MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Lawsonia intracellularis N343

Total Repeats: 1237

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020127	TATAG	2	10	54	63	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020127	AAAGC	2	10	1414	1423	60 %	0 %	20 %	20 %	442555262
3	NC_020127	TTGTT	2	10	3117	3126	0 %	80 %	20 %	0 %	442555264
4	NC_020127	ATAAA	2	10	4037	4046	80 %	20 %	0 %	0 %	442555265
5	NC_020127	TTAGT	2	10	5248	5257	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020127	TAAAT	2	10	5347	5356	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020127	TATTT	2	10	5797	5806	20 %	80 %	0 %	0 %	442555267
8	NC_020127	GTAGT	2	10	6051	6060	20 %	40 %	40 %	0 %	442555267
9	NC_020127	CTGTT	2	10	6267	6276	0 %	60 %	20 %	20 %	442555267
10	NC_020127	ACAAA	2	10	6824	6833	80 %	0 %	0 %	20 %	442555267
11	NC_020127	CAAGT	2	10	6975	6984	40 %	20 %	20 %	20 %	442555267
12	NC_020127	AACCA	2	10	11495	11504	60 %	0 %	0 %	40 %	442555270
13	NC_020127	AAGAA	2	10	11793	11802	80 %	0 %	20 %	0 %	442555270
14	NC_020127	CTTAT	2	10	12022	12031	20 %	60 %	0 %	20 %	442555270
15	NC_020127	TATCT	2	10	13613	13622	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_020127	TAGCT	2	10	13961	13970	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
17	NC_020127	ATTGA	2	10	15352	15361	40 %	40 %	20 %	0 %	442555272
18	NC_020127	TTGTT	2	10	17193	17202	0 %	80 %	20 %	0 %	442555274
19	NC_020127	AACAT	2	10	19956	19965	60 %	20 %	0 %	20 %	442555277
20	NC_020127	ATAAA	2	10	20909	20918	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020127	GCTTT	2	10	21956	21965	0 %	60 %	20 %	20 %	442555279
22	NC_020127	CAGTT	2	10	24458	24467	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_020127	GGTAG	2	10	26272	26281	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020127	TTGTT	2	10	26712	26721	0 %	80 %	20 %	0 %	442555284
25	NC_020127	TGTCA	2	10	26949	26958	20 %	40 %	20 %	20 %	442555284
26	NC_020127	TAAGA	2	10	27086	27095	60 %	20 %	20 %	0 %	442555284
27	NC_020127	GTGAT	2	10	28301	28310	20 %	40 %	40 %	0 %	442555284
28	NC_020127	TATTT	2	10	28422	28431	20 %	80 %	0 %	0 %	442555284
29	NC_020127	ATTAT	2	10	30043	30052	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020127	TAAAA	2	10	30069	30078	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020127	GACTT	2	10	30379	30388	20 %	40 %	20 %	20 %	442555285
32	NC_020127	TATTT	2	10	30637	30646	20 %	80 %	0 %	0 %	442555285
33	NC_020127	CTTCT	2	10	33418	33427	0 %	60 %	0 %	40 %	442555288
34	NC_020127	TAAAT	2	10	34596	34605	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020127	TAATC	2	10	36100	36109	40 %	40 %	0 %	20 %	442555290
36	NC_020127	TAACA	2	10	36360	36369	60 %	20 %	0 %	20 %	442555290
37	NC_020127	TTGAA	2	10	37124	37133	40 %	40 %	20 %	0 %	442555291
38	NC_020127	GTTCT	2	10	39483	39492	0 %	60 %	20 %	20 %	442555292
39	NC_020127	TACAT	2	10	40247	40256	40 %	40 %	0 %	20 %	442555292
40	NC_020127	AAATT	2	10	40493	40502	60 %	40 %	0 %	0 %	442555292
41	NC_020127	TAAAA	2	10	42200	42209	80 %	20 %	0 %	0 %	442555294
42	NC_020127	GTATT	2	10	45043	45052	20 %	60 %	20 %	0 %	442555297
43	NC_020127	ATATT	2	10	45242	45251	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020127	CTATT	2	10	45548	45557	20 %	60 %	0 %	20 %	442555298
45	NC_020127	AGACC	2	10	45921	45930	40 %	0 %	20 %	40 %	442555299
46	NC_020127	CAGTT	2	10	48165	48174	20 %	40 %	20 %	20 %	442555300
47	NC_020127	GATAT	2	10	49211	49220	40 %	40 %	20 %	0 %	442555300
48	NC_020127	CTCTT	2	10	50066	50075	0 %	60 %	0 %	40 %	442555301
49	NC_020127	ATGAA	2	10	50165	50174	60 %	20 %	20 %	0 %	442555301
50	NC_020127	ACTAC	2	10	52254	52263	40 %	20 %	0 %	40 %	442555302
51	NC_020127	TCCAA	2	10	54109	54118	40 %	20 %	0 %	40 %	442555303
52	NC_020127	TAAAA	2	10	55892	55901	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020127	TTACT	2	10	56293	56302	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_020127	GTATT	2	10	58351	58360	20 %	60 %	20 %	0 %	442555304
