MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Lactobacillus casei str. Zhang plasmid plca36

Total Repeats: 107

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011352	TTTA	2	8	389	396	25 %	75 %	0 %	0 %	209401053
2	NC_011352	AAAG	2	8	1360	1367	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
3	NC_011352	TAAA	2	8	1677	1684	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_011352	GATA	2	8	1894	1901	50 %	25 %	25 %	0 %	209401011
5	NC_011352	TTGA	2	8	2162	2169	25 %	50 %	25 %	0 %	209401012
6	NC_011352	ACGG	2	8	2250	2257	25 %	0 %	50 %	25 %	209401012
7	NC_011352	GTTG	2	8	3249	3256	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_011352	AAAG	2	8	3324	3331	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
9	NC_011352	AAGG	2	8	3446	3453	50 %	0 %	50 %	0 %	209401015
10	NC_011352	GAAA	2	8	3560	3567	75 %	0 %	25 %	0 %	209401015
11	NC_011352	AGAA	2	8	3642	3649	75 %	0 %	25 %	0 %	209401015
12	NC_011352	CTAA	2	8	3752	3759	50 %	25 %	0 %	25 %	209401015
13	NC_011352	TCAA	2	8	3909	3916	50 %	25 %	0 %	25 %	209401015
14	NC_011352	GAAA	2	8	4058	4065	75 %	0 %	25 %	0 %	209401015
15	NC_011352	TAAT	2	8	4134	4141	50 %	50 %	0 %	0 %	209401015
16	NC_011352	TTAA	2	8	4289	4296	50 %	50 %	0 %	0 %	209401015
17	NC_011352	CTCA	2	8	4354	4361	25 %	25 %	0 %	50 %	209401015
18	NC_011352	TAAA	2	8	4380	4387	75 %	25 %	0 %	0 %	209401015
19	NC_011352	AATT	2	8	4461	4468	50 %	50 %	0 %	0 %	209401015
20	NC_011352	AACG	2	8	4514	4521	50 %	0 %	25 %	25 %	209401015
21	NC_011352	TATC	2	8	4991	4998	25 %	50 %	0 %	25 %	209401015
22	NC_011352	ACGA	2	8	5295	5302	50 %	0 %	25 %	25 %	209401015
23	NC_011352	CGGG	2	8	5772	5779	0 %	0 %	75 %	25 %	209401016
24	NC_011352	AGTT	2	8	5873	5880	25 %	50 %	25 %	0 %	209401017
25	NC_011352	GTGA	2	8	6103	6110	25 %	25 %	50 %	0 %	209401017
26	NC_011352	GCAG	2	8	6399	6406	25 %	0 %	50 %	25 %	209401017
27	NC_011352	TATT	2	8	6642	6649	25 %	75 %	0 %	0 %	209401018
28	NC_011352	GTAT	2	8	7257	7264	25 %	50 %	25 %	0 %	209401020
29	NC_011352	ATTT	2	8	7838	7845	25 %	75 %	0 %	0 %	209401021
30	NC_011352	AAAG	2	8	8470	8477	75 %	0 %	25 %	0 %	209401021
31	NC_011352	TGGG	2	8	8762	8769	0 %	25 %	75 %	0 %	209401021
32	NC_011352	TTGT	2	8	9319	9326	0 %	75 %	25 %	0 %	209401021
33	NC_011352	AGGA	2	8	9806	9813	50 %	0 %	50 %	0 %	209401021
34	NC_011352	TGAG	2	8	9930	9937	25 %	25 %	50 %	0 %	209401022
35	NC_011352	AGCA	2	8	9951	9958	50 %	0 %	25 %	25 %	209401022
36	NC_011352	ACGA	2	8	10539	10546	50 %	0 %	25 %	25 %	209401022
37	NC_011352	AAGA	2	8	11063	11070	75 %	0 %	25 %	0 %	209401022
38	NC_011352	AAAC	2	8	11620	11627	75 %	0 %	0 %	25 %	209401023
39	NC_011352	CAAA	2	8	11694	11701	75 %	0 %	0 %	25 %	209401023
40	NC_011352	CCAA	2	8	12574	12581	50 %	0 %	0 %	50 %	209401024
41	NC_011352	TTAA	2	8	13024	13031	50 %	50 %	0 %	0 %	209401024
42	NC_011352	AACC	2	8	13261	13268	50 %	0 %	0 %	50 %	209401025
43	NC_011352	ACCA	2	8	13348	13355	50 %	0 %	0 %	50 %	209401025
44	NC_011352	AACT	2	8	13505	13512	50 %	25 %	0 %	25 %	209401026
45	NC_011352	ATTA	2	8	13602	13609	50 %	50 %	0 %	0 %	209401026
46	NC_011352	AGCA	2	8	13663	13670	50 %	0 %	25 %	25 %	209401026
47	NC_011352	GAAA	2	8	13856	13863	75 %	0 %	25 %	0 %	209401026
48	NC_011352	GGCG	2	8	14533	14540	0 %	0 %	75 %	25 %	209401028
49	NC_011352	AGCC	2	8	15430	15437	25 %	0 %	25 %	50 %	209401028
50	NC_011352	ACTT	2	8	15618	15625	25 %	50 %	0 %	25 %	209401028
51	NC_011352	TTGA	2	8	15862	15869	25 %	50 %	25 %	0 %	209401029
52	NC_011352	TTAG	2	8	17016	17023	25 %	50 %	25 %	0 %	209401031
53	NC_011352	GAAC	2	8	17317	17324	50 %	0 %	25 %	25 %	209401031
54	NC_011352	TTAA	2	8	18138	18145	50 %	50 %	0 %	0 %	209401032
