MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Lactobacillus casei BD-II chromosome

Total Repeats: 1946

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017474	CAAAC	2	10	660	669	60 %	0 %	0 %	40 %	385821701
2	NC_017474	TATAT	2	10	1567	1576	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017474	CAACG	2	10	1771	1780	40 %	0 %	20 %	40 %	385821702
4	NC_017474	GAAGA	2	10	5070	5079	60 %	0 %	40 %	0 %	385821705
5	NC_017474	GGCAC	2	10	5556	5565	20 %	0 %	40 %	40 %	385821705
6	NC_017474	GACAA	2	10	5830	5839	60 %	0 %	20 %	20 %	385821705
7	NC_017474	GAAAA	2	10	7915	7924	80 %	0 %	20 %	0 %	385821706
8	NC_017474	GACAA	2	10	9041	9050	60 %	0 %	20 %	20 %	385821706
9	NC_017474	CATTT	2	10	10155	10164	20 %	60 %	0 %	20 %	385821707
10	NC_017474	GTCGA	2	10	14527	14536	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
11	NC_017474	CAAAA	2	10	14937	14946	80 %	0 %	0 %	20 %	385821713
12	NC_017474	ATTGA	2	10	20035	20044	40 %	40 %	20 %	0 %	385821719
13	NC_017474	CAACC	2	10	21362	21371	40 %	0 %	0 %	60 %	385821721
14	NC_017474	TGGCT	2	10	22959	22968	0 %	40 %	40 %	20 %	385821723
15	NC_017474	GCTTT	2	10	24511	24520	0 %	60 %	20 %	20 %	385821724
16	NC_017474	CAGCG	2	10	25158	25167	20 %	0 %	40 %	40 %	385821724
17	NC_017474	GCCCG	2	10	26062	26071	0 %	0 %	40 %	60 %	385821724
18	NC_017474	GTTTT	2	10	27130	27139	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017474	TCCTG	2	10	28083	28092	0 %	40 %	20 %	40 %	385821727
20	NC_017474	GGCTA	2	10	28576	28585	20 %	20 %	40 %	20 %	385821727
21	NC_017474	TTGTT	2	10	28872	28881	0 %	80 %	20 %	0 %	385821728
22	NC_017474	AAGCC	2	10	33296	33305	40 %	0 %	20 %	40 %	385821732
23	NC_017474	CAAAG	2	10	34144	34153	60 %	0 %	20 %	20 %	385821733
24	NC_017474	TTCTT	2	10	34193	34202	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_017474	TTTCT	2	10	41215	41224	0 %	80 %	0 %	20 %	385821741
26	NC_017474	GAAAG	2	10	43525	43534	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017474	GTTTG	2	10	44524	44533	0 %	60 %	40 %	0 %	385821745
28	NC_017474	TAAAG	2	10	45271	45280	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017474	GAAAA	2	10	46873	46882	80 %	0 %	20 %	0 %	385821750
30	NC_017474	TTGAA	2	10	47298	47307	40 %	40 %	20 %	0 %	385821750
31	NC_017474	ATAAA	2	10	47444	47453	80 %	20 %	0 %	0 %	385821750
32	NC_017474	AATAA	2	10	47690	47699	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017474	TCAAT	2	10	48309	48318	40 %	40 %	0 %	20 %	385821751
34	NC_017474	AACGC	2	10	50194	50203	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_017474	ATGAA	2	10	50627	50636	60 %	20 %	20 %	0 %	385821753
36	NC_017474	ACAAA	2	10	52156	52165	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_017474	TTTCT	2	10	52790	52799	0 %	80 %	0 %	20 %	385821756
38	NC_017474	TCGTT	2	10	53187	53196	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
39	NC_017474	TTCTT	2	10	53738	53747	0 %	80 %	0 %	20 %	385821757
40	NC_017474	TGTTT	2	10	56892	56901	0 %	80 %	20 %	0 %	385821759
41	NC_017474	GCGCC	2	10	58396	58405	0 %	0 %	40 %	60 %	385821760
42	NC_017474	CAGTT	2	10	60868	60877	20 %	40 %	20 %	20 %	385821761
43	NC_017474	TTGAT	2	10	67902	67911	20 %	60 %	20 %	0 %	385821770
44	NC_017474	TTGCT	2	10	67995	68004	0 %	60 %	20 %	20 %	385821770
