MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Leptospira borgpetersenii serovar Hardjo-bovis L550 chromosome chromosome 2

Total Repeats: 107

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008509	GATCTG	2	12	10046	10057	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116329566
2	NC_008509	AAAAGA	2	12	11624	11635	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	116329567
3	NC_008509	GTCTTC	2	12	14117	14128	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	116329569
4	NC_008509	GTTTCT	2	12	14920	14931	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	116329570
5	NC_008509	TCAAAA	2	12	17965	17976	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	116329573
6	NC_008509	TAGACG	2	12	19806	19817	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116329574
7	NC_008509	ATCGTA	2	12	20389	20400	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116329575
8	NC_008509	AGGAAG	2	12	21078	21089	50 %	0 %	50 %	0 %	116329575
9	NC_008509	TTTTTC	2	12	22270	22281	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	116329576
10	NC_008509	TAAAAA	2	12	23266	23277	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	116329577
11	NC_008509	CAGGCC	2	12	23421	23432	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	116329577
12	NC_008509	AAAGAA	2	12	30048	30059	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	116329582
13	NC_008509	CAAAAA	2	12	32270	32281	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	116329584
14	NC_008509	CGGTAA	2	12	32418	32429	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116329584
15	NC_008509	GAATCG	2	12	38205	38216	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116329591
16	NC_008509	TTGGAT	2	12	45590	45601	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	116329595
17	NC_008509	ACGATC	2	12	45791	45802	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	116329595
18	NC_008509	CGAATT	2	12	47103	47114	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116329596
19	NC_008509	ATTTAT	2	12	47685	47696	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116329597
20	NC_008509	GGTTTG	2	12	48112	48123	0 %	50 %	50 %	0 %	116329598
21	NC_008509	ACAAAA	2	12	48138	48149	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	116329598
22	NC_008509	CGATCC	2	12	49620	49631	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	116329599
23	NC_008509	TGAAGC	2	12	50431	50442	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116329600
24	NC_008509	ATGGAC	2	12	50864	50875	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116329601
25	NC_008509	CGGAAT	2	12	52611	52622	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116329602
26	NC_008509	TTCTTT	2	12	54278	54289	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	116329603
27	NC_008509	GGGCGA	2	12	67651	67662	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	116329614
28	NC_008509	AATTAA	2	12	71601	71612	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116329617
29	NC_008509	TGTAAG	2	12	73662	73673	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116329619
30	NC_008509	ATTTGT	2	12	81203	81214	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	116329623
31	NC_008509	ATTTTT	2	12	82523	82534	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	116329624
32	NC_008509	AATTTA	2	12	82943	82954	50 %	50 %	0 %	0 %	116329624
33	NC_008509	GATTTG	2	12	92581	92592	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	116329626
34	NC_008509	TTTCTT	2	12	92941	92952	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	116329626
35	NC_008509	GTTTTT	2	12	113673	113684	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	116329635
36	NC_008509	TTTTTC	2	12	114082	114093	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	116329635
37	NC_008509	GAAAAC	2	12	122597	122608	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	116329641
38	NC_008509	TTCCAA	2	12	127089	127100	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116329645
39	NC_008509	AATCGG	3	18	130586	130603	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116329648
40	NC_008509	AAGAAA	2	12	134717	134728	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	116329651
41	NC_008509	TTCATT	2	12	139265	139276	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	116329653
42	NC_008509	TCAACC	2	12	145222	145233	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	116329659
43	NC_008509	GACAAC	2	12	145824	145835	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	116329660
44	NC_008509	ATCCTT	2	12	148793	148804	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	116329663
45	NC_008509	ATTTCG	2	12	149014	149025	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	116329663
46	NC_008509	GTTGGA	2	12	149125	149136	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	116329663
47	NC_008509	TCGGAG	2	12	153822	153833	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	116329666
48	NC_008509	CGGGAG	2	12	153969	153980	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	116329666
49	NC_008509	TTGATG	2	12	154481	154492	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	116329667
50	NC_008509	ATATTA	2	12	154568	154579	50 %	50 %	0 %	0 %	116329667
51	NC_008509	TTCGAT	2	12	157696	157707	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	116329670
52	NC_008509	TAAAGA	2	12	157841	157852	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	116329670
53	NC_008509	GGAGGG	2	12	158938	158949	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	116329672
54	NC_008509	AAACGG	2	12	159035	159046	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	116329672
