MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Lawsonia intracellularis PHE/MN1-00 chromosome

Total Repeats: 30963

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
4501	NC_008011	GAA	2	6	222055	222060	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94986619
4502	NC_008011	TTCT	2	8	222061	222068	0 %	75 %	0 %	25 %	94986619
4503	NC_008011	TTG	2	6	222126	222131	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94986619
4504	NC_008011	AGT	2	6	222239	222244	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94986619
4505	NC_008011	GC	3	6	222275	222280	0 %	0 %	50 %	50 %	94986619
4506	NC_008011	AAC	2	6	222326	222331	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94986619
4507	NC_008011	GAGG	2	8	222433	222440	25 %	0 %	75 %	0 %	94986619
4508	NC_008011	A	6	6	222446	222451	100 %	0 %	0 %	0 %	94986619
4509	NC_008011	TGC	2	6	222481	222486	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94986619
4510	NC_008011	CAA	2	6	222522	222527	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94986619
4511	NC_008011	TGA	2	6	222538	222543	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94986619
4512	NC_008011	CTG	2	6	222653	222658	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94986619
4513	NC_008011	GCA	2	6	222676	222681	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94986619
4514	NC_008011	CGA	2	6	222742	222747	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94986619
4515	NC_008011	ACTT	2	8	222783	222790	25 %	50 %	0 %	25 %	94986619
4516	NC_008011	GGA	2	6	222806	222811	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	94986619
4517	NC_008011	T	6	6	222842	222847	0 %	100 %	0 %	0 %	94986619
4518	NC_008011	CAG	2	6	222848	222853	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94986619
4519	NC_008011	A	6	6	222873	222878	100 %	0 %	0 %	0 %	94986619
4520	NC_008011	T	7	7	222960	222966	0 %	100 %	0 %	0 %	94986620
4521	NC_008011	GAG	2	6	222973	222978	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	94986620
4522	NC_008011	TCCCC	2	10	223032	223041	0 %	20 %	0 %	80 %	94986620
4523	NC_008011	GGA	2	6	223084	223089	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	94986620
4524	NC_008011	CCCA	2	8	223196	223203	25 %	0 %	0 %	75 %	94986620
4525	NC_008011	CAGA	2	8	223210	223217	50 %	0 %	25 %	25 %	94986620
4526	NC_008011	AGA	2	6	223241	223246	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94986620
4527	NC_008011	CTG	2	6	223290	223295	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94986620
4528	NC_008011	GTC	2	6	223325	223330	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94986620
4529	NC_008011	ACTT	2	8	224033	224040	25 %	50 %	0 %	25 %	94986621
4530	NC_008011	TA	3	6	224047	224052	50 %	50 %	0 %	0 %	94986621
4531	NC_008011	CAA	2	6	224061	224066	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94986621
4532	NC_008011	TTC	2	6	224080	224085	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94986621
4533	NC_008011	AAAG	2	8	224121	224128	75 %	0 %	25 %	0 %	94986621
4534	NC_008011	TAT	2	6	224161	224166	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94986621
4535	NC_008011	TAC	2	6	224188	224193	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94986621
4536	NC_008011	AT	3	6	224213	224218	50 %	50 %	0 %	0 %	94986621
4537	NC_008011	ACC	2	6	224225	224230	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94986621
4538	NC_008011	TGCT	2	8	224239	224246	0 %	50 %	25 %	25 %	94986621
4539	NC_008011	GAT	2	6	224410	224415	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94986621
4540	NC_008011	GCT	2	6	224452	224457	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94986621
4541	NC_008011	TA	3	6	224526	224531	50 %	50 %	0 %	0 %	94986621
4542	NC_008011	CAAT	2	8	224720	224727	50 %	25 %	0 %	25 %	94986622
4543	NC_008011	TCC	2	6	224851	224856	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	94986622
4544	NC_008011	CAG	2	6	224902	224907	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94986622
4545	NC_008011	CTTG	2	8	224918	224925	0 %	50 %	25 %	25 %	94986622
4546	NC_008011	CAT	2	6	225003	225008	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94986622
4547	NC_008011	CT	3	6	225124	225129	0 %	50 %	0 %	50 %	94986622
4548	NC_008011	ACA	3	9	225131	225139	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94986622
4549	NC_008011	ATA	2	6	225181	225186	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94986622
4550	NC_008011	GAC	2	6	225989	225994	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94986623
4551	NC_008011	GAT	2	6	226002	226007	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94986623
4552	NC_008011	CA	3	6	226051	226056	50 %	0 %	0 %	50 %	94986623
4553	NC_008011	CGGG	2	8	226108	226115	0 %	0 %	75 %	25 %	94986623
4554	NC_008011	T	6	6	226144	226149	0 %	100 %	0 %	0 %	94986623
4555	NC_008011	TGG	2	6	226166	226171	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	94986623
4556	NC_008011	CAT	2	6	226187	226192	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94986623
4557	NC_008011	GA	3	6	226237	226242	50 %	0 %	50 %	0 %	94986623
4558	NC_008011	TTC	2	6	226270	226275	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94986623
4559	NC_008011	CCG	2	6	226316	226321	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	94986623
4560	NC_008011	CA	3	6	226388	226393	50 %	0 %	0 %	50 %	94986623
4561	NC_008011	CCAT	2	8	226420	226427	25 %	25 %	0 %	50 %	94986623
4562	NC_008011	ACAG	2	8	226513	226520	50 %	0 %	25 %	25 %	94986623