55	NC_011352	GCCA	2	8	18240	18247	25 %	0 %	25 %	50 %	209401032
56	NC_011352	AGCA	2	8	18688	18695	50 %	0 %	25 %	25 %	209401032
57	NC_011352	ATTG	2	8	19121	19128	25 %	50 %	25 %	0 %	209401032
58	NC_011352	TAAA	2	8	19243	19250	75 %	25 %	0 %	0 %	209401032
59	NC_011352	CAAG	2	8	19274	19281	50 %	0 %	25 %	25 %	209401032
60	NC_011352	GTTA	2	8	19346	19353	25 %	50 %	25 %	0 %	209401032
61	NC_011352	AGCA	2	8	20763	20770	50 %	0 %	25 %	25 %	209401034
62	NC_011352	CTTA	2	8	21317	21324	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
63	NC_011352	GTCG	2	8	22131	22138	0 %	25 %	50 %	25 %	209401035
64	NC_011352	TAAA	2	8	22992	22999	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_011352	AAAT	2	8	23072	23079	75 %	25 %	0 %	0 %	209401036
66	NC_011352	AATG	2	8	23465	23472	50 %	25 %	25 %	0 %	209401037
67	NC_011352	ATTA	2	8	23529	23536	50 %	50 %	0 %	0 %	209401037
68	NC_011352	AAAT	2	8	23572	23579	75 %	25 %	0 %	0 %	209401037
69	NC_011352	AAAT	2	8	23798	23805	75 %	25 %	0 %	0 %	209401037
70	NC_011352	ACTA	2	8	24068	24075	50 %	25 %	0 %	25 %	209401038
71	NC_011352	CCGG	2	8	24373	24380	0 %	0 %	50 %	50 %	209401039
72	NC_011352	GATT	2	8	24434	24441	25 %	50 %	25 %	0 %	209401039
73	NC_011352	CTAA	2	8	24917	24924	50 %	25 %	0 %	25 %	209401039
74	NC_011352	TTTG	2	8	25092	25099	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
75	NC_011352	CTTG	2	8	25567	25574	0 %	50 %	25 %	25 %	209401040
76	NC_011352	CTTG	2	8	25837	25844	0 %	50 %	25 %	25 %	209401040
77	NC_011352	TTGA	2	8	26147	26154	25 %	50 %	25 %	0 %	209401040
78	NC_011352	TTTA	2	8	26470	26477	25 %	75 %	0 %	0 %	209401040
79	NC_011352	ATGG	2	8	26610	26617	25 %	25 %	50 %	0 %	209401040
80	NC_011352	TTTC	2	8	26762	26769	0 %	75 %	0 %	25 %	209401040
81	NC_011352	GATA	2	8	26886	26893	50 %	25 %	25 %	0 %	209401040
82	NC_011352	AAGC	2	8	28397	28404	50 %	0 %	25 %	25 %	209401041
83	NC_011352	AATT	2	8	28894	28901	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_011352	GAAA	2	8	29713	29720	75 %	0 %	25 %	0 %	209401043
85	NC_011352	TTAA	2	8	29729	29736	50 %	50 %	0 %	0 %	209401043
86	NC_011352	AAAG	2	8	29803	29810	75 %	0 %	25 %	0 %	209401043
87	NC_011352	TGGT	2	8	30006	30013	0 %	50 %	50 %	0 %	209401043
88	NC_011352	AAAT	2	8	30699	30706	75 %	25 %	0 %	0 %	209401044
89	NC_011352	ATGT	2	8	30753	30760	25 %	50 %	25 %	0 %	209401044
90	NC_011352	TAAC	2	8	30858	30865	50 %	25 %	0 %	25 %	209401044
91	NC_011352	CTTC	2	8	32485	32492	0 %	50 %	0 %	50 %	209401046
92	NC_011352	CATC	2	8	32575	32582	25 %	25 %	0 %	50 %	209401046
93	NC_011352	TTTC	2	8	32677	32684	0 %	75 %	0 %	25 %	209401046
94	NC_011352	TAAC	2	8	32732	32739	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_011352	AATT	2	8	32965	32972	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_011352	CCGA	2	8	32979	32986	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
97	NC_011352	GGGC	2	8	33020	33027	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
98	NC_011352	GTAG	2	8	33039	33046	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
99	NC_011352	TCTT	2	8	33678	33685	0 %	75 %	0 %	25 %	209401047
100	NC_011352	ATTT	2	8	33986	33993	25 %	75 %	0 %	0 %	209401048
101	NC_011352	TCAG	2	8	34231	34238	25 %	25 %	25 %	25 %	209401049
102	NC_011352	CTTT	2	8	34401	34408	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
103	NC_011352	TGAT	2	8	34618	34625	25 %	50 %	25 %	0 %	209401050
104	NC_011352	AGAA	2	8	35594	35601	75 %	0 %	25 %	0 %	209401052
105	NC_011352	CAAA	2	8	35620	35627	75 %	0 %	0 %	25 %	209401052
106	NC_011352	CAGC	2	8	36113	36120	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
107	NC_011352	AATG	2	8	36371	36378	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.