55	NC_008509	TCATCG	2	12	163051	163062	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116329675
56	NC_008509	TCCGGC	2	12	163999	164010	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	116329676
57	NC_008509	AAAGAA	2	12	176536	176547	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	116329683
58	NC_008509	TTCGTA	2	12	184173	184184	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	116329689
59	NC_008509	GAAATT	2	12	188848	188859	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	116329694
60	NC_008509	ATAAAA	2	12	189532	189543	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	116329694
61	NC_008509	CGAACG	2	12	189935	189946	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116329695
62	NC_008509	AAAAGA	2	12	190126	190137	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	116329695
63	NC_008509	GAGATT	2	12	190161	190172	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116329695
64	NC_008509	ACGAAG	2	12	190833	190844	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	116329695
65	NC_008509	TGCGAG	2	12	193881	193892	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	116329698
66	NC_008509	TCAAAA	2	12	195312	195323	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	116329699
67	NC_008509	GAAAAA	2	12	198615	198626	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	116329701
68	NC_008509	TATACG	2	12	202424	202435	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116329705
69	NC_008509	TTGATT	2	12	210113	210124	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	116329711
70	NC_008509	ACGAAA	2	12	212432	212443	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	116329712
71	NC_008509	CTGAAC	2	12	214459	214470	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	116329713
72	NC_008509	AGATAA	2	12	221602	221613	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	116329720
73	NC_008509	ATCCAA	2	12	224664	224675	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	116329721
74	NC_008509	AAACGA	2	12	225387	225398	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	116329721
75	NC_008509	CCGTTC	2	12	226330	226341	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	116329723
76	NC_008509	CCGGTT	2	12	229198	229209	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116329726
77	NC_008509	AAGACA	2	12	232096	232107	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	116329729
78	NC_008509	CAGGAA	2	12	234365	234376	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	116329732
79	NC_008509	AAGAAA	2	12	235563	235574	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	116329732
80	NC_008509	AACCGG	2	12	236204	236215	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116329733
81	NC_008509	CGTCAA	2	12	237181	237192	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	116329735
82	NC_008509	AAAATC	2	12	237523	237534	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	116329735
83	NC_008509	GCGAAA	2	12	238670	238681	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	116329735
84	NC_008509	ATCCGA	2	12	239555	239566	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	116329735
85	NC_008509	AGATAC	2	12	248583	248594	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	116329741
86	NC_008509	TGCAAC	2	12	251565	251576	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	116329742
87	NC_008509	TCGGAA	2	12	252923	252934	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116329744
88	NC_008509	TCCGAA	2	12	256637	256648	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	116329748
89	NC_008509	TCGCGG	2	12	258290	258301	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	116329749
90	NC_008509	CGTTTC	2	12	263690	263701	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	116329752
91	NC_008509	AGAAAA	2	12	266961	266972	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	116329754
92	NC_008509	AAGAAA	2	12	267850	267861	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	116329755
93	NC_008509	TCCATC	2	12	272511	272522	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	116329760
94	NC_008509	GGAGGT	2	12	273496	273507	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	116329760
95	NC_008509	GCTTCC	2	12	281989	282000	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	116329770
96	NC_008509	ATCGGA	2	12	287756	287767	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116329774
97	NC_008509	CGCAAA	2	12	289772	289783	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	116329776
98	NC_008509	CAAAAG	2	12	295351	295362	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	116329781
99	NC_008509	TGGGAA	2	12	299283	299294	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	116329787
100	NC_008509	TTTCAA	2	12	302242	302253	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	116329788
101	NC_008509	TCCTTT	2	12	304203	304214	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116329789
102	NC_008509	TTTTCC	2	12	304872	304883	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116329789
103	NC_008509	TTTATC	2	12	305489	305500	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	116329789
104	NC_008509	TGTCTT	2	12	306841	306852	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	116329791
105	NC_008509	TCGACT	2	12	308095	308106	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116329791
106	NC_008509	ATTTTT	2	12	309498	309509	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	116329792
107	NC_008509	TCTTCC	2	12	314918	314929	0 %	50 %	0 %	50 %	116329797

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.