45	NC_017474	CGTTT	2	10	69895	69904	0 %	60 %	20 %	20 %	385821772
46	NC_017474	TAAGT	2	10	73754	73763	40 %	40 %	20 %	0 %	385821777
47	NC_017474	TCATC	2	10	75303	75312	20 %	40 %	0 %	40 %	385821779
48	NC_017474	CGGCC	2	10	77368	77377	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
49	NC_017474	GAAGC	2	10	79599	79608	40 %	0 %	40 %	20 %	385821782
50	NC_017474	TGGCA	2	10	79766	79775	20 %	20 %	40 %	20 %	385821782
51	NC_017474	GTTTC	2	10	82547	82556	0 %	60 %	20 %	20 %	385821785
52	NC_017474	TGTGC	2	10	83673	83682	0 %	40 %	40 %	20 %	385821786
53	NC_017474	TGCTT	2	10	84744	84753	0 %	60 %	20 %	20 %	385821787
54	NC_017474	ATCCA	2	10	85207	85216	40 %	20 %	0 %	40 %	385821788
55	NC_017474	AACCA	2	10	85582	85591	60 %	0 %	0 %	40 %	385821788
56	NC_017474	AAAAT	2	10	86160	86169	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017474	GTTAA	2	10	86181	86190	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017474	TGAAT	2	10	88166	88175	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017474	TAGTT	2	10	89081	89090	20 %	60 %	20 %	0 %	385821792
60	NC_017474	AGATA	2	10	91371	91380	60 %	20 %	20 %	0 %	385821793
61	NC_017474	CCAAC	2	10	91830	91839	40 %	0 %	0 %	60 %	385821794
62	NC_017474	TCCCA	2	10	92877	92886	20 %	20 %	0 %	60 %	385821795
63	NC_017474	CCCAG	2	10	93510	93519	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
64	NC_017474	GCTTT	2	10	96518	96527	0 %	60 %	20 %	20 %	385821798
65	NC_017474	ATTGA	2	10	99772	99781	40 %	40 %	20 %	0 %	385821800
66	NC_017474	CAAAA	2	10	102447	102456	80 %	0 %	0 %	20 %	385821805
67	NC_017474	ATTTC	2	10	102973	102982	20 %	60 %	0 %	20 %	385821805
68	NC_017474	ATGGC	2	10	104689	104698	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
69	NC_017474	GAAGA	2	10	107035	107044	60 %	0 %	40 %	0 %	385821809
70	NC_017474	GAAAA	2	10	107053	107062	80 %	0 %	20 %	0 %	385821809
71	NC_017474	CAAAG	2	10	107119	107128	60 %	0 %	20 %	20 %	385821809
72	NC_017474	CGGCC	2	10	110826	110835	0 %	0 %	40 %	60 %	385821812
73	NC_017474	CTCAA	2	10	111409	111418	40 %	20 %	0 %	40 %	385821812
74	NC_017474	ACCAA	2	10	111680	111689	60 %	0 %	0 %	40 %	385821812
75	NC_017474	CAAGT	2	10	112640	112649	40 %	20 %	20 %	20 %	385821813
76	NC_017474	GACCC	2	10	114088	114097	20 %	0 %	20 %	60 %	385821814
77	NC_017474	ACCAA	2	10	114676	114685	60 %	0 %	0 %	40 %	385821815
78	NC_017474	TTGGC	2	10	116192	116201	0 %	40 %	40 %	20 %	385821815
79	NC_017474	GAAAA	2	10	119596	119605	80 %	0 %	20 %	0 %	385821819
80	NC_017474	TCAAA	2	10	124167	124176	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_017474	ATTGC	2	10	126657	126666	20 %	40 %	20 %	20 %	385821825
82	NC_017474	TGATC	2	10	127487	127496	20 %	40 %	20 %	20 %	385821826
83	NC_017474	CATGC	2	10	128617	128626	20 %	20 %	20 %	40 %	385821827
84	NC_017474	CGATC	2	10	135368	135377	20 %	20 %	20 %	40 %	385821834
85	NC_017474	AAAGC	2	10	141322	141331	60 %	0 %	20 %	20 %	385821842
86	NC_017474	CATAA	2	10	141391	141400	60 %	20 %	0 %	20 %	385821842
87	NC_017474	GGGAT	2	10	142484	142493	20 %	20 %	60 %	0 %	385821843
88	NC_017474	GCTCA	2	10	142819	142828	20 %	20 %	20 %	40 %	385821843
89	NC_017474	GTCAT	2	10	144762	144771	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
