MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Lactobacillus salivarius CECT 5713 plasmid pHN3

Total Repeats: 209

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017499	AAAGA	2	10	1368	1377	80 %	0 %	20 %	0 %	385839644
2	NC_017499	ATTTG	2	10	3026	3035	20 %	60 %	20 %	0 %	385839645
3	NC_017499	CTAAG	2	10	4739	4748	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_017499	CTATA	2	10	7063	7072	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017499	ATGCA	2	10	9096	9105	40 %	20 %	20 %	20 %	385839649
6	NC_017499	AATCC	2	10	9183	9192	40 %	20 %	0 %	40 %	385839649
7	NC_017499	TTTTC	2	10	11381	11390	0 %	80 %	0 %	20 %	385839649
8	NC_017499	TTCAT	2	10	12379	12388	20 %	60 %	0 %	20 %	385839650
9	NC_017499	CTAAG	2	10	14233	14242	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_017499	GAATA	2	10	15464	15473	60 %	20 %	20 %	0 %	385839652
11	NC_017499	TAAGA	2	10	16647	16656	60 %	20 %	20 %	0 %	385839654
12	NC_017499	AAAAG	2	10	18102	18111	80 %	0 %	20 %	0 %	385839655
13	NC_017499	AATGA	2	10	20251	20260	60 %	20 %	20 %	0 %	385839656
14	NC_017499	AAGTA	2	10	20691	20700	60 %	20 %	20 %	0 %	385839657
15	NC_017499	ACTTT	2	10	21032	21041	20 %	60 %	0 %	20 %	385839657
16	NC_017499	TGTAA	2	10	21987	21996	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017499	ATCAA	2	10	25448	25457	60 %	20 %	0 %	20 %	385839660
18	NC_017499	GCACT	2	10	27101	27110	20 %	20 %	20 %	40 %	385839661
19	NC_017499	TTGAA	2	10	29444	29453	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017499	GAAAG	2	10	29733	29742	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017499	ATTCT	2	10	29841	29850	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017499	GTTCT	2	10	31836	31845	0 %	60 %	20 %	20 %	385839665
23	NC_017499	AAAGT	2	10	32409	32418	60 %	20 %	20 %	0 %	385839666
24	NC_017499	TTTGG	2	10	32968	32977	0 %	60 %	40 %	0 %	385839667
25	NC_017499	AAAGA	2	10	34295	34304	80 %	0 %	20 %	0 %	385839668
26	NC_017499	AAAGT	2	10	34314	34323	60 %	20 %	20 %	0 %	385839668
27	NC_017499	AAAAT	2	10	36327	36336	80 %	20 %	0 %	0 %	385839670
28	NC_017499	TTATT	2	10	36690	36699	20 %	80 %	0 %	0 %	385839670
29	NC_017499	ATAAA	2	10	38454	38463	80 %	20 %	0 %	0 %	385839670
30	NC_017499	ATAAG	2	10	41739	41748	60 %	20 %	20 %	0 %	385839671
31	NC_017499	AACAT	2	10	42393	42402	60 %	20 %	0 %	20 %	385839672
32	NC_017499	AAGAG	2	10	42911	42920	60 %	0 %	40 %	0 %	385839672
33	NC_017499	AAAAT	2	10	43081	43090	80 %	20 %	0 %	0 %	385839672
34	NC_017499	CAAAA	2	10	43471	43480	80 %	0 %	0 %	20 %	385839672
35	NC_017499	TGATG	2	10	47570	47579	20 %	40 %	40 %	0 %	385839674
36	NC_017499	ATTTA	2	10	48956	48965	40 %	60 %	0 %	0 %	385839675
37	NC_017499	GATAA	2	10	49000	49009	60 %	20 %	20 %	0 %	385839675
38	NC_017499	AACAA	2	10	49400	49409	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_017499	ATTTT	2	10	50837	50846	20 %	80 %	0 %	0 %	385839676
40	NC_017499	AAGAT	2	10	52489	52498	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017499	CAAAC	2	10	53499	53508	60 %	0 %	0 %	40 %	385839679
42	NC_017499	AAAAT	2	10	55035	55044	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017499	GCAAT	2	10	58225	58234	40 %	20 %	20 %	20 %	385839683
44	NC_017499	CTTCT	2	10	58286	58295	0 %	60 %	0 %	40 %	385839683
45	NC_017499	AATTC	2	10	59690	59699	40 %	40 %	0 %	20 %	385839683
46	NC_017499	ATTTA	2	10	61148	61157	40 %	60 %	0 %	0 %	385839685
47	NC_017499	TTGAC	2	10	61204	61213	20 %	40 %	20 %	20 %	385839685
