MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Lawsonia intracellularis PHE/MN1-00 plasmid 3

Total Repeats: 5697

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
5501	NC_008014	TAT	2	6	187391	187396	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972499
5502	NC_008014	AAC	2	6	187397	187402	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972499
5503	NC_008014	A	6	6	187436	187441	100 %	0 %	0 %	0 %	94972499
5504	NC_008014	T	7	7	187507	187513	0 %	100 %	0 %	0 %	94972499
5505	NC_008014	TTA	2	6	187560	187565	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972499
5506	NC_008014	GTAT	2	8	187566	187573	25 %	50 %	25 %	0 %	94972499
5507	NC_008014	GA	3	6	187593	187598	50 %	0 %	50 %	0 %	94972499
5508	NC_008014	CA	9	18	187616	187633	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
5509	NC_008014	CT	7	14	187634	187647	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
5510	NC_008014	T	8	8	187670	187677	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5511	NC_008014	TCT	2	6	187682	187687	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5512	NC_008014	TAT	2	6	187751	187756	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5513	NC_008014	TAT	2	6	187763	187768	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5514	NC_008014	AGA	2	6	187814	187819	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5515	NC_008014	TAA	2	6	187836	187841	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5516	NC_008014	TTTTA	2	10	187848	187857	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
5517	NC_008014	TTA	2	6	187902	187907	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5518	NC_008014	T	8	8	187923	187930	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5519	NC_008014	A	7	7	187945	187951	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5520	NC_008014	AGCA	2	8	187971	187978	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
5521	NC_008014	TAT	2	6	187986	187991	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5522	NC_008014	AT	3	6	188004	188009	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5523	NC_008014	AT	3	6	188029	188034	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5524	NC_008014	TAT	2	6	188053	188058	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5525	NC_008014	AT	3	6	188061	188066	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5526	NC_008014	TA	3	6	188067	188072	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5527	NC_008014	T	6	6	188096	188101	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5528	NC_008014	CT	3	6	188154	188159	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
5529	NC_008014	TA	3	6	188160	188165	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5530	NC_008014	TTG	2	6	188179	188184	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5531	NC_008014	ACT	2	6	188185	188190	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5532	NC_008014	T	7	7	188286	188292	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5533	NC_008014	T	6	6	188325	188330	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5534	NC_008014	ACT	2	6	188331	188336	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5535	NC_008014	T	7	7	188423	188429	0 %	100 %	0 %	0 %	94972500
5536	NC_008014	AAC	2	6	188467	188472	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972500
5537	NC_008014	AAC	2	6	188491	188496	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972500
5538	NC_008014	GTT	2	6	188508	188513	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972500
5539	NC_008014	GAA	2	6	188523	188528	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972500
5540	NC_008014	TCAT	2	8	188543	188550	25 %	50 %	0 %	25 %	94972500
5541	NC_008014	ATT	2	6	188598	188603	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972500
5542	NC_008014	A	6	6	188667	188672	100 %	0 %	0 %	0 %	94972500
5543	NC_008014	A	6	6	188788	188793	100 %	0 %	0 %	0 %	94972500
5544	NC_008014	TAA	2	6	188903	188908	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972500
5545	NC_008014	AGC	2	6	188915	188920	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94972500
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5547	NC_008014	TA	3	6	189073	189078	50 %	50 %	0 %	0 %	94972500
5548	NC_008014	GCA	2	6	189117	189122	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94972500
5549	NC_008014	AGA	2	6	189227	189232	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972500
5550	NC_008014	A	7	7	189265	189271	100 %	0 %	0 %	0 %	94972500
5551	NC_008014	GA	3	6	189297	189302	50 %	0 %	50 %	0 %	94972500
5552	NC_008014	TATT	2	8	189304	189311	25 %	75 %	0 %	0 %	94972500
5553	NC_008014	TGA	2	6	189347	189352	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972500
5554	NC_008014	CATGT	2	10	189415	189424	20 %	40 %	20 %	20 %	94972500
5555	NC_008014	AAGA	2	8	189468	189475	75 %	0 %	25 %	0 %	94972500
