MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Lactobacillus plantarum 16 plasmid Lp16F

Total Repeats: 138

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021518	TTTC	2	8	24	31	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_021518	ACTA	2	8	390	397	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_021518	TACC	2	8	1019	1026	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
4	NC_021518	AAAG	2	8	1608	1615	75 %	0 %	25 %	0 %	513843970
5	NC_021518	ACAA	2	8	1701	1708	75 %	0 %	0 %	25 %	513843970
6	NC_021518	TAAC	2	8	1861	1868	50 %	25 %	0 %	25 %	513843970
7	NC_021518	CAAA	2	8	2448	2455	75 %	0 %	0 %	25 %	513843970
8	NC_021518	TTAA	2	8	2667	2674	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021518	TAAT	2	8	3012	3019	50 %	50 %	0 %	0 %	513843971
10	NC_021518	AAAT	2	8	3314	3321	75 %	25 %	0 %	0 %	513843971
11	NC_021518	CAAA	2	8	3898	3905	75 %	0 %	0 %	25 %	513843971
12	NC_021518	ATTT	2	8	3986	3993	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_021518	TAAG	2	8	4276	4283	50 %	25 %	25 %	0 %	513843972
14	NC_021518	GAGC	2	8	4324	4331	25 %	0 %	50 %	25 %	513843972
15	NC_021518	TCAA	2	8	4386	4393	50 %	25 %	0 %	25 %	513843972
16	NC_021518	TTGA	2	8	4534	4541	25 %	50 %	25 %	0 %	513843972
17	NC_021518	TCAA	2	8	4790	4797	50 %	25 %	0 %	25 %	513843973
18	NC_021518	TAAT	2	8	5270	5277	50 %	50 %	0 %	0 %	513843974
19	NC_021518	AAAT	2	8	5314	5321	75 %	25 %	0 %	0 %	513843974
20	NC_021518	AATT	2	8	5394	5401	50 %	50 %	0 %	0 %	513843974
21	NC_021518	GAAA	2	8	5897	5904	75 %	0 %	25 %	0 %	513843974
22	NC_021518	AACA	2	8	7028	7035	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
23	NC_021518	AAGT	2	8	7585	7592	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021518	GAAC	2	8	9959	9966	50 %	0 %	25 %	25 %	513843976
25	NC_021518	TTGA	2	8	9969	9976	25 %	50 %	25 %	0 %	513843976
26	NC_021518	AGTC	2	8	10130	10137	25 %	25 %	25 %	25 %	513843976
27	NC_021518	TTCG	2	8	10821	10828	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
28	NC_021518	TTTA	2	8	11039	11046	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_021518	AATC	2	8	11284	11291	50 %	25 %	0 %	25 %	513843978
30	NC_021518	CTTA	2	8	11913	11920	25 %	50 %	0 %	25 %	513843979
31	NC_021518	CAAT	2	8	12074	12081	50 %	25 %	0 %	25 %	513843979
32	NC_021518	TCTA	2	8	12084	12091	25 %	50 %	0 %	25 %	513843979
33	NC_021518	TGTC	2	8	12403	12410	0 %	50 %	25 %	25 %	513843979
34	NC_021518	CTTT	2	8	12559	12566	0 %	75 %	0 %	25 %	513843979
35	NC_021518	ATAA	2	8	13465	13472	75 %	25 %	0 %	0 %	513843979
36	NC_021518	GATC	2	8	13776	13783	25 %	25 %	25 %	25 %	513843979
37	NC_021518	CAAT	2	8	13829	13836	50 %	25 %	0 %	25 %	513843979
38	NC_021518	TTGC	2	8	13940	13947	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
39	NC_021518	TTTC	2	8	14082	14089	0 %	75 %	0 %	25 %	513843980
40	NC_021518	TGCC	2	8	14150	14157	0 %	25 %	25 %	50 %	513843980
41	NC_021518	TTAG	2	8	14428	14435	25 %	50 %	25 %	0 %	513843980
42	NC_021518	GCCG	2	8	14521	14528	0 %	0 %	50 %	50 %	513843980
43	NC_021518	TGAT	2	8	14830	14837	25 %	50 %	25 %	0 %	513843981
44	NC_021518	ATTT	2	8	15136	15143	25 %	75 %	0 %	0 %	513843981
45	NC_021518	AAGC	2	8	15859	15866	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
46	NC_021518	GTTC	2	8	16409	16416	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
