MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Lawsonia intracellularis PHE/MN1-00 plasmid 2

Total Repeats: 66

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008013	GATG	2	8	2368	2375	25 %	25 %	50 %	0 %	94972375
2	NC_008013	AAGA	2	8	3463	3470	75 %	0 %	25 %	0 %	94972376
3	NC_008013	CTTT	2	8	3491	3498	0 %	75 %	0 %	25 %	94972376
4	NC_008013	TGAT	2	8	3530	3537	25 %	50 %	25 %	0 %	94972376
5	NC_008013	ACCA	2	8	3668	3675	50 %	0 %	0 %	50 %	94972376
6	NC_008013	TGTA	2	8	5063	5070	25 %	50 %	25 %	0 %	94972377
7	NC_008013	TGTT	2	8	5406	5413	0 %	75 %	25 %	0 %	94972377
8	NC_008013	TCCA	2	8	5468	5475	25 %	25 %	0 %	50 %	94972377
9	NC_008013	GTTT	2	8	6040	6047	0 %	75 %	25 %	0 %	94972377
10	NC_008013	GGTT	2	8	6199	6206	0 %	50 %	50 %	0 %	94972377
11	NC_008013	TGAC	2	8	6940	6947	25 %	25 %	25 %	25 %	94972377
12	NC_008013	AATT	2	8	7055	7062	50 %	50 %	0 %	0 %	94972377
13	NC_008013	GTTT	2	8	7724	7731	0 %	75 %	25 %	0 %	94972377
14	NC_008013	AAGT	2	8	9057	9064	50 %	25 %	25 %	0 %	94972378
15	NC_008013	TTCA	2	8	9123	9130	25 %	50 %	0 %	25 %	94972378
16	NC_008013	CTGT	2	8	9314	9321	0 %	50 %	25 %	25 %	94972378
17	NC_008013	TAGT	2	8	10599	10606	25 %	50 %	25 %	0 %	94972379
18	NC_008013	AAAT	2	8	12457	12464	75 %	25 %	0 %	0 %	94972379
19	NC_008013	TTCC	2	8	12843	12850	0 %	50 %	0 %	50 %	94972380
20	NC_008013	AAAT	2	8	12919	12926	75 %	25 %	0 %	0 %	94972380
21	NC_008013	AATA	2	8	13436	13443	75 %	25 %	0 %	0 %	94972380
22	NC_008013	ATAA	2	8	13857	13864	75 %	25 %	0 %	0 %	94972380
23	NC_008013	AAGT	2	8	13998	14005	50 %	25 %	25 %	0 %	94972380
24	NC_008013	TAAA	2	8	14178	14185	75 %	25 %	0 %	0 %	94972380
25	NC_008013	ATGT	2	8	14370	14377	25 %	50 %	25 %	0 %	94972380
26	NC_008013	CATC	2	8	14528	14535	25 %	25 %	0 %	50 %	94972380
27	NC_008013	AGAA	2	8	15504	15511	75 %	0 %	25 %	0 %	94972382
28	NC_008013	CATT	2	8	16604	16611	25 %	50 %	0 %	25 %	94972383
29	NC_008013	GTTG	2	8	17925	17932	0 %	50 %	50 %	0 %	94972384
30	NC_008013	GAAA	2	8	18343	18350	75 %	0 %	25 %	0 %	94972384
31	NC_008013	TTAT	2	8	18584	18591	25 %	75 %	0 %	0 %	94972385
32	NC_008013	AGAT	2	8	19143	19150	50 %	25 %	25 %	0 %	94972385
33	NC_008013	GATT	2	8	19846	19853	25 %	50 %	25 %	0 %	94972386
34	NC_008013	CAGG	2	8	19896	19903	25 %	0 %	50 %	25 %	94972386
35	NC_008013	CATT	2	8	20289	20296	25 %	50 %	0 %	25 %	94972386
36	NC_008013	GACT	2	8	20867	20874	25 %	25 %	25 %	25 %	94972387
37	NC_008013	AAAT	2	8	21022	21029	75 %	25 %	0 %	0 %	94972387
38	NC_008013	TTAT	2	8	21262	21269	25 %	75 %	0 %	0 %	94972387
39	NC_008013	TTCC	2	8	21529	21536	0 %	50 %	0 %	50 %	94972387
40	NC_008013	ATTA	2	8	22178	22185	50 %	50 %	0 %	0 %	94972388
41	NC_008013	CTTA	2	8	22236	22243	25 %	50 %	0 %	25 %	94972388
42	NC_008013	TTAG	2	8	22248	22255	25 %	50 %	25 %	0 %	94972388
43	NC_008013	GGCT	2	8	22376	22383	0 %	25 %	50 %	25 %	94972388
44	NC_008013	TTTG	2	8	22800	22807	0 %	75 %	25 %	0 %	94972389
45	NC_008013	ACTA	2	8	23564	23571	50 %	25 %	0 %	25 %	94972389
46	NC_008013	CTTA	2	8	23639	23646	25 %	50 %	0 %	25 %	94972390
47	NC_008013	AGAA	2	8	24170	24177	75 %	0 %	25 %	0 %	94972390
48	NC_008013	TGGA	2	8	24225	24232	25 %	25 %	50 %	0 %	94972390
49	NC_008013	TCTT	2	8	25000	25007	0 %	75 %	0 %	25 %	94972391
50	NC_008013	AATC	2	8	26088	26095	50 %	25 %	0 %	25 %	94972391
51	NC_008013	CATA	2	8	26771	26778	50 %	25 %	0 %	25 %	94972392
52	NC_008013	CTTA	2	8	26793	26800	25 %	50 %	0 %	25 %	94972392
53	NC_008013	AATT	2	8	27599	27606	50 %	50 %	0 %	0 %	94972393
54	NC_008013	TAAT	2	8	27676	27683	50 %	50 %	0 %	0 %	94972393
55	NC_008013	ACTG	2	8	28105	28112	25 %	25 %	25 %	25 %	94972393
56	NC_008013	AGTA	2	8	28148	28155	50 %	25 %	25 %	0 %	94972393
57	NC_008013	CTTT	2	8	28279	28286	0 %	75 %	0 %	25 %	94972393
58	NC_008013	TAGA	2	8	28528	28535	50 %	25 %	25 %	0 %	94972393
59	NC_008013	ATTA	2	8	33853	33860	50 %	50 %	0 %	0 %	94972395
60	NC_008013	AGAA	2	8	34615	34622	75 %	0 %	25 %	0 %	94972395
61	NC_008013	TGGG	2	8	35914	35921	0 %	25 %	75 %	0 %	94972395
62	NC_008013	TTCT	2	8	37472	37479	0 %	75 %	0 %	25 %	94972396
63	NC_008013	GAAA	2	8	38669	38676	75 %	0 %	25 %	0 %	94972397
64	NC_008013	TTAA	2	8	38745	38752	50 %	50 %	0 %	0 %	94972397
65	NC_008013	TTAC	2	8	39195	39202	25 %	50 %	0 %	25 %	94972397
66	NC_008013	AAAG	2	8	39318	39325	75 %	0 %	25 %	0 %	94972397

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.