MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Lawsonia intracellularis PHE/MN1-00 plasmid 2

Total Repeats: 124

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008013	TTTG	2	8	7	14	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008013	AATT	2	8	52	59	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008013	AACT	2	8	125	132	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
4	NC_008013	TAGT	2	8	264	271	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008013	TAAA	2	8	1012	1019	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008013	CAAT	2	8	1245	1252	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
7	NC_008013	ATTA	2	8	1437	1444	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008013	TAAT	2	8	1462	1469	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008013	CAAT	2	8	1811	1818	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_008013	TAAT	2	8	2130	2137	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_008013	GATG	2	8	2368	2375	25 %	25 %	50 %	0 %	94972375
12	NC_008013	ATTT	2	8	2631	2638	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008013	AAGA	2	8	3463	3470	75 %	0 %	25 %	0 %	94972376
14	NC_008013	CTTT	2	8	3491	3498	0 %	75 %	0 %	25 %	94972376
15	NC_008013	TGAT	2	8	3530	3537	25 %	50 %	25 %	0 %	94972376
16	NC_008013	ACCA	2	8	3668	3675	50 %	0 %	0 %	50 %	94972376
17	NC_008013	TAGA	2	8	3926	3933	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_008013	ATAA	2	8	4170	4177	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_008013	AATT	2	8	4178	4185	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008013	ATGT	2	8	4648	4655	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_008013	TAAA	2	8	4659	4666	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008013	TGTA	2	8	5063	5070	25 %	50 %	25 %	0 %	94972377
23	NC_008013	TGTT	2	8	5406	5413	0 %	75 %	25 %	0 %	94972377
24	NC_008013	TCCA	2	8	5468	5475	25 %	25 %	0 %	50 %	94972377
25	NC_008013	GTTT	2	8	6040	6047	0 %	75 %	25 %	0 %	94972377
26	NC_008013	GGTT	2	8	6199	6206	0 %	50 %	50 %	0 %	94972377
27	NC_008013	TGAC	2	8	6940	6947	25 %	25 %	25 %	25 %	94972377
28	NC_008013	AATT	2	8	7055	7062	50 %	50 %	0 %	0 %	94972377
29	NC_008013	GTTT	2	8	7724	7731	0 %	75 %	25 %	0 %	94972377
30	NC_008013	TTAC	2	8	8019	8026	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
31	NC_008013	TTAG	2	8	8047	8054	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008013	TAAA	2	8	8056	8063	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_008013	TAAA	2	8	8219	8226	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008013	ATAA	2	8	8267	8274	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_008013	AAGT	2	8	9057	9064	50 %	25 %	25 %	0 %	94972378
36	NC_008013	TTCA	2	8	9123	9130	25 %	50 %	0 %	25 %	94972378
37	NC_008013	CTGT	2	8	9314	9321	0 %	50 %	25 %	25 %	94972378
38	NC_008013	AGAT	2	8	9684	9691	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NC_008013	TTTA	2	8	9914	9921	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008013	ATCT	2	8	10121	10128	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
41	NC_008013	ACAT	2	8	10278	10285	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
42	NC_008013	CATA	2	8	10362	10369	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
43	NC_008013	TAGT	2	8	10599	10606	25 %	50 %	25 %	0 %	94972379
44	NC_008013	AAAT	2	8	12457	12464	75 %	25 %	0 %	0 %	94972379
45	NC_008013	TTCC	2	8	12843	12850	0 %	50 %	0 %	50 %	94972380
46	NC_008013	AAAT	2	8	12919	12926	75 %	25 %	0 %	0 %	94972380
47	NC_008013	AATA	2	8	13436	13443	75 %	25 %	0 %	0 %	94972380
48	NC_008013	ATAA	2	8	13857	13864	75 %	25 %	0 %	0 %	94972380
49	NC_008013	AAGT	2	8	13998	14005	50 %	25 %	25 %	0 %	94972380
50	NC_008013	TAAA	2	8	14178	14185	75 %	25 %	0 %	0 %	94972380
51	NC_008013	ATGT	2	8	14370	14377	25 %	50 %	25 %	0 %	94972380
52	NC_008013	CATC	2	8	14528	14535	25 %	25 %	0 %	50 %	94972380
53	NC_008013	AGAA	2	8	15504	15511	75 %	0 %	25 %	0 %	94972382
54	NC_008013	AATC	2	8	16471	16478	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_008013	CATT	2	8	16604	16611	25 %	50 %	0 %	25 %	94972383
56	NC_008013	GTTG	2	8	17925	17932	0 %	50 %	50 %	0 %	94972384
57	NC_008013	GAAA	2	8	18343	18350	75 %	0 %	25 %	0 %	94972384
58	NC_008013	TTAT	2	8	18584	18591	25 %	75 %	0 %	0 %	94972385
59	NC_008013	AGAT	2	8	19143	19150	50 %	25 %	25 %	0 %	94972385
60	NC_008013	GATT	2	8	19846	19853	25 %	50 %	25 %	0 %	94972386
61	NC_008013	CAGG	2	8	19896	19903	25 %	0 %	50 %	25 %	94972386
62	NC_008013	CATT	2	8	20289	20296	25 %	50 %	0 %	25 %	94972386
63	NC_008013	GACT	2	8	20867	20874	25 %	25 %	25 %	25 %	94972387
