MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Lactobacillus rhamnosus Lc 705 plasmid pLC1

Total Repeats: 144

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013200	ATTC	2	8	431	438	25 %	50 %	0 %	25 %	258509941
2	NC_013200	CGAC	2	8	1823	1830	25 %	0 %	25 %	50 %	258509942
3	NC_013200	GCTG	2	8	3190	3197	0 %	25 %	50 %	25 %	258509943
4	NC_013200	TTGT	2	8	3510	3517	0 %	75 %	25 %	0 %	258509944
5	NC_013200	GATT	2	8	3560	3567	25 %	50 %	25 %	0 %	258509944
6	NC_013200	GTAT	2	8	3934	3941	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
7	NC_013200	CTTT	2	8	4289	4296	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
8	NC_013200	GATT	2	8	4727	4734	25 %	50 %	25 %	0 %	258509946
9	NC_013200	TCAT	2	8	4844	4851	25 %	50 %	0 %	25 %	258509947
10	NC_013200	AAAG	2	8	5212	5219	75 %	0 %	25 %	0 %	258509948
11	NC_013200	TGAC	2	8	5226	5233	25 %	25 %	25 %	25 %	258509948
12	NC_013200	TCAG	2	8	5693	5700	25 %	25 %	25 %	25 %	258509949
13	NC_013200	CAAC	2	8	6797	6804	50 %	0 %	0 %	50 %	258509950
14	NC_013200	TCCG	2	8	7074	7081	0 %	25 %	25 %	50 %	258509951
15	NC_013200	GTCA	2	8	7296	7303	25 %	25 %	25 %	25 %	258509951
16	NC_013200	TTTC	2	8	7466	7473	0 %	75 %	0 %	25 %	258509951
17	NC_013200	AACA	2	8	7849	7856	75 %	0 %	0 %	25 %	258509951
18	NC_013200	ATTG	2	8	8814	8821	25 %	50 %	25 %	0 %	258509951
19	NC_013200	AACT	2	8	8942	8949	50 %	25 %	0 %	25 %	258509951
20	NC_013200	AAAC	2	8	9411	9418	75 %	0 %	0 %	25 %	258509951
21	NC_013200	GGCA	2	8	9583	9590	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
22	NC_013200	GTGA	2	8	11172	11179	25 %	25 %	50 %	0 %	258509955
23	NC_013200	ATCA	2	8	11367	11374	50 %	25 %	0 %	25 %	258509955
24	NC_013200	TGGT	2	8	11434	11441	0 %	50 %	50 %	0 %	258509956
25	NC_013200	GTTG	2	8	11649	11656	0 %	50 %	50 %	0 %	258509956
26	NC_013200	CTCA	2	8	11731	11738	25 %	25 %	0 %	50 %	258509956
27	NC_013200	ACTG	2	8	12867	12874	25 %	25 %	25 %	25 %	258509958
28	NC_013200	TCGT	2	8	13009	13016	0 %	50 %	25 %	25 %	258509958
29	NC_013200	AGAA	2	8	13104	13111	75 %	0 %	25 %	0 %	258509958
30	NC_013200	TATC	2	8	13844	13851	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
31	NC_013200	AAAT	2	8	14227	14234	75 %	25 %	0 %	0 %	258509959
32	NC_013200	CAAA	2	8	15068	15075	75 %	0 %	0 %	25 %	258509960
33	NC_013200	TGAT	2	8	15104	15111	25 %	50 %	25 %	0 %	258509960
34	NC_013200	TAAG	2	8	15606	15613	50 %	25 %	25 %	0 %	258509961
35	NC_013200	TTAA	2	8	15847	15854	50 %	50 %	0 %	0 %	258509962
36	NC_013200	TATC	2	8	16003	16010	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
37	NC_013200	ATGA	2	8	16611	16618	50 %	25 %	25 %	0 %	258509963
38	NC_013200	CAAG	2	8	16734	16741	50 %	0 %	25 %	25 %	258509963
39	NC_013200	AATG	2	8	17735	17742	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_013200	ATCA	2	8	18329	18336	50 %	25 %	0 %	25 %	258509964
41	NC_013200	GAAC	2	8	18561	18568	50 %	0 %	25 %	25 %	258509964
42	NC_013200	GCAG	2	8	18795	18802	25 %	0 %	50 %	25 %	258509964
43	NC_013200	AATG	2	8	18933	18940	50 %	25 %	25 %	0 %	258509964
44	NC_013200	TGTA	2	8	19026	19033	25 %	50 %	25 %	0 %	258509964
45	NC_013200	ATAG	2	8	19612	19619	50 %	25 %	25 %	0 %	258509964
46	NC_013200	CAAG	2	8	19844	19851	50 %	0 %	25 %	25 %	258509965
47	NC_013200	GAAA	2	8	20411	20418	75 %	0 %	25 %	0 %	258509966
48	NC_013200	TCTT	2	8	20950	20957	0 %	75 %	0 %	25 %	258509967
