MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Lawsonia intracellularis PHE/MN1-00 chromosome

Total Repeats: 894

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008011	AAAGC	2	10	1414	1423	60 %	0 %	20 %	20 %	94986446
2	NC_008011	TTGTT	2	10	3117	3126	0 %	80 %	20 %	0 %	94986448
3	NC_008011	ATAAA	2	10	4037	4046	80 %	20 %	0 %	0 %	94986449
4	NC_008011	TATTT	2	10	5797	5806	20 %	80 %	0 %	0 %	94986452
5	NC_008011	GTAGT	2	10	6051	6060	20 %	40 %	40 %	0 %	94986452
6	NC_008011	CTGTT	2	10	6267	6276	0 %	60 %	20 %	20 %	94986452
7	NC_008011	ACAAA	2	10	6824	6833	80 %	0 %	0 %	20 %	94986452
8	NC_008011	CAAGT	2	10	6975	6984	40 %	20 %	20 %	20 %	94986452
9	NC_008011	AACCA	2	10	11495	11504	60 %	0 %	0 %	40 %	94986457
10	NC_008011	AAGAA	2	10	11793	11802	80 %	0 %	20 %	0 %	94986457
11	NC_008011	CTTAT	2	10	12022	12031	20 %	60 %	0 %	20 %	94986457
12	NC_008011	ATTGA	2	10	15352	15361	40 %	40 %	20 %	0 %	94986458
13	NC_008011	TTGTT	2	10	17193	17202	0 %	80 %	20 %	0 %	94986460
14	NC_008011	AACAT	2	10	19956	19965	60 %	20 %	0 %	20 %	94986463
15	NC_008011	GCTTT	2	10	21956	21965	0 %	60 %	20 %	20 %	94986465
16	NC_008011	TTGTT	2	10	26712	26721	0 %	80 %	20 %	0 %	94986470
17	NC_008011	TGTCA	2	10	26949	26958	20 %	40 %	20 %	20 %	94986470
18	NC_008011	TAAGA	2	10	27086	27095	60 %	20 %	20 %	0 %	94986470
19	NC_008011	GTGAT	2	10	28301	28310	20 %	40 %	40 %	0 %	94986470
20	NC_008011	TATTT	2	10	28422	28431	20 %	80 %	0 %	0 %	94986470
21	NC_008011	GACTT	2	10	30379	30388	20 %	40 %	20 %	20 %	94986471
22	NC_008011	TATTT	2	10	30637	30646	20 %	80 %	0 %	0 %	94986471
23	NC_008011	CTTCT	2	10	33418	33427	0 %	60 %	0 %	40 %	94986474
24	NC_008011	TAATC	2	10	36100	36109	40 %	40 %	0 %	20 %	94986476
25	NC_008011	TAACA	2	10	36360	36369	60 %	20 %	0 %	20 %	94986476
26	NC_008011	TTGAA	2	10	37124	37133	40 %	40 %	20 %	0 %	94986477
27	NC_008011	GTTCT	2	10	39483	39492	0 %	60 %	20 %	20 %	94986478
28	NC_008011	TACAT	2	10	40247	40256	40 %	40 %	0 %	20 %	94986478
29	NC_008011	AAATT	2	10	40493	40502	60 %	40 %	0 %	0 %	94986478
30	NC_008011	TAAAA	2	10	42200	42209	80 %	20 %	0 %	0 %	94986480
31	NC_008011	GTATT	2	10	45043	45052	20 %	60 %	20 %	0 %	94986483
32	NC_008011	CTATT	2	10	45548	45557	20 %	60 %	0 %	20 %	94986484
33	NC_008011	AGACC	2	10	45921	45930	40 %	0 %	20 %	40 %	94986485
34	NC_008011	CAGTT	2	10	48165	48174	20 %	40 %	20 %	20 %	94986486
35	NC_008011	GATAT	2	10	49211	49220	40 %	40 %	20 %	0 %	94986486
36	NC_008011	CTCTT	2	10	50066	50075	0 %	60 %	0 %	40 %	94986487
37	NC_008011	ATGAA	2	10	50165	50174	60 %	20 %	20 %	0 %	94986487
38	NC_008011	ACTAC	2	10	52254	52263	40 %	20 %	0 %	40 %	94986488
39	NC_008011	TCCAA	2	10	54109	54118	40 %	20 %	0 %	40 %	94986489
40	NC_008011	GTATT	2	10	58351	58360	20 %	60 %	20 %	0 %	94986490
41	NC_008011	TTACA	2	10	60468	60477	40 %	40 %	0 %	20 %	94986491
42	NC_008011	AAGTT	2	10	62058	62067	40 %	40 %	20 %	0 %	94986492
43	NC_008011	ATACA	2	10	62145	62154	60 %	20 %	0 %	20 %	94986492
44	NC_008011	ATTGT	2	10	67444	67453	20 %	60 %	20 %	0 %	94986495
45	NC_008011	TAGGA	2	10	67693	67702	40 %	20 %	40 %	0 %	94986495
