MICAS: Microsatellite Analysis Server

All Repeats of Lawsonia intracellularis PHE/MN1-00 plasmid 1

Total Repeats: 835

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_008012	AT	3	6	16243	16248	50 %	50 %	0 %	0 %	94972360
502	NC_008012	TATC	2	8	16252	16259	25 %	50 %	0 %	25 %	94972360
503	NC_008012	TCT	2	6	16278	16283	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972360
504	NC_008012	TAA	2	6	16515	16520	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972360
505	NC_008012	TTC	2	6	16679	16684	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972360
506	NC_008012	ATC	2	6	16736	16741	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972360
507	NC_008012	AT	3	6	16782	16787	50 %	50 %	0 %	0 %	94972360
508	NC_008012	AAG	2	6	16863	16868	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972360
509	NC_008012	A	7	7	16928	16934	100 %	0 %	0 %	0 %	94972360
510	NC_008012	T	6	6	16955	16960	0 %	100 %	0 %	0 %	94972360
511	NC_008012	AAGG	2	8	16978	16985	50 %	0 %	50 %	0 %	94972360
512	NC_008012	TA	3	6	17024	17029	50 %	50 %	0 %	0 %	94972360
513	NC_008012	TTC	2	6	17030	17035	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972360
514	NC_008012	CAA	2	6	17197	17202	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972360
515	NC_008012	AACAA	2	10	17207	17216	80 %	0 %	0 %	20 %	94972360
516	NC_008012	TCT	2	6	17310	17315	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972360
517	NC_008012	AGTAA	2	10	17316	17325	60 %	20 %	20 %	0 %	94972360
518	NC_008012	CAG	2	6	17350	17355	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94972360
519	NC_008012	CAT	2	6	17374	17379	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972360
520	NC_008012	ATA	2	6	17426	17431	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972360
521	NC_008012	GGA	2	6	17493	17498	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	94972360
522	NC_008012	A	8	8	17502	17509	100 %	0 %	0 %	0 %	94972360
523	NC_008012	TTTTAA	2	12	17528	17539	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
524	NC_008012	TCT	2	6	17549	17554	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972361
525	NC_008012	AACTCC	2	12	17592	17603	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	94972361
526	NC_008012	A	8	8	17629	17636	100 %	0 %	0 %	0 %	94972361
527	NC_008012	CCA	2	6	17644	17649	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94972361
528	NC_008012	TAA	3	9	17712	17720	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972361
529	NC_008012	A	6	6	17724	17729	100 %	0 %	0 %	0 %	94972361
530	NC_008012	ATC	2	6	17752	17757	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972361
531	NC_008012	TA	3	6	17787	17792	50 %	50 %	0 %	0 %	94972361
532	NC_008012	T	6	6	17818	17823	0 %	100 %	0 %	0 %	94972361
533	NC_008012	TCA	2	6	17834	17839	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972361
534	NC_008012	TGC	2	6	17853	17858	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94972361
535	NC_008012	AAT	2	6	17859	17864	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972361
536	NC_008012	AGT	2	6	17872	17877	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972361
537	NC_008012	TATATT	2	12	17889	17900	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972361
538	NC_008012	CAT	2	6	17901	17906	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972361
539	NC_008012	ATCC	2	8	17933	17940	25 %	25 %	0 %	50 %	94972362
540	NC_008012	ATG	2	6	17942	17947	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972362
541	NC_008012	AAT	2	6	17951	17956	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972362
542	NC_008012	TTG	2	6	17989	17994	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972362
543	NC_008012	A	6	6	18064	18069	100 %	0 %	0 %	0 %	94972362
544	NC_008012	AAC	2	6	18110	18115	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972362
545	NC_008012	AAC	2	6	18133	18138	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972362
546	NC_008012	ACA	2	6	18144	18149	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972362
547	NC_008012	AACA	2	8	18163	18170	75 %	0 %	0 %	25 %	94972362
548	NC_008012	A	6	6	18190	18195	100 %	0 %	0 %	0 %	94972362
549	NC_008012	TATT	2	8	18259	18266	25 %	75 %	0 %	0 %	94972362
550	NC_008012	A	6	6	18332	18337	100 %	0 %	0 %	0 %	94972362
551	NC_008012	TTC	2	6	18362	18367	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972362
552	NC_008012	T	6	6	18370	18375	0 %	100 %	0 %	0 %	94972362
553	NC_008012	TCT	2	6	18396	18401	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972362
