MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Repeats of Lawsonia intracellularis PHE/MN1-00 plasmid 2

Total Repeats: 127

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008013	AT	3	6	87	92	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008013	AT	3	6	279	284	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008013	TA	3	6	1086	1091	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008013	AT	3	6	1205	1210	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008013	TA	3	6	1286	1291	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008013	AT	3	6	1531	1536	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_008013	AT	3	6	1588	1593	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008013	TA	3	6	2105	2110	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008013	CT	3	6	2281	2286	0 %	50 %	0 %	50 %	94972375
10	NC_008013	AC	3	6	2670	2675	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
11	NC_008013	AT	3	6	2754	2759	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_008013	TA	3	6	2779	2784	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008013	TA	3	6	3581	3586	50 %	50 %	0 %	0 %	94972376
14	NC_008013	TA	3	6	3878	3883	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_008013	TA	4	8	4080	4087	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008013	AT	3	6	4504	4509	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_008013	TA	4	8	4568	4575	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_008013	TA	4	8	4635	4642	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_008013	TA	3	6	4685	4690	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008013	TA	3	6	4953	4958	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_008013	TA	3	6	5008	5013	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008013	GT	3	6	5050	5055	0 %	50 %	50 %	0 %	94972377
23	NC_008013	AT	3	6	5117	5122	50 %	50 %	0 %	0 %	94972377
24	NC_008013	AT	3	6	5153	5158	50 %	50 %	0 %	0 %	94972377
25	NC_008013	AT	3	6	5897	5902	50 %	50 %	0 %	0 %	94972377
26	NC_008013	GA	3	6	6077	6082	50 %	0 %	50 %	0 %	94972377
27	NC_008013	GT	3	6	6920	6925	0 %	50 %	50 %	0 %	94972377
28	NC_008013	TA	3	6	7938	7943	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_008013	AT	4	8	8011	8018	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_008013	AT	3	6	8036	8041	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008013	TA	3	6	8090	8095	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008013	AT	3	6	9199	9204	50 %	50 %	0 %	0 %	94972378
33	NC_008013	AT	3	6	9903	9908	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008013	AT	4	8	10430	10437	50 %	50 %	0 %	0 %	94972379
35	NC_008013	TA	4	8	12427	12434	50 %	50 %	0 %	0 %	94972379
36	NC_008013	TC	3	6	12484	12489	0 %	50 %	0 %	50 %	94972379
37	NC_008013	AT	3	6	12634	12639	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_008013	TG	3	6	13212	13217	0 %	50 %	50 %	0 %	94972380
39	NC_008013	AT	3	6	13335	13340	50 %	50 %	0 %	0 %	94972380
40	NC_008013	AT	3	6	13799	13804	50 %	50 %	0 %	0 %	94972380
41	NC_008013	AT	3	6	14049	14054	50 %	50 %	0 %	0 %	94972380
42	NC_008013	TA	3	6	14270	14275	50 %	50 %	0 %	0 %	94972380
43	NC_008013	TA	3	6	14430	14435	50 %	50 %	0 %	0 %	94972380
44	NC_008013	CA	3	6	14646	14651	50 %	0 %	0 %	50 %	94972380
45	NC_008013	AT	3	6	14903	14908	50 %	50 %	0 %	0 %	94972381
46	NC_008013	AT	3	6	15192	15197	50 %	50 %	0 %	0 %	94972381
47	NC_008013	AT	7	14	16200	16213	50 %	50 %	0 %	0 %	94972382
48	NC_008013	AT	3	6	16301	16306	50 %	50 %	0 %	0 %	94972382
49	NC_008013	AT	3	6	17303	17308	50 %	50 %	0 %	0 %	94972383
50	NC_008013	TA	3	6	17472	17477	50 %	50 %	0 %	0 %	94972383
51	NC_008013	TG	3	6	17503	17508	0 %	50 %	50 %	0 %	94972383
52	NC_008013	TA	3	6	17574	17579	50 %	50 %	0 %	0 %	94972383
53	NC_008013	TA	3	6	18553	18558	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008013	AT	3	6	18570	18575	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008013	TA	3	6	18744	18749	50 %	50 %	0 %	0 %	94972385
56	NC_008013	TA	3	6	19280	19285	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_008013	AT	3	6	19574	19579	50 %	50 %	0 %	0 %	94972386
58	NC_008013	AT	3	6	19636	19641	50 %	50 %	0 %	0 %	94972386
59	NC_008013	CA	3	6	20110	20115	50 %	0 %	0 %	50 %	94972386
60	NC_008013	AT	3	6	20130	20135	50 %	50 %	0 %	0 %	94972386
61	NC_008013	TA	3	6	20559	20564	50 %	50 %	0 %	0 %	94972386
62	NC_008013	AC	3	6	20663	20668	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
63	NC_008013	AT	3	6	20691	20696	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_008013	CA	3	6	20773	20778	50 %	0 %	0 %	50 %	94972387