48	NC_017499	TAAAA	2	10	62783	62792	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017499	AGAAA	2	10	63087	63096	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017499	TTTTA	2	10	64202	64211	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017499	AAGTT	2	10	64476	64485	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017499	AACAG	2	10	65369	65378	60 %	0 %	20 %	20 %	385839687
53	NC_017499	TACAT	2	10	66071	66080	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_017499	GTTTT	2	10	67140	67149	0 %	80 %	20 %	0 %	385839689
55	NC_017499	ATAAA	2	10	68891	68900	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017499	TTGTC	2	10	68954	68963	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
57	NC_017499	AAATT	2	10	69452	69461	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017499	AATAT	2	10	72640	72649	60 %	40 %	0 %	0 %	385839691
59	NC_017499	ATAAA	2	10	73056	73065	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017499	AGTAA	2	10	73589	73598	60 %	20 %	20 %	0 %	385839692
61	NC_017499	GGAAT	2	10	74751	74760	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017499	AATTC	2	10	76004	76013	40 %	40 %	0 %	20 %	385839693
63	NC_017499	ATTTT	2	10	76369	76378	20 %	80 %	0 %	0 %	385839694
64	NC_017499	AATTG	2	10	77916	77925	40 %	40 %	20 %	0 %	385839695
65	NC_017499	AAATT	2	10	81999	82008	60 %	40 %	0 %	0 %	385839699
66	NC_017499	AAGAT	2	10	83063	83072	60 %	20 %	20 %	0 %	385839700
67	NC_017499	AATGA	2	10	83444	83453	60 %	20 %	20 %	0 %	385839700
68	NC_017499	AAACT	2	10	84022	84031	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_017499	AGATT	2	10	87489	87498	40 %	40 %	20 %	0 %	385839704
70	NC_017499	CATTG	2	10	88853	88862	20 %	40 %	20 %	20 %	385839705
71	NC_017499	CATTT	2	10	89244	89253	20 %	60 %	0 %	20 %	385839706
72	NC_017499	TTAAT	2	10	89594	89603	40 %	60 %	0 %	0 %	385839706
73	NC_017499	ATTGA	2	10	89795	89804	40 %	40 %	20 %	0 %	385839706
74	NC_017499	ATTTT	2	10	92608	92617	20 %	80 %	0 %	0 %	385839710
75	NC_017499	TTCAT	2	10	93753	93762	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_017499	TAGTT	2	10	96793	96802	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017499	ATCTT	2	10	98372	98381	20 %	60 %	0 %	20 %	385839715
78	NC_017499	TTTGA	2	10	100018	100027	20 %	60 %	20 %	0 %	385839717
79	NC_017499	CCATA	2	10	100210	100219	40 %	20 %	0 %	40 %	385839717
80	NC_017499	ACTTA	2	10	100859	100868	40 %	40 %	0 %	20 %	385839717
81	NC_017499	ATATC	2	10	101121	101130	40 %	40 %	0 %	20 %	385839717
82	NC_017499	TTGAT	2	10	102419	102428	20 %	60 %	20 %	0 %	385839718
83	NC_017499	AACTA	2	10	102633	102642	60 %	20 %	0 %	20 %	385839718
84	NC_017499	TATTT	2	10	104871	104880	20 %	80 %	0 %	0 %	385839718
85	NC_017499	TTAAT	2	10	105949	105958	40 %	60 %	0 %	0 %	385839719
86	NC_017499	TCTCC	2	10	106331	106340	0 %	40 %	0 %	60 %	385839719
87	NC_017499	CTCTT	2	10	107237	107246	0 %	60 %	0 %	40 %	385839719
88	NC_017499	TTTCT	2	10	108136	108145	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_017499	CTCAC	2	10	110062	110071	20 %	20 %	0 %	60 %	385839720
90	NC_017499	TTTGA	2	10	111238	111247	20 %	60 %	20 %	0 %	385839721
91	NC_017499	TAATT	2	10	112132	112141	40 %	60 %	0 %	0 %	385839722
92	NC_017499	CTTTT	2	10	113298	113307	0 %	80 %	0 %	20 %	385839722
93	NC_017499	AATAT	2	10	115214	115223	60 %	40 %	0 %	0 %	385839724
94	NC_017499	ATTTG	2	10	119868	119877	20 %	60 %	20 %	0 %	385839725
