MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Leptospira interrogans serovar Copenhageni str. Fiocruz L1-130 chromosome II

Total Repeats: 279

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_005824	AAATC	2	10	67	76	60 %	20 %	0 %	20 %	45655586
2	NC_005824	GGTCT	2	10	922	931	0 %	40 %	40 %	20 %	45655586
3	NC_005824	GAGAA	2	10	7624	7633	60 %	0 %	40 %	0 %	45655592
4	NC_005824	AAAGA	2	10	10476	10485	80 %	0 %	20 %	0 %	45655594
5	NC_005824	GAATC	2	10	11543	11552	40 %	20 %	20 %	20 %	45655595
6	NC_005824	ATCAA	2	10	11808	11817	60 %	20 %	0 %	20 %	45655595
7	NC_005824	TCAAA	2	10	12455	12464	60 %	20 %	0 %	20 %	45655596
8	NC_005824	GATCC	2	10	12662	12671	20 %	20 %	20 %	40 %	45655596
9	NC_005824	AAGAA	2	10	13218	13227	80 %	0 %	20 %	0 %	45655597
10	NC_005824	TCTAT	2	10	13986	13995	20 %	60 %	0 %	20 %	45655598
11	NC_005824	CAAAA	2	10	14377	14386	80 %	0 %	0 %	20 %	45655598
12	NC_005824	AGGTA	2	10	15282	15291	40 %	20 %	40 %	0 %	45655599
13	NC_005824	ACAAA	2	10	15451	15460	80 %	0 %	0 %	20 %	45655599
14	NC_005824	CAAAA	2	10	16816	16825	80 %	0 %	0 %	20 %	45655600
15	NC_005824	TGTAT	2	10	18671	18680	20 %	60 %	20 %	0 %	45655601
16	NC_005824	CCCTA	2	10	18703	18712	20 %	20 %	0 %	60 %	45655601
17	NC_005824	TGTCC	2	10	19815	19824	0 %	40 %	20 %	40 %	45655602
18	NC_005824	CTATT	2	10	19933	19942	20 %	60 %	0 %	20 %	45655602
19	NC_005824	GGTTT	2	10	20532	20541	0 %	60 %	40 %	0 %	45655602
20	NC_005824	AAGAA	2	10	22138	22147	80 %	0 %	20 %	0 %	45655604
21	NC_005824	TACTT	2	10	22855	22864	20 %	60 %	0 %	20 %	45655605
22	NC_005824	AGGGG	2	10	22904	22913	20 %	0 %	80 %	0 %	45655605
23	NC_005824	GTAGG	2	10	24166	24175	20 %	20 %	60 %	0 %	45655606
24	NC_005824	TAAGT	2	10	25769	25778	40 %	40 %	20 %	0 %	45655609
25	NC_005824	ATATC	2	10	26703	26712	40 %	40 %	0 %	20 %	45655610
26	NC_005824	CAAAA	2	10	27350	27359	80 %	0 %	0 %	20 %	45655611
27	NC_005824	TGGCT	2	10	28216	28225	0 %	40 %	40 %	20 %	45655611
28	NC_005824	GTTTT	2	10	29483	29492	0 %	80 %	20 %	0 %	45655613
29	NC_005824	GAATT	2	10	29696	29705	40 %	40 %	20 %	0 %	45655613
30	NC_005824	CTTTT	2	10	32316	32325	0 %	80 %	0 %	20 %	45655617
31	NC_005824	GAAAA	2	10	32749	32758	80 %	0 %	20 %	0 %	45655617
32	NC_005824	TTTTC	2	10	32780	32789	0 %	80 %	0 %	20 %	45655617
33	NC_005824	ACTCC	2	10	34625	34634	20 %	20 %	0 %	60 %	45655618
34	NC_005824	ATCAA	2	10	34799	34808	60 %	20 %	0 %	20 %	45655618
35	NC_005824	AAATC	2	10	37769	37778	60 %	20 %	0 %	20 %	45655619
36	NC_005824	TAAAG	2	10	39137	39146	60 %	20 %	20 %	0 %	45655621
37	NC_005824	CTTTA	2	10	39400	39409	20 %	60 %	0 %	20 %	45655621
38	NC_005824	TTTTC	2	10	39944	39953	0 %	80 %	0 %	20 %	45655622
39	NC_005824	TGGAT	2	10	42176	42185	20 %	40 %	40 %	0 %	45655624
40	NC_005824	TTTCC	2	10	42328	42337	0 %	60 %	0 %	40 %	45655624
41	NC_005824	CGGAA	2	10	42362	42371	40 %	0 %	40 %	20 %	45655624
42	NC_005824	ATTGG	2	10	42680	42689	20 %	40 %	40 %	0 %	45655624
43	NC_005824	ATTTT	2	10	44576	44585	20 %	80 %	0 %	0 %	45655626
44	NC_005824	ACTTG	2	10	44853	44862	20 %	40 %	20 %	20 %	45655626
45	NC_005824	ATTTT	2	10	45032	45041	20 %	80 %	0 %	0 %	45655626
