MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Lactobacillus casei W56 plasmid pW56

Total Repeats: 140

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020057	CTGC	2	8	1233	1240	0 %	25 %	25 %	50 %	436843292
2	NC_020057	AAAT	2	8	1427	1434	75 %	25 %	0 %	0 %	436843292
3	NC_020057	GCTC	2	8	1883	1890	0 %	25 %	25 %	50 %	436843292
4	NC_020057	TGTT	2	8	2156	2163	0 %	75 %	25 %	0 %	436843292
5	NC_020057	TGAC	2	8	2667	2674	25 %	25 %	25 %	25 %	436843293
6	NC_020057	AACT	2	8	2837	2844	50 %	25 %	0 %	25 %	436843293
7	NC_020057	TGAT	2	8	3135	3142	25 %	50 %	25 %	0 %	436843293
8	NC_020057	TCAT	2	8	3421	3428	25 %	50 %	0 %	25 %	436843293
9	NC_020057	GGCT	2	8	3985	3992	0 %	25 %	50 %	25 %	436843293
10	NC_020057	TGAT	2	8	4197	4204	25 %	50 %	25 %	0 %	436843293
11	NC_020057	CAGC	2	8	4274	4281	25 %	0 %	25 %	50 %	436843293
12	NC_020057	AATG	2	8	4316	4323	50 %	25 %	25 %	0 %	436843293
13	NC_020057	TTCT	2	8	5150	5157	0 %	75 %	0 %	25 %	436843296
14	NC_020057	TTGC	2	8	5422	5429	0 %	50 %	25 %	25 %	436843297
15	NC_020057	CAAA	2	8	7008	7015	75 %	0 %	0 %	25 %	436843298
16	NC_020057	TGAT	2	8	7841	7848	25 %	50 %	25 %	0 %	436843300
17	NC_020057	CTGC	2	8	8519	8526	0 %	25 %	25 %	50 %	436843301
18	NC_020057	ACCA	2	8	8532	8539	50 %	0 %	0 %	50 %	436843301
19	NC_020057	GGAT	2	8	8934	8941	25 %	25 %	50 %	0 %	436843301
20	NC_020057	CTTT	2	8	9091	9098	0 %	75 %	0 %	25 %	436843301
21	NC_020057	GTTT	2	8	9526	9533	0 %	75 %	25 %	0 %	436843301
22	NC_020057	TTTG	2	8	9905	9912	0 %	75 %	25 %	0 %	436843301
23	NC_020057	TCCG	2	8	10041	10048	0 %	25 %	25 %	50 %	436843301
24	NC_020057	ACCA	2	8	10159	10166	50 %	0 %	0 %	50 %	436843301
25	NC_020057	CTCC	2	8	10453	10460	0 %	25 %	0 %	75 %	436843301
26	NC_020057	CAGA	2	8	11028	11035	50 %	0 %	25 %	25 %	436843302
27	NC_020057	CGTT	2	8	11403	11410	0 %	50 %	25 %	25 %	436843302
28	NC_020057	ATCA	2	8	11578	11585	50 %	25 %	0 %	25 %	436843302
29	NC_020057	ACAG	2	8	11837	11844	50 %	0 %	25 %	25 %	436843302
30	NC_020057	TGCT	2	8	11852	11859	0 %	50 %	25 %	25 %	436843302
31	NC_020057	TTGA	2	8	11953	11960	25 %	50 %	25 %	0 %	436843302
32	NC_020057	TGGT	2	8	12573	12580	0 %	50 %	50 %	0 %	436843302
33	NC_020057	CTTG	2	8	13182	13189	0 %	50 %	25 %	25 %	436843302
34	NC_020057	ACTC	2	8	13608	13615	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
35	NC_020057	GTTT	2	8	13654	13661	0 %	75 %	25 %	0 %	436843303
36	NC_020057	ACAT	2	8	13904	13911	50 %	25 %	0 %	25 %	436843303
37	NC_020057	CCGG	2	8	13921	13928	0 %	0 %	50 %	50 %	436843303
38	NC_020057	ACCA	2	8	14594	14601	50 %	0 %	0 %	50 %	436843304
39	NC_020057	TTAT	2	8	14694	14701	25 %	75 %	0 %	0 %	436843305
40	NC_020057	TCAG	2	8	14726	14733	25 %	25 %	25 %	25 %	436843305
41	NC_020057	GTTC	2	8	14748	14755	0 %	50 %	25 %	25 %	436843305
42	NC_020057	TGAC	2	8	14786	14793	25 %	25 %	25 %	25 %	436843305
43	NC_020057	TCGA	2	8	15001	15008	25 %	25 %	25 %	25 %	436843305
44	NC_020057	GCTG	2	8	15228	15235	0 %	25 %	50 %	25 %	436843305
45	NC_020057	GCCG	2	8	15360	15367	0 %	0 %	50 %	50 %	436843305
46	NC_020057	ACCC	2	8	16018	16025	25 %	0 %	0 %	75 %	436843305
47	NC_020057	ACTG	2	8	17100	17107	25 %	25 %	25 %	25 %	436843307
