MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Lactobacillus reuteri SD2112 plasmid pLR580

Total Repeats: 100

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015699	TTA	2	6	158	163	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015699	ATA	2	6	207	212	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015699	TCA	3	9	236	244	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_015699	TAT	2	6	324	329	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015699	TTA	2	6	395	400	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015699	TTC	2	6	425	430	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_015699	ATT	2	6	553	558	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015699	AAC	2	6	578	583	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_015699	CTT	2	6	673	678	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_015699	AAT	2	6	729	734	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015699	CAG	2	6	963	968	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_015699	TAC	2	6	984	989	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_015699	CAA	2	6	990	995	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_015699	ACT	2	6	1060	1065	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_015699	TTG	2	6	1078	1083	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015699	CCG	2	6	1200	1205	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
17	NC_015699	ACA	2	6	1247	1252	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_015699	TAA	2	6	1369	1374	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015699	TTA	2	6	1537	1542	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015699	CTA	2	6	1590	1595	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_015699	ATA	3	9	1597	1605	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015699	TAA	2	6	1616	1621	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_015699	TAA	2	6	1687	1692	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015699	ATC	2	6	1768	1773	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_015699	AAT	2	6	1918	1923	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015699	ACT	2	6	1977	1982	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202353
27	NC_015699	GTT	2	6	2022	2027	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202353
28	NC_015699	CTT	3	9	2119	2127	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202353
29	NC_015699	GTC	2	6	2215	2220	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202353
30	NC_015699	CCA	2	6	2295	2300	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	338202353
31	NC_015699	CTG	2	6	2311	2316	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202353
32	NC_015699	CAG	2	6	2320	2325	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338202353
33	NC_015699	TGG	2	6	2361	2366	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	338202353
34	NC_015699	CAA	2	6	2473	2478	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338202353
35	NC_015699	TCC	2	6	2483	2488	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
36	NC_015699	ATA	2	6	2526	2531	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_015699	ATA	2	6	2650	2655	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015699	ATT	2	6	2850	2855	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015699	TAA	2	6	3013	3018	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202354
40	NC_015699	AAT	2	6	3039	3044	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202354
41	NC_015699	TTC	2	6	3056	3061	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202354
42	NC_015699	CAT	2	6	3111	3116	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202354
43	NC_015699	AAT	2	6	3132	3137	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202354
44	NC_015699	AAT	2	6	3153	3158	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202354
45	NC_015699	CCA	2	6	3267	3272	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	338202354
46	NC_015699	TTC	2	6	3341	3346	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202354
47	NC_015699	TCA	2	6	3389	3394	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202354
48	NC_015699	ATC	2	6	3472	3477	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202354
49	NC_015699	TCA	3	9	3491	3499	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202354
50	NC_015699	ATT	2	6	3521	3526	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202354
51	NC_015699	TCC	2	6	3532	3537	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
52	NC_015699	GTT	2	6	3830	3835	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202355
53	NC_015699	CAT	2	6	3898	3903	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202355
54	NC_015699	GTT	2	6	3914	3919	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202355
55	NC_015699	TGG	2	6	4196	4201	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	338202356
56	NC_015699	TGT	2	6	4217	4222	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202356
57	NC_015699	TTG	2	6	4300	4305	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202356
58	NC_015699	TGT	2	6	4349	4354	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202356
59	NC_015699	CTT	2	6	4389	4394	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202356
60	NC_015699	TAA	2	6	4413	4418	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202356
61	NC_015699	CTT	3	9	4531	4539	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202356
62	NC_015699	TGT	2	6	4833	4838	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202356
63	NC_015699	ACC	2	6	4888	4893	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	338202356
64	NC_015699	CAC	2	6	4998	5003	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	338202356
65	NC_015699	ATC	2	6	5134	5139	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202356
66	NC_015699	CAT	2	6	5166	5171	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202356
67	NC_015699	CTT	2	6	5314	5319	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202356
68	NC_015699	ACC	2	6	5375	5380	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	338202356
69	NC_015699	ATC	2	6	5402	5407	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202356
70	NC_015699	AAT	2	6	5449	5454	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202356
71	NC_015699	TGT	2	6	5475	5480	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202356
72	NC_015699	TGT	2	6	5483	5488	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202356
73	NC_015699	TAA	2	6	5593	5598	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_015699	AAG	2	6	5605	5610	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_015699	TTA	2	6	5852	5857	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_015699	TAT	2	6	6023	6028	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202357
77	NC_015699	AAT	2	6	6036	6041	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202357
78	NC_015699	CGG	2	6	6089	6094	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	338202357
79	NC_015699	AAG	2	6	6099	6104	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338202357
80	NC_015699	TCT	2	6	6113	6118	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202357
81	NC_015699	ATT	2	6	6130	6135	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202357
82	NC_015699	ATG	2	6	6370	6375	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_015699	CAT	2	6	6389	6394	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_015699	TCA	2	6	6446	6451	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_015699	TCA	3	9	6455	6463	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_015699	CAT	2	6	6471	6476	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_015699	GAT	2	6	6483	6488	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_015699	ATT	2	6	6499	6504	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_015699	GAT	2	6	6572	6577	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
90	NC_015699	TTG	2	6	6593	6598	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_015699	AAG	2	6	6672	6677	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_015699	CAT	3	9	6777	6785	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_015699	CTT	2	6	6787	6792	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_015699	CCA	2	6	6801	6806	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
95	NC_015699	TCA	2	6	6827	6832	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_015699	CAT	2	6	6840	6845	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_015699	TGG	2	6	6881	6886	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_015699	GTT	2	6	6941	6946	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_015699	GTA	2	6	6953	6958	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_015699	TCT	2	6	6983	6988	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.