MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Lactococcus lactis subsp. lactis Il1403 chromosome

Total Repeats: 943

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002662	TTGCTG	2	12	779	790	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	15671983
2	NC_002662	TTGAAG	2	12	1988	1999	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15671984
3	NC_002662	AATTGA	2	12	6559	6570	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	15671986
4	NC_002662	AAAGAT	2	12	11593	11604	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15671988
5	NC_002662	AAAAAT	2	12	13707	13718	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	15671991
6	NC_002662	TTTTGC	2	12	15128	15139	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	15671991
7	NC_002662	GATTGA	2	12	15276	15287	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15671992
8	NC_002662	TTGACA	2	12	19442	19453	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	15671995
9	NC_002662	GTTTTT	2	12	20957	20968	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	15671996
10	NC_002662	AAGAAA	2	12	21010	21021	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	15671996
11	NC_002662	AAAGAA	2	12	22709	22720	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	15672000
12	NC_002662	CAGATA	2	12	23751	23762	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	15672000
13	NC_002662	GAAATT	2	12	24883	24894	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	15672001
14	NC_002662	GTAAAA	2	12	26124	26135	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15672003
15	NC_002662	CAGGTA	2	12	26590	26601	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	15672003
16	NC_002662	TGTCGG	2	12	26684	26695	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	15672003
17	NC_002662	TACATC	2	12	32242	32253	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15672004
18	NC_002662	AGAAAA	2	12	32343	32354	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	15672004
19	NC_002662	TTTCTT	2	12	39124	39135	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	15672011
20	NC_002662	ATTTTT	2	12	43155	43166	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	15672020
21	NC_002662	AAAAGG	2	12	48959	48970	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15672029
22	NC_002662	GGAAAG	2	12	49431	49442	50 %	0 %	50 %	0 %	15672029
23	NC_002662	GTTGAC	2	12	50294	50305	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	15672030
24	NC_002662	TTTATA	2	12	54452	54463	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15672035
25	NC_002662	AAGTTC	2	12	54796	54807	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	15672036
26	NC_002662	CGGCTG	2	12	55233	55244	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	15672037
27	NC_002662	GATAAT	2	12	55595	55606	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	15672038
28	NC_002662	AAGGTA	2	12	55873	55884	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	15672038
29	NC_002662	ATCTTT	2	12	63086	63097	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	15672043
30	NC_002662	AACTTT	2	12	66926	66937	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	15672047
31	NC_002662	GAGCAA	2	12	67045	67056	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	15672047
32	NC_002662	GGTCAG	2	12	67593	67604	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	15672048
33	NC_002662	TTGCTT	2	12	69549	69560	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	15672050
34	NC_002662	TTTTTA	2	12	69861	69872	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	15672050
35	NC_002662	ACCATT	2	12	70112	70123	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15672050
36	NC_002662	GGCTCA	2	12	70291	70302	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	15672050
37	NC_002662	TTTAGG	2	12	70564	70575	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	15672050
38	NC_002662	TAGTTT	2	12	70886	70897	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	15672051
39	NC_002662	TCGTAA	2	12	74615	74626	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	15672054
40	NC_002662	TCTTTG	2	12	76204	76215	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	15672055
41	NC_002662	AGGTTT	2	12	82752	82763	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	15672061
42	NC_002662	TCATTG	2	12	84629	84640	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	15672061
43	NC_002662	TTTCAT	2	12	92706	92717	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	15672071
44	NC_002662	CTTTTG	2	12	97760	97771	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	15672077
45	NC_002662	AAAATT	2	12	98007	98018	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15672077
46	NC_002662	ATCAAA	2	12	100010	100021	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	15672079
47	NC_002662	TGGACG	2	12	103117	103128	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	15672082
48	NC_002662	AAGCCG	2	12	108905	108916	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15672088
49	NC_002662	AATTAG	2	12	112167	112178	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	15672092
50	NC_002662	TTTTGA	2	12	114410	114421	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	15672094
51	NC_002662	TATGGG	2	12	122205	122216	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	15672100
52	NC_002662	ATTAAT	2	12	122581	122592	50 %	50 %	0 %	0 %	15672101
53	NC_002662	TTTTCT	2	12	125392	125403	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	15672105
54	NC_002662	AGGAAA	2	12	127110	127121	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	30023975
55	NC_002662	TGAAAT	2	12	130297	130308	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	15672108
56	NC_002662	TTCATA	2	12	132821	132832	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	15672112
