MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Lactobacillus casei ATCC 334 plasmid 1

Total Repeats: 389

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008502	CAA	2	6	20	25	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_008502	CAG	2	6	33	38	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_008502	TTG	2	6	74	79	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008502	TGC	2	6	169	174	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_008502	GGT	2	6	184	189	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008502	ATG	2	6	280	285	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_008502	TCA	2	6	338	343	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_008502	GCA	2	6	425	430	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116326659
9	NC_008502	ACA	2	6	465	470	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	116326659
10	NC_008502	CCA	2	6	514	519	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	116326659
11	NC_008502	TGA	2	6	705	710	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326659
12	NC_008502	AAT	2	6	739	744	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116326659
13	NC_008502	ATC	2	6	754	759	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116326659
14	NC_008502	AGC	2	6	973	978	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116326659
15	NC_008502	CAG	2	6	987	992	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116326659
16	NC_008502	ATT	2	6	1177	1182	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116326659
17	NC_008502	GGC	2	6	1189	1194	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	116326659
18	NC_008502	TAA	2	6	1204	1209	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116326659
19	NC_008502	GTT	2	6	1211	1216	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116326659
20	NC_008502	CAT	2	6	1227	1232	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116326659
21	NC_008502	GTA	2	6	1367	1372	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326659
22	NC_008502	AAT	2	6	1492	1497	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116326659
23	NC_008502	TCT	2	6	1550	1555	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116326659
24	NC_008502	TTG	2	6	1658	1663	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116326659
25	NC_008502	CAC	2	6	1668	1673	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	116326659
26	NC_008502	GCA	2	6	1706	1711	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116326659
27	NC_008502	TAA	2	6	1758	1763	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116326659
28	NC_008502	CTT	2	6	1836	1841	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116326659
29	NC_008502	GCC	2	6	1889	1894	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	116326659
30	NC_008502	AAG	2	6	2018	2023	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116326659
31	NC_008502	TTG	2	6	2024	2029	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116326659
32	NC_008502	TCA	2	6	2088	2093	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116326659
33	NC_008502	GAT	2	6	2182	2187	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326659
34	NC_008502	CAA	2	6	2193	2198	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	116326659
35	NC_008502	CAT	2	6	2317	2322	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116326659
36	NC_008502	CAT	3	9	2335	2343	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116326659
37	NC_008502	TCA	2	6	2522	2527	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116326659
38	NC_008502	ATT	2	6	2554	2559	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116326659
39	NC_008502	CCA	2	6	2712	2717	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
40	NC_008502	GCA	2	6	2832	2837	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_008502	TTG	2	6	3001	3006	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116326660
42	NC_008502	CAA	2	6	3076	3081	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	116326660
43	NC_008502	GCC	2	6	3107	3112	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	116326660
44	NC_008502	TGC	2	6	3114	3119	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116326660
45	NC_008502	GTT	2	6	3162	3167	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116326660
46	NC_008502	TTA	2	6	3352	3357	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008502	AAT	2	6	3376	3381	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_008502	ATA	2	6	3428	3433	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_008502	CTG	2	6	3533	3538	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_008502	GAG	2	6	3567	3572	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_008502	CGT	2	6	3666	3671	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_008502	TAC	2	6	3713	3718	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_008502	CGT	2	6	3887	3892	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_008502	TTG	2	6	3899	3904	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008502	GGC	2	6	3954	3959	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_008502	TGG	2	6	4121	4126	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_008502	CTG	2	6	4193	4198	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_008502	CGT	2	6	4326	4331	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_008502	TAC	2	6	4373	4378	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_008502	CGT	2	6	4548	4553	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_008502	TTG	2	6	4560	4565	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116326661
62	NC_008502	GGC	2	6	4616	4621	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	116326661
63	NC_008502	TGG	2	6	4783	4788	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	116326661
64	NC_008502	GAC	2	6	4840	4845	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116326661
65	NC_008502	CAG	2	6	4971	4976	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116326661
66	NC_008502	CGC	2	6	5100	5105	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
67	NC_008502	ACA	2	6	5298	5303	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_008502	CGC	2	6	5316	5321	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
69	NC_008502	TAA	2	6	5325	5330	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_008502	AAC	2	6	5331	5336	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_008502	GAG	2	6	5355	5360	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_008502	ATT	2	6	5470	5475	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_008502	GGA	2	6	5507	5512	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_008502	ATG	3	9	5548	5556	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_008502	TCA	2	6	5621	5626	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_008502	TCA	2	6	5643	5648	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_008502	CTT	2	6	5703	5708	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_008502	CAG	2	6	5823	5828	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_008502	TCT	2	6	5882	5887	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_008502	TAG	2	6	5889	5894	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_008502	CAT	2	6	5896	5901	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_008502	ATG	2	6	5956	5961	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326662
83	NC_008502	GAA	2	6	6033	6038	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116326662
84	NC_008502	CAT	2	6	6122	6127	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116326662
85	NC_008502	GTC	2	6	6343	6348	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116326662
86	NC_008502	ATT	2	6	6477	6482	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116326662
87	NC_008502	CAA	2	6	6488	6493	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	116326662
88	NC_008502	TCA	2	6	6514	6519	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116326662
89	NC_008502	TGA	2	6	6559	6564	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326662
