MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Lawsonia intracellularis N343 plasmid 2

Total Repeats: 125

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020129	TTTG	2	8	47	54	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020129	AATT	2	8	92	99	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020129	AACT	2	8	165	172	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
4	NC_020129	TAGT	2	8	304	311	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020129	TAAA	2	8	1052	1059	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020129	CAAT	2	8	1285	1292	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
7	NC_020129	ATTA	2	8	1477	1484	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020129	TAAT	2	8	1502	1509	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020129	CAAT	2	8	1851	1858	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_020129	TAAT	2	8	2170	2177	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020129	GATG	2	8	2408	2415	25 %	25 %	50 %	0 %	442556511
12	NC_020129	ATTT	2	8	2671	2678	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020129	AAGA	2	8	3503	3510	75 %	0 %	25 %	0 %	442556512
14	NC_020129	CTTT	2	8	3531	3538	0 %	75 %	0 %	25 %	442556512
15	NC_020129	TGAT	2	8	3570	3577	25 %	50 %	25 %	0 %	442556512
16	NC_020129	ACCA	2	8	3708	3715	50 %	0 %	0 %	50 %	442556512
17	NC_020129	TAGA	2	8	3966	3973	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020129	ATAA	2	8	4210	4217	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020129	AATT	2	8	4218	4225	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020129	ATGT	2	8	4688	4695	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020129	TAAA	2	8	4699	4706	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020129	TGTA	2	8	5103	5110	25 %	50 %	25 %	0 %	442556513
23	NC_020129	TGTT	2	8	5446	5453	0 %	75 %	25 %	0 %	442556513
24	NC_020129	TCCA	2	8	5508	5515	25 %	25 %	0 %	50 %	442556513
25	NC_020129	GTTT	2	8	6080	6087	0 %	75 %	25 %	0 %	442556513
26	NC_020129	GGTT	2	8	6239	6246	0 %	50 %	50 %	0 %	442556513
27	NC_020129	TGAC	2	8	6980	6987	25 %	25 %	25 %	25 %	442556513
28	NC_020129	AATT	2	8	7095	7102	50 %	50 %	0 %	0 %	442556513
29	NC_020129	GTTT	2	8	7764	7771	0 %	75 %	25 %	0 %	442556513
30	NC_020129	TTAC	2	8	8059	8066	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
31	NC_020129	TTAG	2	8	8087	8094	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020129	TAAA	2	8	8096	8103	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020129	TAAA	2	8	8259	8266	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020129	ATAA	2	8	8307	8314	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020129	AAGT	2	8	9097	9104	50 %	25 %	25 %	0 %	442556514
36	NC_020129	TTCA	2	8	9163	9170	25 %	50 %	0 %	25 %	442556514
37	NC_020129	CTGT	2	8	9354	9361	0 %	50 %	25 %	25 %	442556514
38	NC_020129	AGAT	2	8	9724	9731	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020129	TTTA	2	8	9954	9961	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020129	ATCT	2	8	10161	10168	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
41	NC_020129	ACAT	2	8	10318	10325	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
42	NC_020129	CATA	2	8	10402	10409	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
43	NC_020129	TAGT	2	8	10639	10646	25 %	50 %	25 %	0 %	442556515
44	NC_020129	AAAT	2	8	12497	12504	75 %	25 %	0 %	0 %	442556515
45	NC_020129	TTCC	2	8	12883	12890	0 %	50 %	0 %	50 %	442556516
46	NC_020129	AAAT	2	8	12959	12966	75 %	25 %	0 %	0 %	442556516
47	NC_020129	AATA	2	8	13476	13483	75 %	25 %	0 %	0 %	442556516
48	NC_020129	ATAA	2	8	13897	13904	75 %	25 %	0 %	0 %	442556516
49	NC_020129	AAGT	2	8	14038	14045	50 %	25 %	25 %	0 %	442556516
50	NC_020129	TAAA	2	8	14218	14225	75 %	25 %	0 %	0 %	442556516
51	NC_020129	ATGT	2	8	14410	14417	25 %	50 %	25 %	0 %	442556516
52	NC_020129	CATC	2	8	14568	14575	25 %	25 %	0 %	50 %	442556516
53	NC_020129	AGAA	2	8	15544	15551	75 %	0 %	25 %	0 %	442556518
54	NC_020129	AATC	2	8	16511	16518	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_020129	CATT	2	8	16644	16651	25 %	50 %	0 %	25 %	442556519
56	NC_020129	GTTG	2	8	17965	17972	0 %	50 %	50 %	0 %	442556520
57	NC_020129	GAAA	2	8	18383	18390	75 %	0 %	25 %	0 %	442556520
58	NC_020129	TTAT	2	8	18624	18631	25 %	75 %	0 %	0 %	442556521
59	NC_020129	AGAT	2	8	19183	19190	50 %	25 %	25 %	0 %	442556521
60	NC_020129	GATT	2	8	19886	19893	25 %	50 %	25 %	0 %	442556522
61	NC_020129	CAGG	2	8	19936	19943	25 %	0 %	50 %	25 %	442556522
62	NC_020129	CATT	2	8	20329	20336	25 %	50 %	0 %	25 %	442556522
63	NC_020129	GACT	2	8	20907	20914	25 %	25 %	25 %	25 %	442556523
