MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Lawsonia intracellularis PHE/MN1-00 plasmid 3

Total Repeats: 5697

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_008014	ACA	2	6	19526	19531	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972412
502	NC_008014	GTA	2	6	19571	19576	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972412
503	NC_008014	ATC	2	6	19597	19602	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972412
504	NC_008014	ACA	2	6	19634	19639	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972412
505	NC_008014	CTT	2	6	19656	19661	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972412
506	NC_008014	CTTG	2	8	19701	19708	0 %	50 %	25 %	25 %	94972412
507	NC_008014	TTC	2	6	19714	19719	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972412
508	NC_008014	CTT	2	6	19725	19730	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972412
509	NC_008014	AGG	2	6	19738	19743	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	94972412
510	NC_008014	GTT	2	6	19758	19763	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972412
511	NC_008014	T	6	6	19770	19775	0 %	100 %	0 %	0 %	94972412
512	NC_008014	CTG	2	6	19809	19814	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94972412
513	NC_008014	TAT	2	6	19855	19860	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972412
514	NC_008014	TGG	2	6	19895	19900	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
515	NC_008014	CTT	2	6	19915	19920	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
516	NC_008014	AAT	2	6	19929	19934	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
517	NC_008014	ATAGA	2	10	19960	19969	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
518	NC_008014	CTG	2	6	19993	19998	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94972413
519	NC_008014	TTGT	2	8	20018	20025	0 %	75 %	25 %	0 %	94972413
520	NC_008014	A	6	6	20063	20068	100 %	0 %	0 %	0 %	94972413
521	NC_008014	A	6	6	20072	20077	100 %	0 %	0 %	0 %	94972413
522	NC_008014	ACAA	2	8	20081	20088	75 %	0 %	0 %	25 %	94972413
523	NC_008014	AG	3	6	20166	20171	50 %	0 %	50 %	0 %	94972413
524	NC_008014	AAT	2	6	20186	20191	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972413
525	NC_008014	CA	3	6	20218	20223	50 %	0 %	0 %	50 %	94972413
526	NC_008014	AGT	2	6	20272	20277	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972413
527	NC_008014	TTA	2	6	20290	20295	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972413
528	NC_008014	GTT	2	6	20310	20315	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972413
529	NC_008014	ATAA	2	8	20316	20323	75 %	25 %	0 %	0 %	94972413
530	NC_008014	ATC	2	6	20328	20333	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972413
531	NC_008014	GAT	2	6	20371	20376	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972413
532	NC_008014	AT	3	6	20406	20411	50 %	50 %	0 %	0 %	94972413
533	NC_008014	AGT	2	6	20451	20456	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972413
534	NC_008014	GTAA	2	8	20490	20497	50 %	25 %	25 %	0 %	94972413
535	NC_008014	AG	3	6	20525	20530	50 %	0 %	50 %	0 %	94972413
536	NC_008014	ATT	2	6	20675	20680	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972413
537	NC_008014	CCA	2	6	20682	20687	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94972413
538	NC_008014	A	6	6	20693	20698	100 %	0 %	0 %	0 %	94972413
539	NC_008014	AG	4	8	20721	20728	50 %	0 %	50 %	0 %	94972413
540	NC_008014	TTGT	2	8	20729	20736	0 %	75 %	25 %	0 %	94972413
541	NC_008014	TAAA	2	8	20737	20744	75 %	25 %	0 %	0 %	94972413
542	NC_008014	A	6	6	20742	20747	100 %	0 %	0 %	0 %	94972413
543	NC_008014	AAT	2	6	20774	20779	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972413
544	NC_008014	A	6	6	20785	20790	100 %	0 %	0 %	0 %	94972413
545	NC_008014	ATA	2	6	20794	20799	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972413
546	NC_008014	ATAA	2	8	20870	20877	75 %	25 %	0 %	0 %	94972413
547	NC_008014	TAGA	2	8	20935	20942	50 %	25 %	25 %	0 %	94972413
548	NC_008014	TGC	2	6	20949	20954	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94972413
549	NC_008014	TAA	2	6	21053	21058	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972414
550	NC_008014	GATA	2	8	21083	21090	50 %	25 %	25 %	0 %	94972414
551	NC_008014	ACA	2	6	21336	21341	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972414
552	NC_008014	AAT	2	6	21402	21407	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972414
553	NC_008014	TCA	2	6	21436	21441	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972414
554	NC_008014	A	6	6	21443	21448	100 %	0 %	0 %	0 %	94972414
555	NC_008014	AAC	2	6	21474	21479	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972414
556	NC_008014	T	6	6	21489	21494	0 %	100 %	0 %	0 %	94972414
557	NC_008014	TCCA	2	8	21609	21616	25 %	25 %	0 %	50 %	94972414
558	NC_008014	AAT	2	6	21678	21683	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
559	NC_008014	ATTT	2	8	21710	21717	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
560	NC_008014	TA	3	6	21768	21773	50 %	50 %	0 %	0 %	94972415
561	NC_008014	T	6	6	21828	21833	0 %	100 %	0 %	0 %	94972415
562	NC_008014	TGT	2	6	21877	21882	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972415
563	NC_008014	TAT	2	6	21912	21917	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972415
564	NC_008014	TGC	3	9	21948	21956	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94972415
565	NC_008014	A	6	6	21964	21969	100 %	0 %	0 %	0 %	94972415
566	NC_008014	TTTC	2	8	21982	21989	0 %	75 %	0 %	25 %	94972415
