MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Leptospira borgpetersenii serovar Hardjo-bovis L550 chromosome chromosome 2

Total Repeats: 291

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008509	ACTCA	2	10	679	688	40 %	20 %	0 %	40 %	116329557
2	NC_008509	CAAAA	2	10	1071	1080	80 %	0 %	0 %	20 %	116329558
3	NC_008509	TTCGA	2	10	3240	3249	20 %	40 %	20 %	20 %	116329560
4	NC_008509	TCATT	2	10	5932	5941	20 %	60 %	0 %	20 %	116329561
5	NC_008509	TATCG	2	10	7203	7212	20 %	40 %	20 %	20 %	116329562
6	NC_008509	TTTTC	2	10	8548	8557	0 %	80 %	0 %	20 %	116329563
7	NC_008509	TTCCC	2	10	10336	10345	0 %	40 %	0 %	60 %	116329566
8	NC_008509	CCGTT	2	10	12017	12026	0 %	40 %	20 %	40 %	116329567
9	NC_008509	GATTC	2	10	12177	12186	20 %	40 %	20 %	20 %	116329567
10	NC_008509	GAATC	2	10	14207	14216	40 %	20 %	20 %	20 %	116329569
11	NC_008509	AATCG	2	10	14471	14480	40 %	20 %	20 %	20 %	116329569
12	NC_008509	CGGAG	2	10	14977	14986	20 %	0 %	60 %	20 %	116329570
13	NC_008509	CGATC	2	10	15664	15673	20 %	20 %	20 %	40 %	116329571
14	NC_008509	CGGAT	2	10	17097	17106	20 %	20 %	40 %	20 %	116329572
15	NC_008509	CAAAA	2	10	18120	18129	80 %	0 %	0 %	20 %	116329573
16	NC_008509	GAAAG	2	10	18174	18183	60 %	0 %	40 %	0 %	116329573
17	NC_008509	CCCTA	2	10	20424	20433	20 %	20 %	0 %	60 %	116329575
18	NC_008509	TTTTG	2	10	20827	20836	0 %	80 %	20 %	0 %	116329575
19	NC_008509	TGTTT	2	10	21858	21867	0 %	80 %	20 %	0 %	116329576
20	NC_008509	CCCTA	2	10	22496	22505	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
21	NC_008509	GGAAA	2	10	22714	22723	60 %	0 %	40 %	0 %	116329577
22	NC_008509	AAGAA	2	10	23904	23913	80 %	0 %	20 %	0 %	116329578
23	NC_008509	ATTTT	2	10	26442	26451	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008509	ATTGG	2	10	26488	26497	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
25	NC_008509	ATACT	2	10	29506	29515	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_008509	AGGAA	2	10	30437	30446	60 %	0 %	40 %	0 %	116329582
27	NC_008509	AAAAC	2	10	32652	32661	80 %	0 %	0 %	20 %	116329585
28	NC_008509	AGAAA	2	10	32756	32765	80 %	0 %	20 %	0 %	116329585
29	NC_008509	AAATC	2	10	32941	32950	60 %	20 %	0 %	20 %	116329585
30	NC_008509	GAAAA	2	10	33202	33211	80 %	0 %	20 %	0 %	116329586
31	NC_008509	ATTTC	2	10	34785	34794	20 %	60 %	0 %	20 %	116329587
32	NC_008509	CGATA	2	10	36756	36765	40 %	20 %	20 %	20 %	116329590
33	NC_008509	GTGTT	2	10	37432	37441	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008509	TGTGA	2	10	37456	37465	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
35	NC_008509	TTTCG	2	10	38724	38733	0 %	60 %	20 %	20 %	116329591
36	NC_008509	CAAAA	2	10	38874	38883	80 %	0 %	0 %	20 %	116329591
37	NC_008509	CGATC	2	10	39645	39654	20 %	20 %	20 %	40 %	116329592
38	NC_008509	TTTTC	2	10	39714	39723	0 %	80 %	0 %	20 %	116329592
39	NC_008509	AAAGG	2	10	40689	40698	60 %	0 %	40 %	0 %	116329593
40	NC_008509	GATCA	2	10	40839	40848	40 %	20 %	20 %	20 %	116329593
41	NC_008509	ATGTA	2	10	41953	41962	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008509	ATTTT	2	10	42884	42893	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008509	CGATT	2	10	46988	46997	20 %	40 %	20 %	20 %	116329596
44	NC_008509	TAAAA	2	10	49101	49110	80 %	20 %	0 %	0 %	116329599
45	NC_008509	AGGAG	2	10	51119	51128	40 %	0 %	60 %	0 %	116329601
46	NC_008509	CGATT	2	10	51304	51313	20 %	40 %	20 %	20 %	116329601
47	NC_008509	TCCGT	2	10	53136	53145	0 %	40 %	20 %	40 %	116329602
48	NC_008509	CGTTC	2	10	54016	54025	0 %	40 %	20 %	40 %	116329602
49	NC_008509	AATTC	2	10	55624	55633	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_008509	ATCTA	2	10	57870	57879	40 %	40 %	0 %	20 %	116329607