4563	NC_008011	GGC	2	6	226546	226551	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	94986623
4564	NC_008011	ATGG	2	8	226560	226567	25 %	25 %	50 %	0 %	94986623
4565	NC_008011	TAAA	2	8	226596	226603	75 %	25 %	0 %	0 %	94986623
4566	NC_008011	CTG	2	6	226622	226627	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94986623
4567	NC_008011	AAC	2	6	226662	226667	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94986623
4568	NC_008011	A	6	6	226687	226692	100 %	0 %	0 %	0 %	94986623
4569	NC_008011	GTG	2	6	226711	226716	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	94986623
4570	NC_008011	TCG	2	6	226811	226816	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94986623
4571	NC_008011	GCA	2	6	226820	226825	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94986623
4572	NC_008011	AGGGA	2	10	226827	226836	40 %	0 %	60 %	0 %	94986623
4573	NC_008011	AT	3	6	226880	226885	50 %	50 %	0 %	0 %	94986623
4574	NC_008011	TGGA	2	8	226964	226971	25 %	25 %	50 %	0 %	94986623
4575	NC_008011	TC	3	6	226999	227004	0 %	50 %	0 %	50 %	94986623
4576	NC_008011	GCG	2	6	227116	227121	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	94986623
4577	NC_008011	CATC	2	8	227162	227169	25 %	25 %	0 %	50 %	94986623
4578	NC_008011	CGC	2	6	227239	227244	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	94986623
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4580	NC_008011	TTCT	2	8	227262	227269	0 %	75 %	0 %	25 %	94986623
4581	NC_008011	TGAT	2	8	227273	227280	25 %	50 %	25 %	0 %	94986623
4582	NC_008011	TGA	2	6	227396	227401	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94986623
4583	NC_008011	TTG	2	6	227473	227478	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94986623
4584	NC_008011	TGG	2	6	227489	227494	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	94986623
4585	NC_008011	GAACA	2	10	227520	227529	60 %	0 %	20 %	20 %	94986623
4586	NC_008011	AG	3	6	227593	227598	50 %	0 %	50 %	0 %	94986623
4587	NC_008011	AAG	2	6	227672	227677	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94986623
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4590	NC_008011	T	6	6	228358	228363	0 %	100 %	0 %	0 %	94986624
4591	NC_008011	CTG	2	6	228431	228436	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94986624
4592	NC_008011	CTG	2	6	228500	228505	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94986624
4593	NC_008011	TTG	2	6	228506	228511	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94986624
4594	NC_008011	GCA	2	6	228522	228527	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94986624
4595	NC_008011	GCT	2	6	228810	228815	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94986624
4596	NC_008011	CCG	2	6	228834	228839	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	94986624
4597	NC_008011	TCT	2	6	228856	228861	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94986624
4598	NC_008011	CGC	2	6	228899	228904	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	94986624
4599	NC_008011	TGCAC	2	10	228951	228960	20 %	20 %	20 %	40 %	94986624
4600	NC_008011	CCA	2	6	228981	228986	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94986624
4601	NC_008011	ACG	2	6	229090	229095	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94986624
4602	NC_008011	CTT	2	6	229126	229131	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94986624
4603	NC_008011	TCTT	2	8	229172	229179	0 %	75 %	0 %	25 %	94986624
4604	NC_008011	A	6	6	229516	229521	100 %	0 %	0 %	0 %	94986625
4605	NC_008011	CAA	2	6	229599	229604	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94986625
4606	NC_008011	ACC	2	6	229640	229645	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94986625
4607	NC_008011	ATATGA	2	12	229665	229676	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	94986625
4608	NC_008011	A	6	6	229682	229687	100 %	0 %	0 %	0 %	94986625
4609	NC_008011	A	6	6	229727	229732	100 %	0 %	0 %	0 %	94986625
4610	NC_008011	CTG	2	6	229766	229771	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94986625
4611	NC_008011	ATA	2	6	229826	229831	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94986625
4612	NC_008011	TAAA	2	8	229871	229878	75 %	25 %	0 %	0 %	94986625
4613	NC_008011	AT	3	6	229887	229892	50 %	50 %	0 %	0 %	94986625
4614	NC_008011	CAG	2	6	229919	229924	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94986625
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4617	NC_008011	TGC	2	6	230064	230069	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94986625
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4620	NC_008011	CGAAT	2	10	230185	230194	40 %	20 %	20 %	20 %	94986625
4621	NC_008011	A	6	6	230223	230228	100 %	0 %	0 %	0 %	94986625
4622	NC_008011	AAAC	2	8	230255	230262	75 %	0 %	0 %	25 %	94986625
4623	NC_008011	TAC	2	6	230277	230282	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94986626
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4625	NC_008011	AG	3	6	230331	230336	50 %	0 %	50 %	0 %	94986626
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4996	NC_008011	CAGCAT	2	12	248573	248584	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	94986640
4997	NC_008011	CAT	2	6	248704	248709	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94986640
4998	NC_008011	A	7	7	248727	248733	100 %	0 %	0 %	0 %	94986640
4999	NC_008011	AGC	2	6	248763	248768	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94986640
5000	NC_008011	GAAAT	2	10	248810	248819	60 %	20 %	20 %	0 %	94986640

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