46	NC_005824	TCCGT	2	10	45827	45836	0 %	40 %	20 %	40 %	45655627
47	NC_005824	ATATT	2	10	45846	45855	40 %	60 %	0 %	0 %	45655627
48	NC_005824	CAATA	2	10	48361	48370	60 %	20 %	0 %	20 %	45655630
49	NC_005824	TGGAT	2	10	51453	51462	20 %	40 %	40 %	0 %	45655633
50	NC_005824	TTTAT	2	10	53407	53416	20 %	80 %	0 %	0 %	45655635
51	NC_005824	GGTTC	2	10	55636	55645	0 %	40 %	40 %	20 %	45655636
52	NC_005824	GTGTT	2	10	57260	57269	0 %	60 %	40 %	0 %	45655637
53	NC_005824	TGCTT	2	10	58070	58079	0 %	60 %	20 %	20 %	45655638
54	NC_005824	TTCAG	2	10	58394	58403	20 %	40 %	20 %	20 %	45655638
55	NC_005824	GGAAA	2	10	59971	59980	60 %	0 %	40 %	0 %	45655640
56	NC_005824	TTGTT	2	10	60114	60123	0 %	80 %	20 %	0 %	45655640
57	NC_005824	ACGAA	2	10	60394	60403	60 %	0 %	20 %	20 %	45655640
58	NC_005824	ACTTT	2	10	61539	61548	20 %	60 %	0 %	20 %	45655641
59	NC_005824	AAAAC	2	10	67569	67578	80 %	0 %	0 %	20 %	45655644
60	NC_005824	TGAAA	2	10	73644	73653	60 %	20 %	20 %	0 %	45655650
61	NC_005824	TTTAT	2	10	75090	75099	20 %	80 %	0 %	0 %	45655652
62	NC_005824	AAACT	2	10	76155	76164	60 %	20 %	0 %	20 %	45655653
63	NC_005824	GTGAA	2	10	77963	77972	40 %	20 %	40 %	0 %	45655654
64	NC_005824	ACCCA	2	10	80012	80021	40 %	0 %	0 %	60 %	45655656
65	NC_005824	ATTTC	2	10	80900	80909	20 %	60 %	0 %	20 %	45655657
66	NC_005824	ATTTG	2	10	80925	80934	20 %	60 %	20 %	0 %	45655657
67	NC_005824	TCCTT	2	10	81710	81719	0 %	60 %	0 %	40 %	45655657
68	NC_005824	AAATA	2	10	81811	81820	80 %	20 %	0 %	0 %	45655657
69	NC_005824	CAGAT	2	10	82414	82423	40 %	20 %	20 %	20 %	45655658
70	NC_005824	GTATT	2	10	83448	83457	20 %	60 %	20 %	0 %	45655658
71	NC_005824	CGGAT	2	10	86006	86015	20 %	20 %	40 %	20 %	45655659
72	NC_005824	GATTT	2	10	86441	86450	20 %	60 %	20 %	0 %	45655659
73	NC_005824	TTTGA	2	10	86882	86891	20 %	60 %	20 %	0 %	45655660
74	NC_005824	AAGAT	2	10	91145	91154	60 %	20 %	20 %	0 %	45655664
75	NC_005824	TTTCT	2	10	91388	91397	0 %	80 %	0 %	20 %	45655664
76	NC_005824	TTTCG	2	10	92784	92793	0 %	60 %	20 %	20 %	45655665
77	NC_005824	AATCG	2	10	95432	95441	40 %	20 %	20 %	20 %	45655668
78	NC_005824	ATATT	2	10	96796	96805	40 %	60 %	0 %	0 %	45655668
79	NC_005824	TGAAA	2	10	97706	97715	60 %	20 %	20 %	0 %	45655668
80	NC_005824	TGGAG	2	10	98462	98471	20 %	20 %	60 %	0 %	45655668
81	NC_005824	GAAAC	2	10	99207	99216	60 %	0 %	20 %	20 %	45655669
82	NC_005824	TCCTG	2	10	99251	99260	0 %	40 %	20 %	40 %	45655669
83	NC_005824	GGCGT	2	10	100147	100156	0 %	20 %	60 %	20 %	45655670
84	NC_005824	TCGCT	2	10	102456	102465	0 %	40 %	20 %	40 %	45655672
85	NC_005824	TTTTG	2	10	103189	103198	0 %	80 %	20 %	0 %	45655672
86	NC_005824	TATGA	2	10	104281	104290	40 %	40 %	20 %	0 %	45655673
87	NC_005824	TTACC	2	10	104769	104778	20 %	40 %	0 %	40 %	45655673
88	NC_005824	TTTCC	2	10	108704	108713	0 %	60 %	0 %	40 %	45655676
89	NC_005824	CGTTT	2	10	109693	109702	0 %	60 %	20 %	20 %	45655677
90	NC_005824	TTTAT	2	10	110218	110227	20 %	80 %	0 %	0 %	45655677
91	NC_005824	CCTCC	2	10	111328	111337	0 %	20 %	0 %	80 %	45655677
92	NC_005824	TGGTT	2	10	112849	112858	0 %	60 %	40 %	0 %	45655678
93	NC_005824	ATTGG	2	10	113876	113885	20 %	40 %	40 %	0 %	45655679
