MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Listeria monocytogenes strain J1776

Total Repeats: 1201

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021839	TAGGCG	2	12	1187	1198	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_021839	AGTCAA	2	12	3001	3012	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_021839	TTTACC	2	12	3430	3441	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	525929674
4	NC_021839	AGTAAA	2	12	10687	10698	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	525929680
5	NC_021839	GTACGT	2	12	11493	11504	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	525929682
6	NC_021839	AAGTCG	2	12	16763	16774	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	525929687
7	NC_021839	TTATAT	2	12	17787	17798	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021839	ACAGTA	2	12	18116	18127	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	525929690
9	NC_021839	AAAACA	2	12	18491	18502	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	525929691
10	NC_021839	GCATGG	2	12	18672	18683	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	525929691
11	NC_021839	CTGTAG	2	12	21616	21627	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	525929696
12	NC_021839	GACAAT	2	12	23128	23139	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	525929698
13	NC_021839	GTGAGC	2	12	23583	23594	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	525929698
14	NC_021839	ATTGAT	2	12	23777	23788	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	525929698
15	NC_021839	TAAAAA	2	12	24847	24858	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	525932159
16	NC_021839	TGAATC	2	12	25632	25643	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	525932160
17	NC_021839	GCTACT	2	12	27324	27335	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	525932161
18	NC_021839	TTCTGA	2	12	30398	30409	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	525929699
19	NC_021839	TTCGTG	2	12	39370	39381	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	525929701
20	NC_021839	CCAAAT	2	12	45354	45365	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	525932166
21	NC_021839	AGAACT	2	12	47951	47962	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	525932168
22	NC_021839	AACTTT	2	12	50431	50442	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_021839	TACAAG	2	12	52195	52206	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	525929707
24	NC_021839	CGAAAT	2	12	52249	52260	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	525929707
25	NC_021839	TAAAAA	2	12	55800	55811	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_021839	CATTAT	2	12	55979	55990	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	525929709
27	NC_021839	TCTTTT	2	12	56440	56451	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	525929709
28	NC_021839	TTTACC	2	12	57840	57851	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	525929710
29	NC_021839	ATCAAT	2	12	58847	58858	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	525929711
30	NC_021839	ATGAAA	2	12	59205	59216	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	525929712
31	NC_021839	AATACA	2	12	60249	60260	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_021839	GCTTTT	2	12	60548	60559	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	525929714
33	NC_021839	CTTTTA	2	12	61077	61088	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	525929714
34	NC_021839	TAGAAA	2	12	62023	62034	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	525929715
35	NC_021839	ACGTTG	2	12	63952	63963	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	525929717
36	NC_021839	GAAAAC	2	12	65859	65870	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	525929718
37	NC_021839	TTTTGA	2	12	71521	71532	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	525929724
38	NC_021839	GAAGGG	2	12	76623	76634	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	525929728
39	NC_021839	AGAACC	2	12	79657	79668	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	525929731
40	NC_021839	GATTCA	2	12	80264	80275	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	525929731
41	NC_021839	GCAATT	2	12	80294	80305	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	525929731
42	NC_021839	TCTGTT	2	12	85203	85214	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	525929735
43	NC_021839	GAACCA	2	12	87098	87109	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	525929736
44	NC_021839	TCCATT	2	12	89706	89717	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	525929739
45	NC_021839	GTAGAT	2	12	94892	94903	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	525932176
46	NC_021839	TGAAAA	2	12	98901	98912	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	525932180
47	NC_021839	TATCTG	2	12	99923	99934	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	525932182
48	NC_021839	ATATGA	2	12	101074	101085	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	525932183
49	NC_021839	TGCGGG	2	12	102581	102592	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	525929741
50	NC_021839	CTGGTT	2	12	104106	104117	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	525929743
51	NC_021839	TAGTTG	2	12	108282	108293	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	525932184
52	NC_021839	CATAGA	2	12	112013	112024	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_021839	AGAAAA	2	12	112948	112959	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	525929751
54	NC_021839	GACTTA	2	12	114768	114779	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	525932185
55	NC_021839	TAGATT	2	12	120651	120662	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	525932186
56	NC_021839	CGCCAG	2	12	123719	123730	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	525932187
57	NC_021839	CGCCAG	2	12	123959	123970	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	525932187
58	NC_021839	CAGAAA	2	12	125156	125167	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	525932188
59	NC_021839	AGAAGC	2	12	125229	125240	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	525932188
60	NC_021839	GAGAAA	2	12	128314	128325	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	525932188
61	NC_021839	AATTTG	2	12	133282	133293	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	525932189
62	NC_021839	AAATTT	2	12	135350	135361	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021839	AAAAGA	2	12	148672	148683	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	525929771
64	NC_021839	AATACA	2	12	149909	149920	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	525929771
