MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Listeria monocytogenes strain R2-502 plasmid

Total Repeats: 181

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021828	GTTT	2	8	160	167	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021828	AAAT	2	8	175	182	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021828	TCGG	2	8	334	341	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
4	NC_021828	CTTT	2	8	346	353	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
5	NC_021828	TTTC	2	8	467	474	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
6	NC_021828	CTTT	2	8	1027	1034	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
7	NC_021828	GCTT	2	8	1570	1577	0 %	50 %	25 %	25 %	525901168
8	NC_021828	ACTA	2	8	1642	1649	50 %	25 %	0 %	25 %	525901168
9	NC_021828	TAAA	2	8	1864	1871	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021828	GGAG	2	8	1872	1879	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021828	ACTT	2	8	2049	2056	25 %	50 %	0 %	25 %	525901169
12	NC_021828	AATA	2	8	3108	3115	75 %	25 %	0 %	0 %	525901171
13	NC_021828	ATGG	2	8	3157	3164	25 %	25 %	50 %	0 %	525901171
14	NC_021828	TTCT	2	8	3224	3231	0 %	75 %	0 %	25 %	525901171
15	NC_021828	CTTT	2	8	3516	3523	0 %	75 %	0 %	25 %	525901171
16	NC_021828	GCGA	2	8	3564	3571	25 %	0 %	50 %	25 %	525901171
17	NC_021828	TCTT	2	8	4028	4035	0 %	75 %	0 %	25 %	525901172
18	NC_021828	ATTG	2	8	5741	5748	25 %	50 %	25 %	0 %	525901174
19	NC_021828	TTCT	2	8	5774	5781	0 %	75 %	0 %	25 %	525901174
20	NC_021828	CTTA	2	8	6394	6401	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
21	NC_021828	TTTA	2	8	6487	6494	25 %	75 %	0 %	0 %	525901176
22	NC_021828	TCTT	2	8	6738	6745	0 %	75 %	0 %	25 %	525901176
23	NC_021828	ACTT	2	8	7085	7092	25 %	50 %	0 %	25 %	525901176
24	NC_021828	TGTT	2	8	7333	7340	0 %	75 %	25 %	0 %	525901176
25	NC_021828	TCTT	2	8	7356	7363	0 %	75 %	0 %	25 %	525901176
26	NC_021828	CTTC	2	8	7392	7399	0 %	50 %	0 %	50 %	525901176
27	NC_021828	TAAT	2	8	8082	8089	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021828	CTTG	2	8	8100	8107	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
29	NC_021828	ATGA	2	8	8379	8386	50 %	25 %	25 %	0 %	525901179
30	NC_021828	GAAA	2	8	8723	8730	75 %	0 %	25 %	0 %	525901179
31	NC_021828	CAAA	2	8	9039	9046	75 %	0 %	0 %	25 %	525901179
32	NC_021828	CATC	2	8	9233	9240	25 %	25 %	0 %	50 %	525901179
33	NC_021828	TTTG	2	8	9393	9400	0 %	75 %	25 %	0 %	525901179
34	NC_021828	GAAA	2	8	9633	9640	75 %	0 %	25 %	0 %	525901180
35	NC_021828	ATCG	2	8	9949	9956	25 %	25 %	25 %	25 %	525901180
36	NC_021828	ACTT	2	8	10118	10125	25 %	50 %	0 %	25 %	525901180
37	NC_021828	GAAA	2	8	10150	10157	75 %	0 %	25 %	0 %	525901180
38	NC_021828	TCTT	2	8	10829	10836	0 %	75 %	0 %	25 %	525901155
39	NC_021828	TCCA	2	8	11411	11418	25 %	25 %	0 %	50 %	525901181
40	NC_021828	AATT	2	8	12001	12008	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_021828	CAAG	2	8	12826	12833	50 %	0 %	25 %	25 %	525901183
42	NC_021828	GTTC	2	8	13121	13128	0 %	50 %	25 %	25 %	525901183
43	NC_021828	CAAA	2	8	13749	13756	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
44	NC_021828	TCCC	2	8	13768	13775	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
45	NC_021828	AATT	2	8	14273	14280	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_021828	ATTG	2	8	14619	14626	25 %	50 %	25 %	0 %	525901185
