MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Lawsonia intracellularis N343 plasmid 3

Total Repeats: 173

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020130	CTTAT	2	10	58	67	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_020130	ATACA	2	10	313	322	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_020130	TTATT	2	10	769	778	20 %	80 %	0 %	0 %	442556536
4	NC_020130	TAGAA	2	10	5748	5757	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020130	TTTTA	2	10	6269	6278	20 %	80 %	0 %	0 %	442556540
6	NC_020130	TATAA	2	10	6280	6289	60 %	40 %	0 %	0 %	442556540
7	NC_020130	TAATT	2	10	7352	7361	40 %	60 %	0 %	0 %	442556541
8	NC_020130	TTATT	2	10	9510	9519	20 %	80 %	0 %	0 %	442556542
9	NC_020130	GTTTT	2	10	10390	10399	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020130	GTAAT	2	10	11620	11629	40 %	40 %	20 %	0 %	442556544
11	NC_020130	ATAGA	2	10	12433	12442	60 %	20 %	20 %	0 %	442556544
12	NC_020130	AATAT	2	10	12532	12541	60 %	40 %	0 %	0 %	442556544
13	NC_020130	CATAG	2	10	13310	13319	40 %	20 %	20 %	20 %	442556544
14	NC_020130	AAAAT	2	10	14054	14063	80 %	20 %	0 %	0 %	442556544
15	NC_020130	AGCCA	2	10	14420	14429	40 %	0 %	20 %	40 %	442556544
16	NC_020130	ATTAT	2	10	16332	16341	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020130	TATAT	2	10	16459	16468	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020130	TTATA	2	10	16520	16529	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020130	TGATA	2	10	17387	17396	40 %	40 %	20 %	0 %	442556547
20	NC_020130	GTTTA	2	10	18998	19007	20 %	60 %	20 %	0 %	442556549
21	NC_020130	ATAGA	2	10	19991	20000	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020130	AACTA	2	10	23018	23027	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_020130	AAAAG	2	10	23205	23214	80 %	0 %	20 %	0 %	442556554
24	NC_020130	TAAAA	2	10	25616	25625	80 %	20 %	0 %	0 %	442556554
25	NC_020130	TCTTT	2	10	27303	27312	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_020130	AGTAA	2	10	28849	28858	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020130	TTTTC	2	10	29232	29241	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_020130	TAAAA	2	10	29650	29659	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020130	ATGGA	2	10	34882	34891	40 %	20 %	40 %	0 %	442556559
30	NC_020130	ATTTA	2	10	35853	35862	40 %	60 %	0 %	0 %	442556559
31	NC_020130	ATTAT	2	10	36114	36123	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020130	CAAAA	2	10	36600	36609	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_020130	AAAGA	2	10	36772	36781	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020130	ACCCC	2	10	37390	37399	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
35	NC_020130	AAAAT	2	10	37452	37461	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020130	CAAAG	2	10	38868	38877	60 %	0 %	20 %	20 %	442556560
37	NC_020130	ATGTT	2	10	41191	41200	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020130	AGTTT	2	10	48963	48972	20 %	60 %	20 %	0 %	442556566
39	NC_020130	GTAAA	2	10	52006	52015	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020130	TGTAA	2	10	54009	54018	40 %	40 %	20 %	0 %	442556568
41	NC_020130	ATAAA	2	10	55664	55673	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020130	CTTTT	2	10	56845	56854	0 %	80 %	0 %	20 %	442556569
43	NC_020130	GAAAA	2	10	58107	58116	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020130	ATATT	2	10	58326	58335	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020130	TTTCT	2	10	59062	59071	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_020130	TAAAA	2	10	60193	60202	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020130	TATAT	2	10	62882	62891	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020130	ATGTA	2	10	63121	63130	40 %	40 %	20 %	0 %	442556571
49	NC_020130	ATGTA	2	10	65276	65285	40 %	40 %	20 %	0 %	442556572
50	NC_020130	TATAT	2	10	65675	65684	40 %	60 %	0 %	0 %	442556572
51	NC_020130	ATTCA	2	10	65705	65714	40 %	40 %	0 %	20 %	442556572
52	NC_020130	TCTGC	2	10	65824	65833	0 %	40 %	20 %	40 %	442556572
53	NC_020130	TATAT	2	10	67693	67702	40 %	60 %	0 %	0 %	442556573
54	NC_020130	TGGAA	2	10	68288	68297	40 %	20 %	40 %	0 %	442556573