51	NC_008509	TCGAA	2	10	58319	58328	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_008509	GAAAG	2	10	58462	58471	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
53	NC_008509	GTTTT	2	10	58914	58923	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008509	CGGTT	2	10	59140	59149	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
55	NC_008509	TTGTA	2	10	59934	59943	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_008509	AAGAT	2	10	60043	60052	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_008509	TTATG	2	10	62188	62197	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_008509	GAAAG	2	10	65450	65459	60 %	0 %	40 %	0 %	116329613
59	NC_008509	TACTT	2	10	66935	66944	20 %	60 %	0 %	20 %	116329614
60	NC_008509	TCATC	2	10	68402	68411	20 %	40 %	0 %	40 %	116329615
61	NC_008509	GAGTA	2	10	70712	70721	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
62	NC_008509	AAATC	2	10	71033	71042	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_008509	GATTT	2	10	71682	71691	20 %	60 %	20 %	0 %	116329617
64	NC_008509	TAATT	2	10	72699	72708	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_008509	ATTTT	2	10	73261	73270	20 %	80 %	0 %	0 %	116329618
66	NC_008509	AAATT	2	10	73342	73351	60 %	40 %	0 %	0 %	116329618
67	NC_008509	TTGGA	2	10	73611	73620	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
68	NC_008509	TTTTA	2	10	74472	74481	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_008509	CTTCT	2	10	75271	75280	0 %	60 %	0 %	40 %	116329620
70	NC_008509	ATTTT	2	10	76646	76655	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_008509	TTTTG	2	10	78640	78649	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_008509	GAAAA	2	10	79123	79132	80 %	0 %	20 %	0 %	116329622
73	NC_008509	TCAAA	2	10	79237	79246	60 %	20 %	0 %	20 %	116329622
74	NC_008509	ATTTC	2	10	80541	80550	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_008509	TCTTT	2	10	80754	80763	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_008509	TTATA	2	10	84146	84155	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_008509	AAAAC	2	10	84780	84789	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_008509	AATTA	2	10	85904	85913	60 %	40 %	0 %	0 %	116329625
79	NC_008509	AAAGC	2	10	87975	87984	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_008509	TTTGA	2	10	90249	90258	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_008509	CTTTT	2	10	90362	90371	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_008509	GATCT	2	10	90737	90746	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_008509	CTTTT	2	10	93923	93932	0 %	80 %	0 %	20 %	116329627
84	NC_008509	GCTTC	2	10	94022	94031	0 %	40 %	20 %	40 %	116329627
85	NC_008509	ATTTC	2	10	94073	94082	20 %	60 %	0 %	20 %	116329627
86	NC_008509	TTTCG	2	10	95044	95053	0 %	60 %	20 %	20 %	116329628
87	NC_008509	ATTTT	2	10	95274	95283	20 %	80 %	0 %	0 %	116329628
88	NC_008509	GTTTT	2	10	96121	96130	0 %	80 %	20 %	0 %	116329628
89	NC_008509	CCGAT	2	10	96329	96338	20 %	20 %	20 %	40 %	116329628
90	NC_008509	AGGGT	2	10	97127	97136	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
91	NC_008509	TATGA	2	10	97521	97530	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_008509	CAACA	2	10	99005	99014	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
93	NC_008509	TTTCT	2	10	99400	99409	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_008509	GGTGC	2	10	101724	101733	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
95	NC_008509	TAACT	2	10	103539	103548	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_008509	ATTGC	2	10	105669	105678	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_008509	GAGCC	2	10	105783	105792	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
