MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Lawsonia intracellularis PHE/MN1-00 plasmid 3

Total Repeats: 4244

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1501	NC_008014	TA	4	8	72416	72423	50 %	50 %	0 %	0 %	94972444
1502	NC_008014	TCA	2	6	72463	72468	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972444
1503	NC_008014	TTA	3	9	72575	72583	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972444
1504	NC_008014	A	7	7	72589	72595	100 %	0 %	0 %	0 %	94972444
1505	NC_008014	T	6	6	72619	72624	0 %	100 %	0 %	0 %	94972444
1506	NC_008014	TAG	2	6	72629	72634	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972444
1507	NC_008014	CTT	2	6	72650	72655	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972444
1508	NC_008014	T	6	6	72654	72659	0 %	100 %	0 %	0 %	94972444
1509	NC_008014	AAGA	2	8	72660	72667	75 %	0 %	25 %	0 %	94972444
1510	NC_008014	AT	3	6	72705	72710	50 %	50 %	0 %	0 %	94972444
1511	NC_008014	AT	3	6	72723	72728	50 %	50 %	0 %	0 %	94972444
1512	NC_008014	ATATA	2	10	72731	72740	60 %	40 %	0 %	0 %	94972444
1513	NC_008014	ATA	2	6	72745	72750	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972444
1514	NC_008014	TTA	2	6	73422	73427	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972445
1515	NC_008014	A	7	7	73463	73469	100 %	0 %	0 %	0 %	94972445
1516	NC_008014	T	6	6	73675	73680	0 %	100 %	0 %	0 %	94972445
1517	NC_008014	CTT	2	6	73690	73695	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972445
1518	NC_008014	ACT	2	6	73700	73705	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972445
1519	NC_008014	ATA	2	6	73762	73767	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972445
1520	NC_008014	AAT	2	6	73784	73789	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972445
1521	NC_008014	T	6	6	73797	73802	0 %	100 %	0 %	0 %	94972445
1522	NC_008014	AT	3	6	73815	73820	50 %	50 %	0 %	0 %	94972445
1523	NC_008014	CCA	2	6	73836	73841	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94972445
1524	NC_008014	A	6	6	73895	73900	100 %	0 %	0 %	0 %	94972445
1525	NC_008014	ATA	2	6	73928	73933	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972445
1526	NC_008014	TAG	2	6	73984	73989	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972445
1527	NC_008014	TA	3	6	74006	74011	50 %	50 %	0 %	0 %	94972445
1528	NC_008014	T	6	6	74069	74074	0 %	100 %	0 %	0 %	94972445
1529	NC_008014	ACA	2	6	74086	74091	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972445
1530	NC_008014	GAG	2	6	74113	74118	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	94972445
1531	NC_008014	GCTTG	2	10	74133	74142	0 %	40 %	40 %	20 %	94972445
1532	NC_008014	CTC	2	6	74182	74187	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	94972445
1533	NC_008014	ACT	2	6	74204	74209	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972445
1534	NC_008014	TCTT	2	8	74260	74267	0 %	75 %	0 %	25 %	94972445
1535	NC_008014	CATT	2	8	74289	74296	25 %	50 %	0 %	25 %	94972445
1536	NC_008014	TGT	3	9	74310	74318	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972445
1537	NC_008014	AG	3	6	74397	74402	50 %	0 %	50 %	0 %	94972445
1538	NC_008014	TCC	2	6	74411	74416	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	94972445
1539	NC_008014	TTG	2	6	74534	74539	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972445
1540	NC_008014	AGA	2	6	74543	74548	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972445
1541	NC_008014	CTT	2	6	74551	74556	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972445
1542	NC_008014	TCT	2	6	74628	74633	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972445
1543	NC_008014	CCA	2	6	74667	74672	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94972445
1544	NC_008014	CAT	2	6	74683	74688	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972445
1545	NC_008014	AGA	2	6	74705	74710	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972445
1546	NC_008014	TCT	2	6	74718	74723	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972445
1547	NC_008014	CTA	2	6	74724	74729	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972445
1548	NC_008014	AG	3	6	74738	74743	50 %	0 %	50 %	0 %	94972445
1549	NC_008014	CTA	2	6	74764	74769	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972445
1550	NC_008014	TGCTT	2	10	74774	74783	0 %	60 %	20 %	20 %	94972445
1551	NC_008014	GGT	2	6	74823	74828	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	94972445
1552	NC_008014	TTG	2	6	74834	74839	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972445
1553	NC_008014	AG	3	6	74843	74848	50 %	0 %	50 %	0 %	94972445
1554	NC_008014	GTA	2	6	74920	74925	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972445
1555	NC_008014	GAT	2	6	74938	74943	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972445
1556	NC_008014	TTC	2	6	74962	74967	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972445
1557	NC_008014	GTT	2	6	74983	74988	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972445
1558	NC_008014	CT	4	8	75043	75050	0 %	50 %	0 %	50 %	94972445
1559	NC_008014	CCTCTT	2	12	75070	75081	0 %	50 %	0 %	50 %	94972445
1560	NC_008014	CAT	2	6	75128	75133	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972445
1561	NC_008014	TTC	2	6	75155	75160	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972445
1562	NC_008014	TC	3	6	75159	75164	0 %	50 %	0 %	50 %	94972445
1563	NC_008014	A	7	7	75236	75242	100 %	0 %	0 %	0 %	94972445
1564	NC_008014	ATTT	2	8	75275	75282	25 %	75 %	0 %	0 %	94972445
1565	NC_008014	CTC	2	6	75288	75293	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	94972445