55	NC_020127	ATAGT	2	10	59527	59536	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020127	TTACA	2	10	60468	60477	40 %	40 %	0 %	20 %	442555305
57	NC_020127	AGAAA	2	10	60863	60872	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020127	ATTAT	2	10	61532	61541	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020127	AAGTT	2	10	62058	62067	40 %	40 %	20 %	0 %	442555306
60	NC_020127	ATACA	2	10	62145	62154	60 %	20 %	0 %	20 %	442555306
61	NC_020127	TTAAG	2	10	64857	64866	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020127	CTAAT	2	10	64935	64944	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_020127	ATTGT	2	10	67444	67453	20 %	60 %	20 %	0 %	442555309
64	NC_020127	TAGGA	2	10	67690	67699	40 %	20 %	40 %	0 %	442555309
65	NC_020127	AATGT	2	10	68256	68265	40 %	40 %	20 %	0 %	442555309
66	NC_020127	TATTT	2	10	68927	68936	20 %	80 %	0 %	0 %	442555309
67	NC_020127	ATATG	2	10	70917	70926	40 %	40 %	20 %	0 %	442555310
68	NC_020127	GGTTT	2	10	71464	71473	0 %	60 %	40 %	0 %	442555310
69	NC_020127	TATAA	2	10	71783	71792	60 %	40 %	0 %	0 %	442555310
70	NC_020127	CAATT	2	10	74640	74649	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_020127	ATATA	2	10	74831	74840	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020127	GTTAT	2	10	74849	74858	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020127	TATGA	2	10	77620	77629	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020127	GTTTT	2	10	78291	78300	0 %	80 %	20 %	0 %	442555315
75	NC_020127	ATTGA	2	10	79726	79735	40 %	40 %	20 %	0 %	442555317
76	NC_020127	TTAGA	2	10	80477	80486	40 %	40 %	20 %	0 %	442555318
77	NC_020127	ATCTT	2	10	81098	81107	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_020127	ATCTA	2	10	81428	81437	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_020127	TAATT	2	10	81441	81450	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020127	TTATT	2	10	83088	83097	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020127	TTATT	2	10	83245	83254	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020127	TAAAA	2	10	83747	83756	80 %	20 %	0 %	0 %	442555321
83	NC_020127	ACTTT	2	10	84230	84239	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_020127	ATACT	2	10	85748	85757	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_020127	CTAAA	2	10	85779	85788	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_020127	TAAGA	2	10	86352	86361	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020127	GTATT	2	10	88117	88126	20 %	60 %	20 %	0 %	442555325
88	NC_020127	ATTTT	2	10	89241	89250	20 %	80 %	0 %	0 %	442555325
89	NC_020127	TTTTG	2	10	91145	91154	0 %	80 %	20 %	0 %	442555327
90	NC_020127	ATATA	2	10	91501	91510	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020127	AGAAT	2	10	92096	92105	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020127	CAAAC	2	10	93040	93049	60 %	0 %	0 %	40 %	442555328
93	NC_020127	ATATT	2	10	96527	96536	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020127	TTTAT	2	10	97166	97175	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020127	TGTAA	2	10	97592	97601	40 %	40 %	20 %	0 %	442555333
96	NC_020127	TAATA	2	10	97666	97675	60 %	40 %	0 %	0 %	442555333
97	NC_020127	TATAG	2	10	98110	98119	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020127	TTTTC	2	10	98371	98380	0 %	80 %	0 %	20 %	442555334
99	NC_020127	AAGAT	2	10	98744	98753	60 %	20 %	20 %	0 %	442555334
100	NC_020127	CATAA	2	10	101532	101541	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_020127	ATTAT	2	10	101562	101571	40 %	60 %	0 %	0 %	442555337
102	NC_020127	AATAA	2	10	103257	103266	80 %	20 %	0 %	0 %	442555338
103	NC_020127	TCATT	2	10	103501	103510	20 %	60 %	0 %	20 %	442555339
104	NC_020127	TTGGG	2	10	107019	107028	0 %	40 %	60 %	0 %	442555341
105	NC_020127	TAGCA	2	10	107168	107177	40 %	20 %	20 %	20 %	442555341
