MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Leptospira interrogans serovar Lai str. 56601 chromosome I

Total Repeats: 1678

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004342	GTAGGA	2	12	672	683	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	24212701
2	NC_004342	AATTTA	2	12	4106	4117	50 %	50 %	0 %	0 %	24212702
3	NC_004342	AAAATT	2	12	5288	5299	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	24212703
4	NC_004342	TGGGGT	2	12	6979	6990	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	24212705
5	NC_004342	GAAGTT	2	12	7022	7033	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	24212705
6	NC_004342	CCTCAA	2	12	7622	7633	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	24212705
7	NC_004342	ATTATG	2	12	8117	8128	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	24212705
8	NC_004342	AAGGAA	2	12	8288	8299	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	24212705
9	NC_004342	AATTCG	2	12	9352	9363	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	24212706
10	NC_004342	TTTCTC	2	12	11110	11121	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	24212707
11	NC_004342	GAAAAG	2	12	13815	13826	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	294827555
12	NC_004342	TTGAGA	2	12	15327	15338	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	24212711
13	NC_004342	AAAGAG	2	12	16393	16404	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	294827556
14	NC_004342	GGAATC	2	12	16961	16972	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	294827556
15	NC_004342	TTTAGT	2	12	19330	19341	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	24212714
16	NC_004342	CTCTTT	2	12	21383	21394	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	294827557
17	NC_004342	CGGAAG	2	12	21488	21499	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	294827557
18	NC_004342	CTTTTA	2	12	23340	23351	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	24212721
19	NC_004342	GAATTC	2	12	23415	23426	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	24212721
20	NC_004342	ATTTTT	2	12	24164	24175	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	24212722
21	NC_004342	GATGGA	2	12	24798	24809	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	24212722
22	NC_004342	TTGGTG	2	12	24907	24918	0 %	50 %	50 %	0 %	24212722
23	NC_004342	ATTTAT	2	12	25372	25383	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	24212722
24	NC_004342	TTTCAA	2	12	27013	27024	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	294827558
25	NC_004342	AAATCC	2	12	30008	30019	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	24212727
26	NC_004342	GAGAAA	2	12	35770	35781	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	24212733
27	NC_004342	AAGAAA	2	12	41979	41990	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	24212740
28	NC_004342	GGAAAA	2	12	47449	47460	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	24212743
29	NC_004342	GAGGAA	2	12	47582	47593	50 %	0 %	50 %	0 %	24212743
30	NC_004342	ATCTTT	2	12	49184	49195	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	24212746
31	NC_004342	TCAAAC	2	12	49216	49227	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	24212746
32	NC_004342	CGAAAA	2	12	54921	54932	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	24212750
33	NC_004342	GGAGAT	2	12	55665	55676	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	24212751
34	NC_004342	GTAGAA	2	12	56695	56706	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	24212752
35	NC_004342	TTTTGC	2	12	59865	59876	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	24212755
36	NC_004342	CAATTT	2	12	60416	60427	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	24212756
37	NC_004342	GCGCCT	2	12	68234	68245	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	24212762
38	NC_004342	TTAAAA	2	12	78665	78676	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	24212768
39	NC_004342	TTTTAG	2	12	81228	81239	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	294827566
40	NC_004342	GAAGTT	2	12	81353	81364	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	294827566
41	NC_004342	TTAGAT	2	12	82805	82816	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	294827566
42	NC_004342	CAAATA	2	12	88180	88191	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	24212777
43	NC_004342	ACTTTT	2	12	90455	90466	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	294827571
44	NC_004342	AAAAAC	2	12	90612	90623	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	294827571
45	NC_004342	TGGAAT	2	12	95771	95782	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	294827573
46	NC_004342	GTTTTT	2	12	99378	99389	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	24212794
47	NC_004342	TTTTGA	2	12	99819	99830	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	24212794
48	NC_004342	TGAAAT	2	12	102244	102255	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	24212798
49	NC_004342	TTTTGC	2	12	102409	102420	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	24212798
50	NC_004342	TATTCA	2	12	103668	103679	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	294827575
51	NC_004342	TCTAAT	2	12	103848	103859	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	294827575
52	NC_004342	AAGAGG	2	12	105718	105729	50 %	0 %	50 %	0 %	294827576
53	NC_004342	TTGCGG	2	12	105873	105884	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	294827576
54	NC_004342	TTTTTC	2	12	110207	110218	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	24212804
55	NC_004342	CTTTTT	2	12	114475	114486	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	24212807
56	NC_004342	TTTCCT	2	12	116774	116785	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	24212810
57	NC_004342	TGAACA	2	12	117053	117064	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	24212810
58	NC_004342	TCAAAA	2	12	117362	117373	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	24212810
59	NC_004342	GAAGTT	2	12	119204	119215	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	294827578