64	NC_008013	AAAT	2	8	21022	21029	75 %	25 %	0 %	0 %	94972387
65	NC_008013	TTAT	2	8	21262	21269	25 %	75 %	0 %	0 %	94972387
66	NC_008013	TTCC	2	8	21529	21536	0 %	50 %	0 %	50 %	94972387
67	NC_008013	ATTA	2	8	22178	22185	50 %	50 %	0 %	0 %	94972388
68	NC_008013	CTTA	2	8	22236	22243	25 %	50 %	0 %	25 %	94972388
69	NC_008013	TTAG	2	8	22248	22255	25 %	50 %	25 %	0 %	94972388
70	NC_008013	GGCT	2	8	22376	22383	0 %	25 %	50 %	25 %	94972388
71	NC_008013	TTTG	2	8	22800	22807	0 %	75 %	25 %	0 %	94972389
72	NC_008013	ACTA	2	8	23564	23571	50 %	25 %	0 %	25 %	94972389
73	NC_008013	CTTA	2	8	23639	23646	25 %	50 %	0 %	25 %	94972390
74	NC_008013	AGAA	2	8	24170	24177	75 %	0 %	25 %	0 %	94972390
75	NC_008013	TGGA	2	8	24225	24232	25 %	25 %	50 %	0 %	94972390
76	NC_008013	TCTT	2	8	25000	25007	0 %	75 %	0 %	25 %	94972391
77	NC_008013	AATC	2	8	26088	26095	50 %	25 %	0 %	25 %	94972391
78	NC_008013	CATA	2	8	26771	26778	50 %	25 %	0 %	25 %	94972392
79	NC_008013	CTTA	2	8	26793	26800	25 %	50 %	0 %	25 %	94972392
80	NC_008013	CATA	2	8	27509	27516	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_008013	AATT	2	8	27599	27606	50 %	50 %	0 %	0 %	94972393
82	NC_008013	TAAT	2	8	27676	27683	50 %	50 %	0 %	0 %	94972393
83	NC_008013	ACTG	2	8	28105	28112	25 %	25 %	25 %	25 %	94972393
84	NC_008013	AGTA	2	8	28148	28155	50 %	25 %	25 %	0 %	94972393
85	NC_008013	CTTT	2	8	28279	28286	0 %	75 %	0 %	25 %	94972393
86	NC_008013	TAGA	2	8	28528	28535	50 %	25 %	25 %	0 %	94972393
87	NC_008013	TCTT	2	8	28888	28895	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
88	NC_008013	TAAT	2	8	29385	29392	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_008013	CTAA	2	8	29434	29441	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
90	NC_008013	CTAA	2	8	29622	29629	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
91	NC_008013	TAGA	2	8	29847	29854	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
92	NC_008013	TCAT	2	8	29934	29941	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
93	NC_008013	AATA	2	8	30075	30082	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_008013	TATT	2	8	30108	30115	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_008013	GATA	2	8	30256	30263	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
96	NC_008013	TTAT	2	8	30281	30288	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_008013	CTTT	2	8	30761	30768	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_008013	TACT	2	8	31106	31113	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
99	NC_008013	TTGA	2	8	31973	31980	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
100	NC_008013	AATA	2	8	32222	32229	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_008013	CTGT	2	8	32311	32318	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
102	NC_008013	TTCT	2	8	32324	32331	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
103	NC_008013	AAAG	2	8	32695	32702	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_008013	AGCA	2	8	32766	32773	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
105	NC_008013	ATAA	2	8	32840	32847	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_008013	AATA	2	8	33144	33151	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_008013	AGAA	2	8	33528	33535	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
108	NC_008013	TATT	2	8	33559	33566	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_008013	ACTA	2	8	33573	33580	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
110	NC_008013	TAAT	2	8	33581	33588	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_008013	ATTA	2	8	33853	33860	50 %	50 %	0 %	0 %	94972395
112	NC_008013	AGAA	2	8	34615	34622	75 %	0 %	25 %	0 %	94972395
113	NC_008013	TGGG	2	8	35914	35921	0 %	25 %	75 %	0 %	94972395
114	NC_008013	TTCT	2	8	37472	37479	0 %	75 %	0 %	25 %	94972396
115	NC_008013	ATTA	2	8	38113	38120	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_008013	TAAT	2	8	38235	38242	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_008013	ATTT	2	8	38341	38348	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_008013	CTAA	2	8	38377	38384	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
119	NC_008013	GTAC	2	8	38570	38577	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
120	NC_008013	GAAA	2	8	38669	38676	75 %	0 %	25 %	0 %	94972397
121	NC_008013	TTAA	2	8	38745	38752	50 %	50 %	0 %	0 %	94972397
122	NC_008013	TTAC	2	8	39195	39202	25 %	50 %	0 %	25 %	94972397
123	NC_008013	AAAG	2	8	39318	39325	75 %	0 %	25 %	0 %	94972397
124	NC_008013	CAAT	2	8	39734	39741	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.