57	NC_002662	TATAAA	2	12	137997	138008	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15672119
58	NC_002662	TTTATA	2	12	140597	140608	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15672122
59	NC_002662	AAGTTC	2	12	140941	140952	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	15672123
60	NC_002662	TCATAA	2	12	143090	143101	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	15672127
61	NC_002662	AATTAA	2	12	149043	149054	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15672133
62	NC_002662	AAAGAA	2	12	149323	149334	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	15672133
63	NC_002662	AAAGTA	2	12	153712	153723	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15672133
64	NC_002662	GTCAAG	2	12	153785	153796	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	15672133
65	NC_002662	ATAATT	2	12	159718	159729	50 %	50 %	0 %	0 %	15672138
66	NC_002662	AGTCGT	2	12	160547	160558	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	15672139
67	NC_002662	TGCCTT	2	12	161688	161699	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	15672141
68	NC_002662	TTGCTT	2	12	166239	166250	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	15672145
69	NC_002662	AATACA	2	12	167840	167851	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	30023976
70	NC_002662	ATTGAA	2	12	168053	168064	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	30023976
71	NC_002662	GCTTAT	2	12	168233	168244	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	30023976
72	NC_002662	AAAAAT	2	12	170174	170185	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	15672148
73	NC_002662	AGTTTG	2	12	175404	175415	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	15672154
74	NC_002662	TTCGGC	2	12	179715	179726	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15672157
75	NC_002662	ATTGGG	2	12	180716	180727	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	15672157
76	NC_002662	AAATAG	2	12	183211	183222	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15672159
77	NC_002662	TCGTAA	2	12	183965	183976	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	15672160
78	NC_002662	CTTTTT	2	12	187743	187754	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	15672164
79	NC_002662	GAAAAA	2	12	193032	193043	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	15672171
80	NC_002662	ATGTTG	2	12	193147	193158	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	15672171
81	NC_002662	AGAAGT	2	12	194247	194258	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	30023979
82	NC_002662	AACTTT	2	12	194322	194333	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	30023979
83	NC_002662	TTGGAA	2	12	196671	196682	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15672175
84	NC_002662	GAAGGT	2	12	199668	199679	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	15672180
85	NC_002662	GAAAAC	2	12	200211	200222	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	15672180
86	NC_002662	CTGAAT	2	12	200744	200755	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	15672181
87	NC_002662	GCAAAA	2	12	201115	201126	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	15672181
88	NC_002662	AAAAGC	2	12	201156	201167	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	15672181
89	NC_002662	ATTGGA	2	12	205771	205782	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15672186
90	NC_002662	TTAATT	2	12	207459	207470	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15672188
91	NC_002662	TTAAAG	2	12	208570	208581	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	15672189
92	NC_002662	CAAAAA	2	12	209124	209135	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	15672189
93	NC_002662	AATGAA	2	12	209246	209257	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15672189
94	NC_002662	TGGAGA	2	12	213009	213020	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	15672193
95	NC_002662	GCAAAA	2	12	215087	215098	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	15672195
96	NC_002662	TGCAGT	2	12	215299	215310	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	15672195
97	NC_002662	GAGTTA	2	12	225862	225873	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	30023980
98	NC_002662	TGAAGA	2	12	227324	227335	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	15672208
99	NC_002662	CTGACC	2	12	231722	231733	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	15672214
100	NC_002662	GATGAC	2	12	231967	231978	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	15672214
101	NC_002662	ACGTAA	2	12	237357	237368	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	15672222
102	NC_002662	ACGTAA	2	12	237381	237392	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	15672222
103	NC_002662	AGTTCA	2	12	237963	237974	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	15672223
104	NC_002662	GTTATG	2	12	239491	239502	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	15672223
105	NC_002662	TACTCT	2	12	239511	239522	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	15672223
106	NC_002662	AAAGAA	2	12	241280	241291	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	15672225
107	NC_002662	TAAAAA	2	12	241464	241475	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	15672225
108	NC_002662	TGGAAT	2	12	244698	244709	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	30023982
109	NC_002662	GCTGTC	2	12	247803	247814	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15672233
110	NC_002662	TGTTAT	2	12	257893	257904	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	15672241
111	NC_002662	GTTCGA	2	12	260078	260089	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	15672243
112	NC_002662	ATAAAA	2	12	260775	260786	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	15672243
113	NC_002662	CATAGT	2	12	264443	264454	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	30023985