106	NC_020127	AAATA	2	10	108392	108401	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020127	TGATA	2	10	109156	109165	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020127	TTTAA	2	10	112098	112107	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020127	TAAAT	2	10	112574	112583	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_020127	CATAA	2	10	113102	113111	60 %	20 %	0 %	20 %	442555345
111	NC_020127	CCTTT	2	10	114392	114401	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
112	NC_020127	CACCT	2	10	117216	117225	20 %	20 %	0 %	60 %	442555350
113	NC_020127	ATTCT	2	10	117585	117594	20 %	60 %	0 %	20 %	442555350
114	NC_020127	GAGCA	2	10	118133	118142	40 %	0 %	40 %	20 %	442555351
115	NC_020127	TAGAT	2	10	119646	119655	40 %	40 %	20 %	0 %	442555352
116	NC_020127	TTCAC	2	10	119832	119841	20 %	40 %	0 %	40 %	442555352
117	NC_020127	GGTTG	2	10	120527	120536	0 %	40 %	60 %	0 %	442555353
118	NC_020127	CTGGA	2	10	120577	120586	20 %	20 %	40 %	20 %	442555353
119	NC_020127	ATATG	2	10	121756	121765	40 %	40 %	20 %	0 %	442555354
120	NC_020127	TATAA	2	10	124267	124276	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020127	AACAG	2	10	125870	125879	60 %	0 %	20 %	20 %	442555357
122	NC_020127	ATAAA	2	10	127352	127361	80 %	20 %	0 %	0 %	442555359
123	NC_020127	CAGTG	2	10	127990	127999	20 %	20 %	40 %	20 %	442555360
124	NC_020127	TCCCA	2	10	128676	128685	20 %	20 %	0 %	60 %	442555361
125	NC_020127	GCTGA	2	10	129227	129236	20 %	20 %	40 %	20 %	442555361
126	NC_020127	ACAGT	2	10	133590	133599	40 %	20 %	20 %	20 %	442555364
127	NC_020127	GGCAA	2	10	135522	135531	40 %	0 %	40 %	20 %	442555365
128	NC_020127	ATAAC	2	10	136834	136843	60 %	20 %	0 %	20 %	442555366
129	NC_020127	TTAAA	2	10	137016	137025	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020127	TCTAT	2	10	140805	140814	20 %	60 %	0 %	20 %	442555370
131	NC_020127	ATTAT	2	10	141001	141010	40 %	60 %	0 %	0 %	442555370
132	NC_020127	TTATA	2	10	145769	145778	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_020127	ACCAT	2	10	145855	145864	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
134	NC_020127	ACCTC	2	10	147877	147886	20 %	20 %	0 %	60 %	442555376
135	NC_020127	ATAAA	2	10	148592	148601	80 %	20 %	0 %	0 %	442555376
136	NC_020127	TTATA	2	10	149359	149368	40 %	60 %	0 %	0 %	442555377
137	NC_020127	TTATT	2	10	149395	149404	20 %	80 %	0 %	0 %	442555377
138	NC_020127	TGTAC	2	10	149639	149648	20 %	40 %	20 %	20 %	442555377
139	NC_020127	CTTAC	2	10	152717	152726	20 %	40 %	0 %	40 %	442555381
140	NC_020127	TAGTA	2	10	153422	153431	40 %	40 %	20 %	0 %	442555382
141	NC_020127	AGGTA	2	10	153712	153721	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
142	NC_020127	TTATA	2	10	153836	153845	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_020127	GATAT	2	10	154269	154278	40 %	40 %	20 %	0 %	442555383
144	NC_020127	TTGAT	2	10	156724	156733	20 %	60 %	20 %	0 %	442555385
145	NC_020127	AGAAA	2	10	156840	156849	80 %	0 %	20 %	0 %	442555385
146	NC_020127	TACAT	2	10	157241	157250	40 %	40 %	0 %	20 %	442555385
147	NC_020127	TGAGG	2	10	158273	158282	20 %	20 %	60 %	0 %	442555386
148	NC_020127	TTAGT	2	10	162228	162237	20 %	60 %	20 %	0 %	442555390
149	NC_020127	TGTTC	2	10	162710	162719	0 %	60 %	20 %	20 %	442555390
150	NC_020127	TTCTT	2	10	163084	163093	0 %	80 %	0 %	20 %	442555391
151	NC_020127	GTTAT	2	10	163649	163658	20 %	60 %	20 %	0 %	442555391
152	NC_020127	ATATT	2	10	164914	164923	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_020127	AATGG	2	10	165381	165390	40 %	20 %	40 %	0 %	442555393
154	NC_020127	ATGCA	2	10	165558	165567	40 %	20 %	20 %	20 %	442555393
155	NC_020127	AGAAA	2	10	166192	166201	80 %	0 %	20 %	0 %	442555394
156	NC_020127	TTTTA	2	10	167828	167837	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_020127	CAGAA	2	10	168492	168501	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
158	NC_020127	CAATG	2	10	170416	170425	40 %	20 %	20 %	20 %	442555396