47	NC_021518	TTTA	2	8	16738	16745	25 %	75 %	0 %	0 %	513843983
48	NC_021518	TATT	2	8	17192	17199	25 %	75 %	0 %	0 %	513843983
49	NC_021518	AAAC	2	8	17290	17297	75 %	0 %	0 %	25 %	513843983
50	NC_021518	TGAT	2	8	17436	17443	25 %	50 %	25 %	0 %	513843983
51	NC_021518	CAAT	2	8	17802	17809	50 %	25 %	0 %	25 %	513843983
52	NC_021518	ATCA	2	8	18415	18422	50 %	25 %	0 %	25 %	513843984
53	NC_021518	AATT	2	8	19516	19523	50 %	50 %	0 %	0 %	513843985
54	NC_021518	TAAA	2	8	19708	19715	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_021518	ACAT	2	8	20066	20073	50 %	25 %	0 %	25 %	513843986
56	NC_021518	TTGC	2	8	20404	20411	0 %	50 %	25 %	25 %	513843987
57	NC_021518	GAGT	2	8	20624	20631	25 %	25 %	50 %	0 %	513843987
58	NC_021518	ACGA	2	8	21466	21473	50 %	0 %	25 %	25 %	513843988
59	NC_021518	ATCA	2	8	22048	22055	50 %	25 %	0 %	25 %	513843990
60	NC_021518	AATA	2	8	22125	22132	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_021518	CAAA	2	8	22944	22951	75 %	0 %	0 %	25 %	513843993
62	NC_021518	AAGC	2	8	23005	23012	50 %	0 %	25 %	25 %	513843993
63	NC_021518	ATTA	2	8	23035	23042	50 %	50 %	0 %	0 %	513843993
64	NC_021518	AAAG	2	8	23300	23307	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
65	NC_021518	CAAA	3	12	23324	23335	75 %	0 %	0 %	25 %	513843994
66	NC_021518	CAAG	2	8	23353	23360	50 %	0 %	25 %	25 %	513843994
67	NC_021518	CGGG	2	8	23601	23608	0 %	0 %	75 %	25 %	513843994
68	NC_021518	GACC	2	8	23858	23865	25 %	0 %	25 %	50 %	513843995
69	NC_021518	TAGT	2	8	23932	23939	25 %	50 %	25 %	0 %	513843995
70	NC_021518	CCGA	2	8	24521	24528	25 %	0 %	25 %	50 %	513843996
71	NC_021518	TCGC	2	8	24543	24550	0 %	25 %	25 %	50 %	513843996
72	NC_021518	TCCA	2	8	24669	24676	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
73	NC_021518	GAAA	2	8	25296	25303	75 %	0 %	25 %	0 %	513843997
74	NC_021518	TGAA	2	8	25541	25548	50 %	25 %	25 %	0 %	513843997
75	NC_021518	CGTT	2	8	25610	25617	0 %	50 %	25 %	25 %	513843997
76	NC_021518	GATG	2	8	26193	26200	25 %	25 %	50 %	0 %	513843997
77	NC_021518	GATC	2	8	26517	26524	25 %	25 %	25 %	25 %	513843998
78	NC_021518	CAAA	2	8	27224	27231	75 %	0 %	0 %	25 %	513843998
79	NC_021518	GATC	2	8	27521	27528	25 %	25 %	25 %	25 %	513843998
80	NC_021518	CGAT	2	8	27836	27843	25 %	25 %	25 %	25 %	513843998
81	NC_021518	ATAA	2	8	28024	28031	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_021518	CGAA	2	8	28417	28424	50 %	0 %	25 %	25 %	513843999
83	NC_021518	ACTA	2	8	28704	28711	50 %	25 %	0 %	25 %	513843999
84	NC_021518	GGTC	2	8	28778	28785	0 %	25 %	50 %	25 %	513843999
85	NC_021518	TGCT	2	8	28890	28897	0 %	50 %	25 %	25 %	513843999
86	NC_021518	TTGT	2	8	28991	28998	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
87	NC_021518	CCCG	2	8	29035	29042	0 %	0 %	25 %	75 %	513844000
88	NC_021518	CTTG	2	8	29283	29290	0 %	50 %	25 %	25 %	513844000
89	NC_021518	TGTT	2	8	29310	29317	0 %	75 %	25 %	0 %	513844000
90	NC_021518	CTTT	2	8	29336	29343	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
91	NC_021518	TTTG	2	8	29692	29699	0 %	75 %	25 %	0 %	513844001
92	NC_021518	TAAC	2	8	30208	30215	50 %	25 %	0 %	25 %	513844001
93	NC_021518	TTTA	2	8	30425	30432	25 %	75 %	0 %	0 %	513844001
94	NC_021518	TAAT	2	8	30517	30524	50 %	50 %	0 %	0 %	513844001