60	NC_004342	TTTCTA	2	12	124140	124151	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	24212815
61	NC_004342	GGAATT	2	12	124540	124551	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	24212815
62	NC_004342	TTTGTG	2	12	127477	127488	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	24212818
63	NC_004342	ACAAGA	2	12	135236	135247	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	294827581
64	NC_004342	CCTTTT	2	12	141096	141107	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	294827582
65	NC_004342	AATTAG	2	12	147096	147107	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	294827584
66	NC_004342	TCTGAA	2	12	148930	148941	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	24212838
67	NC_004342	AATTAA	2	12	152395	152406	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	24212840
68	NC_004342	TACACA	2	12	153071	153082	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	24212841
69	NC_004342	AAGAGA	2	12	159356	159367	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	24212846
70	NC_004342	TATGAA	2	12	160624	160635	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	24212847
71	NC_004342	TAAAAT	2	12	161236	161247	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	24212848
72	NC_004342	ATTAAA	2	12	161531	161542	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	24212848
73	NC_004342	TTGCAA	2	12	162591	162602	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	24212850
74	NC_004342	CTTTTT	2	12	164064	164075	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	24212850
75	NC_004342	TAAAAT	2	12	169218	169229	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	294827586
76	NC_004342	AGCCGC	2	12	169867	169878	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	24212857
77	NC_004342	CAGAAC	2	12	170293	170304	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	24212857
78	NC_004342	TTTTAT	2	12	172907	172918	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	24212861
79	NC_004342	TTTGGG	2	12	180555	180566	0 %	50 %	50 %	0 %	161484957
80	NC_004342	GAACAG	2	12	180878	180889	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	294827588
81	NC_004342	AGTTCT	2	12	182633	182644	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	294827588
82	NC_004342	CCGAAG	2	12	187094	187105	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	24212879
83	NC_004342	TTTCAC	2	12	188012	188023	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	24212880
84	NC_004342	AATTGC	2	12	189759	189770	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	294827589
85	NC_004342	AAAAGA	2	12	192877	192888	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	24212884
86	NC_004342	TTTTCA	2	12	197875	197886	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	294827591
87	NC_004342	TTCTGA	2	12	198441	198452	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	294827592
88	NC_004342	GAAAAA	2	12	199320	199331	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	24212898
89	NC_004342	TAAAAA	2	12	200560	200571	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	294827593
90	NC_004342	GTATTG	2	12	200754	200765	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	294827593
91	NC_004342	TATGAA	2	12	205758	205769	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	294827594
92	NC_004342	TTAAAT	2	12	210625	210636	50 %	50 %	0 %	0 %	24212914
93	NC_004342	ATTTTT	2	12	219592	219603	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	24212921
94	NC_004342	TTCCAG	2	12	225495	225506	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	24212927
95	NC_004342	AAACTG	2	12	228903	228914	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	24212932
96	NC_004342	GATTTT	2	12	229015	229026	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	24212932
97	NC_004342	CCGTCT	2	12	230523	230534	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	24212933
98	NC_004342	CGGGAG	2	12	231669	231680	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	24212935
99	NC_004342	AAGATC	2	12	241823	241834	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	24212947
100	NC_004342	ATCTAA	2	12	249727	249738	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	24212955
101	NC_004342	TCCAGA	2	12	250790	250801	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	24212956
102	NC_004342	TTTCTG	2	12	251065	251076	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	24212956
103	NC_004342	GGAAAA	2	12	254363	254374	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	294827603
104	NC_004342	TGGAGA	2	12	258304	258315	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	294827605
105	NC_004342	TTAAAC	2	12	258734	258745	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	294827605
106	NC_004342	GATATA	2	12	259276	259287	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	24212963
107	NC_004342	GAAAAA	2	12	260504	260515	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	24212965
108	NC_004342	AAAACT	2	12	260656	260667	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	24212965
109	NC_004342	ACAAAA	2	12	261223	261234	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	24212965
110	NC_004342	ATTCCA	2	12	265072	265083	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	294827607
111	NC_004342	TTGGAA	2	12	265397	265408	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	294827607
112	NC_004342	GATATT	2	12	269888	269899	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	294827608
113	NC_004342	ATTTCT	2	12	272193	272204	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	24212976
114	NC_004342	TTTTTA	2	12	277848	277859	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	294827609
115	NC_004342	CGAAAT	2	12	278481	278492	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	24212984
116	NC_004342	TTTCAA	2	12	278556	278567	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	24212984
117	NC_004342	TCTAAA	2	12	285618	285629	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	24212992