65	NC_021839	CGGAAA	2	12	150312	150323	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	525929772
66	NC_021839	CTGACC	2	12	153817	153828	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	525929773
67	NC_021839	AATGAA	2	12	154492	154503	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	525929774
68	NC_021839	TAGTTT	2	12	155280	155291	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_021839	GATTTC	2	12	159909	159920	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	525929780
70	NC_021839	TATAAA	2	12	163029	163040	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	525929783
71	NC_021839	GAAATG	2	12	165671	165682	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	525932202
72	NC_021839	TATCAA	2	12	171846	171857	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	525929790
73	NC_021839	TTGTTT	2	12	172818	172829	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_021839	TAACAA	2	12	173909	173920	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	525929793
75	NC_021839	GCAGAA	2	12	176959	176970	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	525929796
76	NC_021839	TTTTTG	2	12	179349	179360	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	525929799
77	NC_021839	GTAACC	2	12	181498	181509	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	525932211
78	NC_021839	GGTATT	2	12	184920	184931	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	525929801
79	NC_021839	TGCGGA	2	12	191533	191544	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	525929807
80	NC_021839	TGGTAT	2	12	193425	193436	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	525929809
81	NC_021839	TTTTAT	2	12	193470	193481	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	525929809
82	NC_021839	GTACGA	2	12	193554	193565	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	525929809
83	NC_021839	TGCAGC	2	12	201719	201730	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	525929815
84	NC_021839	TTGGTA	2	12	203465	203476	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	525929817
85	NC_021839	AAAGTA	2	12	204779	204790	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	525929818
86	NC_021839	AAGAAA	2	12	210715	210726	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	525929825
87	NC_021839	AAAGTG	2	12	211375	211386	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	525929826
88	NC_021839	TAGCAC	2	12	212238	212249	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	525929828
89	NC_021839	CTTGGT	2	12	212672	212683	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	525929828
90	NC_021839	TAATTA	2	12	218646	218657	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_021839	GCAAAA	2	12	218902	218913	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	525932217
92	NC_021839	GAATTC	2	12	220495	220506	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	525932217
93	NC_021839	AAAGGA	2	12	222751	222762	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	525932217
94	NC_021839	GATGAA	2	12	224721	224732	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	525932217
95	NC_021839	GACCCA	2	12	224980	224991	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	525932217
96	NC_021839	TAAAAA	2	12	225549	225560	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	525932218
97	NC_021839	GGATAC	2	12	226026	226037	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	525932218
98	NC_021839	GACCCA	2	12	226713	226724	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	525932219
99	NC_021839	AATTAG	2	12	227183	227194	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	525932220
100	NC_021839	TAGAGG	2	12	227280	227291	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	525932221
101	NC_021839	AGCCAA	2	12	228367	228378	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	525932222
102	NC_021839	GACCCA	2	12	228479	228490	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	525932222
103	NC_021839	AAAATT	2	12	228950	228961	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	525932222
104	NC_021839	TGATGG	2	12	230031	230042	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	525932224
105	NC_021839	GATGAA	2	12	230091	230102	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	525932224
106	NC_021839	TCAAAC	2	12	230759	230770	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	525932224
107	NC_021839	TAAAAA	2	12	231584	231595	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_021839	AGATTT	2	12	234796	234807	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	525932230
109	NC_021839	TTGATG	2	12	235893	235904	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	525932230
110	NC_021839	AAAAGC	2	12	237361	237372	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	525932231
111	NC_021839	GGATTT	2	12	240323	240334	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	525932232
112	NC_021839	AATCAA	2	12	245792	245803	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	525929838
113	NC_021839	CTTATG	2	12	247219	247230	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	525929839
114	NC_021839	CTGTTT	2	12	249764	249775	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	525929842
115	NC_021839	CGTACT	2	12	249864	249875	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	525929842
116	NC_021839	CTCACC	2	12	250059	250070	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	525929842
117	NC_021839	ATTTGC	2	12	250671	250682	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	525929842
118	NC_021839	TAAAAC	2	12	251118	251129	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	525929842
119	NC_021839	TTAAAT	2	12	270164	270175	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_021839	CTATAA	2	12	271933	271944	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_021839	AAACAA	2	12	278650	278661	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	525929852
122	NC_021839	TGGGAT	2	12	281524	281535	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	525932249
123	NC_021839	AGAAAG	2	12	292527	292538	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	525929864
124	NC_021839	ATTGCA	2	12	293954	293965	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	525929866
125	NC_021839	AAATGA	2	12	294392	294403	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	525929866
126	NC_021839	TATCGT	2	12	302517	302528	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	525929876
127	NC_021839	AAAGAT	2	12	304784	304795	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	525929878
128	NC_021839	TGTGAC	2	12	308474	308485	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	525929882