48	NC_020057	AAGC	2	8	17384	17391	50 %	0 %	25 %	25 %	436843307
49	NC_020057	CTGT	2	8	17824	17831	0 %	50 %	25 %	25 %	436843307
50	NC_020057	ATGA	2	8	18610	18617	50 %	25 %	25 %	0 %	436843307
51	NC_020057	GGAC	2	8	18930	18937	25 %	0 %	50 %	25 %	436843309
52	NC_020057	AAGA	2	8	19116	19123	75 %	0 %	25 %	0 %	436843309
53	NC_020057	CTTT	2	8	19202	19209	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
54	NC_020057	TTGA	2	8	20340	20347	25 %	50 %	25 %	0 %	436843312
55	NC_020057	ATCA	2	8	21332	21339	50 %	25 %	0 %	25 %	436843313
56	NC_020057	TTTA	2	8	21387	21394	25 %	75 %	0 %	0 %	436843314
57	NC_020057	CGGC	2	8	22324	22331	0 %	0 %	50 %	50 %	436843315
58	NC_020057	GGGT	2	8	22698	22705	0 %	25 %	75 %	0 %	436843316
59	NC_020057	TTAT	2	8	22877	22884	25 %	75 %	0 %	0 %	436843316
60	NC_020057	ATTT	2	8	23068	23075	25 %	75 %	0 %	0 %	436843316
61	NC_020057	AATT	2	8	23350	23357	50 %	50 %	0 %	0 %	436843316
62	NC_020057	GAAT	2	8	24168	24175	50 %	25 %	25 %	0 %	436843317
63	NC_020057	TCAA	2	8	24735	24742	50 %	25 %	0 %	25 %	436843318
64	NC_020057	TCAA	2	8	25416	25423	50 %	25 %	0 %	25 %	436843319
65	NC_020057	ACTT	2	8	25630	25637	25 %	50 %	0 %	25 %	436843319
66	NC_020057	ATTT	2	8	26436	26443	25 %	75 %	0 %	0 %	436843320
67	NC_020057	GCTA	2	8	28121	28128	25 %	25 %	25 %	25 %	436843323
68	NC_020057	CTGA	2	8	28151	28158	25 %	25 %	25 %	25 %	436843323
69	NC_020057	TAAG	2	8	28763	28770	50 %	25 %	25 %	0 %	436843323
70	NC_020057	AACC	2	8	28960	28967	50 %	0 %	0 %	50 %	436843323
71	NC_020057	ATAG	2	8	28976	28983	50 %	25 %	25 %	0 %	436843323
72	NC_020057	AGAT	2	8	29279	29286	50 %	25 %	25 %	0 %	436843323
73	NC_020057	AATA	2	8	29577	29584	75 %	25 %	0 %	0 %	436843323
74	NC_020057	AATT	2	8	30228	30235	50 %	50 %	0 %	0 %	436843324
75	NC_020057	AATT	2	8	30851	30858	50 %	50 %	0 %	0 %	436843324
76	NC_020057	TGAC	2	8	31289	31296	25 %	25 %	25 %	25 %	436843324
77	NC_020057	CAAA	2	8	32011	32018	75 %	0 %	0 %	25 %	436843324
78	NC_020057	ATTG	2	8	32803	32810	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020057	CTTG	2	8	33092	33099	0 %	50 %	25 %	25 %	436843325
80	NC_020057	TCAA	2	8	33352	33359	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_020057	TCTA	2	8	33530	33537	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
82	NC_020057	TTAT	2	8	33600	33607	25 %	75 %	0 %	0 %	436843326
83	NC_020057	ATTC	2	8	33612	33619	25 %	50 %	0 %	25 %	436843326
84	NC_020057	TGAT	2	8	33649	33656	25 %	50 %	25 %	0 %	436843326
85	NC_020057	GATT	2	8	34843	34850	25 %	50 %	25 %	0 %	436843327
86	NC_020057	CCAA	2	8	34962	34969	50 %	0 %	0 %	50 %	436843327
87	NC_020057	TATC	2	8	35319	35326	25 %	50 %	0 %	25 %	436843327
88	NC_020057	GGAC	2	8	35441	35448	25 %	0 %	50 %	25 %	436843327
89	NC_020057	CATT	2	8	36047	36054	25 %	50 %	0 %	25 %	436843328
90	NC_020057	ACCA	2	8	36574	36581	50 %	0 %	0 %	50 %	436843330
91	NC_020057	TCTT	2	8	36847	36854	0 %	75 %	0 %	25 %	436843331
92	NC_020057	GTCA	2	8	37146	37153	25 %	25 %	25 %	25 %	436843331
93	NC_020057	GGTT	2	8	37718	37725	0 %	50 %	50 %	0 %	436843332
94	NC_020057	TCAT	2	8	38345	38352	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_020057	CATC	2	8	38786	38793	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