114	NC_002662	GTTGAA	2	12	265939	265950	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15672249
115	NC_002662	TTTGAT	2	12	266990	267001	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	15672250
116	NC_002662	TTATTG	2	12	278696	278707	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	15672262
117	NC_002662	CTCTTT	2	12	280534	280545	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15672264
118	NC_002662	CTTAAA	2	12	281017	281028	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	15672264
119	NC_002662	CAAGCC	2	12	282092	282103	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	15672265
120	NC_002662	TCTGGT	2	12	283815	283826	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	15672266
121	NC_002662	AAAAAC	2	12	283915	283926	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	15672266
122	NC_002662	GTCTTG	2	12	284059	284070	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	15672266
123	NC_002662	CTTGGT	2	12	286278	286289	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	15672267
124	NC_002662	TTGAAC	2	12	292574	292585	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	15672275
125	NC_002662	GCCAAA	2	12	299933	299944	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	15672285
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127	NC_002662	CCAACA	2	12	305723	305734	50 %	0 %	0 %	50 %	15672288
128	NC_002662	GACATC	2	12	307382	307393	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	15672290
129	NC_002662	TCAACT	2	12	312059	312070	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15672293
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132	NC_002662	TTGCTT	2	12	324125	324136	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	15672307
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139	NC_002662	TCTGGA	2	12	332623	332634	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	15672315
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223	NC_002662	ATTATA	2	12	553112	553123	50 %	50 %	0 %	0 %	15672540
224	NC_002662	AACAGG	2	12	556264	556275	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	15672544
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227	NC_002662	TGGTGT	2	12	561777	561788	0 %	50 %	50 %	0 %	15672548
228	NC_002662	TACAGC	2	12	562329	562340	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	15672549
229	NC_002662	ATTAGC	2	12	563882	563893	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	15672550
230	NC_002662	ATAACA	2	12	564512	564523	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	15672551
231	NC_002662	TTCAAA	2	12	565675	565686	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	15672552
232	NC_002662	AAGCTG	2	12	585042	585053	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	15672575
233	NC_002662	CTTGTT	2	12	585669	585680	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	15672576
234	NC_002662	TTTTGC	2	12	586254	586265	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	15672577
235	NC_002662	CTGGTG	2	12	586647	586658	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	15672577
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237	NC_002662	CAAGGA	2	12	589551	589562	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	15672581
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352	NC_002662	TTTATA	2	12	836445	836456	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15672804
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462	NC_002662	GCTAAA	2	12	1112355	1112366	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	15673086
463	NC_002662	ATAGCT	2	12	1112802	1112813	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	15673086
464	NC_002662	AAAGAA	2	12	1113153	1113164	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	15673086
465	NC_002662	AAACTG	2	12	1117474	1117485	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	15673090
466	NC_002662	TGAACG	2	12	1117532	1117543	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	15673090
467	NC_002662	TGGTAT	2	12	1117889	1117900	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	15673090
468	NC_002662	GAAAAT	2	12	1119254	1119265	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15673091
469	NC_002662	TGCTGA	2	12	1121020	1121031	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	15673092
470	NC_002662	GACGGT	2	12	1122109	1122120	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	15673093
471	NC_002662	TGAAGA	2	12	1123254	1123265	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	15673093
472	NC_002662	GGAATG	2	12	1123375	1123386	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	15673093
473	NC_002662	TGAAGA	2	12	1124199	1124210	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	15673093
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475	NC_002662	TGCTGA	2	12	1126172	1126183	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	15673095
476	NC_002662	ATGACC	2	12	1127227	1127238	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	15673096
477	NC_002662	TAAAAA	2	12	1130442	1130453	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	15673099
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483	NC_002662	GATTGG	2	12	1145232	1145243	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	15673112
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492	NC_002662	TGTTCT	2	12	1187265	1187276	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	15673156
493	NC_002662	TGAAGA	2	12	1196242	1196253	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	15673161
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500	NC_002662	TTTGTT	2	12	1229545	1229556	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	15673188

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