98	NC_008509	AGGAA	2	10	106712	106721	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
99	NC_008509	CATTC	2	10	107031	107040	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
100	NC_008509	AGAGG	2	10	107949	107958	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
101	NC_008509	TGTCG	2	10	108143	108152	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
102	NC_008509	GGAAA	2	10	108691	108700	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
103	NC_008509	TAAAT	2	10	109166	109175	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_008509	TCATT	2	10	109666	109675	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_008509	CTTTT	2	10	109955	109964	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_008509	CAAAA	2	10	110216	110225	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_008509	GAAAG	2	10	110877	110886	60 %	0 %	40 %	0 %	116329632
108	NC_008509	GATTT	2	10	111192	111201	20 %	60 %	20 %	0 %	116329632
109	NC_008509	AAAAC	2	10	112850	112859	80 %	0 %	0 %	20 %	116329633
110	NC_008509	CGAGA	2	10	114500	114509	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
111	NC_008509	GAATA	2	10	115537	115546	60 %	20 %	20 %	0 %	116329636
112	NC_008509	TAAAG	2	10	117822	117831	60 %	20 %	20 %	0 %	116329639
113	NC_008509	GGAAA	2	10	122245	122254	60 %	0 %	40 %	0 %	116329641
114	NC_008509	TTTCA	2	10	123394	123403	20 %	60 %	0 %	20 %	116329642
115	NC_008509	TACGA	2	10	123893	123902	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
116	NC_008509	TTGAA	2	10	123912	123921	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_008509	AGAAC	2	10	124922	124931	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_008509	AGCGA	2	10	126420	126429	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
119	NC_008509	TTTCG	2	10	126811	126820	0 %	60 %	20 %	20 %	116329645
120	NC_008509	TAGAT	2	10	127036	127045	40 %	40 %	20 %	0 %	116329645
121	NC_008509	TTCTT	2	10	127776	127785	0 %	80 %	0 %	20 %	116329645
122	NC_008509	GATTC	2	10	128765	128774	20 %	40 %	20 %	20 %	116329646
123	NC_008509	TCCTT	2	10	128807	128816	0 %	60 %	0 %	40 %	116329646
124	NC_008509	AGGGA	2	10	131515	131524	40 %	0 %	60 %	0 %	116329648
125	NC_008509	GAAGT	2	10	131909	131918	40 %	20 %	40 %	0 %	116329648
126	NC_008509	ACCTT	2	10	132060	132069	20 %	40 %	0 %	40 %	116329649
127	NC_008509	GATGC	2	10	133098	133107	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
128	NC_008509	GGGGC	2	10	135263	135272	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
129	NC_008509	TTTGA	2	10	137381	137390	20 %	60 %	20 %	0 %	116329652
130	NC_008509	CTTTT	2	10	137494	137503	0 %	80 %	0 %	20 %	116329652
131	NC_008509	AGTTG	2	10	137800	137809	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
132	NC_008509	TCAAT	2	10	139650	139659	40 %	40 %	0 %	20 %	116329654
133	NC_008509	CAAAT	2	10	139928	139937	60 %	20 %	0 %	20 %	116329654
134	NC_008509	TGTTC	2	10	141207	141216	0 %	60 %	20 %	20 %	116329656
135	NC_008509	GGAAG	2	10	142401	142410	40 %	0 %	60 %	0 %	116329657
136	NC_008509	TCGAA	2	10	143438	143447	40 %	20 %	20 %	20 %	116329658
137	NC_008509	TTTTC	2	10	144248	144257	0 %	80 %	0 %	20 %	116329658
138	NC_008509	AATTC	2	10	145033	145042	40 %	40 %	0 %	20 %	116329658
139	NC_008509	ATTTT	2	10	145087	145096	20 %	80 %	0 %	0 %	116329659
140	NC_008509	GGAAA	2	10	146667	146676	60 %	0 %	40 %	0 %	116329660
141	NC_008509	ATCGA	2	10	149323	149332	40 %	20 %	20 %	20 %	116329663
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275	NC_008509	TTTAG	2	10	301667	301676	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.