MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Leptospira interrogans serovar Copenhageni str. Fiocruz L1-130 chromosome II

Total Repeats: 139

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_005824	CGGAGA	2	12	1040	1051	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	45655586
2	NC_005824	AGGAGA	2	12	2883	2894	50 %	0 %	50 %	0 %	45655587
3	NC_005824	TTCTTT	2	12	4073	4084	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	45655588
4	NC_005824	GAACCG	2	12	4510	4521	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	45655588
5	NC_005824	AAAAGA	2	12	8948	8959	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	45655593
6	NC_005824	ATTTTT	2	12	12257	12268	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	45655596
7	NC_005824	TTTGAC	2	12	12898	12909	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	45655597
8	NC_005824	TTTAGA	2	12	20286	20297	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	45655602
9	NC_005824	TAAATT	2	12	20648	20659	50 %	50 %	0 %	0 %	45655602
10	NC_005824	GGAAAA	2	12	20947	20958	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	45655603
11	NC_005824	GGATTT	2	12	21249	21260	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	45655603
12	NC_005824	TTTTGT	2	12	22780	22791	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	45655605
13	NC_005824	AAAAAT	2	12	24032	24043	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	45655606
14	NC_005824	GAAAAA	2	12	24250	24261	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	45655606
15	NC_005824	GACGGA	2	12	30840	30851	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	45655614
16	NC_005824	CTTGGA	2	12	31210	31221	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	45655615
17	NC_005824	TGATCG	2	12	32632	32643	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	45655617
18	NC_005824	GAAAAA	2	12	35377	35388	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	45655618
19	NC_005824	GGAAAA	2	12	35599	35610	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	45655618
20	NC_005824	GTTTAA	2	12	42783	42794	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	45655625
21	NC_005824	ATTCTA	2	12	43209	43220	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	45655625
22	NC_005824	CGGAAT	2	12	45302	45313	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	45655627
23	NC_005824	AACCAA	2	12	47897	47908	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	45655629
24	NC_005824	GAATTA	2	12	51541	51552	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	45655633
25	NC_005824	TAGGGG	2	12	51693	51704	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	45655633
26	NC_005824	TTTTCT	2	12	69010	69021	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	45655646
27	NC_005824	GGAAAT	2	12	70048	70059	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	45655646
28	NC_005824	AGTTTT	2	12	77265	77276	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	45655654
29	NC_005824	TTGAAC	2	12	77882	77893	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	45655654
30	NC_005824	TTTCTT	2	12	79879	79890	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	45655656
31	NC_005824	CAAAAA	2	12	83031	83042	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	45655658
32	NC_005824	GAAAAA	2	12	83076	83087	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	45655658
33	NC_005824	AGCAGA	2	12	84074	84085	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	45655658
34	NC_005824	AAAAAT	2	12	84225	84236	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	45655658
35	NC_005824	ATAGAA	2	12	86970	86981	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	45655660
36	NC_005824	TTGCTT	2	12	87127	87138	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	45655660
37	NC_005824	TTTCGA	2	12	88053	88064	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	45655660
38	NC_005824	TTTTTC	2	12	88811	88822	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	45655661
39	NC_005824	GAATTC	2	12	92597	92608	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	45655665
40	NC_005824	TTTCTT	2	12	96937	96948	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	45655668
41	NC_005824	TGGAAC	2	12	99844	99855	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	45655670
42	NC_005824	TCTAAT	2	12	102920	102931	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	45655672
43	NC_005824	TTCGAT	2	12	104662	104673	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	45655673
44	NC_005824	CAAAGT	2	12	105380	105391	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	45655674
45	NC_005824	TTTTCA	2	12	116689	116700	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	45655683
46	NC_005824	TTGCAG	2	12	120062	120073	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	45655686
47	NC_005824	TCAAAA	2	12	125909	125920	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	45655689
48	NC_005824	TTGGGA	2	12	126412	126423	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	45655689
49	NC_005824	GTTAAT	2	12	129358	129369	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	45655692
50	NC_005824	TTTCTT	2	12	129759	129770	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	45655692
51	NC_005824	CAATTT	2	12	135366	135377	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	45655695
52	NC_005824	TGCCAT	2	12	136414	136425	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	45655696
53	NC_005824	AAAACT	2	12	136915	136926	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	45655697
54	NC_005824	GATAAA	2	12	140522	140533	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	45655699
55	NC_005824	CTTTTG	2	12	141438	141449	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	45655700
56	NC_005824	TTTTTG	2	12	143085	143096	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	45655702
57	NC_005824	TCTAAC	2	12	144284	144295	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	45655703
58	NC_005824	CAAGTC	2	12	146391	146402	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	45655704
59	NC_005824	CTTTTT	2	12	147597	147608	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	45655706
60	NC_005824	AGTGCG	2	12	148764	148775	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	45655706
61	NC_005824	TGTCTT	2	12	151115	151126	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	45655709
62	NC_005824	TTTTCG	2	12	152821	152832	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	45655711
63	NC_005824	TCTGGA	2	12	153814	153825	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	45655712
