MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Lawsonia intracellularis PHE/MN1-00 plasmid 3

Total Repeats: 4244

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_008014	CAA	2	6	24151	24156	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972417
502	NC_008014	TTG	2	6	24185	24190	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972417
503	NC_008014	T	6	6	24198	24203	0 %	100 %	0 %	0 %	94972417
504	NC_008014	T	8	8	24264	24271	0 %	100 %	0 %	0 %	94972417
505	NC_008014	AAG	2	6	24302	24307	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972417
506	NC_008014	TTTC	2	8	24319	24326	0 %	75 %	0 %	25 %	94972417
507	NC_008014	GA	3	6	24439	24444	50 %	0 %	50 %	0 %	94972417
508	NC_008014	ATT	2	6	24455	24460	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972417
509	NC_008014	TAAG	3	12	24462	24473	50 %	25 %	25 %	0 %	94972417
510	NC_008014	ATA	2	6	24477	24482	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972417
511	NC_008014	AATA	2	8	24488	24495	75 %	25 %	0 %	0 %	94972417
512	NC_008014	GAA	2	6	24541	24546	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972417
513	NC_008014	AATG	2	8	24557	24564	50 %	25 %	25 %	0 %	94972417
514	NC_008014	TAAG	2	8	24575	24582	50 %	25 %	25 %	0 %	94972417
515	NC_008014	TAA	2	6	24590	24595	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972417
516	NC_008014	AAAAAG	2	12	24620	24631	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	94972417
517	NC_008014	GAA	2	6	24669	24674	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972417
518	NC_008014	CAG	2	6	24711	24716	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94972417
519	NC_008014	A	6	6	24725	24730	100 %	0 %	0 %	0 %	94972417
520	NC_008014	ATA	2	6	24746	24751	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972417
521	NC_008014	ACA	2	6	24756	24761	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972417
522	NC_008014	AAAG	2	8	24868	24875	75 %	0 %	25 %	0 %	94972417
523	NC_008014	A	6	6	24911	24916	100 %	0 %	0 %	0 %	94972417
524	NC_008014	TGA	2	6	24964	24969	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972417
525	NC_008014	A	7	7	24969	24975	100 %	0 %	0 %	0 %	94972417
526	NC_008014	CAG	2	6	25006	25011	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94972417
527	NC_008014	AGC	2	6	25034	25039	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94972417
528	NC_008014	TAT	2	6	25123	25128	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972417
529	NC_008014	CCAG	2	8	25130	25137	25 %	0 %	25 %	50 %	94972417
530	NC_008014	A	6	6	25160	25165	100 %	0 %	0 %	0 %	94972417
531	NC_008014	A	7	7	25175	25181	100 %	0 %	0 %	0 %	94972417
532	NC_008014	ATG	2	6	25224	25229	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972417
533	NC_008014	GTT	2	6	25384	25389	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972417
534	NC_008014	TAA	2	6	25474	25479	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972417
535	NC_008014	TCA	2	6	25504	25509	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972417
536	NC_008014	TTA	2	6	25512	25517	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972417
537	NC_008014	AT	3	6	25528	25533	50 %	50 %	0 %	0 %	94972417
538	NC_008014	TGT	2	6	25541	25546	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972417
539	NC_008014	A	7	7	25548	25554	100 %	0 %	0 %	0 %	94972417
540	NC_008014	TAAAA	2	10	25585	25594	80 %	20 %	0 %	0 %	94972417
541	NC_008014	A	6	6	25591	25596	100 %	0 %	0 %	0 %	94972417
542	NC_008014	ATTG	2	8	25599	25606	25 %	50 %	25 %	0 %	94972417
543	NC_008014	TA	3	6	25637	25642	50 %	50 %	0 %	0 %	94972417
544	NC_008014	AAT	2	6	25658	25663	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972417
545	NC_008014	GAG	2	6	25676	25681	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	94972417
546	NC_008014	AAG	2	6	25682	25687	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972417
547	NC_008014	T	6	6	25715	25720	0 %	100 %	0 %	0 %	94972417
548	NC_008014	ATCC	2	8	25737	25744	25 %	25 %	0 %	50 %	94972417
549	NC_008014	AGAA	2	8	25749	25756	75 %	0 %	25 %	0 %	94972417
550	NC_008014	AAG	2	6	25793	25798	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972417
551	NC_008014	AGA	2	6	25826	25831	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972417
552	NC_008014	AT	3	6	25835	25840	50 %	50 %	0 %	0 %	94972417
553	NC_008014	A	6	6	25853	25858	100 %	0 %	0 %	0 %	94972417
554	NC_008014	TGC	2	6	25868	25873	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94972417
555	NC_008014	AG	3	6	25996	26001	50 %	0 %	50 %	0 %	94972417
556	NC_008014	TA	3	6	26092	26097	50 %	50 %	0 %	0 %	94972417
557	NC_008014	TGT	2	6	26109	26114	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972417
558	NC_008014	ATA	2	6	26151	26156	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972417
559	NC_008014	A	8	8	26156	26163	100 %	0 %	0 %	0 %	94972417
560	NC_008014	TAA	2	6	26168	26173	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972417
561	NC_008014	CCT	2	6	26223	26228	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	94972417
562	NC_008014	A	6	6	26283	26288	100 %	0 %	0 %	0 %	94972417
563	NC_008014	TAG	2	6	26294	26299	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972417
564	NC_008014	T	6	6	26344	26349	0 %	100 %	0 %	0 %	94972417
565	NC_008014	AGGGAA	2	12	26351	26362	50 %	0 %	50 %	0 %	94972417
566	NC_008014	AT	3	6	26760	26765	50 %	50 %	0 %	0 %	94972418