129	NC_021839	TAACGA	2	12	309838	309849	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	525929884
130	NC_021839	TGCGGC	2	12	310385	310396	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	525929884
131	NC_021839	CGGTTG	2	12	318197	318208	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	525929892
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133	NC_021839	AAATGT	2	12	320725	320736	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
134	NC_021839	GGAAAA	2	12	324120	324131	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	525929896
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138	NC_021839	GACGGC	2	12	329301	329312	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	525929901
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140	NC_021839	TTGCTT	2	12	338505	338516	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	525929908
141	NC_021839	TTTTTC	2	12	338548	338559	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	525929908
142	NC_021839	GCAACC	2	12	341745	341756	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	525929913
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144	NC_021839	TACAGT	2	12	345419	345430	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	525932253
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147	NC_021839	TTTGGC	2	12	353407	353418	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	525929922
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152	NC_021839	AGAATG	2	12	374987	374998	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	525929946
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166	NC_021839	AATTTC	2	12	398061	398072	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	525932254
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216	NC_021839	AATTAG	2	12	511153	511164	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
217	NC_021839	AAATGA	2	12	512083	512094	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	525930082
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221	NC_021839	TGTTGA	2	12	522209	522220	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
222	NC_021839	TCTTCA	2	12	522494	522505	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	525930091
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229	NC_021839	TTGTCA	2	12	559019	559030	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	525930123
230	NC_021839	TGCCAA	2	12	568420	568431	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	525930127
231	NC_021839	CAGTGA	2	12	568710	568721	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	525930127
232	NC_021839	ATAAAA	2	12	570053	570064	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	525930128
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234	NC_021839	ATACAG	2	12	575731	575742	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	525930136
235	NC_021839	GAAAAA	2	12	580093	580104	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	525930140
236	NC_021839	TATTGA	2	12	583247	583258	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	525932270
237	NC_021839	AATTGG	2	12	585522	585533	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	525930144
238	NC_021839	GTCATA	2	12	588055	588066	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	525932271
239	NC_021839	TTTTTC	2	12	589041	589052	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	525930147
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264	NC_021839	GAAAAA	2	12	660713	660724	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	525930197
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329	NC_021839	TGCACT	2	12	838070	838081	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	525930375
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332	NC_021839	AAAAGG	2	12	843711	843722	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	525930382
333	NC_021839	GATTAC	2	12	843854	843865	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	525930382
334	NC_021839	GTTAAT	2	12	848339	848350	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	525930387
335	NC_021839	CTTTTT	2	12	849339	849350	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
336	NC_021839	TCAAAA	2	12	849665	849676	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	525930388
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339	NC_021839	TTTTGT	2	12	858995	859006	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	525932293
340	NC_021839	GACTCA	2	12	859955	859966	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	525932293
341	NC_021839	TGACAC	2	12	861491	861502	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	525932295
342	NC_021839	TATATT	2	12	862195	862206	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	525932296
343	NC_021839	TTGCTT	2	12	863589	863600	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	525932296
344	NC_021839	ATTTTA	2	12	866108	866119	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	525932297
345	NC_021839	TTTACC	2	12	868306	868317	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	525930393
346	NC_021839	ATTTAT	2	12	873144	873155	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	525930396
347	NC_021839	TGATAT	2	12	874596	874607	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	525930397
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349	NC_021839	CCCAGG	2	12	879273	879284	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	525930402
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454	NC_021839	GTTGAG	2	12	1155408	1155419	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	525930655
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458	NC_021839	TGCTTT	2	12	1163716	1163727	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	525930661
459	NC_021839	ACTTAG	2	12	1164537	1164548	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	525930661
460	NC_021839	TATGGA	2	12	1169242	1169253	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	525930666
461	NC_021839	CATTAG	2	12	1170127	1170138	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	525930667
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463	NC_021839	AATGGG	2	12	1178021	1178032	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	525930673
464	NC_021839	AAAGAA	2	12	1178351	1178362	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	525930673
465	NC_021839	AAAATG	2	12	1178709	1178720	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	525930673
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