118	NC_004342	AATTCT	2	12	287524	287535	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	24212993
119	NC_004342	TCTTTT	2	12	287569	287580	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	24212993
120	NC_004342	TCTTTA	2	12	288532	288543	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	24212993
121	NC_004342	ATTTCT	2	12	288769	288780	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	24212993
122	NC_004342	TAAAAG	2	12	293501	293512	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	24212998
123	NC_004342	ATTCTA	2	12	294744	294755	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	24212999
124	NC_004342	AATAAG	2	12	299504	299515	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	24213002
125	NC_004342	TTCCAA	2	12	302729	302740	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	294827615
126	NC_004342	TGGAAT	2	12	303054	303065	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	294827615
127	NC_004342	ATTGCA	2	12	306557	306568	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	24213009
128	NC_004342	TCTGAT	2	12	308486	308497	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	24213011
129	NC_004342	TCTTTT	2	12	309629	309640	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	24213012
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131	NC_004342	CTCTTT	2	12	311978	311989	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	24213013
132	NC_004342	TAAATC	2	12	312291	312302	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	294827616
133	NC_004342	CTTGAG	2	12	314493	314504	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	294827617
134	NC_004342	GGTTCC	2	12	320365	320376	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	294827619
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137	NC_004342	TTTCCA	2	12	327597	327608	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	24213030
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139	NC_004342	TGGTAT	2	12	333320	333331	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	24213035
140	NC_004342	TTCTAT	2	12	343287	343298	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	24213049
141	NC_004342	GATTCA	2	12	344525	344536	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	24213051
142	NC_004342	CCAAAG	2	12	347097	347108	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	294827626
143	NC_004342	GGATTC	2	12	352065	352076	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	24213060
144	NC_004342	GCTTTT	2	12	352738	352749	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	24213060
145	NC_004342	AATTCT	2	12	357962	357973	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	294827629
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149	NC_004342	TGGTTC	2	12	366845	366856	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	24213074
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151	NC_004342	ATTTTA	2	12	370294	370305	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	24213077
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156	NC_004342	TATTTT	2	12	391614	391625	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	294827642
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159	NC_004342	CCGGTT	2	12	398570	398581	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	24213102
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221	NC_004342	CGATTC	2	12	575555	575566	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	24213271
222	NC_004342	ATATTA	2	12	576685	576696	50 %	50 %	0 %	0 %	294827677
223	NC_004342	TTTTTC	2	12	576899	576910	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	294827677
224	NC_004342	GGGAAA	2	12	577395	577406	50 %	0 %	50 %	0 %	294827677
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230	NC_004342	ATGAAA	2	12	586212	586223	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	294827680
231	NC_004342	GTGATC	2	12	589019	589030	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	24213283
232	NC_004342	TGGAAT	2	12	593577	593588	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	294827682
233	NC_004342	CTATGA	2	12	600344	600355	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	24213291
234	NC_004342	TTCGGT	2	12	603886	603897	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	24213294
235	NC_004342	TTCCAA	2	12	606557	606568	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	294827685
236	NC_004342	AAAATT	2	12	608199	608210	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	24213300
237	NC_004342	GATCGG	2	12	609257	609268	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	24213302
238	NC_004342	TTCCCG	2	12	610013	610024	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	24213302
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340	NC_004342	CCTTCT	2	12	887988	887999	0 %	50 %	0 %	50 %	24213590
341	NC_004342	ATCAAA	2	12	888614	888625	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	24213590
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350	NC_004342	GATTTT	2	12	910647	910658	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	294827759
351	NC_004342	TGCAAT	2	12	913051	913062	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	24213618
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353	NC_004342	ATTTTT	2	12	919726	919737	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	24213627
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355	NC_004342	GGAGAA	2	12	927914	927925	50 %	0 %	50 %	0 %	24213634
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357	NC_004342	TGCCAT	2	12	937484	937495	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	294827765
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467	NC_004342	CGTTTC	2	12	1232396	1232407	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	24213930
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469	NC_004342	ATTTTG	2	12	1238226	1238237	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	24213934
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