90	NC_008502	CGG	2	6	6668	6673	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	116326662
91	NC_008502	CCA	2	6	6788	6793	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	116326662
92	NC_008502	TTG	2	6	6867	6872	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116326662
93	NC_008502	TTC	2	6	6927	6932	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116326662
94	NC_008502	GTC	2	6	6960	6965	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116326662
95	NC_008502	ATG	2	6	7023	7028	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326662
96	NC_008502	ATG	2	6	7050	7055	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326662
97	NC_008502	GGC	2	6	7056	7061	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	116326662
98	NC_008502	TCA	2	6	7198	7203	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116326662
99	NC_008502	GAT	2	6	7208	7213	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326662
100	NC_008502	TGG	2	6	7298	7303	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	116326662
101	NC_008502	CGG	2	6	7322	7327	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	116326662
102	NC_008502	TAA	2	6	7375	7380	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_008502	CCT	2	6	7381	7386	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
104	NC_008502	CAA	2	6	7411	7416	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	116326663
105	NC_008502	TTG	2	6	7437	7442	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116326663
106	NC_008502	GTT	2	6	7467	7472	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116326663
107	NC_008502	GCG	2	6	7537	7542	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	116326663
108	NC_008502	CCA	3	9	7671	7679	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	116326663
109	NC_008502	TCG	2	6	7770	7775	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116326663
110	NC_008502	CGT	2	6	7849	7854	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116326663
111	NC_008502	TTC	2	6	7880	7885	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116326663
112	NC_008502	CAT	2	6	8039	8044	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116326663
113	NC_008502	GAA	2	6	8120	8125	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116326663
114	NC_008502	ATG	2	6	8244	8249	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326663
115	NC_008502	ACC	2	6	8256	8261	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	116326663
116	NC_008502	CCA	2	6	8277	8282	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	116326663
117	NC_008502	TGC	2	6	8349	8354	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116326663
118	NC_008502	GCT	2	6	8361	8366	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116326663
119	NC_008502	ACA	2	6	8388	8393	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	116326663
120	NC_008502	AGA	2	6	8434	8439	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116326663
121	NC_008502	GCG	2	6	8497	8502	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	116326663
122	NC_008502	GTA	2	6	8681	8686	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326663
123	NC_008502	CAT	2	6	9002	9007	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116326663
124	NC_008502	GAT	3	9	9023	9031	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326663
125	NC_008502	AGC	2	6	9080	9085	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116326663
126	NC_008502	TCC	2	6	9139	9144	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
127	NC_008502	GAT	2	6	9314	9319	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326664
128	NC_008502	TAG	2	6	9519	9524	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326664
129	NC_008502	TGA	2	6	9552	9557	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326664
130	NC_008502	CTT	2	6	9568	9573	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116326664
131	NC_008502	AAT	2	6	9893	9898	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116326664
132	NC_008502	GTC	2	6	9909	9914	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116326664
133	NC_008502	TCT	2	6	9988	9993	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116326664
134	NC_008502	GTT	3	9	10097	10105	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116326664
135	NC_008502	TCA	2	6	10134	10139	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_008502	CAA	2	6	10244	10249	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_008502	AGG	2	6	10492	10497	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
138	NC_008502	CAA	2	6	10584	10589	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_008502	CGA	2	6	10616	10621	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_008502	TGC	2	6	10718	10723	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_008502	TTG	2	6	10768	10773	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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149	NC_008502	GTA	2	6	11431	11436	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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151	NC_008502	CTC	2	6	11577	11582	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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153	NC_008502	TAA	2	6	12086	12091	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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262	NC_008502	CTT	2	6	19818	19823	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116326671
263	NC_008502	AAT	2	6	19832	19837	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116326671
264	NC_008502	CTT	2	6	19874	19879	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116326671
265	NC_008502	CAC	2	6	19933	19938	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
266	NC_008502	TGT	2	6	19966	19971	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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268	NC_008502	TCT	2	6	20066	20071	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
269	NC_008502	ATT	2	6	20168	20173	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
270	NC_008502	ATT	2	6	20181	20186	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
271	NC_008502	AAG	2	6	20224	20229	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
272	NC_008502	AAC	2	6	20281	20286	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
273	NC_008502	ATT	2	6	20301	20306	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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275	NC_008502	TAA	2	6	20700	20705	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
276	NC_008502	CTT	2	6	20871	20876	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
277	NC_008502	TTC	2	6	21006	21011	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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280	NC_008502	CTT	2	6	21068	21073	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
281	NC_008502	CGA	2	6	21123	21128	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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283	NC_008502	CAA	2	6	21344	21349	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
284	NC_008502	ATC	2	6	21417	21422	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
285	NC_008502	TAC	3	9	21499	21507	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
286	NC_008502	TAC	2	6	21513	21518	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
287	NC_008502	TAT	2	6	21642	21647	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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289	NC_008502	TCT	2	6	21774	21779	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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294	NC_008502	GTC	2	6	21953	21958	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
295	NC_008502	TGA	2	6	21984	21989	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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388	NC_008502	TAC	2	6	28831	28836	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
389	NC_008502	CAT	2	6	29025	29030	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.