	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	217963617
109	NC_011660	TTGTTT	2	12	324803	324814	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	217963617
110	NC_011660	AGGAAG	2	12	330614	330625	50 %	0 %	50 %	0 %	217963623
111	NC_011660	TATTCA	2	12	332060	332071	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	217963625
112	NC_011660	TGCGAA	2	12	335548	335559	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	217963629
113	NC_011660	GATGCA	2	12	344667	344678	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	217963637
114	NC_011660	ATCCAG	2	12	344758	344769	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	217963637
115	NC_011660	GCTCCA	2	12	344934	344945	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	217963637
116	NC_011660	GTCCAA	2	12	346413	346424	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	217963640
117	NC_011660	ATTCAT	2	12	347286	347297	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	217963640
118	NC_011660	GATAAA	2	12	349429	349440	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	217963642
119	NC_011660	TTCGTA	2	12	351687	351698	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	217963644
120	NC_011660	TCTGGT	2	12	352756	352767	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	217963645
121	NC_011660	GTAGAA	2	12	353692	353703	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	217963645
122	NC_011660	GTATTC	2	12	354052	354063	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	217963646
123	NC_011660	CAACGT	2	12	354177	354188	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	217963646
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126	NC_011660	TGTCGA	2	12	363543	363554	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	217963656
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130	NC_011660	TTAACT	2	12	371705	371716	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	217963661
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457	NC_011660	TATCCA	2	12	1203495	1203506	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	217964447
458	NC_011660	AATGCT	2	12	1204893	1204904	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	217964449
459	NC_011660	CATTTT	2	12	1205204	1205215	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	217964449
460	NC_011660	TTCTTT	2	12	1205562	1205573	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	217964449
461	NC_011660	TTTTTC	2	12	1207597	1207608	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	217964450
462	NC_011660	CTAATG	2	12	1213787	1213798	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	217964455
463	NC_011660	TCCATA	2	12	1214672	1214683	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	217964456
464	NC_011660	ACATCT	2	12	1218434	1218445	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	217964459
465	NC_011660	TCTAAG	2	12	1220092	1220103	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	217964461
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483	NC_011660	CGGCTT	2	12	1258378	1258389	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	217964497
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489	NC_011660	ATTAAT	2	12	1272730	1272741	50 %	50 %	0 %	0 %	217964515
490	NC_011660	TCTAGC	2	12	1273787	1273798	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	217964516
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