65	NC_008013	CT	3	6	21155	21160	0 %	50 %	0 %	50 %	94972387
66	NC_008013	AT	4	8	21178	21185	50 %	50 %	0 %	0 %	94972387
67	NC_008013	TA	3	6	22483	22488	50 %	50 %	0 %	0 %	94972388
68	NC_008013	TC	3	6	22592	22597	0 %	50 %	0 %	50 %	94972389
69	NC_008013	TC	3	6	23788	23793	0 %	50 %	0 %	50 %	94972390
70	NC_008013	TA	8	16	24869	24884	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_008013	TA	3	6	24942	24947	50 %	50 %	0 %	0 %	94972391
72	NC_008013	TA	3	6	25114	25119	50 %	50 %	0 %	0 %	94972391
73	NC_008013	AT	3	6	25312	25317	50 %	50 %	0 %	0 %	94972391
74	NC_008013	AT	3	6	25450	25455	50 %	50 %	0 %	0 %	94972391
75	NC_008013	TC	3	6	25534	25539	0 %	50 %	0 %	50 %	94972391
76	NC_008013	AT	7	14	26489	26502	50 %	50 %	0 %	0 %	94972392
77	NC_008013	AT	4	8	26883	26890	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_008013	TA	3	6	26952	26957	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_008013	AT	3	6	27167	27172	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_008013	AT	3	6	27417	27422	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_008013	AT	3	6	27457	27462	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_008013	AT	3	6	27539	27544	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_008013	TA	3	6	27803	27808	50 %	50 %	0 %	0 %	94972393
84	NC_008013	TA	4	8	28244	28251	50 %	50 %	0 %	0 %	94972393
85	NC_008013	TA	3	6	28429	28434	50 %	50 %	0 %	0 %	94972393
86	NC_008013	AC	3	6	28484	28489	50 %	0 %	0 %	50 %	94972393
87	NC_008013	TA	4	8	28634	28641	50 %	50 %	0 %	0 %	94972393
88	NC_008013	TA	4	8	28994	29001	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_008013	TA	3	6	29321	29326	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_008013	AT	4	8	29367	29374	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_008013	AT	3	6	29519	29524	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_008013	TA	3	6	29575	29580	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_008013	AT	3	6	29774	29779	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_008013	TA	3	6	29829	29834	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_008013	AT	3	6	29837	29842	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_008013	TA	3	6	29882	29887	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_008013	TA	3	6	30081	30086	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_008013	TA	3	6	30116	30121	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_008013	AT	3	6	31921	31926	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_008013	AT	3	6	32823	32828	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_008013	AG	3	6	32893	32898	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_008013	TA	3	6	33246	33251	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_008013	AT	3	6	33318	33323	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_008013	AT	3	6	33335	33340	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_008013	TA	3	6	33505	33510	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_008013	TA	3	6	33656	33661	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_008013	AT	6	12	33724	33735	50 %	50 %	0 %	0 %	94972395
108	NC_008013	GA	3	6	34475	34480	50 %	0 %	50 %	0 %	94972395
109	NC_008013	TC	4	8	35741	35748	0 %	50 %	0 %	50 %	94972395
110	NC_008013	TC	3	6	35848	35853	0 %	50 %	0 %	50 %	94972395
111	NC_008013	AT	3	6	35896	35901	50 %	50 %	0 %	0 %	94972395
112	NC_008013	AT	3	6	35996	36001	50 %	50 %	0 %	0 %	94972395
113	NC_008013	CT	3	6	36004	36009	0 %	50 %	0 %	50 %	94972395
114	NC_008013	AT	3	6	36061	36066	50 %	50 %	0 %	0 %	94972395
115	NC_008013	AT	3	6	36246	36251	50 %	50 %	0 %	0 %	94972395
116	NC_008013	TA	7	14	36510	36523	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_008013	TA	3	6	37430	37435	50 %	50 %	0 %	0 %	94972396
118	NC_008013	TA	3	6	38083	38088	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_008013	AT	3	6	38182	38187	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_008013	AT	3	6	38202	38207	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_008013	AT	3	6	38212	38217	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_008013	AT	3	6	38312	38317	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_008013	AT	4	8	38525	38532	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_008013	TA	4	8	38605	38612	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_008013	AT	3	6	38658	38663	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_008013	AT	3	6	39345	39350	50 %	50 %	0 %	0 %	94972397
127	NC_008013	AT	3	6	39756	39761	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.