90	NC_017474	TTTTC	2	10	146798	146807	0 %	80 %	0 %	20 %	385821848
91	NC_017474	CAAGC	2	10	148188	148197	40 %	0 %	20 %	40 %	385821849
92	NC_017474	AATGA	2	10	149488	149497	60 %	20 %	20 %	0 %	385821850
93	NC_017474	CCAAC	2	10	150056	150065	40 %	0 %	0 %	60 %	385821851
94	NC_017474	GCCTT	2	10	151948	151957	0 %	40 %	20 %	40 %	385821853
95	NC_017474	GAGGC	2	10	154772	154781	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
96	NC_017474	GTAAG	2	10	156084	156093	40 %	20 %	40 %	0 %	385821857
97	NC_017474	CACAA	2	10	157518	157527	60 %	0 %	0 %	40 %	385821858
98	NC_017474	TGAAT	2	10	159507	159516	40 %	40 %	20 %	0 %	385821860
99	NC_017474	ATCAA	2	10	160959	160968	60 %	20 %	0 %	20 %	385821862
100	NC_017474	CCGTT	2	10	165178	165187	0 %	40 %	20 %	40 %	385821865
101	NC_017474	CCAAC	2	10	167587	167596	40 %	0 %	0 %	60 %	385821867
102	NC_017474	GAACC	2	10	168838	168847	40 %	0 %	20 %	40 %	385821867
103	NC_017474	TGAAG	2	10	170236	170245	40 %	20 %	40 %	0 %	385821868
104	NC_017474	CAGCC	2	10	171148	171157	20 %	0 %	20 %	60 %	385821868
105	NC_017474	GTTCA	2	10	171228	171237	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_017474	CAATG	2	10	171516	171525	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_017474	TGGTT	2	10	172466	172475	0 %	60 %	40 %	0 %	385821871
108	NC_017474	CTGAA	2	10	174346	174355	40 %	20 %	20 %	20 %	385821873
109	NC_017474	GTTGA	2	10	176624	176633	20 %	40 %	40 %	0 %	385821874
110	NC_017474	TCGAT	2	10	178151	178160	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
111	NC_017474	CGTTG	2	10	178849	178858	0 %	40 %	40 %	20 %	385821876
112	NC_017474	AGATG	2	10	179825	179834	40 %	20 %	40 %	0 %	385821877
113	NC_017474	AAGGT	2	10	182037	182046	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017474	TTCAT	2	10	182312	182321	20 %	60 %	0 %	20 %	385821881
115	NC_017474	TGAGG	2	10	182513	182522	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017474	AAATG	2	10	183477	183486	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017474	GGCAT	2	10	185128	185137	20 %	20 %	40 %	20 %	385821886
118	NC_017474	TCGTT	2	10	185545	185554	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
119	NC_017474	CGGCA	2	10	185732	185741	20 %	0 %	40 %	40 %	385821887
120	NC_017474	GCCAA	2	10	190718	190727	40 %	0 %	20 %	40 %	385821895
121	NC_017474	CTGGG	2	10	193484	193493	0 %	20 %	60 %	20 %	385821899
122	NC_017474	ACTTC	2	10	195646	195655	20 %	40 %	0 %	40 %	385821901
123	NC_017474	GTAGA	2	10	196046	196055	40 %	20 %	40 %	0 %	385821902
124	NC_017474	GCTTG	2	10	197851	197860	0 %	40 %	40 %	20 %	385821904
125	NC_017474	CGTCA	2	10	201814	201823	20 %	20 %	20 %	40 %	385821908
126	NC_017474	TCAAT	2	10	201938	201947	40 %	40 %	0 %	20 %	385821908
127	NC_017474	AAATC	2	10	208819	208828	60 %	20 %	0 %	20 %	385821914
128	NC_017474	TGGAA	2	10	209884	209893	40 %	20 %	40 %	0 %	385821915
129	NC_017474	CAGAA	2	10	210388	210397	60 %	0 %	20 %	20 %	385821915
130	NC_017474	ATTTG	2	10	213613	213622	20 %	60 %	20 %	0 %	385821918
131	NC_017474	AAATG	2	10	217042	217051	60 %	20 %	20 %	0 %	385821920
132	NC_017474	CAAAA	2	10	217562	217571	80 %	0 %	0 %	20 %	385821920
133	NC_017474	ACTGG	2	10	217754	217763	20 %	20 %	40 %	20 %	385821921