1566	NC_008014	TGT	3	9	75300	75308	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972445
1567	NC_008014	TCTT	2	8	75323	75330	0 %	75 %	0 %	25 %	94972445
1568	NC_008014	ATCC	2	8	75389	75396	25 %	25 %	0 %	50 %	94972445
1569	NC_008014	CAA	2	6	75412	75417	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972445
1570	NC_008014	T	6	6	75509	75514	0 %	100 %	0 %	0 %	94972445
1571	NC_008014	CTT	2	6	75517	75522	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972445
1572	NC_008014	CTCTT	2	10	75530	75539	0 %	60 %	0 %	40 %	94972445
1573	NC_008014	CTT	3	9	75542	75550	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972445
1574	NC_008014	TTC	2	6	75584	75589	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972445
1575	NC_008014	CAG	2	6	75613	75618	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94972445
1576	NC_008014	CTT	3	9	75679	75687	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972445
1577	NC_008014	TGAAGA	2	12	75695	75706	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	94972445
1578	NC_008014	ATAGCA	2	12	75753	75764	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	94972445
1579	NC_008014	A	7	7	75786	75792	100 %	0 %	0 %	0 %	94972445
1580	NC_008014	GTA	2	6	75815	75820	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972445
1581	NC_008014	AAT	2	6	75828	75833	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972445
1582	NC_008014	T	8	8	75833	75840	0 %	100 %	0 %	0 %	94972445
1583	NC_008014	AT	7	14	75885	75898	50 %	50 %	0 %	0 %	94972445
1584	NC_008014	GCT	2	6	77985	77990	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94972446
1585	NC_008014	TTG	2	6	78012	78017	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972446
1586	NC_008014	CTT	2	6	78063	78068	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972446
1587	NC_008014	TAC	2	6	78127	78132	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972446
1588	NC_008014	TTGTT	2	10	78224	78233	0 %	80 %	20 %	0 %	94972446
1589	NC_008014	CAT	2	6	78313	78318	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972446
1590	NC_008014	TGAA	2	8	78322	78329	50 %	25 %	25 %	0 %	94972446
1591	NC_008014	CGTT	2	8	78330	78337	0 %	50 %	25 %	25 %	94972446
1592	NC_008014	CCAT	2	8	78350	78357	25 %	25 %	0 %	50 %	94972446
1593	NC_008014	CTA	2	6	78364	78369	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972446
1594	NC_008014	CAAC	2	8	78406	78413	50 %	0 %	0 %	50 %	94972446
1595	NC_008014	ATCC	2	8	78532	78539	25 %	25 %	0 %	50 %	94972446
1596	NC_008014	AAG	2	6	78551	78556	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972446
1597	NC_008014	CTG	2	6	78656	78661	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94972446
1598	NC_008014	TCT	2	6	78685	78690	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972446
1599	NC_008014	T	6	6	78690	78695	0 %	100 %	0 %	0 %	94972446
1600	NC_008014	ACT	2	6	78704	78709	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972446
1601	NC_008014	GAA	2	6	78721	78726	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972446
1602	NC_008014	CAT	2	6	78727	78732	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972446
1603	NC_008014	AG	4	8	78829	78836	50 %	0 %	50 %	0 %	94972446
1604	NC_008014	CCT	2	6	78882	78887	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	94972446
1605	NC_008014	C	6	6	78960	78965	0 %	0 %	0 %	100 %	94972446
1606	NC_008014	TC	3	6	78982	78987	0 %	50 %	0 %	50 %	94972446
1607	NC_008014	TTG	8	24	79031	79054	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972446
1608	NC_008014	TCT	2	6	79059	79064	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972446
1609	NC_008014	TGA	2	6	79092	79097	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972446
1610	NC_008014	CCT	2	6	79102	79107	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	94972446
1611	NC_008014	CAC	2	6	79144	79149	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94972446
1612	NC_008014	TAG	3	9	79195	79203	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972446
1613	NC_008014	TGT	2	6	79205	79210	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972446
1614	NC_008014	TTC	3	9	79211	79219	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972446
1615	NC_008014	TGT	2	6	79229	79234	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972446
1616	NC_008014	ATC	2	6	79271	79276	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972446
1617	NC_008014	TGA	3	9	79293	79301	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972446
1618	NC_008014	TAT	2	6	79318	79323	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972446
1619	NC_008014	ACT	2	6	79340	79345	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972446
1620	NC_008014	ATT	2	6	79347	79352	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972446
1621	NC_008014	GTT	2	6	79354	79359	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972446
1622	NC_008014	ATC	2	6	79385	79390	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972446
1623	NC_008014	TTC	2	6	79415	79420	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972446
1624	NC_008014	T	7	7	79445	79451	0 %	100 %	0 %	0 %	94972446
1625	NC_008014	CTG	2	6	79510	79515	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94972446
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1627	NC_008014	TA	3	6	79576	79581	50 %	50 %	0 %	0 %	94972446
1628	NC_008014	CAT	2	6	79621	79626	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972446
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