46	NC_008011	AATGT	2	10	68259	68268	40 %	40 %	20 %	0 %	94986495
47	NC_008011	TATTT	2	10	68930	68939	20 %	80 %	0 %	0 %	94986495
48	NC_008011	ATATG	2	10	70920	70929	40 %	40 %	20 %	0 %	94986496
49	NC_008011	GGTTT	2	10	71467	71476	0 %	60 %	40 %	0 %	94986496
50	NC_008011	TATAA	2	10	71786	71795	60 %	40 %	0 %	0 %	94986496
51	NC_008011	GTTTT	2	10	78294	78303	0 %	80 %	20 %	0 %	94986501
52	NC_008011	ATTGA	2	10	79729	79738	40 %	40 %	20 %	0 %	94986503
53	NC_008011	TTAGA	2	10	80480	80489	40 %	40 %	20 %	0 %	94986504
54	NC_008011	TAAAA	2	10	83750	83759	80 %	20 %	0 %	0 %	94986507
55	NC_008011	GTATT	2	10	88123	88132	20 %	60 %	20 %	0 %	94986511
56	NC_008011	ATTTT	2	10	89247	89256	20 %	80 %	0 %	0 %	94986511
57	NC_008011	TTTTG	2	10	91151	91160	0 %	80 %	20 %	0 %	94986513
58	NC_008011	CAAAC	2	10	93048	93057	60 %	0 %	0 %	40 %	94986514
59	NC_008011	TGTAA	2	10	97600	97609	40 %	40 %	20 %	0 %	94986519
60	NC_008011	TAATA	2	10	97674	97683	60 %	40 %	0 %	0 %	94986519
61	NC_008011	TTTTC	2	10	98379	98388	0 %	80 %	0 %	20 %	94986520
62	NC_008011	AAGAT	2	10	98752	98761	60 %	20 %	20 %	0 %	94986520
63	NC_008011	ATTAT	2	10	101570	101579	40 %	60 %	0 %	0 %	94986523
64	NC_008011	AATAA	2	10	103265	103274	80 %	20 %	0 %	0 %	94986524
65	NC_008011	TCATT	2	10	103509	103518	20 %	60 %	0 %	20 %	94986525
66	NC_008011	TTGGG	2	10	107027	107036	0 %	40 %	60 %	0 %	94986527
67	NC_008011	TAGCA	2	10	107176	107185	40 %	20 %	20 %	20 %	94986527
68	NC_008011	CATAA	2	10	113107	113116	60 %	20 %	0 %	20 %	94986531
69	NC_008011	CCTTT	2	10	114397	114406	0 %	60 %	0 %	40 %	94986532
70	NC_008011	CACCT	2	10	117221	117230	20 %	20 %	0 %	60 %	94986536
71	NC_008011	ATTCT	2	10	117590	117599	20 %	60 %	0 %	20 %	94986536
72	NC_008011	GAGCA	2	10	118138	118147	40 %	0 %	40 %	20 %	94986537
73	NC_008011	TAGAT	2	10	119651	119660	40 %	40 %	20 %	0 %	94986538
74	NC_008011	TTCAC	2	10	119837	119846	20 %	40 %	0 %	40 %	94986538
75	NC_008011	GGTTG	2	10	120532	120541	0 %	40 %	60 %	0 %	94986539
76	NC_008011	CTGGA	2	10	120582	120591	20 %	20 %	40 %	20 %	94986539
77	NC_008011	ATATG	2	10	121761	121770	40 %	40 %	20 %	0 %	94986540
78	NC_008011	AACAG	2	10	125875	125884	60 %	0 %	20 %	20 %	94986543
79	NC_008011	ATAAA	2	10	127357	127366	80 %	20 %	0 %	0 %	94986545
80	NC_008011	CAGTG	2	10	127995	128004	20 %	20 %	40 %	20 %	94986546
81	NC_008011	TCCCA	2	10	128681	128690	20 %	20 %	0 %	60 %	94986547
82	NC_008011	GCTGA	2	10	129232	129241	20 %	20 %	40 %	20 %	94986547
83	NC_008011	ACAGT	2	10	133595	133604	40 %	20 %	20 %	20 %	94986550
84	NC_008011	GGCAA	2	10	135527	135536	40 %	0 %	40 %	20 %	94986551
85	NC_008011	ATAAC	2	10	136839	136848	60 %	20 %	0 %	20 %	94986552
86	NC_008011	TCTAT	2	10	140810	140819	20 %	60 %	0 %	20 %	94986556
87	NC_008011	ATTAT	2	10	141006	141015	40 %	60 %	0 %	0 %	94986556
88	NC_008011	ACCTC	2	10	147882	147891	20 %	20 %	0 %	60 %	94986562
89	NC_008011	ATAAA	2	10	148597	148606	80 %	20 %	0 %	0 %	94986562
90	NC_008011	TTATA	2	10	149364	149373	40 %	60 %	0 %	0 %	94986563
91	NC_008011	TTATT	2	10	149400	149409	20 %	80 %	0 %	0 %	94986563
92	NC_008011	TGTAC	2	10	149644	149653	20 %	40 %	20 %	20 %	94986563
