MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Leptospira borgpetersenii serovar Hardjo-bovis str. L550 chromosome 1

Total Repeats: 1206

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008508	TCCGAC	2	12	281	292	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	116326853
2	NC_008508	AATTAG	2	12	9603	9614	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	116326860
3	NC_008508	AAGTAA	2	12	14428	14439	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	116326862
4	NC_008508	CGGAAC	2	12	15821	15832	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116326863
5	NC_008508	TTGGGA	2	12	15876	15887	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	116326863
6	NC_008508	AAAGAG	2	12	16943	16954	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116326864
7	NC_008508	CGGAAT	2	12	17519	17530	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116326864
8	NC_008508	CTTTTG	2	12	19889	19900	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	116326866
9	NC_008508	GAATAT	2	12	19990	20001	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	116326867
10	NC_008508	GATTCC	2	12	22538	22549	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116326869
11	NC_008508	TCAAAA	2	12	23014	23025	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	116326869
12	NC_008508	TCTTCC	2	12	24695	24706	0 %	50 %	0 %	50 %	116326870
13	NC_008508	CATTTT	2	12	35463	35474	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	116326876
14	NC_008508	TCCACT	2	12	36885	36896	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	116326877
15	NC_008508	AATTAA	2	12	37967	37978	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116326877
16	NC_008508	AAATCA	2	12	45537	45548	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	116326885
17	NC_008508	GAGAAA	2	12	48248	48259	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116326887
18	NC_008508	AATTCC	2	12	48899	48910	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116326888
19	NC_008508	GATATA	2	12	55498	55509	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	116326892
20	NC_008508	GAAAAA	2	12	55642	55653	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	116326892
21	NC_008508	TGAAAT	2	12	56373	56384	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	116326892
22	NC_008508	TCGGAT	2	12	65711	65722	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116326897
23	NC_008508	CACGAA	2	12	74594	74605	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	116326907
24	NC_008508	CGGAAA	2	12	74644	74655	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	116326907
25	NC_008508	TTCCGG	2	12	77060	77071	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116326909
26	NC_008508	TTCCTC	2	12	83248	83259	0 %	50 %	0 %	50 %	116326912
27	NC_008508	AAACCC	2	12	85691	85702	50 %	0 %	0 %	50 %	116326913
28	NC_008508	TTTAAA	2	12	86072	86083	50 %	50 %	0 %	0 %	116326913
29	NC_008508	CTTTCT	2	12	87194	87205	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116326913
30	NC_008508	GTCGAT	2	12	92831	92842	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116326917
31	NC_008508	GAAAGA	2	12	100264	100275	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116326922
32	NC_008508	AAGCCA	2	12	101955	101966	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	116326926
33	NC_008508	ACCGGA	2	12	104343	104354	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116326929
34	NC_008508	ATTTTG	2	12	105276	105287	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	116326930
35	NC_008508	GGATTT	2	12	112291	112302	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	116326934
36	NC_008508	TATGAA	2	12	112450	112461	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	116326934
37	NC_008508	CGATCA	2	12	117997	118008	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	116326938
38	NC_008508	AATACT	2	12	118316	118327	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	116326938
39	NC_008508	AAATAG	2	12	121137	121148	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	116326942
40	NC_008508	CCAAAA	2	12	128425	128436	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	116326947
41	NC_008508	ATAAAA	2	12	128680	128691	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	116326947
42	NC_008508	AAAAGC	2	12	134369	134380	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	116326951
43	NC_008508	TAAAAG	2	12	134545	134556	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	116326951
44	NC_008508	CAAAAT	2	12	140518	140529	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	116326955
45	NC_008508	CGGTTT	2	12	146598	146609	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	116326959
46	NC_008508	TCGGAA	2	12	150242	150253	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116326962
47	NC_008508	TTTGGA	2	12	150378	150389	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	116326963
48	NC_008508	TTTCCT	2	12	156508	156519	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116326969
49	NC_008508	TCAAAG	2	12	157764	157775	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	116326970
50	NC_008508	TTTCAG	2	12	162010	162021	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	116326972
51	NC_008508	CTTGAA	2	12	166675	166686	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116326975
52	NC_008508	AAAATC	2	12	167000	167011	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	116326976
53	NC_008508	CTTGAA	2	12	175160	175171	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116326979
54	NC_008508	TTGGAT	2	12	181518	181529	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	116326983