95	NC_017499	TTTTC	2	10	119946	119955	0 %	80 %	0 %	20 %	385839725
96	NC_017499	TCTTT	2	10	121267	121276	0 %	80 %	0 %	20 %	385839726
97	NC_017499	TGGAT	2	10	123334	123343	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017499	ATGTC	2	10	124211	124220	20 %	40 %	20 %	20 %	385839727
99	NC_017499	AAATG	2	10	125527	125536	60 %	20 %	20 %	0 %	385839727
100	NC_017499	GTATG	2	10	126946	126955	20 %	40 %	40 %	0 %	385839728
101	NC_017499	AAAAG	2	10	127157	127166	80 %	0 %	20 %	0 %	385839728
102	NC_017499	TATTT	2	10	129036	129045	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017499	TCATA	2	10	129973	129982	40 %	40 %	0 %	20 %	385839729
104	NC_017499	TCTCT	2	10	130166	130175	0 %	60 %	0 %	40 %	385839729
105	NC_017499	TAATA	2	10	131481	131490	60 %	40 %	0 %	0 %	385839731
106	NC_017499	TTTGT	2	10	134301	134310	0 %	80 %	20 %	0 %	385839733
107	NC_017499	TAAAA	2	10	135418	135427	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017499	AAATA	2	10	136600	136609	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017499	TAAAA	2	10	138109	138118	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017499	TTTTC	2	10	139606	139615	0 %	80 %	0 %	20 %	385839736
111	NC_017499	ACTTA	2	10	140924	140933	40 %	40 %	0 %	20 %	385839737
112	NC_017499	ATTAA	2	10	141072	141081	60 %	40 %	0 %	0 %	385839737
113	NC_017499	ATTTT	2	10	141607	141616	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017499	TGATA	2	10	143813	143822	40 %	40 %	20 %	0 %	385839738
115	NC_017499	TGATC	2	10	144987	144996	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
116	NC_017499	TCAAT	2	10	145143	145152	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
117	NC_017499	TCTTT	2	10	146784	146793	0 %	80 %	0 %	20 %	385839741
118	NC_017499	CTTTT	2	10	146903	146912	0 %	80 %	0 %	20 %	385839741
119	NC_017499	ATCAC	2	10	147347	147356	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
120	NC_017499	TCTTT	2	10	148439	148448	0 %	80 %	0 %	20 %	385839742
121	NC_017499	AATTT	2	10	148854	148863	40 %	60 %	0 %	0 %	385839743
122	NC_017499	GTTGA	2	10	148984	148993	20 %	40 %	40 %	0 %	385839743
123	NC_017499	ATTTT	2	10	149529	149538	20 %	80 %	0 %	0 %	385839743
124	NC_017499	TAAAT	2	10	149636	149645	60 %	40 %	0 %	0 %	385839743
125	NC_017499	TGTTT	2	10	149903	149912	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017499	TTTAC	2	10	150267	150276	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
127	NC_017499	ATTTA	2	10	150925	150934	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017499	TATAA	2	10	151194	151203	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017499	ACATT	2	10	151455	151464	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_017499	ATTAA	2	10	152560	152569	60 %	40 %	0 %	0 %	385839744
131	NC_017499	TGTCT	2	10	153020	153029	0 %	60 %	20 %	20 %	385839744
132	NC_017499	ATTTT	2	10	154721	154730	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017499	CCGTA	2	10	155988	155997	20 %	20 %	20 %	40 %	385839745
134	NC_017499	GCAAA	2	10	157086	157095	60 %	0 %	20 %	20 %	385839745
135	NC_017499	ATTGT	20	100	157460	157559	20 %	60 %	20 %	0 %	385839745
136	NC_017499	AATTC	2	10	158038	158047	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_017499	TTTTA	2	10	159824	159833	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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139	NC_017499	ATTAA	2	10	160451	160460	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.