96	NC_020057	GATT	2	8	39800	39807	25 %	50 %	25 %	0 %	436843334
97	NC_020057	TTCC	2	8	39953	39960	0 %	50 %	0 %	50 %	436843334
98	NC_020057	TCAT	2	8	40209	40216	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
99	NC_020057	GTCT	2	8	40681	40688	0 %	50 %	25 %	25 %	436843335
100	NC_020057	TCTT	2	8	40910	40917	0 %	75 %	0 %	25 %	436843335
101	NC_020057	TCTT	2	8	41468	41475	0 %	75 %	0 %	25 %	436843335
102	NC_020057	GATT	2	8	41607	41614	25 %	50 %	25 %	0 %	436843335
103	NC_020057	CTGC	2	8	41714	41721	0 %	25 %	25 %	50 %	436843335
104	NC_020057	CTTG	2	8	42936	42943	0 %	50 %	25 %	25 %	436843335
105	NC_020057	TTAG	2	8	43139	43146	25 %	50 %	25 %	0 %	436843335
106	NC_020057	GTTA	2	8	43591	43598	25 %	50 %	25 %	0 %	436843335
107	NC_020057	GATG	2	8	44003	44010	25 %	25 %	50 %	0 %	436843335
108	NC_020057	TCAG	2	8	44567	44574	25 %	25 %	25 %	25 %	436843335
109	NC_020057	AAAG	2	8	45921	45928	75 %	0 %	25 %	0 %	436843338
110	NC_020057	TGGC	2	8	46900	46907	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
111	NC_020057	ACTG	2	8	47058	47065	25 %	25 %	25 %	25 %	436843339
112	NC_020057	TTTA	2	8	47703	47710	25 %	75 %	0 %	0 %	436843340
113	NC_020057	AAAG	2	8	48227	48234	75 %	0 %	25 %	0 %	436843341
114	NC_020057	CAAG	2	8	48904	48911	50 %	0 %	25 %	25 %	436843341
115	NC_020057	TTGG	2	8	49069	49076	0 %	50 %	50 %	0 %	436843341
116	NC_020057	TTGG	2	8	49174	49181	0 %	50 %	50 %	0 %	436843342
117	NC_020057	TTTC	2	8	49307	49314	0 %	75 %	0 %	25 %	436843342
118	NC_020057	TGCC	2	8	49531	49538	0 %	25 %	25 %	50 %	436843343
119	NC_020057	TCAA	2	8	49568	49575	50 %	25 %	0 %	25 %	436843343
120	NC_020057	TCAT	2	8	49589	49596	25 %	50 %	0 %	25 %	436843343
121	NC_020057	CTTT	2	8	49813	49820	0 %	75 %	0 %	25 %	436843343
122	NC_020057	ACAT	2	8	50116	50123	50 %	25 %	0 %	25 %	436843344
123	NC_020057	TCTT	2	8	50587	50594	0 %	75 %	0 %	25 %	436843344
124	NC_020057	TGTT	2	8	51032	51039	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020057	TTTC	2	8	51139	51146	0 %	75 %	0 %	25 %	436843345
126	NC_020057	TACA	2	8	51175	51182	50 %	25 %	0 %	25 %	436843345
127	NC_020057	TCGC	2	8	51856	51863	0 %	25 %	25 %	50 %	436843345
128	NC_020057	AACA	2	8	52363	52370	75 %	0 %	0 %	25 %	436843346
129	NC_020057	CGAC	2	8	52479	52486	25 %	0 %	25 %	50 %	436843346
130	NC_020057	CAAA	2	8	52604	52611	75 %	0 %	0 %	25 %	436843346
131	NC_020057	AAAG	2	8	52844	52851	75 %	0 %	25 %	0 %	436843346
132	NC_020057	CTTA	2	8	52952	52959	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
133	NC_020057	CGTG	2	8	53612	53619	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
134	NC_020057	AACT	2	8	53629	53636	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_020057	CTCC	2	8	53667	53674	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
136	NC_020057	TTCA	2	8	54321	54328	25 %	50 %	0 %	25 %	436843348
137	NC_020057	TATT	2	8	54407	54414	25 %	75 %	0 %	0 %	436843349
138	NC_020057	GCGT	2	8	54632	54639	0 %	25 %	50 %	25 %	436843350
139	NC_020057	TCGG	2	8	55207	55214	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
140	NC_020057	TCAA	2	8	55749	55756	50 %	25 %	0 %	25 %	436843353

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.