55	NC_008508	CCTTTG	2	12	184603	184614	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	116326986
56	NC_008508	ATTTTC	2	12	190080	190091	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	116326991
57	NC_008508	ACAGTA	2	12	192025	192036	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	116326992
58	NC_008508	ACGCAA	2	12	193973	193984	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	116326993
59	NC_008508	CGGAAT	2	12	198297	198308	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116326997
60	NC_008508	TCGATT	2	12	198481	198492	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	116326997
61	NC_008508	ATCCAT	2	12	198612	198623	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116326997
62	NC_008508	TTTTTA	2	12	199586	199597	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	116326998
63	NC_008508	GAATAT	2	12	199954	199965	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	116326999
64	NC_008508	CTTCCC	2	12	202626	202637	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	116327001
65	NC_008508	TTCTCC	2	12	206417	206428	0 %	50 %	0 %	50 %	116327004
66	NC_008508	ATTCGG	2	12	208206	208217	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116327006
67	NC_008508	ATTCCG	2	12	218413	218424	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116327015
68	NC_008508	TGTTGA	2	12	220190	220201	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	116327017
69	NC_008508	ATTTTT	2	12	220296	220307	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	116327017
70	NC_008508	TTTTCG	2	12	233122	233133	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	116327025
71	NC_008508	TTAAAA	2	12	237216	237227	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116327027
72	NC_008508	GGTAGT	2	12	240159	240170	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	116327028
73	NC_008508	GAAAAA	2	12	243437	243448	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	116327031
74	NC_008508	AAACAT	2	12	246084	246095	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	116327034
75	NC_008508	CGAAAA	2	12	246991	247002	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	116327034
76	NC_008508	TTTTTC	2	12	247121	247132	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	116327034
77	NC_008508	ACAAGA	2	12	249598	249609	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	116327036
78	NC_008508	GAATCG	2	12	250982	250993	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116327037
79	NC_008508	CGAAGT	2	12	255780	255791	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116327040
80	NC_008508	TCTTTC	2	12	257695	257706	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116327041
81	NC_008508	TTTCGG	2	12	259658	259669	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	116327043
82	NC_008508	GGGAAA	2	12	260906	260917	50 %	0 %	50 %	0 %	116327044
83	NC_008508	AAAGAA	2	12	261304	261315	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	116327044
84	NC_008508	AACTAT	2	12	268650	268661	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	116327052
85	NC_008508	GATAAG	2	12	269488	269499	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	116327052
86	NC_008508	GACGGC	2	12	272825	272836	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	116327054
87	NC_008508	GTTTCC	2	12	276711	276722	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	116327057
88	NC_008508	TGGAAG	2	12	278269	278280	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	116327058
89	NC_008508	AAAATC	2	12	278565	278576	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	116327058
90	NC_008508	TAAAAA	2	12	282882	282893	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	116327062
91	NC_008508	AATTGT	2	12	291699	291710	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	116327069
92	NC_008508	ATTCTA	2	12	293153	293164	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	116327070
93	NC_008508	CTTGGA	2	12	293621	293632	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116327071
94	NC_008508	GTTTCG	2	12	305150	305161	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	116327081
95	NC_008508	TCGATT	2	12	310734	310745	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	116327086
96	NC_008508	CGGTTT	2	12	312143	312154	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	116327088
97	NC_008508	TTCCGT	2	12	313990	314001	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	116327090
98	NC_008508	CAAAAA	2	12	315324	315335	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	116327091
99	NC_008508	TCTTTC	2	12	325587	325598	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116327100
100	NC_008508	GATTTC	2	12	334601	334612	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	116327107
101	NC_008508	ATTTTT	2	12	335522	335533	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	116327109
102	NC_008508	TTTCTG	2	12	339302	339313	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	116327112
103	NC_008508	GAATTC	2	12	342652	342663	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116327113
104	NC_008508	TGGAGA	2	12	345547	345558	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	116327115
105	NC_008508	AAAGAA	2	12	347739	347750	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	116327117
106	NC_008508	GCCATT	2	12	359782	359793	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116327127
107	NC_008508	GCGGAA	2	12	362684	362695	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	116327129
108	NC_008508	AGGAAG	2	12	365064	365075	50 %	0 %	50 %	0 %	116327131
109	NC_008508	GAAAAA	2	12	366022	366033	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	116327132
110	NC_008508	GAAAAG	2	12	369598	369609	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116327135