47	NC_021828	ATCA	2	8	15799	15806	50 %	25 %	0 %	25 %	525901156
48	NC_021828	GCAT	2	8	15815	15822	25 %	25 %	25 %	25 %	525901156
49	NC_021828	ATGA	2	8	16108	16115	50 %	25 %	25 %	0 %	525901156
50	NC_021828	GAAG	2	8	16713	16720	50 %	0 %	50 %	0 %	525901156
51	NC_021828	CTAC	2	8	17137	17144	25 %	25 %	0 %	50 %	525901187
52	NC_021828	ACAA	2	8	17413	17420	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
53	NC_021828	CAAA	2	8	17503	17510	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
54	NC_021828	TCAG	2	8	17536	17543	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
55	NC_021828	ATTC	2	8	18320	18327	25 %	50 %	0 %	25 %	525901188
56	NC_021828	ATTT	2	8	18367	18374	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_021828	GAAA	2	8	18419	18426	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021828	CATT	2	8	19231	19238	25 %	50 %	0 %	25 %	525901189
59	NC_021828	TTAA	2	8	19348	19355	50 %	50 %	0 %	0 %	525901189
60	NC_021828	TTAT	2	8	20067	20074	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_021828	AATT	2	8	20711	20718	50 %	50 %	0 %	0 %	525901157
62	NC_021828	TCGA	2	8	21111	21118	25 %	25 %	25 %	25 %	525901157
63	NC_021828	AATC	2	8	21724	21731	50 %	25 %	0 %	25 %	525901157
64	NC_021828	ATTG	2	8	22141	22148	25 %	50 %	25 %	0 %	525901157
65	NC_021828	AAAT	2	8	23439	23446	75 %	25 %	0 %	0 %	525901190
66	NC_021828	TTTC	2	8	23614	23621	0 %	75 %	0 %	25 %	525901159
67	NC_021828	AATA	2	8	23944	23951	75 %	25 %	0 %	0 %	525901159
68	NC_021828	GACC	2	8	24009	24016	25 %	0 %	25 %	50 %	525901159
69	NC_021828	TTCG	2	8	24149	24156	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_021828	TTTA	2	8	24618	24625	25 %	75 %	0 %	0 %	525901191
71	NC_021828	GTTT	2	8	24757	24764	0 %	75 %	25 %	0 %	525901191
72	NC_021828	ATTA	2	8	25187	25194	50 %	50 %	0 %	0 %	525901192
73	NC_021828	ATTT	2	8	25475	25482	25 %	75 %	0 %	0 %	525901192
74	NC_021828	CATA	2	8	25729	25736	50 %	25 %	0 %	25 %	525901192
75	NC_021828	AATT	2	8	25879	25886	50 %	50 %	0 %	0 %	525901192
76	NC_021828	TTGA	2	8	26098	26105	25 %	50 %	25 %	0 %	525901192
77	NC_021828	ACAA	2	8	26554	26561	75 %	0 %	0 %	25 %	525901192
78	NC_021828	AAGG	2	8	27368	27375	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
79	NC_021828	AAAC	2	8	27411	27418	75 %	0 %	0 %	25 %	525901160
80	NC_021828	GAAA	2	8	27575	27582	75 %	0 %	25 %	0 %	525901160
81	NC_021828	AAAG	2	8	27759	27766	75 %	0 %	25 %	0 %	525901161
82	NC_021828	TCAA	2	8	28029	28036	50 %	25 %	0 %	25 %	525901161
83	NC_021828	AAAG	2	8	28360	28367	75 %	0 %	25 %	0 %	525901161
84	NC_021828	TTAT	2	8	28477	28484	25 %	75 %	0 %	0 %	525901161
85	NC_021828	AAAT	2	8	28667	28674	75 %	25 %	0 %	0 %	525901162
86	NC_021828	ACCT	2	8	28722	28729	25 %	25 %	0 %	50 %	525901162
87	NC_021828	AACA	2	8	28791	28798	75 %	0 %	0 %	25 %	525901162
88	NC_021828	ATTT	2	8	28852	28859	25 %	75 %	0 %	0 %	525901162
89	NC_021828	TTTC	2	8	29110	29117	0 %	75 %	0 %	25 %	525901162
90	NC_021828	CATT	2	8	30198	30205	25 %	50 %	0 %	25 %	525901194
91	NC_021828	ATGT	2	8	31016	31023	25 %	50 %	25 %	0 %	525901196
92	NC_021828	GCAA	2	8	31170	31177	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
93	NC_021828	AAAG	2	8	31205	31212	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
94	NC_021828	TCTT	2	8	31824	31831	0 %	75 %	0 %	25 %	525901163
95	NC_021828	AAAT	2	8	31850	31857	75 %	25 %	0 %	0 %	525901163