5556	NC_008014	TGA	2	6	189509	189514	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972500
5557	NC_008014	ATG	2	6	189610	189615	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972500
5558	NC_008014	TATC	2	8	189656	189663	25 %	50 %	0 %	25 %	94972500
5559	NC_008014	AAT	2	6	189772	189777	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972500
5560	NC_008014	TA	4	8	189792	189799	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5561	NC_008014	A	6	6	189799	189804	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5562	NC_008014	T	6	6	189822	189827	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5563	NC_008014	GTT	2	6	189836	189841	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5564	NC_008014	AGT	2	6	189842	189847	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5565	NC_008014	AAT	2	6	189848	189853	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5566	NC_008014	TAAT	2	8	189888	189895	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5567	NC_008014	TAA	2	6	189945	189950	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5568	NC_008014	AAT	2	6	189964	189969	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5569	NC_008014	TA	3	6	190020	190025	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5570	NC_008014	TAG	2	6	190033	190038	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5571	NC_008014	TAAAG	2	10	190039	190048	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
5572	NC_008014	AGA	2	6	190067	190072	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5573	NC_008014	GA	4	8	190071	190078	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
5574	NC_008014	ATG	2	6	190096	190101	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5575	NC_008014	TTA	2	6	190114	190119	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5576	NC_008014	AAT	2	6	190136	190141	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5577	NC_008014	TA	3	6	190164	190169	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5578	NC_008014	TA	3	6	190191	190196	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5579	NC_008014	AGT	2	6	190211	190216	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5580	NC_008014	TCTA	2	8	190219	190226	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
5581	NC_008014	TTCTT	2	10	190267	190276	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
5582	NC_008014	CTT	2	6	190297	190302	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5583	NC_008014	TTTCA	2	10	190336	190345	20 %	60 %	0 %	20 %	94972501
5584	NC_008014	GATT	2	8	190457	190464	25 %	50 %	25 %	0 %	94972501
5585	NC_008014	TCT	2	6	190469	190474	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972501
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5587	NC_008014	CTGA	2	8	190569	190576	25 %	25 %	25 %	25 %	94972501
5588	NC_008014	AGT	2	6	190681	190686	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972501
5589	NC_008014	T	6	6	190698	190703	0 %	100 %	0 %	0 %	94972501
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5594	NC_008014	GATT	2	8	190895	190902	25 %	50 %	25 %	0 %	94972501
5595	NC_008014	GAA	2	6	190976	190981	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972501
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5601	NC_008014	GAA	2	6	191132	191137	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972501
5602	NC_008014	CTG	3	9	191166	191174	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94972501
5603	NC_008014	CTT	2	6	191217	191222	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972501
5604	NC_008014	CTT	4	12	191247	191258	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972501
5605	NC_008014	TGT	2	6	191279	191284	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972501
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5609	NC_008014	GTT	2	6	191420	191425	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972501
5610	NC_008014	AATG	2	8	191458	191465	50 %	25 %	25 %	0 %	94972501
5611	NC_008014	AAG	3	9	191482	191490	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972501
5612	NC_008014	TAA	3	9	191499	191507	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972501
5613	NC_008014	GT	3	6	191535	191540	0 %	50 %	50 %	0 %	94972501
5614	NC_008014	GA	3	6	191570	191575	50 %	0 %	50 %	0 %	94972501
5615	NC_008014	AATCTA	2	12	191634	191645	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	94972501
5616	NC_008014	CTTTG	2	10	191646	191655	0 %	60 %	20 %	20 %	94972501
5617	NC_008014	T	6	6	191675	191680	0 %	100 %	0 %	0 %	94972501
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5619	NC_008014	TCT	2	6	191738	191743	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972501
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5627	NC_008014	T	6	6	192041	192046	0 %	100 %	0 %	0 %	94972501
5628	NC_008014	CAT	2	6	192054	192059	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972501
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.