111	NC_008508	TCGGAG	2	12	370706	370717	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	116327135
112	NC_008508	GAAAAA	2	12	371807	371818	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	116327138
113	NC_008508	AGCTGA	2	12	373390	373401	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116327139
114	NC_008508	TTTTCC	2	12	375651	375662	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116327142
115	NC_008508	AAAGGA	2	12	377144	377155	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116327143
116	NC_008508	TTCTAC	2	12	377204	377215	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	116327143
117	NC_008508	TTTTAT	2	12	389953	389964	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	116327155
118	NC_008508	GATCGG	2	12	393124	393135	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	116327157
119	NC_008508	CCGGAA	2	12	396765	396776	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116327160
120	NC_008508	AATCGT	2	12	398125	398136	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116327160
121	NC_008508	GCTTTT	2	12	407555	407566	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	116327167
122	NC_008508	GTTTTT	2	12	408531	408542	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	116327168
123	NC_008508	GTGAAC	2	12	409167	409178	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116327168
124	NC_008508	ATACCA	2	12	416807	416818	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	116327177
125	NC_008508	ATCCGG	2	12	419607	419618	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	116327181
126	NC_008508	GGAACG	2	12	419751	419762	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	116327181
127	NC_008508	TCTTTT	2	12	422126	422137	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	116327182
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129	NC_008508	CCGTTT	2	12	425498	425509	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	116327184
130	NC_008508	TTTGGA	2	12	427572	427583	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	116327187
131	NC_008508	CGATCA	2	12	427585	427596	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	116327187
132	NC_008508	GCCATT	2	12	429593	429604	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116327188
133	NC_008508	TCTACA	2	12	440918	440929	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116327193
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136	NC_008508	GATTCC	2	12	451818	451829	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116327200
137	NC_008508	GATTTC	2	12	452728	452739	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	116327201
138	NC_008508	CAGGAA	2	12	457682	457693	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	116327204
139	NC_008508	CAATTC	2	12	458906	458917	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116327206
140	NC_008508	TCGAAA	2	12	459158	459169	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	116327206
141	NC_008508	TCAAAT	2	12	463336	463347	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	116327208
142	NC_008508	TCCGAA	2	12	465415	465426	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	116327210
143	NC_008508	TCTTTG	2	12	467730	467741	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	116327212
144	NC_008508	GTTGGC	2	12	470479	470490	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	116327213
145	NC_008508	AAGTTC	2	12	470880	470891	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116327214
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147	NC_008508	CAAATT	2	12	482688	482699	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	116327221
148	NC_008508	TCCAAA	2	12	484063	484074	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	116327222
149	NC_008508	CTCTTA	2	12	486665	486676	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	116327227
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154	NC_008508	TTCTCA	2	12	497191	497202	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	116327250
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222	NC_008508	TAAAAA	2	12	709216	709227	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	116327426
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224	NC_008508	CTCTTT	2	12	722571	722582	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116327435
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226	NC_008508	TTTCGA	2	12	728116	728127	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	116327437
227	NC_008508	GGAAAG	2	12	737018	737029	50 %	0 %	50 %	0 %	116327446
228	NC_008508	TTCGAA	2	12	737566	737577	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116327447
229	NC_008508	AAATCC	2	12	739867	739878	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	116327448
230	NC_008508	TGGCGC	2	12	740588	740599	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	116327448
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232	NC_008508	AAGGAT	2	12	744664	744675	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	116327449
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342	NC_008508	ATCGTA	2	12	1060086	1060097	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116327667
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345	NC_008508	ATTTTC	2	12	1066730	1066741	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	116327678
346	NC_008508	CTATTT	2	12	1068212	1068223	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	116327680
347	NC_008508	TTCCCA	2	12	1069733	1069744	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	116327680
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