554	NC_008012	ATT	2	6	18473	18478	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972362
555	NC_008012	TCTTT	2	10	18527	18536	0 %	80 %	0 %	20 %	94972363
556	NC_008012	A	6	6	18572	18577	100 %	0 %	0 %	0 %	94972363
557	NC_008012	CTT	2	6	18582	18587	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972363
558	NC_008012	AAG	2	6	18592	18597	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972363
559	NC_008012	ATAA	2	8	18653	18660	75 %	25 %	0 %	0 %	94972363
560	NC_008012	A	7	7	18659	18665	100 %	0 %	0 %	0 %	94972363
561	NC_008012	ATT	2	6	18674	18679	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972363
562	NC_008012	GGGA	2	8	18693	18700	25 %	0 %	75 %	0 %	94972363
563	NC_008012	A	6	6	18753	18758	100 %	0 %	0 %	0 %	94972363
564	NC_008012	ATA	2	6	18780	18785	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972363
565	NC_008012	TTAA	2	8	18815	18822	50 %	50 %	0 %	0 %	94972363
566	NC_008012	ATA	2	6	18887	18892	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972363
567	NC_008012	CTT	2	6	18894	18899	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
568	NC_008012	TAT	2	6	18902	18907	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
569	NC_008012	TA	3	6	18913	18918	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
570	NC_008012	TATAG	2	10	18923	18932	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
571	NC_008012	TA	3	6	18944	18949	50 %	50 %	0 %	0 %	94972364
572	NC_008012	TTA	2	6	18962	18967	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972364
573	NC_008012	TTA	2	6	18969	18974	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972364
574	NC_008012	GTC	2	6	18987	18992	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94972364
575	NC_008012	CAT	2	6	19014	19019	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972364
576	NC_008012	TAA	2	6	19042	19047	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972364
577	NC_008012	TAA	2	6	19051	19056	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972364
578	NC_008012	A	6	6	19055	19060	100 %	0 %	0 %	0 %	94972364
579	NC_008012	TAT	2	6	19063	19068	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972364
580	NC_008012	A	6	6	19072	19077	100 %	0 %	0 %	0 %	94972364
581	NC_008012	TAA	3	9	19081	19089	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972364
582	NC_008012	CAA	2	6	19122	19127	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972364
583	NC_008012	GTT	2	6	19130	19135	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972364
584	NC_008012	A	6	6	19153	19158	100 %	0 %	0 %	0 %	94972364
585	NC_008012	ATC	2	6	19178	19183	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972364
586	NC_008012	ATA	2	6	19194	19199	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972364
587	NC_008012	ATG	2	6	19200	19205	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972364
588	NC_008012	T	6	6	19211	19216	0 %	100 %	0 %	0 %	94972364
589	NC_008012	A	6	6	19243	19248	100 %	0 %	0 %	0 %	94972364
590	NC_008012	T	6	6	19327	19332	0 %	100 %	0 %	0 %	94972365
591	NC_008012	TA	3	6	19364	19369	50 %	50 %	0 %	0 %	94972365
592	NC_008012	TAT	2	6	19415	19420	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972365
593	NC_008012	TAA	2	6	19421	19426	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972365
594	NC_008012	T	7	7	19479	19485	0 %	100 %	0 %	0 %	94972365
595	NC_008012	TTG	2	6	19550	19555	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972365
596	NC_008012	T	7	7	19571	19577	0 %	100 %	0 %	0 %	94972365
597	NC_008012	CAG	2	6	19643	19648	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94972365
598	NC_008012	TGT	2	6	19687	19692	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972365
599	NC_008012	TAA	2	6	19709	19714	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972365
600	NC_008012	CTGT	2	8	19751	19758	0 %	50 %	25 %	25 %	94972365
601	NC_008012	TGC	2	6	19761	19766	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94972365
602	NC_008012	TAA	2	6	19793	19798	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
603	NC_008012	CAC	2	6	19805	19810	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
604	NC_008012	TCT	2	6	19837	19842	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
605	NC_008012	TCA	2	6	19849	19854	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
606	NC_008012	ACA	2	6	19855	19860	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
607	NC_008012	TA	6	12	19872	19883	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