567	NC_008014	TTG	2	6	26787	26792	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972418
568	NC_008014	TTC	2	6	26797	26802	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972418
569	NC_008014	ACT	2	6	26814	26819	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972418
570	NC_008014	CT	3	6	26851	26856	0 %	50 %	0 %	50 %	94972418
571	NC_008014	CTA	2	6	26909	26914	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972418
572	NC_008014	TA	3	6	26973	26978	50 %	50 %	0 %	0 %	94972418
573	NC_008014	GATG	2	8	27007	27014	25 %	25 %	50 %	0 %	94972418
574	NC_008014	GAA	2	6	27245	27250	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972418
575	NC_008014	TCTTT	2	10	27272	27281	0 %	80 %	0 %	20 %	94972418
576	NC_008014	TGA	2	6	27328	27333	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972418
577	NC_008014	AAATGA	2	12	27336	27347	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	94972418
578	NC_008014	TAT	3	9	27506	27514	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972418
579	NC_008014	TTG	2	6	27515	27520	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972418
580	NC_008014	TTC	2	6	27585	27590	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972418
581	NC_008014	CTTT	2	8	27625	27632	0 %	75 %	0 %	25 %	94972418
582	NC_008014	AGC	2	6	27633	27638	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94972418
583	NC_008014	AT	3	6	27684	27689	50 %	50 %	0 %	0 %	94972418
584	NC_008014	ACA	2	6	27710	27715	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972418
585	NC_008014	TTG	2	6	27716	27721	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972418
586	NC_008014	ACT	2	6	27756	27761	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972418
587	NC_008014	GTT	2	6	27806	27811	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972418
588	NC_008014	T	6	6	27821	27826	0 %	100 %	0 %	0 %	94972418
589	NC_008014	AAT	2	6	27865	27870	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972418
590	NC_008014	CAA	2	6	27920	27925	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972418
591	NC_008014	T	6	6	27937	27942	0 %	100 %	0 %	0 %	94972418
592	NC_008014	TA	3	6	27984	27989	50 %	50 %	0 %	0 %	94972418
593	NC_008014	GAA	2	6	28049	28054	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972418
594	NC_008014	AG	3	6	28071	28076	50 %	0 %	50 %	0 %	94972418
595	NC_008014	T	6	6	28124	28129	0 %	100 %	0 %	0 %	94972418
596	NC_008014	GAA	2	6	28151	28156	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972418
597	NC_008014	A	8	8	28170	28177	100 %	0 %	0 %	0 %	94972418
598	NC_008014	ATT	2	6	28193	28198	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972419
599	NC_008014	AG	3	6	28337	28342	50 %	0 %	50 %	0 %	94972419
600	NC_008014	A	8	8	28376	28383	100 %	0 %	0 %	0 %	94972419
601	NC_008014	ATA	2	6	28389	28394	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972419
602	NC_008014	AAAG	2	8	28528	28535	75 %	0 %	25 %	0 %	94972419
603	NC_008014	AATG	2	8	28565	28572	50 %	25 %	25 %	0 %	94972419
604	NC_008014	CAG	2	6	28660	28665	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94972419
605	NC_008014	GTT	2	6	28729	28734	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972419
606	NC_008014	A	7	7	28749	28755	100 %	0 %	0 %	0 %	94972419
607	NC_008014	GAG	2	6	28756	28761	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	94972419
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609	NC_008014	ATT	2	6	28793	28798	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972419
610	NC_008014	AGTAA	2	10	28818	28827	60 %	20 %	20 %	0 %	94972419
611	NC_008014	GAT	2	6	28880	28885	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972419
612	NC_008014	TTTTC	2	10	29201	29210	0 %	80 %	0 %	20 %	94972420
613	NC_008014	GTA	2	6	29224	29229	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972420
614	NC_008014	TA	6	12	29228	29239	50 %	50 %	0 %	0 %	94972420
615	NC_008014	ATA	2	6	29273	29278	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972420
616	NC_008014	TA	3	6	29316	29321	50 %	50 %	0 %	0 %	94972420
617	NC_008014	AGA	3	9	29359	29367	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972420
618	NC_008014	ATCC	2	8	29416	29423	25 %	25 %	0 %	50 %	94972420
619	NC_008014	TA	3	6	29495	29500	50 %	50 %	0 %	0 %	94972420
620	NC_008014	AGAA	2	8	29530	29537	75 %	0 %	25 %	0 %	94972420
621	NC_008014	A	6	6	29536	29541	100 %	0 %	0 %	0 %	94972420
622	NC_008014	AGA	2	6	29580	29585	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972420
623	NC_008014	ATA	2	6	29600	29605	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972420
624	NC_008014	TAAAA	2	10	29619	29628	80 %	20 %	0 %	0 %	94972420
625	NC_008014	AAT	2	6	29641	29646	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972420
626	NC_008014	TTTA	2	8	29682	29689	25 %	75 %	0 %	0 %	94972420
627	NC_008014	A	6	6	29697	29702	100 %	0 %	0 %	0 %	94972420
628	NC_008014	A	6	6	29782	29787	100 %	0 %	0 %	0 %	94972420
629	NC_008014	ATT	2	6	29797	29802	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972420
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631	NC_008014	TAT	2	6	30168	30173	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972421
632	NC_008014	GTT	2	6	30209	30214	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972421
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634	NC_008014	T	6	6	30264	30269	0 %	100 %	0 %	0 %	94972421
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