567	NC_008014	TTA	2	6	22084	22089	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972415
568	NC_008014	T	6	6	22096	22101	0 %	100 %	0 %	0 %	94972415
569	NC_008014	A	7	7	22164	22170	100 %	0 %	0 %	0 %	94972415
570	NC_008014	CTT	2	6	22181	22186	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972415
571	NC_008014	GAA	2	6	22217	22222	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972415
572	NC_008014	TCT	2	6	22231	22236	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972415
573	NC_008014	ATA	2	6	22272	22277	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972415
574	NC_008014	A	6	6	22308	22313	100 %	0 %	0 %	0 %	94972415
575	NC_008014	CAG	2	6	22316	22321	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94972415
576	NC_008014	AAGT	2	8	22379	22386	50 %	25 %	25 %	0 %	94972416
577	NC_008014	AAC	2	6	22391	22396	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972416
578	NC_008014	CTA	2	6	22438	22443	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972416
579	NC_008014	ATG	2	6	22449	22454	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972416
580	NC_008014	CTT	2	6	22525	22530	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972416
581	NC_008014	T	7	7	22569	22575	0 %	100 %	0 %	0 %	94972416
582	NC_008014	CCA	2	6	22587	22592	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94972416
583	NC_008014	GAA	2	6	22656	22661	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972416
584	NC_008014	CCAT	2	8	22664	22671	25 %	25 %	0 %	50 %	94972416
585	NC_008014	CAT	3	9	22669	22677	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972416
586	NC_008014	TGT	2	6	22702	22707	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972416
587	NC_008014	CCT	2	6	22779	22784	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	94972416
588	NC_008014	A	6	6	22796	22801	100 %	0 %	0 %	0 %	94972416
589	NC_008014	TCC	2	6	22808	22813	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	94972416
590	NC_008014	TTG	2	6	22837	22842	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972416
591	NC_008014	TTG	2	6	22892	22897	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972416
592	NC_008014	TA	3	6	22925	22930	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
593	NC_008014	AGA	2	6	22967	22972	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
594	NC_008014	AACTA	2	10	22987	22996	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
595	NC_008014	TAGT	2	8	23005	23012	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
596	NC_008014	TAGC	2	8	23015	23022	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
597	NC_008014	CTA	2	6	23028	23033	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
598	NC_008014	GAT	2	6	23088	23093	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
599	NC_008014	TA	3	6	23135	23140	50 %	50 %	0 %	0 %	94972417
600	NC_008014	TCT	2	6	23154	23159	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972417
601	NC_008014	AAAAG	2	10	23174	23183	80 %	0 %	20 %	0 %	94972417
602	NC_008014	T	6	6	23186	23191	0 %	100 %	0 %	0 %	94972417
603	NC_008014	T	8	8	23247	23254	0 %	100 %	0 %	0 %	94972417
604	NC_008014	GATA	2	8	23343	23350	50 %	25 %	25 %	0 %	94972417
605	NC_008014	GT	3	6	23393	23398	0 %	50 %	50 %	0 %	94972417
606	NC_008014	ATT	2	6	23420	23425	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972417
607	NC_008014	TAA	2	6	23426	23431	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972417
608	NC_008014	AGC	2	6	23453	23458	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94972417
609	NC_008014	AAT	2	6	23550	23555	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972417
610	NC_008014	GAA	2	6	23568	23573	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972417
611	NC_008014	T	7	7	23621	23627	0 %	100 %	0 %	0 %	94972417
612	NC_008014	ATT	2	6	23630	23635	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972417
613	NC_008014	T	6	6	23665	23670	0 %	100 %	0 %	0 %	94972417
614	NC_008014	TGGT	2	8	23717	23724	0 %	50 %	50 %	0 %	94972417
615	NC_008014	ACA	2	6	23760	23765	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972417
616	NC_008014	AT	3	6	23806	23811	50 %	50 %	0 %	0 %	94972417
617	NC_008014	TTG	2	6	23827	23832	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972417
618	NC_008014	TCA	2	6	23836	23841	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972417
619	NC_008014	TAAT	2	8	23883	23890	50 %	50 %	0 %	0 %	94972417
620	NC_008014	CAG	2	6	23971	23976	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94972417
621	NC_008014	TAAA	2	8	24075	24082	75 %	25 %	0 %	0 %	94972417
622	NC_008014	TCC	2	6	24131	24136	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	94972417
623	NC_008014	CAA	2	6	24151	24156	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972417
624	NC_008014	TTG	2	6	24185	24190	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972417
625	NC_008014	T	6	6	24198	24203	0 %	100 %	0 %	0 %	94972417
626	NC_008014	T	8	8	24264	24271	0 %	100 %	0 %	0 %	94972417
627	NC_008014	AAG	2	6	24302	24307	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972417
628	NC_008014	TTTC	2	8	24319	24326	0 %	75 %	0 %	25 %	94972417
629	NC_008014	GA	3	6	24439	24444	50 %	0 %	50 %	0 %	94972417
630	NC_008014	ATT	2	6	24455	24460	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972417
631	NC_008014	TAAG	3	12	24462	24473	50 %	25 %	25 %	0 %	94972417
632	NC_008014	ATA	2	6	24477	24482	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972417
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