MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Lactobacillus casei ATCC 334 chromosome

Total Repeats: 45276

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
45001	NC_008526	CAT	2	6	2877530	2877535	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116496311
45002	NC_008526	TGC	2	6	2877596	2877601	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116496311
45003	NC_008526	CAT	2	6	2877789	2877794	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116496312
45004	NC_008526	CTT	2	6	2877803	2877808	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116496312
45005	NC_008526	CAA	2	6	2877862	2877867	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	116496312
45006	NC_008526	TGA	2	6	2877909	2877914	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116496312
45007	NC_008526	TGAC	2	8	2877944	2877951	25 %	25 %	25 %	25 %	116496312
45008	NC_008526	GCA	2	6	2878123	2878128	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116496312
45009	NC_008526	GCC	2	6	2878148	2878153	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	116496312
45010	NC_008526	CAA	3	9	2878180	2878188	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	116496312
45011	NC_008526	ATG	2	6	2878233	2878238	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116496312
45012	NC_008526	CAT	2	6	2878297	2878302	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116496312
45013	NC_008526	T	6	6	2878306	2878311	0 %	100 %	0 %	0 %	116496312
45014	NC_008526	CATT	2	8	2878366	2878373	25 %	50 %	0 %	25 %	116496312
45015	NC_008526	GCTTG	2	10	2878557	2878566	0 %	40 %	40 %	20 %	116496312
45016	NC_008526	ATT	2	6	2878598	2878603	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116496312
45017	NC_008526	GCT	3	9	2878692	2878700	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116496312
45018	NC_008526	GAT	2	6	2878729	2878734	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116496312
45019	NC_008526	CAA	3	9	2878768	2878776	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	116496312
45020	NC_008526	CGT	2	6	2878784	2878789	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116496312
45021	NC_008526	CG	3	6	2878816	2878821	0 %	0 %	50 %	50 %	116496312
45022	NC_008526	ACG	2	6	2878830	2878835	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116496312
45023	NC_008526	CAT	2	6	2878873	2878878	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116496312
45024	NC_008526	TAA	2	6	2878930	2878935	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116496312
45025	NC_008526	TGC	2	6	2878946	2878951	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116496312
45026	NC_008526	ATC	2	6	2878955	2878960	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116496312
45027	NC_008526	TTG	2	6	2878991	2878996	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116496312
45028	NC_008526	CAT	2	6	2879053	2879058	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116496312
45029	NC_008526	TGT	2	6	2879096	2879101	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116496312
45030	NC_008526	TCG	2	6	2879103	2879108	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116496312
45031	NC_008526	CTG	2	6	2879122	2879127	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116496312
45032	NC_008526	TTTG	2	8	2879151	2879158	0 %	75 %	25 %	0 %	116496312
45033	NC_008526	CAT	2	6	2879161	2879166	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116496312
45034	NC_008526	CAT	2	6	2879179	2879184	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116496312
45035	NC_008526	GTT	3	9	2879196	2879204	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116496312
45036	NC_008526	TAATGT	2	12	2879212	2879223	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	116496312
45037	NC_008526	TGC	2	6	2879266	2879271	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116496312
45038	NC_008526	TGT	2	6	2879280	2879285	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116496312
45039	NC_008526	CAT	2	6	2879341	2879346	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116496312
45040	NC_008526	CAA	3	9	2879350	2879358	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	116496312
45041	NC_008526	ATAA	2	8	2879453	2879460	75 %	25 %	0 %	0 %	116496312
45042	NC_008526	TCA	2	6	2879466	2879471	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116496312
45043	NC_008526	AATCGT	2	12	2879501	2879512	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116496312
45044	NC_008526	TTGATA	2	12	2879600	2879611	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	116496312
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45047	NC_008526	CAT	2	6	2879737	2879742	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116496312
45048	NC_008526	CAGTTG	2	12	2879764	2879775	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116496312
45049	NC_008526	TCTG	2	8	2879820	2879827	0 %	50 %	25 %	25 %	116496312
45050	NC_008526	TCA	2	6	2879841	2879846	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116496312
45051	NC_008526	AAG	2	6	2879885	2879890	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116496312
45052	NC_008526	CAA	2	6	2879926	2879931	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	116496312
45053	NC_008526	CAT	2	6	2880031	2880036	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116496312
45054	NC_008526	TAT	2	6	2880049	2880054	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116496312
45055	NC_008526	GAT	2	6	2880080	2880085	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116496312
45056	NC_008526	CAT	2	6	2880139	2880144	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116496312
45057	NC_008526	GCC	2	6	2880171	2880176	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	116496312
