MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Listeria monocytogenes strain J1776 plasmid

Total Repeats: 1345

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1001	NC_022046	CTTT	2	8	41495	41502	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
1002	NC_022046	TTG	2	6	41535	41540	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	530314092
1003	NC_022046	A	7	7	41606	41612	100 %	0 %	0 %	0 %	530314092
1004	NC_022046	TGTCAG	2	12	41631	41642	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
1005	NC_022046	ATA	2	6	41657	41662	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1006	NC_022046	A	7	7	41683	41689	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1007	NC_022046	T	6	6	41714	41719	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1008	NC_022046	ACT	2	6	41725	41730	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1009	NC_022046	T	7	7	41740	41746	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1010	NC_022046	CTTTT	2	10	41758	41767	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
1011	NC_022046	GTA	2	6	41778	41783	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1012	NC_022046	ATA	2	6	41843	41848	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1013	NC_022046	TTGA	2	8	41859	41866	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
1014	NC_022046	TA	3	6	41884	41889	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1015	NC_022046	CTT	2	6	41928	41933	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1016	NC_022046	T	7	7	41975	41981	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1017	NC_022046	AGT	2	6	41986	41991	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1018	NC_022046	AT	4	8	42055	42062	50 %	50 %	0 %	0 %	530314093
1019	NC_022046	ATA	2	6	42076	42081	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	530314093
1020	NC_022046	TTTA	2	8	42202	42209	25 %	75 %	0 %	0 %	530314093
1021	NC_022046	ATT	2	6	42214	42219	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1022	NC_022046	GAA	2	6	42232	42237	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1023	NC_022046	GAG	2	6	42245	42250	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1024	NC_022046	ATC	2	6	42294	42299	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	530314094
1025	NC_022046	CTA	2	6	42314	42319	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	530314094
1026	NC_022046	CA	3	6	42387	42392	50 %	0 %	0 %	50 %	530314094
1027	NC_022046	ATT	2	6	42426	42431	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	530314094
1028	NC_022046	GAA	2	6	42443	42448	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	530314094
1029	NC_022046	AT	3	6	42491	42496	50 %	50 %	0 %	0 %	530314094
1030	NC_022046	ATT	2	6	42517	42522	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	530314094
1031	NC_022046	GGC	2	6	42590	42595	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	530314094
1032	NC_022046	CTTT	2	8	42601	42608	0 %	75 %	0 %	25 %	530314094
1033	NC_022046	AAT	2	6	42744	42749	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	530314094
1034	NC_022046	TC	3	6	42879	42884	0 %	50 %	0 %	50 %	530314094
1035	NC_022046	AAAT	2	8	42907	42914	75 %	25 %	0 %	0 %	530314094
1036	NC_022046	CTT	2	6	42968	42973	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1037	NC_022046	TTA	2	6	43008	43013	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1038	NC_022046	TAA	2	6	43021	43026	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1039	NC_022046	ATA	2	6	43027	43032	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1040	NC_022046	TACATT	2	12	43040	43051	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
1041	NC_022046	TAA	2	6	43081	43086	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1042	NC_022046	ACT	2	6	43115	43120	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1043	NC_022046	TTA	2	6	43165	43170	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1044	NC_022046	TAA	2	6	43195	43200	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1045	NC_022046	TGG	2	6	43217	43222	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	530314095
1046	NC_022046	ATA	2	6	43238	43243	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	530314095
1047	NC_022046	AACA	2	8	43448	43455	75 %	0 %	0 %	25 %	530314095
1048	NC_022046	TTA	2	6	43597	43602	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	530314095
1049	NC_022046	AGAAA	2	10	43620	43629	80 %	0 %	20 %	0 %	530314095
1050	NC_022046	CCA	2	6	43679	43684	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	530314095
1051	NC_022046	TCC	2	6	43689	43694	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	530314095
1052	NC_022046	AGG	2	6	43809	43814	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	530314095
1053	NC_022046	T	6	6	43848	43853	0 %	100 %	0 %	0 %	530314095
1054	NC_022046	TAAAC	2	10	43866	43875	60 %	20 %	0 %	20 %	530314095
1055	NC_022046	TAA	2	6	43937	43942	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	530314095
1056	NC_022046	A	6	6	43941	43946	100 %	0 %	0 %	0 %	530314095
1057	NC_022046	AGA	2	6	43959	43964	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	530314095
1058	NC_022046	A	6	6	43982	43987	100 %	0 %	0 %	0 %	530314095
1059	NC_022046	AT	3	6	43992	43997	50 %	50 %	0 %	0 %	530314095
1060	NC_022046	ATA	2	6	44054	44059	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	530314095
1061	NC_022046	A	6	6	44111	44116	100 %	0 %	0 %	0 %	530314095
1062	NC_022046	TGAT	2	8	44156	44163	25 %	50 %	25 %	0 %	530314095
1063	NC_022046	A	6	6	44178	44183	100 %	0 %	0 %	0 %	530314095
1064	NC_022046	GT	3	6	44194	44199	0 %	50 %	50 %	0 %	530314095
1065	NC_022046	AAT	2	6	44226	44231	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	530314095
1066	NC_022046	GAT	2	6	44251	44256	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	530314095
1067	NC_022046	TCA	2	6	44268	44273	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	530314095
1068	NC_022046	TGA	2	6	44282	44287	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	530314095
