MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Lactococcus lactis subsp. cremoris UC509.9 plasmid pCIS6

Total Repeats: 116

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019436	TGAA	2	8	41	48	50 %	25 %	25 %	0 %	414075269
2	NC_019436	ATCT	2	8	181	188	25 %	50 %	0 %	25 %	414075269
3	NC_019436	TGAT	2	8	413	420	25 %	50 %	25 %	0 %	414075269
4	NC_019436	CTAC	2	8	1114	1121	25 %	25 %	0 %	50 %	414075269
5	NC_019436	TGAG	2	8	1144	1151	25 %	25 %	50 %	0 %	414075269
6	NC_019436	AATC	2	8	1590	1597	50 %	25 %	0 %	25 %	414075270
7	NC_019436	ACAG	2	8	1826	1833	50 %	0 %	25 %	25 %	414075271
8	NC_019436	AATA	2	8	1970	1977	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_019436	CTTT	2	8	2972	2979	0 %	75 %	0 %	25 %	414075272
10	NC_019436	TTTC	2	8	3026	3033	0 %	75 %	0 %	25 %	414075272
11	NC_019436	GTTT	2	8	3225	3232	0 %	75 %	25 %	0 %	414075272
12	NC_019436	GGAC	2	8	3308	3315	25 %	0 %	50 %	25 %	414075272
13	NC_019436	TTTC	2	8	3357	3364	0 %	75 %	0 %	25 %	414075272
14	NC_019436	ATTT	2	8	3396	3403	25 %	75 %	0 %	0 %	414075272
15	NC_019436	TGAA	2	8	3664	3671	50 %	25 %	25 %	0 %	414075272
16	NC_019436	TGAT	2	8	3943	3950	25 %	50 %	25 %	0 %	414075273
17	NC_019436	TTTC	2	8	4091	4098	0 %	75 %	0 %	25 %	414075273
18	NC_019436	TCAC	2	8	4295	4302	25 %	25 %	0 %	50 %	414075273
19	NC_019436	ATTT	2	8	4601	4608	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_019436	TCAT	2	8	4685	4692	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
21	NC_019436	TTCT	2	8	4786	4793	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
22	NC_019436	ATAA	2	8	5454	5461	75 %	25 %	0 %	0 %	414075274
23	NC_019436	TTTC	2	8	6129	6136	0 %	75 %	0 %	25 %	414075275
24	NC_019436	TAAA	2	8	6963	6970	75 %	25 %	0 %	0 %	414075276
25	NC_019436	TTAT	2	8	7057	7064	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_019436	ATGC	2	8	7418	7425	25 %	25 %	25 %	25 %	414075277
27	NC_019436	GAAA	2	8	7906	7913	75 %	0 %	25 %	0 %	414075277
28	NC_019436	TCAC	2	8	8037	8044	25 %	25 %	0 %	50 %	414075277
29	NC_019436	CTTT	2	8	8160	8167	0 %	75 %	0 %	25 %	414075277
30	NC_019436	TTTA	2	8	8218	8225	25 %	75 %	0 %	0 %	414075277
31	NC_019436	ATGA	2	8	8228	8235	50 %	25 %	25 %	0 %	414075277
32	NC_019436	CTAT	2	8	8284	8291	25 %	50 %	0 %	25 %	414075277
33	NC_019436	TTCT	2	8	8439	8446	0 %	75 %	0 %	25 %	414075278
34	NC_019436	AATT	2	8	8512	8519	50 %	50 %	0 %	0 %	414075278
35	NC_019436	CATC	2	8	8627	8634	25 %	25 %	0 %	50 %	414075278
36	NC_019436	CATT	2	8	8841	8848	25 %	50 %	0 %	25 %	414075278
37	NC_019436	AATT	2	8	8904	8911	50 %	50 %	0 %	0 %	414075278
38	NC_019436	TATT	2	8	9325	9332	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_019436	TAAT	2	8	10153	10160	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_019436	TAAA	2	8	10161	10168	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_019436	TGAC	2	8	10480	10487	25 %	25 %	25 %	25 %	414075280
42	NC_019436	TAAA	2	8	11035	11042	75 %	25 %	0 %	0 %	414075280
43	NC_019436	TTAT	2	8	11135	11142	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_019436	TTTA	2	8	11599	11606	25 %	75 %	0 %	0 %	414075281
45	NC_019436	ACGG	2	8	11688	11695	25 %	0 %	50 %	25 %	414075281
46	NC_019436	ATCA	2	8	11711	11718	50 %	25 %	0 %	25 %	414075281
47	NC_019436	TGAC	2	8	12545	12552	25 %	25 %	25 %	25 %	414075282
48	NC_019436	TAAA	2	8	13100	13107	75 %	25 %	0 %	0 %	414075282
49	NC_019436	TTAT	2	8	13194	13201	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_019436	TAAA	3	12	13234	13245	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_019436	TTTA	2	8	13249	13256	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_019436	GATA	2	8	13339	13346	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_019436	TTGG	2	8	13522	13529	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_019436	GAAT	2	8	14322	14329	50 %	25 %	25 %	0 %	414075283
55	NC_019436	TCGT	2	8	14563	14570	0 %	50 %	25 %	25 %	414075283
56	NC_019436	AAAT	2	8	14692	14699	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_019436	AATA	2	8	14715	14722	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_019436	TATG	2	8	14751	14758	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_019436	TCTT	2	8	14928	14935	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