55	NC_020130	TATAT	2	10	69931	69940	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020130	ATACA	2	10	70207	70216	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_020130	ATTTT	2	10	72421	72430	20 %	80 %	0 %	0 %	442556574
58	NC_020130	ATATA	2	10	72758	72767	60 %	40 %	0 %	0 %	442556574
59	NC_020130	AATTA	2	10	72927	72936	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020130	ATTTT	2	10	73322	73331	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020130	GCTTG	2	10	74160	74169	0 %	40 %	40 %	20 %	442556575
62	NC_020130	TGCTT	2	10	74801	74810	0 %	60 %	20 %	20 %	442556575
63	NC_020130	CTCTT	2	10	75557	75566	0 %	60 %	0 %	40 %	442556575
64	NC_020130	TAGAT	2	10	75970	75979	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020130	TTGTT	2	10	78251	78260	0 %	80 %	20 %	0 %	442556576
66	NC_020130	TGTCC	2	10	80526	80535	0 %	40 %	20 %	40 %	442556577
67	NC_020130	TTAAA	2	10	80962	80971	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020130	TCCAT	2	10	82050	82059	20 %	40 %	0 %	40 %	442556578
69	NC_020130	GTAGT	2	10	82643	82652	20 %	40 %	40 %	0 %	442556578
70	NC_020130	AACAA	2	10	83001	83010	80 %	0 %	0 %	20 %	442556578
71	NC_020130	ACAAA	2	10	83615	83624	80 %	0 %	0 %	20 %	442556578
72	NC_020130	AAAAG	2	10	83669	83678	80 %	0 %	20 %	0 %	442556578
73	NC_020130	TAAAA	2	10	83854	83863	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020130	AAGAA	2	10	83947	83956	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020130	AGATA	2	10	83960	83969	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020130	AATAA	2	10	84323	84332	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020130	TTTTA	2	10	84405	84414	20 %	80 %	0 %	0 %	442556579
78	NC_020130	AAATT	2	10	86164	86173	60 %	40 %	0 %	0 %	442556579
79	NC_020130	AATGA	2	10	88628	88637	60 %	20 %	20 %	0 %	442556580
80	NC_020130	ATGTT	2	10	89027	89036	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020130	AACAT	2	10	89180	89189	60 %	20 %	0 %	20 %	442556581
82	NC_020130	CTTTG	2	10	89754	89763	0 %	60 %	20 %	20 %	442556581
83	NC_020130	AACTA	2	10	90762	90771	60 %	20 %	0 %	20 %	442556581
84	NC_020130	TAAAA	2	10	93582	93591	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020130	GCTCT	2	10	95257	95266	0 %	40 %	20 %	40 %	442556583
86	NC_020130	TATAA	2	10	98105	98114	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020130	TTAAA	2	10	98352	98361	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020130	AAAGT	2	10	98963	98972	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020130	TTCTG	2	10	99585	99594	0 %	60 %	20 %	20 %	442556585
90	NC_020130	AGCCT	2	10	100219	100228	20 %	20 %	20 %	40 %	442556585
91	NC_020130	TTCAT	2	10	100245	100254	20 %	60 %	0 %	20 %	442556585
92	NC_020130	ACTTC	2	10	100687	100696	20 %	40 %	0 %	40 %	442556585
93	NC_020130	CAAAA	2	10	101253	101262	80 %	0 %	0 %	20 %	442556585
94	NC_020130	ACTAT	2	10	101703	101712	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_020130	AGATA	2	10	105344	105353	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020130	AAAAT	2	10	105388	105397	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020130	AAAAT	2	10	105607	105616	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020130	ATCTT	2	10	106448	106457	20 %	60 %	0 %	20 %	442556587
99	NC_020130	ATACT	2	10	106460	106469	40 %	40 %	0 %	20 %	442556587
100	NC_020130	AAAAG	2	10	107329	107338	80 %	0 %	20 %	0 %	442556587
101	NC_020130	TTATG	2	10	107453	107462	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020130	CTATA	2	10	107874	107883	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_020130	CTTTT	2	10	108806	108815	0 %	80 %	0 %	20 %	442556588
104	NC_020130	TAAAA	2	10	109799	109808	80 %	20 %	0 %	0 %	442556588
105	NC_020130	TTGTG	2	10	112895	112904	0 %	60 %	40 %	0 %	442556590
106	NC_020130	TCTTT	2	10	117175	117184	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_020130	GTTTT	2	10	117628	117637	0 %	80 %	20 %	0 %	442556593
108	NC_020130	TTTAC	2	10	118122	118131	20 %	60 %	0 %	20 %	442556593
109	NC_020130	GTTGT	2	10	119992	120001	0 %	60 %	40 %	0 %	442556593
110	NC_020130	ATTTT	2	10	121046	121055	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_020130	ATATT	2	10	121073	121082	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_020130	GAATG	2	10	122307	122316	40 %	20 %	40 %	0 %	442556594