49	NC_013200	TTGC	2	8	21081	21088	0 %	50 %	25 %	25 %	258509967
50	NC_013200	ATTG	2	8	21248	21255	25 %	50 %	25 %	0 %	258509967
51	NC_013200	TGGT	2	8	21461	21468	0 %	50 %	50 %	0 %	258509967
52	NC_013200	CAAG	2	8	21652	21659	50 %	0 %	25 %	25 %	258509968
53	NC_013200	TACC	2	8	22387	22394	25 %	25 %	0 %	50 %	258509968
54	NC_013200	GTAC	2	8	23092	23099	25 %	25 %	25 %	25 %	258509968
55	NC_013200	TGCG	2	8	23310	23317	0 %	25 %	50 %	25 %	258509968
56	NC_013200	TTAT	2	8	23742	23749	25 %	75 %	0 %	0 %	258509968
57	NC_013200	ACGA	2	8	23777	23784	50 %	0 %	25 %	25 %	258509968
58	NC_013200	CTTA	2	8	24125	24132	25 %	50 %	0 %	25 %	258509968
59	NC_013200	TTGG	2	8	24397	24404	0 %	50 %	50 %	0 %	258509969
60	NC_013200	GCAC	2	8	25292	25299	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
61	NC_013200	AATC	2	8	27711	27718	50 %	25 %	0 %	25 %	258509976
62	NC_013200	AATA	2	8	27916	27923	75 %	25 %	0 %	0 %	258509976
63	NC_013200	CCTT	2	8	28058	28065	0 %	50 %	0 %	50 %	258509976
64	NC_013200	TAAG	2	8	28273	28280	50 %	25 %	25 %	0 %	258509976
65	NC_013200	ATTC	2	8	28363	28370	25 %	50 %	0 %	25 %	258509976
66	NC_013200	ATAG	2	8	28486	28493	50 %	25 %	25 %	0 %	258509976
67	NC_013200	AGAT	2	8	28789	28796	50 %	25 %	25 %	0 %	258509976
68	NC_013200	AATT	2	8	29594	29601	50 %	50 %	0 %	0 %	258509977
69	NC_013200	AATT	2	8	29738	29745	50 %	50 %	0 %	0 %	258509977
70	NC_013200	ATTT	2	8	30362	30369	25 %	75 %	0 %	0 %	258509977
71	NC_013200	CAAA	2	8	31521	31528	75 %	0 %	0 %	25 %	258509977
72	NC_013200	ATTA	2	8	31931	31938	50 %	50 %	0 %	0 %	258509977
73	NC_013200	ATTG	2	8	32314	32321	25 %	50 %	25 %	0 %	258509977
74	NC_013200	GCTA	2	8	32665	32672	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
75	NC_013200	CTTG	2	8	33792	33799	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
76	NC_013200	TCAA	2	8	34052	34059	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
77	NC_013200	TCTA	2	8	34230	34237	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
78	NC_013200	TTAT	2	8	34300	34307	25 %	75 %	0 %	0 %	258509979
79	NC_013200	ATTC	2	8	34312	34319	25 %	50 %	0 %	25 %	258509979
80	NC_013200	TGAT	2	8	34349	34356	25 %	50 %	25 %	0 %	258509979
81	NC_013200	GATT	2	8	35543	35550	25 %	50 %	25 %	0 %	258509980
82	NC_013200	CCAA	2	8	35662	35669	50 %	0 %	0 %	50 %	258509980
83	NC_013200	TATC	2	8	36019	36026	25 %	50 %	0 %	25 %	258509980
84	NC_013200	GGAC	2	8	36141	36148	25 %	0 %	50 %	25 %	258509980
85	NC_013200	CATT	2	8	36747	36754	25 %	50 %	0 %	25 %	258509981
86	NC_013200	CAAT	2	8	38521	38528	50 %	25 %	0 %	25 %	258509984
87	NC_013200	TCGC	2	8	39320	39327	0 %	25 %	25 %	50 %	258509986
88	NC_013200	AATT	2	8	39734	39741	50 %	50 %	0 %	0 %	258509987
89	NC_013200	TCAA	2	8	40742	40749	50 %	25 %	0 %	25 %	258509989
90	NC_013200	CCAA	2	8	41986	41993	50 %	0 %	0 %	50 %	258509989
91	NC_013200	GGCG	2	8	42438	42445	0 %	0 %	75 %	25 %	258509990
92	NC_013200	GGCT	2	8	42837	42844	0 %	25 %	50 %	25 %	258509990
93	NC_013200	CATT	2	8	43222	43229	25 %	50 %	0 %	25 %	258509990
94	NC_013200	AATT	2	8	43236	43243	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_013200	TTTG	2	8	43436	43443	0 %	75 %	25 %	0 %	258509991
96	NC_013200	AACA	2	8	43565	43572	75 %	0 %	0 %	25 %	258509991
97	NC_013200	AACT	2	8	43631	43638	50 %	25 %	0 %	25 %	258509991
98	NC_013200	CATA	2	8	45466	45473	50 %	25 %	0 %	25 %	258509994