95	NC_021518	CAAC	2	8	30925	30932	50 %	0 %	0 %	50 %	513844001
96	NC_021518	TTGC	2	8	30974	30981	0 %	50 %	25 %	25 %	513844001
97	NC_021518	GTTA	2	8	31049	31056	25 %	50 %	25 %	0 %	513844001
98	NC_021518	TGCG	2	8	31067	31074	0 %	25 %	50 %	25 %	513844001
99	NC_021518	TTCT	2	8	31160	31167	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
100	NC_021518	TCTT	2	8	31239	31246	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
101	NC_021518	TGGA	2	8	31722	31729	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_021518	AATT	2	8	32401	32408	50 %	50 %	0 %	0 %	513844004
103	NC_021518	ATTG	2	8	33185	33192	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021518	TCAC	2	8	33417	33424	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
105	NC_021518	ATTG	2	8	34310	34317	25 %	50 %	25 %	0 %	513844006
106	NC_021518	GTTA	2	8	34351	34358	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
107	NC_021518	CAAC	2	8	34863	34870	50 %	0 %	0 %	50 %	513844007
108	NC_021518	ACGA	2	8	35229	35236	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
109	NC_021518	ACGA	2	8	35965	35972	50 %	0 %	25 %	25 %	513844008
110	NC_021518	GGAC	2	8	37166	37173	25 %	0 %	50 %	25 %	513844012
111	NC_021518	AAAG	2	8	37663	37670	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_021518	CTTT	2	8	38011	38018	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
113	NC_021518	TATT	2	8	38285	38292	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_021518	GGTG	2	8	38559	38566	0 %	25 %	75 %	0 %	513844014
115	NC_021518	ATAC	2	8	39138	39145	50 %	25 %	0 %	25 %	513844015
116	NC_021518	GTTG	2	8	39146	39153	0 %	50 %	50 %	0 %	513844015
117	NC_021518	TTAT	2	8	39834	39841	25 %	75 %	0 %	0 %	513844015
118	NC_021518	TTAG	2	8	40524	40531	25 %	50 %	25 %	0 %	513844017
119	NC_021518	CGAT	2	8	40596	40603	25 %	25 %	25 %	25 %	513844017
120	NC_021518	GATT	2	8	40725	40732	25 %	50 %	25 %	0 %	513844017
121	NC_021518	TTCG	2	8	41104	41111	0 %	50 %	25 %	25 %	513844017
122	NC_021518	GCCA	2	8	43097	43104	25 %	0 %	25 %	50 %	513844019
123	NC_021518	ACTA	2	8	43332	43339	50 %	25 %	0 %	25 %	513844019
124	NC_021518	AAAC	2	8	43833	43840	75 %	0 %	0 %	25 %	513844020
125	NC_021518	ATTG	2	8	44385	44392	25 %	50 %	25 %	0 %	513844021
126	NC_021518	TTTC	2	8	44843	44850	0 %	75 %	0 %	25 %	513844021
127	NC_021518	ATGA	2	8	45554	45561	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
128	NC_021518	CCAA	2	8	45628	45635	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
129	NC_021518	TATC	2	8	45933	45940	25 %	50 %	0 %	25 %	513844022
130	NC_021518	CGCT	2	8	46156	46163	0 %	25 %	25 %	50 %	513844022
131	NC_021518	ATAA	2	8	46514	46521	75 %	25 %	0 %	0 %	513844022
132	NC_021518	CCAA	2	8	47860	47867	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
133	NC_021518	CCAA	2	8	48235	48242	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
134	NC_021518	TTTA	2	8	48256	48263	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_021518	TTAA	2	8	48456	48463	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_021518	AATT	2	8	49249	49256	50 %	50 %	0 %	0 %	513844024
137	NC_021518	TTTG	2	8	49381	49388	0 %	75 %	25 %	0 %	513844024
138	NC_021518	TGAT	2	8	49539	49546	25 %	50 %	25 %	0 %	513844024

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.