60	NC_019436	ATTT	2	8	15314	15321	25 %	75 %	0 %	0 %	414075284
61	NC_019436	TTTC	2	8	15528	15535	0 %	75 %	0 %	25 %	414075284
62	NC_019436	ATTT	2	8	17414	17421	25 %	75 %	0 %	0 %	414075285
63	NC_019436	ACTT	2	8	17765	17772	25 %	50 %	0 %	25 %	414075285
64	NC_019436	AAAC	2	8	17977	17984	75 %	0 %	0 %	25 %	414075285
65	NC_019436	TTTG	2	8	18168	18175	0 %	75 %	25 %	0 %	414075286
66	NC_019436	ATTG	2	8	18467	18474	25 %	50 %	25 %	0 %	414075286
67	NC_019436	TAAA	2	8	18519	18526	75 %	25 %	0 %	0 %	414075286
68	NC_019436	ATTT	2	8	18642	18649	25 %	75 %	0 %	0 %	414075286
69	NC_019436	ATTT	2	8	18842	18849	25 %	75 %	0 %	0 %	414075286
70	NC_019436	TTTC	2	8	19286	19293	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
71	NC_019436	ATAA	2	8	19436	19443	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_019436	AAGA	2	8	19672	19679	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
73	NC_019436	CAAA	2	8	19893	19900	75 %	0 %	0 %	25 %	414075287
74	NC_019436	TGTC	2	8	20043	20050	0 %	50 %	25 %	25 %	414075287
75	NC_019436	CAGA	2	8	20235	20242	50 %	0 %	25 %	25 %	414075287
76	NC_019436	GTAA	2	8	20302	20309	50 %	25 %	25 %	0 %	414075287
77	NC_019436	TATT	2	8	20505	20512	25 %	75 %	0 %	0 %	414075287
78	NC_019436	GAAC	2	8	20588	20595	50 %	0 %	25 %	25 %	414075287
79	NC_019436	AGGA	2	8	20623	20630	50 %	0 %	50 %	0 %	414075287
80	NC_019436	CATC	2	8	20880	20887	25 %	25 %	0 %	50 %	414075287
81	NC_019436	AACT	2	8	21246	21253	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
82	NC_019436	GGTT	2	8	23470	23477	0 %	50 %	50 %	0 %	414075289
83	NC_019436	CATT	2	8	23605	23612	25 %	50 %	0 %	25 %	414075289
84	NC_019436	TCAA	2	8	23791	23798	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
85	NC_019436	GAAA	2	8	24508	24515	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
86	NC_019436	GGCT	2	8	25450	25457	0 %	25 %	50 %	25 %	414075290
87	NC_019436	GGCT	2	8	25630	25637	0 %	25 %	50 %	25 %	414075290
88	NC_019436	ATTG	2	8	26171	26178	25 %	50 %	25 %	0 %	414075290
89	NC_019436	CTGC	2	8	26360	26367	0 %	25 %	25 %	50 %	414075290
90	NC_019436	TGGC	2	8	26788	26795	0 %	25 %	50 %	25 %	414075290
91	NC_019436	TTTC	2	8	27639	27646	0 %	75 %	0 %	25 %	414075290
92	NC_019436	CATG	2	8	30272	30279	25 %	25 %	25 %	25 %	414075290
93	NC_019436	AGGC	2	8	30812	30819	25 %	0 %	50 %	25 %	414075290
94	NC_019436	GCTT	2	8	30958	30965	0 %	50 %	25 %	25 %	414075290
95	NC_019436	CAGC	2	8	31058	31065	25 %	0 %	25 %	50 %	414075290
96	NC_019436	CTTT	2	8	31106	31113	0 %	75 %	0 %	25 %	414075290
97	NC_019436	AATA	2	8	31396	31403	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_019436	GTCA	2	8	31514	31521	25 %	25 %	25 %	25 %	414075291
99	NC_019436	GACC	2	8	31527	31534	25 %	0 %	25 %	50 %	414075291
100	NC_019436	TGCT	2	8	31619	31626	0 %	50 %	25 %	25 %	414075291
101	NC_019436	ACAA	2	8	31709	31716	75 %	0 %	0 %	25 %	414075291
102	NC_019436	TCAG	2	8	32249	32256	25 %	25 %	25 %	25 %	414075291
103	NC_019436	TCAA	2	8	32841	32848	50 %	25 %	0 %	25 %	414075292
104	NC_019436	CTGA	2	8	33505	33512	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
105	NC_019436	GAAA	2	8	33641	33648	75 %	0 %	25 %	0 %	414075293
106	NC_019436	CAGT	2	8	34099	34106	25 %	25 %	25 %	25 %	414075293
107	NC_019436	GGTT	2	8	34565	34572	0 %	50 %	50 %	0 %	414075293
108	NC_019436	TGAT	2	8	34636	34643	25 %	50 %	25 %	0 %	414075293
109	NC_019436	ATAA	2	8	35283	35290	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_019436	GGAT	2	8	35671	35678	25 %	25 %	50 %	0 %	414075294
111	NC_019436	ATCA	2	8	36260	36267	50 %	25 %	0 %	25 %	414075295
112	NC_019436	GACA	2	8	36653	36660	50 %	0 %	25 %	25 %	414075295
113	NC_019436	TGTT	2	8	36929	36936	0 %	75 %	25 %	0 %	414075295
114	NC_019436	AAAG	2	8	37183	37190	75 %	0 %	25 %	0 %	414075295
115	NC_019436	ATAA	2	8	38048	38055	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_019436	TACA	2	8	38096	38103	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.