1069	NC_022046	GAA	2	6	44427	44432	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	530314095
1070	NC_022046	GTG	2	6	44480	44485	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	530314095
1071	NC_022046	AAG	2	6	44512	44517	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1072	NC_022046	TCTT	2	8	44577	44584	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
1073	NC_022046	T	8	8	44583	44590	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1074	NC_022046	AAG	2	6	44649	44654	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1075	NC_022046	ATC	2	6	44658	44663	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1076	NC_022046	TGC	2	6	44671	44676	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1077	NC_022046	GAA	2	6	44706	44711	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1078	NC_022046	A	6	6	44813	44818	100 %	0 %	0 %	0 %	530314096
1079	NC_022046	AGT	2	6	44859	44864	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	530314096
1080	NC_022046	TGG	2	6	44893	44898	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	530314097
1081	NC_022046	TGGA	2	8	44910	44917	25 %	25 %	50 %	0 %	530314097
1082	NC_022046	AAAG	2	8	44955	44962	75 %	0 %	25 %	0 %	530314097
1083	NC_022046	ACT	2	6	45133	45138	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	530314098
1084	NC_022046	TCA	2	6	45228	45233	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	530314098
1085	NC_022046	ATC	2	6	45239	45244	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	530314098
1086	NC_022046	ATA	2	6	45255	45260	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	530314098
1087	NC_022046	TAA	2	6	45265	45270	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	530314098
1088	NC_022046	CTT	3	9	45317	45325	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	530314099
1089	NC_022046	GT	3	6	45376	45381	0 %	50 %	50 %	0 %	530314099
1090	NC_022046	TCT	2	6	45391	45396	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	530314099
1091	NC_022046	ATG	3	9	45405	45413	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	530314099
1092	NC_022046	CAT	2	6	45444	45449	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	530314099
1093	NC_022046	TAG	2	6	45465	45470	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	530314099
1094	NC_022046	TAG	2	6	45474	45479	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	530314099
1095	NC_022046	TCC	2	6	45515	45520	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	530314048
1096	NC_022046	T	6	6	45526	45531	0 %	100 %	0 %	0 %	530314048
1097	NC_022046	AAT	2	6	45724	45729	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	530314048
1098	NC_022046	A	6	6	45761	45766	100 %	0 %	0 %	0 %	530314048
1099	NC_022046	GAT	2	6	45771	45776	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	530314048
1100	NC_022046	AAAG	2	8	45950	45957	75 %	0 %	25 %	0 %	530314048
1101	NC_022046	TCT	2	6	45963	45968	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	530314048
1102	NC_022046	AATA	2	8	45972	45979	75 %	25 %	0 %	0 %	530314048
1103	NC_022046	CCA	2	6	46007	46012	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	530314048
1104	NC_022046	ACC	2	6	46024	46029	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	530314048
1105	NC_022046	ATC	2	6	46057	46062	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	530314048
1106	NC_022046	ATA	2	6	46109	46114	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	530314048
1107	NC_022046	AAC	2	6	46133	46138	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	530314048
1108	NC_022046	CAA	2	6	46143	46148	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	530314048
1109	NC_022046	CAA	2	6	46191	46196	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	530314048
1110	NC_022046	AATA	2	8	46239	46246	75 %	25 %	0 %	0 %	530314048
1111	NC_022046	AAAT	2	8	46263	46270	75 %	25 %	0 %	0 %	530314048
1112	NC_022046	TC	3	6	46286	46291	0 %	50 %	0 %	50 %	530314048
1113	NC_022046	TTC	2	6	46295	46300	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1114	NC_022046	CCT	2	6	46301	46306	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1115	NC_022046	TAT	2	6	46338	46343	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1116	NC_022046	T	7	7	46399	46405	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1117	NC_022046	TTAAT	2	10	46441	46450	40 %	60 %	0 %	0 %	530314100
1118	NC_022046	A	7	7	46452	46458	100 %	0 %	0 %	0 %	530314100
1119	NC_022046	TAT	2	6	46471	46476	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	530314100
1120	NC_022046	T	6	6	46476	46481	0 %	100 %	0 %	0 %	530314100
1121	NC_022046	AAT	2	6	46629	46634	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	530314100
1122	NC_022046	CTT	2	6	46737	46742	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	530314100
1123	NC_022046	A	6	6	46776	46781	100 %	0 %	0 %	0 %	530314100
1124	NC_022046	GAT	2	6	46829	46834	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	530314100
1125	NC_022046	T	6	6	46863	46868	0 %	100 %	0 %	0 %	530314100
1126	NC_022046	TCA	2	6	46889	46894	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	530314100
1127	NC_022046	T	6	6	46899	46904	0 %	100 %	0 %	0 %	530314100
1128	NC_022046	ATG	2	6	46909	46914	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	530314100
1129	NC_022046	T	6	6	46952	46957	0 %	100 %	0 %	0 %	530314100
1130	NC_022046	TTA	2	6	46986	46991	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	530314100
1131	NC_022046	ACA	2	6	47019	47024	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	530314100
1132	NC_022046	TCA	2	6	47027	47032	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	530314100
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1253	NC_022046	AGG	2	6	51559	51564	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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1262	NC_022046	GAT	2	6	51817	51822	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	530314106
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.