608	NC_008012	AG	3	6	19886	19891	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
609	NC_008012	ATA	2	6	19929	19934	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
610	NC_008012	CTAT	2	8	19998	20005	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
611	NC_008012	TA	3	6	20019	20024	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
612	NC_008012	ATT	3	9	20035	20043	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972366
613	NC_008012	AT	3	6	20049	20054	50 %	50 %	0 %	0 %	94972366
614	NC_008012	T	7	7	20067	20073	0 %	100 %	0 %	0 %	94972366
615	NC_008012	CT	3	6	20132	20137	0 %	50 %	0 %	50 %	94972366
616	NC_008012	TTG	2	6	20146	20151	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972366
617	NC_008012	AAC	2	6	20161	20166	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972366
618	NC_008012	CGA	2	6	20184	20189	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94972366
619	NC_008012	CAA	2	6	20191	20196	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972366
620	NC_008012	ATT	2	6	20216	20221	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972366
621	NC_008012	TCT	2	6	20307	20312	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972366
622	NC_008012	T	6	6	20316	20321	0 %	100 %	0 %	0 %	94972366
623	NC_008012	ATC	2	6	20399	20404	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972366
624	NC_008012	AT	4	8	20412	20419	50 %	50 %	0 %	0 %	94972366
625	NC_008012	TTCT	2	8	20420	20427	0 %	75 %	0 %	25 %	94972366
626	NC_008012	CAG	2	6	20434	20439	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94972366
627	NC_008012	AAAT	2	8	20497	20504	75 %	25 %	0 %	0 %	94972366
628	NC_008012	CCA	2	6	20511	20516	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94972366
629	NC_008012	CCT	2	6	20517	20522	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	94972366
630	NC_008012	AAAT	2	8	20542	20549	75 %	25 %	0 %	0 %	94972366
631	NC_008012	AAT	2	6	20585	20590	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972366
632	NC_008012	GTTTT	2	10	20605	20614	0 %	80 %	20 %	0 %	94972366
633	NC_008012	AGC	2	6	20630	20635	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94972366
634	NC_008012	TTC	2	6	20645	20650	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972366
635	NC_008012	TAT	2	6	20713	20718	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972366
636	NC_008012	AATTAT	2	12	20752	20763	50 %	50 %	0 %	0 %	94972366
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642	NC_008012	ACT	2	6	20948	20953	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972366
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646	NC_008012	TA	3	6	21078	21083	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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648	NC_008012	AAT	2	6	21094	21099	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
649	NC_008012	AT	7	14	21098	21111	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
650	NC_008012	ATA	2	6	21124	21129	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
651	NC_008012	AAT	2	6	21132	21137	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
652	NC_008012	ACC	2	6	21155	21160	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94972367
653	NC_008012	ACT	2	6	21174	21179	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972367
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655	NC_008012	TA	3	6	21204	21209	50 %	50 %	0 %	0 %	94972367
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657	NC_008012	GTA	2	6	21243	21248	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972367
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706	NC_008012	T	7	7	23052	23058	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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747	NC_008012	TA	4	8	24255	24262	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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765	NC_008012	AT	3	6	24841	24846	50 %	50 %	0 %	0 %	94972371
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769	NC_008012	GTA	2	6	24972	24977	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972371
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771	NC_008012	TAT	2	6	25089	25094	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972371
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803	NC_008012	ATT	2	6	25899	25904	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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