134	NC_017474	CCATG	2	10	218958	218967	20 %	20 %	20 %	40 %	385821922
135	NC_017474	GAGTC	2	10	220724	220733	20 %	20 %	40 %	20 %	385821924
136	NC_017474	ACTCA	2	10	221697	221706	40 %	20 %	0 %	40 %	385821925
137	NC_017474	ATTTG	2	10	222343	222352	20 %	60 %	20 %	0 %	385821926
138	NC_017474	TTTGA	2	10	226236	226245	20 %	60 %	20 %	0 %	385821928
139	NC_017474	CGTTT	2	10	229556	229565	0 %	60 %	20 %	20 %	385821931
140	NC_017474	ATTTG	2	10	230971	230980	20 %	60 %	20 %	0 %	385821933
141	NC_017474	CAGTG	2	10	232212	232221	20 %	20 %	40 %	20 %	385821934
142	NC_017474	ATTCA	2	10	233002	233011	40 %	40 %	0 %	20 %	385821934
143	NC_017474	GAAGC	2	10	233049	233058	40 %	0 %	40 %	20 %	385821934
144	NC_017474	CTGGA	2	10	236149	236158	20 %	20 %	40 %	20 %	385821936
145	NC_017474	GTTGT	2	10	240097	240106	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017474	AGTTG	2	10	240538	240547	20 %	40 %	40 %	0 %	385821941
147	NC_017474	TCCAG	2	10	241253	241262	20 %	20 %	20 %	40 %	385821942
148	NC_017474	TGATT	2	10	241317	241326	20 %	60 %	20 %	0 %	385821942
149	NC_017474	TGTCA	2	10	241561	241570	20 %	40 %	20 %	20 %	385821942
150	NC_017474	TGATC	2	10	245365	245374	20 %	40 %	20 %	20 %	385821945
151	NC_017474	AAAAG	2	10	246483	246492	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
152	NC_017474	AACTT	2	10	247384	247393	40 %	40 %	0 %	20 %	385821946
153	NC_017474	TAATT	2	10	247868	247877	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_017474	CAAAC	2	10	251051	251060	60 %	0 %	0 %	40 %	385821950
155	NC_017474	GATCG	2	10	252311	252320	20 %	20 %	40 %	20 %	385821952
156	NC_017474	TGTCG	2	10	253026	253035	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
157	NC_017474	AGATC	2	10	254416	254425	40 %	20 %	20 %	20 %	385821953
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159	NC_017474	GTCTG	2	10	256911	256920	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
160	NC_017474	TCGTG	2	10	257245	257254	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
161	NC_017474	TCGCA	2	10	257905	257914	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
162	NC_017474	GAGAT	2	10	260731	260740	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
163	NC_017474	ATTCG	2	10	262172	262181	20 %	40 %	20 %	20 %	385821958
164	NC_017474	ATGCT	2	10	264128	264137	20 %	40 %	20 %	20 %	385821961
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172	NC_017474	ACCAT	2	10	271452	271461	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
173	NC_017474	AGATA	2	10	271519	271528	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
174	NC_017474	TTGGG	2	10	272397	272406	0 %	40 %	60 %	0 %	385821970
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177	NC_017474	TTTCT	2	10	277000	277009	0 %	80 %	0 %	20 %	385821975
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182	NC_017474	TTGAA	2	10	286065	286074	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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184	NC_017474	TGCCG	2	10	287332	287341	0 %	20 %	40 %	40 %	385821983
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189	NC_017474	ACTTG	2	10	294379	294388	20 %	40 %	20 %	20 %	385821988