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45059	NC_008526	A	7	7	2880248	2880254	100 %	0 %	0 %	0 %	116496312
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45061	NC_008526	A	6	6	2880403	2880408	100 %	0 %	0 %	0 %	116496312
45062	NC_008526	ACA	2	6	2880489	2880494	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	116496312
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45064	NC_008526	AGTTC	2	10	2880610	2880619	20 %	40 %	20 %	20 %	116496312
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45066	NC_008526	CTGA	2	8	2880839	2880846	25 %	25 %	25 %	25 %	116496312
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45098	NC_008526	TGAG	2	8	2883837	2883844	25 %	25 %	50 %	0 %	116496314
45099	NC_008526	A	6	6	2883912	2883917	100 %	0 %	0 %	0 %	116496314
45100	NC_008526	TGC	2	6	2883922	2883927	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116496314
45101	NC_008526	GAACT	2	10	2883950	2883959	40 %	20 %	20 %	20 %	116496314
45102	NC_008526	ACG	2	6	2883975	2883980	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116496314
45103	NC_008526	TGA	2	6	2883991	2883996	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116496314
45104	NC_008526	TCA	2	6	2884110	2884115	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116496314
45105	NC_008526	TGC	2	6	2884159	2884164	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116496314
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45109	NC_008526	GCCG	2	8	2884442	2884449	0 %	0 %	50 %	50 %	116496314
45110	NC_008526	CGG	2	6	2884516	2884521	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	116496314
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45112	NC_008526	A	6	6	2884686	2884691	100 %	0 %	0 %	0 %	116496314
45113	NC_008526	CAG	2	6	2884869	2884874	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116496314
45114	NC_008526	CGC	3	9	2885059	2885067	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	116496315
45115	NC_008526	GCA	2	6	2885081	2885086	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116496315
45116	NC_008526	CAT	2	6	2885107	2885112	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116496315
45117	NC_008526	GAT	2	6	2885133	2885138	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116496315
45118	NC_008526	AGA	2	6	2885169	2885174	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116496315
45119	NC_008526	TGC	2	6	2885266	2885271	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116496315
45120	NC_008526	CAT	2	6	2885307	2885312	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116496315
45121	NC_008526	TCA	2	6	2885313	2885318	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116496315
45122	NC_008526	TCA	2	6	2885333	2885338	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116496315
45123	NC_008526	TGT	2	6	2885399	2885404	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116496315
45124	NC_008526	GTT	2	6	2885420	2885425	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116496315
45125	NC_008526	TCA	2	6	2885430	2885435	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116496315
45126	NC_008526	CGC	2	6	2885540	2885545	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	116496315
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45128	NC_008526	GCCC	2	8	2885660	2885667	0 %	0 %	25 %	75 %	116496315
45129	NC_008526	ATGAC	2	10	2885715	2885724	40 %	20 %	20 %	20 %	116496315
45130	NC_008526	ATT	2	6	2885740	2885745	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116496315
45131	NC_008526	CTG	2	6	2885763	2885768	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116496315
45132	NC_008526	CAC	2	6	2885784	2885789	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	116496315
45133	NC_008526	GA	3	6	2885793	2885798	50 %	0 %	50 %	0 %	116496315
45134	NC_008526	TTGATC	2	12	2885849	2885860	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	116496315
45135	NC_008526	CAT	2	6	2885898	2885903	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116496315
45136	NC_008526	GCAT	2	8	2885912	2885919	25 %	25 %	25 %	25 %	116496315
45137	NC_008526	CCGC	2	8	2885985	2885992	0 %	0 %	25 %	75 %	116496315
45138	NC_008526	ATA	2	6	2886085	2886090	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116496315
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45141	NC_008526	GCC	2	6	2886153	2886158	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	116496315
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45143	NC_008526	TGC	2	6	2886370	2886375	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116496316
45144	NC_008526	GCA	2	6	2886376	2886381	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116496316
45145	NC_008526	GC	3	6	2886408	2886413	0 %	0 %	50 %	50 %	116496316
45146	NC_008526	GCC	2	6	2886429	2886434	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	116496316
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45149	NC_008526	TGA	2	6	2886572	2886577	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116496316
45150	NC_008526	CAC	2	6	2886589	2886594	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	116496316
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45153	NC_008526	TGA	2	6	2886647	2886652	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116496316
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45172	NC_008526	GAAA	2	8	2887656	2887663	75 %	0 %	25 %	0 %	116496318
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45177	NC_008526	CAG	2	6	2888164	2888169	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116496319
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45180	NC_008526	CTT	2	6	2888326	2888331	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116496319
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45182	NC_008526	ATG	2	6	2888495	2888500	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116496319