94	NC_005824	AAAAG	2	10	114572	114581	80 %	0 %	20 %	0 %	45655680
95	NC_005824	GTCTT	2	10	114972	114981	0 %	60 %	20 %	20 %	45655681
96	NC_005824	GAAAA	2	10	118182	118191	80 %	0 %	20 %	0 %	45655685
97	NC_005824	GAAAA	2	10	119740	119749	80 %	0 %	20 %	0 %	45655686
98	NC_005824	ATAGA	2	10	122407	122416	60 %	20 %	20 %	0 %	45655687
99	NC_005824	AATTT	2	10	122754	122763	40 %	60 %	0 %	0 %	45655688
100	NC_005824	ATCAA	2	10	125689	125698	60 %	20 %	0 %	20 %	45655689
101	NC_005824	CTTCT	2	10	126194	126203	0 %	60 %	0 %	40 %	45655689
102	NC_005824	AATTT	2	10	126264	126273	40 %	60 %	0 %	0 %	45655689
103	NC_005824	TGAAT	2	10	129186	129195	40 %	40 %	20 %	0 %	45655691
104	NC_005824	TCTTT	2	10	130460	130469	0 %	80 %	0 %	20 %	45655693
105	NC_005824	ATCGA	2	10	130525	130534	40 %	20 %	20 %	20 %	45655693
106	NC_005824	CTTTT	2	10	130744	130753	0 %	80 %	0 %	20 %	45655693
107	NC_005824	CAAAG	2	10	131421	131430	60 %	0 %	20 %	20 %	45655693
108	NC_005824	TTTTG	2	10	132103	132112	0 %	80 %	20 %	0 %	45655694
109	NC_005824	GATTG	2	10	132131	132140	20 %	40 %	40 %	0 %	45655694
110	NC_005824	CCATT	2	10	132580	132589	20 %	40 %	0 %	40 %	45655694
111	NC_005824	GTTTT	2	10	132949	132958	0 %	80 %	20 %	0 %	45655694
112	NC_005824	TAGTT	2	10	133067	133076	20 %	60 %	20 %	0 %	45655694
113	NC_005824	TTCTT	2	10	136389	136398	0 %	80 %	0 %	20 %	45655696
114	NC_005824	AGAAT	2	10	137294	137303	60 %	20 %	20 %	0 %	45655697
115	NC_005824	GTTTT	2	10	137515	137524	0 %	80 %	20 %	0 %	45655697
116	NC_005824	AAATT	2	10	142103	142112	60 %	40 %	0 %	0 %	45655701
117	NC_005824	TGATT	2	10	142212	142221	20 %	60 %	20 %	0 %	45655701
118	NC_005824	CGATA	2	10	144076	144085	40 %	20 %	20 %	20 %	45655703
119	NC_005824	TAAAA	2	10	145343	145352	80 %	20 %	0 %	0 %	45655703
120	NC_005824	TTTTG	2	10	145431	145440	0 %	80 %	20 %	0 %	45655703
121	NC_005824	ATAAA	2	10	146300	146309	80 %	20 %	0 %	0 %	45655704
122	NC_005824	GGATT	2	10	147633	147642	20 %	40 %	40 %	0 %	45655706
123	NC_005824	AGAAT	2	10	148173	148182	60 %	20 %	20 %	0 %	45655706
124	NC_005824	CATGA	2	10	149170	149179	40 %	20 %	20 %	20 %	45655707
125	NC_005824	TATAA	2	10	150493	150502	60 %	40 %	0 %	0 %	45655709
126	NC_005824	TATAA	2	10	152084	152093	60 %	40 %	0 %	0 %	45655710
127	NC_005824	TCGAT	2	10	155083	155092	20 %	40 %	20 %	20 %	45655713
128	NC_005824	ATCCA	2	10	156619	156628	40 %	20 %	0 %	40 %	45655715
129	NC_005824	TCCTC	2	10	162936	162945	0 %	40 %	0 %	60 %	45655718
130	NC_005824	CGATT	2	10	163324	163333	20 %	40 %	20 %	20 %	45655718
131	NC_005824	AAGAA	2	10	163866	163875	80 %	0 %	20 %	0 %	45655719
132	NC_005824	ACTTT	2	10	164434	164443	20 %	60 %	0 %	20 %	45655720
133	NC_005824	CAATT	2	10	165572	165581	40 %	40 %	0 %	20 %	45655720
134	NC_005824	TAATT	2	10	166386	166395	40 %	60 %	0 %	0 %	45655722
135	NC_005824	TTGGA	2	10	167406	167415	20 %	40 %	40 %	0 %	45655722
136	NC_005824	ATTTT	2	10	167878	167887	20 %	80 %	0 %	0 %	45655722
137	NC_005824	AAAAG	2	10	175555	175564	80 %	0 %	20 %	0 %	45655727
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279	NC_005824	TGGAA	2	10	349818	349827	40 %	20 %	40 %	0 %	45655851

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.