113	NC_020130	ATGGA	2	10	122465	122474	40 %	20 %	40 %	0 %	442556594
114	NC_020130	AGCAT	2	10	124555	124564	40 %	20 %	20 %	20 %	442556596
115	NC_020130	GTTTT	2	10	127871	127880	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020130	TAGGT	2	10	127926	127935	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020130	ATAGT	2	10	129013	129022	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
118	NC_020130	TTGTG	2	10	129090	129099	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020130	TTTTG	2	10	129717	129726	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020130	TGGGG	2	10	132208	132217	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020130	ATATT	2	10	132320	132329	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020130	TTATA	2	10	136321	136330	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020130	TAATG	2	10	136361	136370	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020130	AAAGA	2	10	137587	137596	80 %	0 %	20 %	0 %	442556608
125	NC_020130	TATAT	2	10	139804	139813	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_020130	ATATA	2	10	139850	139859	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_020130	TATAA	2	10	139925	139934	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_020130	GTTTG	2	10	142073	142082	0 %	60 %	40 %	0 %	442556613
129	NC_020130	ATCAA	2	10	143462	143471	60 %	20 %	0 %	20 %	442556614
130	NC_020130	TTTTA	2	10	145471	145480	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020130	ATATA	2	10	147313	147322	60 %	40 %	0 %	0 %	442556616
132	NC_020130	TTATT	3	15	148267	148281	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_020130	AAGAT	2	10	152887	152896	60 %	20 %	20 %	0 %	442556617
134	NC_020130	TATCA	2	10	152950	152959	40 %	40 %	0 %	20 %	442556617
135	NC_020130	TTAGA	2	10	155324	155333	40 %	40 %	20 %	0 %	442556617
136	NC_020130	AGAGA	2	10	159769	159778	60 %	0 %	40 %	0 %	442556617
137	NC_020130	AAGAT	2	10	159971	159980	60 %	20 %	20 %	0 %	442556617
138	NC_020130	ATTTT	2	10	161002	161011	20 %	80 %	0 %	0 %	442556617
139	NC_020130	GAAAA	2	10	162736	162745	80 %	0 %	20 %	0 %	442556617
140	NC_020130	AAAGA	2	10	162844	162853	80 %	0 %	20 %	0 %	442556617
141	NC_020130	AGAAA	2	10	163857	163866	80 %	0 %	20 %	0 %	442556617
142	NC_020130	GAAAA	2	10	164002	164011	80 %	0 %	20 %	0 %	442556617
143	NC_020130	AAAGA	2	10	164110	164119	80 %	0 %	20 %	0 %	442556617
144	NC_020130	GAAAA	2	10	165259	165268	80 %	0 %	20 %	0 %	442556617
145	NC_020130	AAAGA	2	10	165314	165323	80 %	0 %	20 %	0 %	442556617
146	NC_020130	AAGCA	2	10	165407	165416	60 %	0 %	20 %	20 %	442556617
147	NC_020130	GAAAA	2	10	167018	167027	80 %	0 %	20 %	0 %	442556617
148	NC_020130	GCTTA	2	10	167112	167121	20 %	40 %	20 %	20 %	442556617
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151	NC_020130	AAAGA	2	10	169669	169678	80 %	0 %	20 %	0 %	442556617
152	NC_020130	AGAAA	2	10	171569	171578	80 %	0 %	20 %	0 %	442556617
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159	NC_020130	TATAT	2	10	182015	182024	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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161	NC_020130	AAAAG	2	10	183428	183437	80 %	0 %	20 %	0 %	442556624
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163	NC_020130	TTTAA	2	10	183644	183653	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_020130	ACAAA	2	10	184842	184851	80 %	0 %	0 %	20 %	442556625
165	NC_020130	AGCAT	2	10	185738	185747	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
166	NC_020130	TTTTA	2	10	187870	187879	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
167	NC_020130	CATGT	2	10	189437	189446	20 %	40 %	20 %	20 %	442556628
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169	NC_020130	TTCTT	2	10	190289	190298	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
170	NC_020130	TTTCA	2	10	190358	190367	20 %	60 %	0 %	20 %	442556629
171	NC_020130	CTTTG	2	10	191668	191677	0 %	60 %	20 %	20 %	442556629
172	NC_020130	CTTAT	2	10	192417	192426	20 %	60 %	0 %	20 %	442556629
173	NC_020130	CTTAT	2	10	194577	194586	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.