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194	NC_017474	TCCAG	2	10	303016	303025	20 %	20 %	20 %	40 %	385821998
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203	NC_017474	CTGGC	2	10	309749	309758	0 %	20 %	40 %	40 %	385822004
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205	NC_017474	CGATC	2	10	310310	310319	20 %	20 %	20 %	40 %	385822005
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215	NC_017474	AGTTA	2	10	327885	327894	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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224	NC_017474	CTCGA	2	10	342698	342707	20 %	20 %	20 %	40 %	385822043
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229	NC_017474	AGCAT	2	10	351891	351900	40 %	20 %	20 %	20 %	385822053
230	NC_017474	CTTAC	2	10	352250	352259	20 %	40 %	0 %	40 %	385822054
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232	NC_017474	ATCAA	2	10	360174	360183	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
233	NC_017474	AAGAA	2	10	363381	363390	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
234	NC_017474	GAACG	2	10	364818	364827	40 %	0 %	40 %	20 %	385822068
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237	NC_017474	GCTTG	2	10	375287	375296	0 %	40 %	40 %	20 %	385822082
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239	NC_017474	CTTTT	2	10	381521	381530	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
240	NC_017474	GTTTT	2	10	382270	382279	0 %	80 %	20 %	0 %	385822090
241	NC_017474	ATATG	2	10	383418	383427	40 %	40 %	20 %	0 %	385822090
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248	NC_017474	TGTTT	2	10	397345	397354	0 %	80 %	20 %	0 %	385822103
249	NC_017474	GTGTT	2	10	397882	397891	0 %	60 %	40 %	0 %	385822104
250	NC_017474	CAGTT	2	10	401147	401156	20 %	40 %	20 %	20 %	385822106
251	NC_017474	ACGTT	2	10	401228	401237	20 %	40 %	20 %	20 %	385822106
252	NC_017474	AGGAG	2	10	401271	401280	40 %	0 %	60 %	0 %	385822106
253	NC_017474	ATCAT	2	10	401798	401807	40 %	40 %	0 %	20 %	385822106
254	NC_017474	CAAAA	2	10	402642	402651	80 %	0 %	0 %	20 %	385822106
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256	NC_017474	TAAAC	2	10	405861	405870	60 %	20 %	0 %	20 %	385822109
257	NC_017474	TGATT	2	10	408774	408783	20 %	60 %	20 %	0 %	385822112
258	NC_017474	CGAAT	2	10	409385	409394	40 %	20 %	20 %	20 %	385822114
259	NC_017474	TCACC	2	10	410591	410600	20 %	20 %	0 %	60 %	385822116
260	NC_017474	GCTGG	2	10	412112	412121	0 %	20 %	60 %	20 %	385822117
261	NC_017474	ATGGC	2	10	413760	413769	20 %	20 %	40 %	20 %	385822119
262	NC_017474	GAAAA	2	10	413916	413925	80 %	0 %	20 %	0 %	385822119
263	NC_017474	CAAAA	2	10	414331	414340	80 %	0 %	0 %	20 %	385822120
264	NC_017474	CAGTT	2	10	416270	416279	20 %	40 %	20 %	20 %	385822122
265	NC_017474	ATTTA	2	10	417820	417829	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
266	NC_017474	CCGTT	2	10	418362	418371	0 %	40 %	20 %	40 %	385822124
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268	NC_017474	AACAC	2	10	421841	421850	60 %	0 %	0 %	40 %	385822129
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500	NC_017474	CCCAA	2	10	782702	782711	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding

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