159	NC_020127	TATCT	2	10	170854	170863	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
160	NC_020127	TTTTA	2	10	172282	172291	20 %	80 %	0 %	0 %	442555399
161	NC_020127	ATTAT	2	10	173657	173666	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_020127	GTTAT	2	10	175905	175914	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
163	NC_020127	CTCGA	2	10	177591	177600	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
164	NC_020127	TAACA	2	10	178545	178554	60 %	20 %	0 %	20 %	442555401
165	NC_020127	GCTTT	2	10	181211	181220	0 %	60 %	20 %	20 %	442555404
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177	NC_020127	ATTTG	2	10	191453	191462	20 %	60 %	20 %	0 %	442555412
178	NC_020127	TAGAT	2	10	192346	192355	40 %	40 %	20 %	0 %	442555412
179	NC_020127	CATCC	2	10	193008	193017	20 %	20 %	0 %	60 %	442555412
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182	NC_020127	ACCTG	2	10	201189	201198	20 %	20 %	20 %	40 %	442555422
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184	NC_020127	TTCTT	2	10	203117	203126	0 %	80 %	0 %	20 %	442555424
185	NC_020127	GTTAA	2	10	207775	207784	40 %	40 %	20 %	0 %	442555430
186	NC_020127	AGAAA	2	10	210351	210360	80 %	0 %	20 %	0 %	442555430
187	NC_020127	ATGTT	2	10	211152	211161	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
188	NC_020127	TTTAA	2	10	212505	212514	40 %	60 %	0 %	0 %	442555431
189	NC_020127	AGAAC	2	10	213057	213066	60 %	0 %	20 %	20 %	442555431
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192	NC_020127	AACAA	2	10	218745	218754	80 %	0 %	0 %	20 %	442555435
193	NC_020127	TTGCT	2	10	219193	219202	0 %	60 %	20 %	20 %	442555435
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204	NC_020127	CTTTT	2	10	232770	232779	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
205	NC_020127	CAAGC	2	10	233276	233285	40 %	0 %	20 %	40 %	442555448
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219	NC_020127	AATAG	2	10	249950	249959	60 %	20 %	20 %	0 %	442555460
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233	NC_020127	TTATA	2	10	264146	264155	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
234	NC_020127	CGTTT	3	15	274301	274315	0 %	60 %	20 %	20 %	442555481
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241	NC_020127	CTTTT	2	10	279376	279385	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
242	NC_020127	TTATA	2	10	280083	280092	40 %	60 %	0 %	0 %	442555488
243	NC_020127	GTTAT	2	10	281482	281491	20 %	60 %	20 %	0 %	442555490
244	NC_020127	GGAAA	2	10	282486	282495	60 %	0 %	40 %	0 %	442555491
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246	NC_020127	TAGAA	2	10	283793	283802	60 %	20 %	20 %	0 %	442555492
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251	NC_020127	GCTTG	2	10	289902	289911	0 %	40 %	40 %	20 %	442555497
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259	NC_020127	ATTAC	2	10	296854	296863	40 %	40 %	0 %	20 %	442555505
260	NC_020127	GCATA	2	10	297149	297158	40 %	20 %	20 %	20 %	442555505
261	NC_020127	TTGTT	2	10	297780	297789	0 %	80 %	20 %	0 %	442555505
262	NC_020127	AGTAT	2	10	297805	297814	40 %	40 %	20 %	0 %	442555505
263	NC_020127	CTTGT	2	10	298257	298266	0 %	60 %	20 %	20 %	442555506
264	NC_020127	AGCAG	2	10	298619	298628	40 %	0 %	40 %	20 %	442555506
265	NC_020127	TAGAG	2	10	299623	299632	40 %	20 %	40 %	0 %	442555507
266	NC_020127	ATAAC	2	10	299650	299659	60 %	20 %	0 %	20 %	442555507
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269	NC_020127	TGAAA	2	10	304098	304107	60 %	20 %	20 %	0 %	442555510
270	NC_020127	AATAT	2	10	304707	304716	60 %	40 %	0 %	0 %	442555511
271	NC_020127	CTAAA	2	10	306552	306561	60 %	20 %	0 %	20 %	442555512
272	NC_020127	CATAC	2	10	306803	306812	40 %	20 %	0 %	40 %	442555513
273	NC_020127	ATACA	2	10	309074	309083	60 %	20 %	0 %	20 %	442555516
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