45183	NC_008526	CAA	2	6	2888672	2888677	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	116496319
45184	NC_008526	ATC	2	6	2888741	2888746	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116496319
45185	NC_008526	ATC	2	6	2888748	2888753	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116496319
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45216	NC_008526	GGT	2	6	2890390	2890395	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	116496320
45217	NC_008526	T	6	6	2890441	2890446	0 %	100 %	0 %	0 %	116496320
45218	NC_008526	TG	3	6	2890529	2890534	0 %	50 %	50 %	0 %	116496320
45219	NC_008526	CACG	2	8	2890626	2890633	25 %	0 %	25 %	50 %	116496320
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45222	NC_008526	CCTTG	2	10	2890779	2890788	0 %	40 %	20 %	40 %	116496320
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45224	NC_008526	TGG	2	6	2890854	2890859	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	116496320
45225	NC_008526	TCA	2	6	2890865	2890870	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116496320
45226	NC_008526	CAA	2	6	2891145	2891150	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	116496320
45227	NC_008526	ACA	2	6	2891174	2891179	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	116496320
45228	NC_008526	TCA	2	6	2891228	2891233	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116496320
45229	NC_008526	CGC	2	6	2891241	2891246	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	116496320
45230	NC_008526	GATG	2	8	2891422	2891429	25 %	25 %	50 %	0 %	116496320
45231	NC_008526	A	7	7	2891824	2891830	100 %	0 %	0 %	0 %	116496321
45232	NC_008526	ACT	2	6	2891884	2891889	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116496321
45233	NC_008526	TTA	2	6	2891896	2891901	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116496321
45234	NC_008526	AGTT	2	8	2891942	2891949	25 %	50 %	25 %	0 %	116496322
45235	NC_008526	ACGT	2	8	2892012	2892019	25 %	25 %	25 %	25 %	116496322
45236	NC_008526	ATG	2	6	2892058	2892063	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116496322
45237	NC_008526	CGT	2	6	2892147	2892152	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116496322
45238	NC_008526	TGA	2	6	2892241	2892246	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116496322
45239	NC_008526	CTT	2	6	2892274	2892279	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116496322
45240	NC_008526	GTG	2	6	2892354	2892359	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	116496322
45241	NC_008526	TGG	2	6	2892415	2892420	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	116496322
45242	NC_008526	T	6	6	2892482	2892487	0 %	100 %	0 %	0 %	116496322
45243	NC_008526	TCG	2	6	2892513	2892518	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116496322
45244	NC_008526	CGG	2	6	2892542	2892547	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	116496322
45245	NC_008526	CAAGC	2	10	2892647	2892656	40 %	0 %	20 %	40 %	116496322
45246	NC_008526	GTT	2	6	2892726	2892731	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116496323
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45248	NC_008526	CGCT	2	8	2892760	2892767	0 %	25 %	25 %	50 %	116496323
45249	NC_008526	TTCTTT	2	12	2892778	2892789	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	116496323
45250	NC_008526	CTG	2	6	2892850	2892855	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116496323
45251	NC_008526	ATC	2	6	2892947	2892952	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116496323
45252	NC_008526	GCT	2	6	2892961	2892966	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116496323
45253	NC_008526	GTTG	2	8	2892977	2892984	0 %	50 %	50 %	0 %	116496323
45254	NC_008526	CAT	2	6	2892988	2892993	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116496323
45255	NC_008526	TGA	2	6	2893099	2893104	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116496323
45256	NC_008526	TCA	2	6	2893214	2893219	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116496323
45257	NC_008526	GCG	2	6	2893281	2893286	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	116496323
45258	NC_008526	CTG	2	6	2893294	2893299	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116496323
45259	NC_008526	TTGA	2	8	2893313	2893320	25 %	50 %	25 %	0 %	116496323
45260	NC_008526	GAT	2	6	2893351	2893356	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116496323
45261	NC_008526	AAT	2	6	2893369	2893374	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116496323
45262	NC_008526	GCCA	2	8	2893406	2893413	25 %	0 %	25 %	50 %	116496323
45263	NC_008526	ACA	2	6	2893439	2893444	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	116496323
45264	NC_008526	TTTGA	2	10	2893546	2893555	20 %	60 %	20 %	0 %	116496323
45265	NC_008526	GCCA	2	8	2893741	2893748	25 %	0 %	25 %	50 %	116496324
45266	NC_008526	CATGA	2	10	2893753	2893762	40 %	20 %	20 %	20 %	116496324
45267	NC_008526	GCCA	2	8	2893780	2893787	25 %	0 %	25 %	50 %	116496324
45268	NC_008526	A	6	6	2893823	2893828	100 %	0 %	0 %	0 %	116496324
45269	NC_008526	TTC	2	6	2893922	2893927	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116496324
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45272	NC_008526	ATG	2	6	2894067	2894072	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116496324
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45274	NC_008526	TGC	3	9	2894235	2894243	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116496324
45275	NC_008526	ATA	2	6	2894404	2894409	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116496325
45276	NC_008526	TTGG	2	8	2894509	2894516	0 %	50 %	50 %	0 %	116496325

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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.