64	NC_020129	AAAT	2	8	21062	21069	75 %	25 %	0 %	0 %	442556523
65	NC_020129	TTAT	2	8	21302	21309	25 %	75 %	0 %	0 %	442556523
66	NC_020129	TTCC	2	8	21569	21576	0 %	50 %	0 %	50 %	442556523
67	NC_020129	ATTA	2	8	22218	22225	50 %	50 %	0 %	0 %	442556524
68	NC_020129	CTTA	2	8	22276	22283	25 %	50 %	0 %	25 %	442556524
69	NC_020129	TTAG	2	8	22288	22295	25 %	50 %	25 %	0 %	442556524
70	NC_020129	GGCT	2	8	22416	22423	0 %	25 %	50 %	25 %	442556524
71	NC_020129	TTTG	2	8	22840	22847	0 %	75 %	25 %	0 %	442556525
72	NC_020129	ACTA	2	8	23604	23611	50 %	25 %	0 %	25 %	442556525
73	NC_020129	CTTA	2	8	23679	23686	25 %	50 %	0 %	25 %	442556526
74	NC_020129	AGAA	2	8	24210	24217	75 %	0 %	25 %	0 %	442556526
75	NC_020129	TGGA	2	8	24265	24272	25 %	25 %	50 %	0 %	442556526
76	NC_020129	TCTT	2	8	25038	25045	0 %	75 %	0 %	25 %	442556527
77	NC_020129	AATC	2	8	26126	26133	50 %	25 %	0 %	25 %	442556527
78	NC_020129	CATA	2	8	26809	26816	50 %	25 %	0 %	25 %	442556528
79	NC_020129	CTTA	2	8	26831	26838	25 %	50 %	0 %	25 %	442556528
80	NC_020129	CATA	2	8	27547	27554	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_020129	AATT	2	8	27637	27644	50 %	50 %	0 %	0 %	442556529
82	NC_020129	TAAT	2	8	27714	27721	50 %	50 %	0 %	0 %	442556529
83	NC_020129	ACTG	2	8	28143	28150	25 %	25 %	25 %	25 %	442556529
84	NC_020129	AGTA	2	8	28186	28193	50 %	25 %	25 %	0 %	442556529
85	NC_020129	CTTT	2	8	28317	28324	0 %	75 %	0 %	25 %	442556529
86	NC_020129	TAGA	2	8	28566	28573	50 %	25 %	25 %	0 %	442556529
87	NC_020129	TCTT	2	8	28926	28933	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
88	NC_020129	TAAT	2	8	29423	29430	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020129	CTAA	2	8	29472	29479	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
90	NC_020129	CTAA	2	8	29660	29667	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
91	NC_020129	TAGA	2	8	29885	29892	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020129	TCAT	2	8	29972	29979	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
93	NC_020129	AATA	2	8	30113	30120	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020129	TATT	2	8	30146	30153	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020129	GATA	2	8	30294	30301	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020129	TTAT	2	8	30319	30326	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020129	CTTT	2	8	30799	30806	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_020129	TACT	2	8	31144	31151	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
99	NC_020129	TTGA	2	8	32011	32018	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020129	AATA	2	8	32260	32267	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_020129	CTGT	2	8	32349	32356	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
102	NC_020129	TTCT	2	8	32362	32369	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
103	NC_020129	AAAG	2	8	32733	32740	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020129	AGCA	2	8	32804	32811	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
105	NC_020129	ATAA	2	8	32878	32885	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020129	AATA	2	8	33182	33189	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020129	AGAA	2	8	33566	33573	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020129	TATT	2	8	33597	33604	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020129	ACTA	2	8	33611	33618	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
110	NC_020129	TAAT	2	8	33619	33626	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_020129	ATTA	2	8	33891	33898	50 %	50 %	0 %	0 %	442556531
112	NC_020129	AGAA	2	8	34653	34660	75 %	0 %	25 %	0 %	442556531
113	NC_020129	TGGG	2	8	35952	35959	0 %	25 %	75 %	0 %	442556531
114	NC_020129	TTCT	2	8	37510	37517	0 %	75 %	0 %	25 %	442556532
115	NC_020129	ATTA	2	8	38151	38158	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020129	TAAT	2	8	38273	38280	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020129	ATTT	2	8	38379	38386	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_020129	CTAA	2	8	38415	38422	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
119	NC_020129	GTAC	2	8	38608	38615	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
120	NC_020129	GAAA	2	8	38707	38714	75 %	0 %	25 %	0 %	442556533
121	NC_020129	TTAA	2	8	38783	38790	50 %	50 %	0 %	0 %	442556533
122	NC_020129	TTAC	2	8	39233	39240	25 %	50 %	0 %	25 %	442556533
123	NC_020129	AAAG	2	8	39356	39363	75 %	0 %	25 %	0 %	442556533
124	NC_020129	CAAT	2	8	39772	39779	50 %	25 %	0 %	25 %	442556534
125	NC_020129	TTTG	2	8	39836	39843	0 %	75 %	25 %	0 %	442556534

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.