96	NC_021828	TAAT	2	8	31910	31917	50 %	50 %	0 %	0 %	525901197
97	NC_021828	TTTC	2	8	31936	31943	0 %	75 %	0 %	25 %	525901197
98	NC_021828	CAAA	2	8	32094	32101	75 %	0 %	0 %	25 %	525901197
99	NC_021828	ATTC	2	8	32292	32299	25 %	50 %	0 %	25 %	525901197
100	NC_021828	GTTT	2	8	32839	32846	0 %	75 %	25 %	0 %	525901198
101	NC_021828	CAAG	2	8	33097	33104	50 %	0 %	25 %	25 %	525901199
102	NC_021828	AATC	2	8	33136	33143	50 %	25 %	0 %	25 %	525901199
103	NC_021828	CGAT	2	8	33799	33806	25 %	25 %	25 %	25 %	525901201
104	NC_021828	CAAC	2	8	33907	33914	50 %	0 %	0 %	50 %	525901201
105	NC_021828	TAAT	2	8	34107	34114	50 %	50 %	0 %	0 %	525901202
106	NC_021828	TTGC	2	8	34544	34551	0 %	50 %	25 %	25 %	525901202
107	NC_021828	TCAC	2	8	34723	34730	25 %	25 %	0 %	50 %	525901202
108	NC_021828	GATG	2	8	34842	34849	25 %	25 %	50 %	0 %	525901202
109	NC_021828	CCAT	2	8	35542	35549	25 %	25 %	0 %	50 %	525901202
110	NC_021828	TCCT	2	8	35844	35851	0 %	50 %	0 %	50 %	525901202
111	NC_021828	AAAT	2	8	35885	35892	75 %	25 %	0 %	0 %	525901202
112	NC_021828	AATA	2	8	35952	35959	75 %	25 %	0 %	0 %	525901202
113	NC_021828	TTCT	2	8	36036	36043	0 %	75 %	0 %	25 %	525901202
114	NC_021828	GAGT	2	8	36903	36910	25 %	25 %	50 %	0 %	525901164
115	NC_021828	TTAT	2	8	37059	37066	25 %	75 %	0 %	0 %	525901164
116	NC_021828	TTGA	2	8	37100	37107	25 %	50 %	25 %	0 %	525901164
117	NC_021828	TCAA	2	8	37315	37322	50 %	25 %	0 %	25 %	525901164
118	NC_021828	GGAA	2	8	37424	37431	50 %	0 %	50 %	0 %	525901164
119	NC_021828	AACT	2	8	37433	37440	50 %	25 %	0 %	25 %	525901164
120	NC_021828	TCCA	2	8	37649	37656	25 %	25 %	0 %	50 %	525901204
121	NC_021828	CAAT	2	8	37807	37814	50 %	25 %	0 %	25 %	525901204
122	NC_021828	CAAT	2	8	38163	38170	50 %	25 %	0 %	25 %	525901204
123	NC_021828	GATC	2	8	38311	38318	25 %	25 %	25 %	25 %	525901204
124	NC_021828	TGAT	2	8	38442	38449	25 %	50 %	25 %	0 %	525901204
125	NC_021828	AAAT	2	8	38694	38701	75 %	25 %	0 %	0 %	525901204
126	NC_021828	GAAG	2	8	38876	38883	50 %	0 %	50 %	0 %	525901204
127	NC_021828	ACTC	2	8	38937	38944	25 %	25 %	0 %	50 %	525901204
128	NC_021828	TCAA	2	8	39536	39543	50 %	25 %	0 %	25 %	525901204
129	NC_021828	GCTT	2	8	39615	39622	0 %	50 %	25 %	25 %	525901204
130	NC_021828	AATT	2	8	40610	40617	50 %	50 %	0 %	0 %	525901205
131	NC_021828	TCCA	2	8	41079	41086	25 %	25 %	0 %	50 %	525901205
132	NC_021828	TTTC	2	8	41417	41424	0 %	75 %	0 %	25 %	525901205
133	NC_021828	ACCA	2	8	41873	41880	50 %	0 %	0 %	50 %	525901206
134	NC_021828	CTTT	2	8	41922	41929	0 %	75 %	0 %	25 %	525901206
135	NC_021828	CTTT	2	8	42069	42076	0 %	75 %	0 %	25 %	525901206
136	NC_021828	TACT	2	8	42688	42695	25 %	50 %	0 %	25 %	525901206
137	NC_021828	ATCA	2	8	43040	43047	50 %	25 %	0 %	25 %	525901206
138	NC_021828	TATC	2	8	43848	43855	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
139	NC_021828	AAAT	2	8	43887	43894	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_021828	GATT	2	8	44055	44062	25 %	50 %	25 %	0 %	525901165
141	NC_021828	TAGG	2	8	44108	44115	25 %	25 %	50 %	0 %	525901165
142	NC_021828	TCAA	2	8	44141	44148	50 %	25 %	0 %	25 %	525901165
143	NC_021828	CCGG	2	8	44331	44338	0 %	0 %	50 %	50 %	525901165
144	NC_021828	AATA	2	8	44471	44478	75 %	25 %	0 %	0 %	525901165
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177	NC_021828	ATTT	2	8	55529	55536	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.