MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Lactobacillus salivarius UCC118 plasmid pMP118

Total Repeats: 87

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007930	ATAAAG	2	12	5475	5486	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	90962711
2	NC_007930	ATTGAA	2	12	5552	5563	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	90962711
3	NC_007930	GCCATT	2	12	8987	8998	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	90962715
4	NC_007930	CAAAGG	2	12	10727	10738	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	90962715
5	NC_007930	TGGAAG	2	12	12284	12295	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	90962716
6	NC_007930	CAAACT	2	12	15906	15917	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	90962719
7	NC_007930	AAGCTT	2	12	18709	18720	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	90962722
8	NC_007930	AAAAAT	2	12	24492	24503	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	90962726
9	NC_007930	TCTTTT	2	12	26406	26417	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	90962728
10	NC_007930	ATGTAA	2	12	26894	26905	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	90962728
11	NC_007930	TAAAAG	2	12	39037	39048	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	90962733
12	NC_007930	AAAATT	2	12	40374	40385	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	90962733
13	NC_007930	CAGGAA	2	12	46080	46091	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	90962737
14	NC_007930	CTGGTA	2	12	46893	46904	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	90962737
15	NC_007930	ATATCA	2	12	55815	55826	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	90962746
16	NC_007930	AGCTAA	2	12	64533	64544	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	90962753
17	NC_007930	CTATAT	2	12	65240	65251	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	90962753
18	NC_007930	AGCTAA	2	12	65520	65531	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	90962753
19	NC_007930	AAAGTC	2	12	69596	69607	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	90962758
20	NC_007930	TTCTTA	2	12	69689	69700	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	90962758
21	NC_007930	GATAAA	2	12	71749	71760	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	90962759
22	NC_007930	TCCAAC	2	12	75611	75622	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	90962762
23	NC_007930	AATTTT	2	12	76354	76365	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	90962763
24	NC_007930	GCTCAA	2	12	78760	78771	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	90962766
25	NC_007930	CTCAAA	2	12	79388	79399	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	90962766
26	NC_007930	AGTGAA	2	12	80005	80016	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	90962766
27	NC_007930	ATCTAC	2	12	80282	80293	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	90962766
28	NC_007930	TGATAA	2	12	80606	80617	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	90962767
29	NC_007930	GCAGGT	2	12	80862	80873	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	90962767
30	NC_007930	AAATCT	2	12	82566	82577	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	90962769
31	NC_007930	GTTGAT	2	12	83747	83758	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	90962770
32	NC_007930	TGTAGA	2	12	84053	84064	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	90962771
33	NC_007930	GAATTA	2	12	88533	88544	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	90962777
34	NC_007930	CAATTA	2	12	95082	95093	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	90962784
35	NC_007930	TAAAAT	2	12	98738	98749	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	90962787
36	NC_007930	TCTTTT	2	12	99180	99191	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	90962787
37	NC_007930	ATCTTG	2	12	100218	100229	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	90962789
38	NC_007930	TTACTA	2	12	100537	100548	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	90962789
39	NC_007930	AAGACC	2	12	100803	100814	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	90962789
40	NC_007930	CATTTT	2	12	101126	101137	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	90962789
41	NC_007930	AAAATG	2	12	102805	102816	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	90962790
42	NC_007930	AAATTT	2	12	103396	103407	50 %	50 %	0 %	0 %	90962790
43	NC_007930	AAAGCA	2	12	105346	105357	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	90962791
44	NC_007930	GAGTTT	2	12	106688	106699	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	90962791
45	NC_007930	AAATCA	2	12	107260	107271	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	90962791
46	NC_007930	TAAAAA	2	12	109033	109044	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	90962794
47	NC_007930	CGTCAT	2	12	110491	110502	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	90962796
48	NC_007930	TAGCAT	2	12	122325	122336	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	90962803
49	NC_007930	CTTCTA	2	12	126431	126442	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	90962806
50	NC_007930	CTGTTT	2	12	134289	134300	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	90962812
51	NC_007930	TTTGCA	2	12	134627	134638	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	90962812
52	NC_007930	ACAGTT	2	12	137508	137519	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	90962817
53	NC_007930	TTTTCT	2	12	144682	144693	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	90962825
54	NC_007930	ATTAAA	2	12	154003	154014	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	90962839
55	NC_007930	ATTCCG	2	12	156479	156490	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	90962841
56	NC_007930	TTCATT	2	12	156719	156730	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	90962841
57	NC_007930	TGGTGA	2	12	159238	159249	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	90962844
58	NC_007930	TTTTAA	2	12	164546	164557	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	90962848
59	NC_007930	GTATCA	2	12	170253	170264	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	90962851
60	NC_007930	TTCAAC	2	12	170862	170873	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	90962852
61	NC_007930	AAATTC	2	12	174953	174964	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	90962856
62	NC_007930	CTTTAA	2	12	175479	175490	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	90962856
63	NC_007930	ATTTTT	2	12	176581	176592	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	90962857
64	NC_007930	CATAAA	2	12	176833	176844	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	90962857
65	NC_007930	TCTTTT	2	12	182443	182454	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	90962863
66	NC_007930	ACCAAT	2	12	183005	183016	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	90962864
67	NC_007930	CTACTG	2	12	185437	185448	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	90962867
68	NC_007930	ACATTG	2	12	186918	186929	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	90962868
69	NC_007930	AAATAT	2	12	188661	188672	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	90962869
70	NC_007930	CTTTTT	2	12	189893	189904	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	90962872
71	NC_007930	CATCGC	2	12	190822	190833	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	90962874
72	NC_007930	CTATAT	2	12	201153	201164	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	90962882
73	NC_007930	ACCATA	2	12	201478	201489	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	90962882
74	NC_007930	TTGCTT	2	12	202468	202479	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	90962882
75	NC_007930	CTAATC	2	12	204301	204312	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	90962885
76	NC_007930	ACCTAT	2	12	206985	206996	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	90962891
77	NC_007930	TTTATT	2	12	208025	208036	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	90962894
78	NC_007930	TCAAAG	2	12	208483	208494	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	90962896
79	NC_007930	GCTACT	2	12	210420	210431	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	90962899
80	NC_007930	CTTTTT	2	12	216663	216674	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	90962905
81	NC_007930	TAAAAA	2	12	224422	224433	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	90962914
82	NC_007930	GCAACT	2	12	231797	231808	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	90962920
83	NC_007930	AATTAA	2	12	232432	232443	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	90962921
84	NC_007930	CTATAA	2	12	234379	234390	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	90962923
85	NC_007930	GAAGTT	2	12	236816	236827	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	90962926
86	NC_007930	AATTCC	2	12	238017	238028	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	90962927
87	NC_007930	ACTTAC	2	12	239219	239230	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	90962927

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.