99	NC_013200	TGAT	2	8	45828	45835	25 %	50 %	25 %	0 %	258509994
100	NC_013200	AGCA	2	8	46640	46647	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
101	NC_013200	TACT	2	8	46872	46879	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
102	NC_013200	CTGA	2	8	47553	47560	25 %	25 %	25 %	25 %	258509996
103	NC_013200	AACT	2	8	47590	47597	50 %	25 %	0 %	25 %	258509996
104	NC_013200	GTCG	2	8	47688	47695	0 %	25 %	50 %	25 %	258509996
105	NC_013200	TAAA	2	8	48547	48554	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_013200	TTTG	2	8	48727	48734	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
107	NC_013200	TTGT	2	8	49836	49843	0 %	75 %	25 %	0 %	258510001
108	NC_013200	TGGA	2	8	50079	50086	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
109	NC_013200	TTTG	2	8	50174	50181	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
110	NC_013200	CAGG	2	8	50626	50633	25 %	0 %	50 %	25 %	258510002
111	NC_013200	CGAC	2	8	50943	50950	25 %	0 %	25 %	50 %	258510002
112	NC_013200	TGAG	2	8	51083	51090	25 %	25 %	50 %	0 %	258510002
113	NC_013200	ACGA	2	8	51092	51099	50 %	0 %	25 %	25 %	258510002
114	NC_013200	TGAC	2	8	51554	51561	25 %	25 %	25 %	25 %	258510003
115	NC_013200	CAGG	2	8	52084	52091	25 %	0 %	50 %	25 %	258510003
116	NC_013200	CATT	2	8	52508	52515	25 %	50 %	0 %	25 %	258510003
117	NC_013200	CAAA	2	8	52713	52720	75 %	0 %	0 %	25 %	258510003
118	NC_013200	AAAC	2	8	52785	52792	75 %	0 %	0 %	25 %	258510003
119	NC_013200	AAAG	2	8	54198	54205	75 %	0 %	25 %	0 %	258510004
120	NC_013200	GATT	2	8	54254	54261	25 %	50 %	25 %	0 %	258510004
121	NC_013200	CAAA	2	8	54425	54432	75 %	0 %	0 %	25 %	258510004
122	NC_013200	TGAG	2	8	54454	54461	25 %	25 %	50 %	0 %	258510004
123	NC_013200	TGGT	2	8	54556	54563	0 %	50 %	50 %	0 %	258510005
124	NC_013200	TGCA	2	8	54607	54614	25 %	25 %	25 %	25 %	258510005
125	NC_013200	CAAC	2	8	54695	54702	50 %	0 %	0 %	50 %	258510005
126	NC_013200	ACCA	2	8	56386	56393	50 %	0 %	0 %	50 %	258510010
127	NC_013200	TCTT	2	8	56659	56666	0 %	75 %	0 %	25 %	258510011
128	NC_013200	GTCA	2	8	56958	56965	25 %	25 %	25 %	25 %	258510011
129	NC_013200	TCTG	2	8	57371	57378	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
130	NC_013200	ACGA	2	8	58262	58269	50 %	0 %	25 %	25 %	258510012
131	NC_013200	AGTT	2	8	59280	59287	25 %	50 %	25 %	0 %	258510013
132	NC_013200	ATTG	2	8	59321	59328	25 %	50 %	25 %	0 %	258510013
133	NC_013200	ATAA	2	8	60246	60253	75 %	25 %	0 %	0 %	258510013
134	NC_013200	CAAT	2	8	60467	60474	50 %	25 %	0 %	25 %	258510013
135	NC_013200	TTCC	2	8	60924	60931	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
136	NC_013200	AGAA	2	8	61502	61509	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
137	NC_013200	AGTA	2	8	61690	61697	50 %	25 %	25 %	0 %	258510014
138	NC_013200	CAAG	2	8	61747	61754	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
139	NC_013200	TTGG	2	8	62017	62024	0 %	50 %	50 %	0 %	258510016
140	NC_013200	TGGC	2	8	62937	62944	0 %	25 %	50 %	25 %	258510018
141	NC_013200	CCCA	2	8	63645	63652	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
142	NC_013200	ATTG	2	8	63767	63774	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
143	NC_013200	GTCC	2	8	64068	64075	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
144	NC_013200	TAAA	2	8	64441	64448	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.