64	NC_005824	TCAATT	2	12	153925	153936	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	45655712
65	NC_005824	TTCCGA	2	12	154526	154537	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	45655712
66	NC_005824	CGGTTA	2	12	165377	165388	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	45655720
67	NC_005824	AAAATT	2	12	165661	165672	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	45655720
68	NC_005824	AAGGGA	2	12	169914	169925	50 %	0 %	50 %	0 %	45655724
69	NC_005824	GTTCAG	2	12	170649	170660	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	45655725
70	NC_005824	CGATTT	2	12	171422	171433	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	45655725
71	NC_005824	AAAAGA	2	12	175123	175134	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	45655727
72	NC_005824	TAAAAA	2	12	177554	177565	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	45655728
73	NC_005824	TTGATT	2	12	177600	177611	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	45655728
74	NC_005824	AAGGAA	2	12	180144	180155	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	45655730
75	NC_005824	GTAGAA	2	12	185563	185574	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	45655734
76	NC_005824	AGTGTA	2	12	186114	186125	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	45655735
77	NC_005824	TTTTCT	2	12	187945	187956	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	45655737
78	NC_005824	AATAAA	2	12	188118	188129	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	45655737
79	NC_005824	AGAAAG	2	12	191899	191910	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	45655740
80	NC_005824	TTTTGA	2	12	193050	193061	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	45655741
81	NC_005824	TTTTGA	2	12	194520	194531	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	45655742
82	NC_005824	CTAAAA	2	12	196047	196058	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	45655743
83	NC_005824	ATCGTT	2	12	197014	197025	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	45655744
84	NC_005824	GATTTT	2	12	198489	198500	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	45655745
85	NC_005824	TTTTTA	2	12	199103	199114	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	45655746
86	NC_005824	TGATTT	2	12	200356	200367	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	45655746
87	NC_005824	GTGAAT	2	12	200915	200926	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	45655747
88	NC_005824	AAATCC	2	12	201037	201048	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	45655747
89	NC_005824	TTATAT	2	12	202446	202457	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	45655748
90	NC_005824	TACGTT	2	12	202512	202523	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	45655748
91	NC_005824	AACGAA	2	12	204057	204068	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	45655749
92	NC_005824	ATTTTT	2	12	207254	207265	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	45655753
93	NC_005824	ATTCTG	2	12	208110	208121	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	45655754
94	NC_005824	AATCCA	2	12	209155	209166	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	45655754
95	NC_005824	AAATAC	2	12	218736	218747	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	45655758
96	NC_005824	GTATTT	2	12	221486	221497	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	45655760
97	NC_005824	ATCAAT	2	12	228643	228654	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	45655763
98	NC_005824	ACCACT	2	12	230347	230358	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	45655764
99	NC_005824	TGTTTC	2	12	231376	231387	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	45655764
100	NC_005824	GATTTT	2	12	233149	233160	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	45655765
101	NC_005824	AAATTC	2	12	234167	234178	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	45655765
102	NC_005824	TGGAAT	2	12	234237	234248	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	45655765
103	NC_005824	GTAGAA	2	12	238841	238852	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	45655770
104	NC_005824	TAGAAA	2	12	241655	241666	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	45655772
105	NC_005824	TCCAAA	2	12	244276	244287	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	45655773
106	NC_005824	TGGCTT	2	12	253918	253929	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	45655778
107	NC_005824	TCCAAC	2	12	254402	254413	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	45655778
108	NC_005824	AAGGAT	2	12	254731	254742	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	45655778
109	NC_005824	CGATTT	2	12	256368	256379	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	45655779
110	NC_005824	TATAAA	2	12	256567	256578	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	45655780
111	NC_005824	TTTTAG	2	12	262755	262766	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	45655784
112	NC_005824	GATTGA	2	12	263598	263609	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	45655785
113	NC_005824	TCAAAA	2	12	265832	265843	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	45655787
114	NC_005824	CGATGA	2	12	268325	268336	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	45655789
115	NC_005824	AGATTA	2	12	273222	273233	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	45655792
116	NC_005824	GAAAAA	2	12	274341	274352	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	45655794
117	NC_005824	AATTTT	2	12	277210	277221	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	45655796
118	NC_005824	ATCAAT	2	12	277950	277961	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	45655797
119	NC_005824	CACAAA	2	12	280139	280150	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	45655799
120	NC_005824	TTGGAA	2	12	283282	283293	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	45655801
121	NC_005824	AAGAAA	2	12	284509	284520	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	45655803
122	NC_005824	GTAGAA	2	12	292673	292684	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	45655808
123	NC_005824	TTAAAA	2	12	295386	295397	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	45655811
124	NC_005824	ATTTTT	2	12	297622	297633	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	45655813
125	NC_005824	GTAAGA	2	12	316795	316806	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	45655824
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.