93	NC_008011	CTTAC	2	10	152722	152731	20 %	40 %	0 %	40 %	94986567
94	NC_008011	TAGTA	2	10	153427	153436	40 %	40 %	20 %	0 %	94986568
95	NC_008011	GATAT	2	10	154271	154280	40 %	40 %	20 %	0 %	94986569
96	NC_008011	TTGAT	2	10	156726	156735	20 %	60 %	20 %	0 %	94986571
97	NC_008011	AGAAA	2	10	156842	156851	80 %	0 %	20 %	0 %	94986571
98	NC_008011	TACAT	2	10	157243	157252	40 %	40 %	0 %	20 %	94986571
99	NC_008011	TGAGG	2	10	158275	158284	20 %	20 %	60 %	0 %	94986572
100	NC_008011	TTAGT	2	10	162230	162239	20 %	60 %	20 %	0 %	94986576
101	NC_008011	TGTTC	2	10	162712	162721	0 %	60 %	20 %	20 %	94986576
102	NC_008011	TTCTT	2	10	163086	163095	0 %	80 %	0 %	20 %	94986577
103	NC_008011	GTTAT	2	10	163651	163660	20 %	60 %	20 %	0 %	94986577
104	NC_008011	AATGG	2	10	165383	165392	40 %	20 %	40 %	0 %	94986579
105	NC_008011	ATGCA	2	10	165560	165569	40 %	20 %	20 %	20 %	94986579
106	NC_008011	AGAAA	2	10	166194	166203	80 %	0 %	20 %	0 %	94986580
107	NC_008011	CAATG	2	10	170418	170427	40 %	20 %	20 %	20 %	94986582
108	NC_008011	TTTTA	2	10	172284	172293	20 %	80 %	0 %	0 %	94986585
109	NC_008011	TAACA	2	10	178547	178556	60 %	20 %	0 %	20 %	94986587
110	NC_008011	GCTTT	2	10	181211	181220	0 %	60 %	20 %	20 %	94986589
111	NC_008011	CTGTG	2	10	182282	182291	0 %	40 %	40 %	20 %	94986590
112	NC_008011	GGAGA	2	10	183526	183535	40 %	0 %	60 %	0 %	94986590
113	NC_008011	TTGTA	2	10	184080	184089	20 %	60 %	20 %	0 %	94986591
114	NC_008011	AATTA	2	10	184433	184442	60 %	40 %	0 %	0 %	94986591
115	NC_008011	ATGAT	2	10	186805	186814	40 %	40 %	20 %	0 %	94986593
116	NC_008011	CAATC	2	10	187381	187390	40 %	20 %	0 %	40 %	94986593
117	NC_008011	CTGTT	2	10	187895	187904	0 %	60 %	20 %	20 %	94986593
118	NC_008011	TTGGT	2	10	189919	189928	0 %	60 %	40 %	0 %	94986595
119	NC_008011	TGTAA	2	10	190022	190031	40 %	40 %	20 %	0 %	94986595
120	NC_008011	ATAAG	2	10	190187	190196	60 %	20 %	20 %	0 %	94986595
121	NC_008011	TTCTT	2	10	191224	191233	0 %	80 %	0 %	20 %	94986597
122	NC_008011	ATTTG	2	10	191453	191462	20 %	60 %	20 %	0 %	94986597
123	NC_008011	TAGAT	2	10	192346	192355	40 %	40 %	20 %	0 %	94986597
124	NC_008011	CATCC	2	10	193008	193017	20 %	20 %	0 %	60 %	94986597
125	NC_008011	GTTTT	2	10	195619	195628	0 %	80 %	20 %	0 %	94986601
126	NC_008011	ACCTG	2	10	201189	201198	20 %	20 %	20 %	40 %	94986605
127	NC_008011	CAATC	2	10	202639	202648	40 %	20 %	0 %	40 %	94986606
128	NC_008011	TTCTT	2	10	203117	203126	0 %	80 %	0 %	20 %	94986607
129	NC_008011	GTTAA	2	10	207775	207784	40 %	40 %	20 %	0 %	94986612
130	NC_008011	AGAAA	2	10	210351	210360	80 %	0 %	20 %	0 %	94986612
131	NC_008011	TTTAA	2	10	212505	212514	40 %	60 %	0 %	0 %	94986613
132	NC_008011	AGAAC	2	10	213057	213066	60 %	0 %	20 %	20 %	94986613
133	NC_008011	AATTA	2	10	213946	213955	60 %	40 %	0 %	0 %	94986614
134	NC_008011	AACAA	2	10	218745	218754	80 %	0 %	0 %	20 %	94986617
135	NC_008011	TTGCT	2	10	219193	219202	0 %	60 %	20 %	20 %	94986617
136	NC_008011	CATTA	2	10	219464	219473	40 %	40 %	0 %	20 %	94986617
137	NC_008011	GAATT	2	10	220000	220009	40 %	40 %	20 %	0 %	94986618
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