MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Lawsonia intracellularis PHE/MN1-00 chromosome

Total Repeats: 4269

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008011	AGAT	2	8	40	47	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008011	TAAT	2	8	233	240	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008011	TAAA	2	8	248	255	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008011	AAGG	2	8	1046	1053	50 %	0 %	50 %	0 %	94986446
5	NC_008011	AAAG	2	8	1718	1725	75 %	0 %	25 %	0 %	94986446
6	NC_008011	CATT	2	8	1779	1786	25 %	50 %	0 %	25 %	94986446
7	NC_008011	TTGC	2	8	1844	1851	0 %	50 %	25 %	25 %	94986447
8	NC_008011	TAAT	2	8	2949	2956	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008011	TATT	2	8	4130	4137	25 %	75 %	0 %	0 %	94986449
10	NC_008011	TTAT	2	8	4981	4988	25 %	75 %	0 %	0 %	94986451
11	NC_008011	CTTA	2	8	5021	5028	25 %	50 %	0 %	25 %	94986451
12	NC_008011	ATTT	2	8	5060	5067	25 %	75 %	0 %	0 %	94986451
13	NC_008011	TATT	2	8	5429	5436	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008011	TTAT	2	8	5681	5688	25 %	75 %	0 %	0 %	94986452
15	NC_008011	GATG	2	8	6306	6313	25 %	25 %	50 %	0 %	94986452
16	NC_008011	TTAT	2	8	7293	7300	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_008011	ATAC	2	8	7522	7529	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
18	NC_008011	TAAA	2	8	7570	7577	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_008011	TTAT	2	8	7657	7664	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008011	TCAA	2	8	8077	8084	50 %	25 %	0 %	25 %	94986454
21	NC_008011	TTCT	2	8	8108	8115	0 %	75 %	0 %	25 %	94986454
22	NC_008011	ATTA	2	8	8175	8182	50 %	50 %	0 %	0 %	94986454
23	NC_008011	AAGA	2	8	8262	8269	75 %	0 %	25 %	0 %	94986454
24	NC_008011	TTTG	2	8	8777	8784	0 %	75 %	25 %	0 %	94986455
25	NC_008011	TTTG	2	8	8865	8872	0 %	75 %	25 %	0 %	94986455
26	NC_008011	CATT	2	8	8926	8933	25 %	50 %	0 %	25 %	94986455
27	NC_008011	CTTC	2	8	10218	10225	0 %	50 %	0 %	50 %	94986456
28	NC_008011	TGAC	2	8	10669	10676	25 %	25 %	25 %	25 %	94986457
29	NC_008011	TGTT	2	8	10761	10768	0 %	75 %	25 %	0 %	94986457
30	NC_008011	TAAA	2	8	11168	11175	75 %	25 %	0 %	0 %	94986457
31	NC_008011	TTTG	2	8	11623	11630	0 %	75 %	25 %	0 %	94986457
32	NC_008011	TAAT	2	8	11812	11819	50 %	50 %	0 %	0 %	94986457
33	NC_008011	AGGA	2	8	11877	11884	50 %	0 %	50 %	0 %	94986457
34	NC_008011	TGTC	2	8	12639	12646	0 %	50 %	25 %	25 %	94986457
35	NC_008011	TAGT	2	8	13103	13110	25 %	50 %	25 %	0 %	94986457
36	NC_008011	TAAC	2	8	13595	13602	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
37	NC_008011	TCTA	2	8	13837	13844	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
38	NC_008011	ATTT	2	8	13867	13874	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_008011	TAGT	2	8	14001	14008	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008011	TTTG	2	8	14031	14038	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008011	TTTA	2	8	14774	14781	25 %	75 %	0 %	0 %	94986458
42	NC_008011	ATTT	2	8	14809	14816	25 %	75 %	0 %	0 %	94986458
43	NC_008011	GATT	2	8	14913	14920	25 %	50 %	25 %	0 %	94986458
44	NC_008011	GAAG	2	8	15260	15267	50 %	0 %	50 %	0 %	94986458
45	NC_008011	TTGA	2	8	15399	15406	25 %	50 %	25 %	0 %	94986458
46	NC_008011	AGGT	2	8	16185	16192	25 %	25 %	50 %	0 %	94986459
47	NC_008011	AGCA	2	8	16455	16462	50 %	0 %	25 %	25 %	94986459
48	NC_008011	AGAA	2	8	16827	16834	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
49	NC_008011	TCGA	2	8	16965	16972	25 %	25 %	25 %	25 %	94986460
50	NC_008011	AATA	2	8	17262	17269	75 %	25 %	0 %	0 %	94986460
51	NC_008011	TATT	2	8	17470	17477	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_008011	CTAT	2	8	17492	17499	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
53	NC_008011	AAAG	2	8	17531	17538	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008011	TAAA	2	8	17575	17582	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008011	TAAA	2	8	17715	17722	75 %	25 %	0 %	0 %	94986461
56	NC_008011	TTAT	2	8	18120	18127	25 %	75 %	0 %	0 %	94986461
57	NC_008011	TAAT	2	8	18392	18399	50 %	50 %	0 %	0 %	94986461
58	NC_008011	AATA	2	8	19008	19015	75 %	25 %	0 %	0 %	94986462
59	NC_008011	TAGA	2	8	19293	19300	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
60	NC_008011	ACTT	2	8	19425	19432	25 %	50 %	0 %	25 %	94986463
61	NC_008011	CCAT	2	8	19762	19769	25 %	25 %	0 %	50 %	94986463
62	NC_008011	TAAG	2	8	19989	19996	50 %	25 %	25 %	0 %	94986463
63	NC_008011	GAAA	2	8	20354	20361	75 %	0 %	25 %	0 %	94986463
64	NC_008011	TTTA	2	8	20883	20890	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_008011	TATG	2	8	20953	20960	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
66	NC_008011	AATT	2	8	21151	21158	50 %	50 %	0 %	0 %	94986464
67	NC_008011	CAAG	2	8	22740	22747	50 %	0 %	25 %	25 %	94986466
68	NC_008011	CCAA	2	8	22970	22977	50 %	0 %	0 %	50 %	94986466
69	NC_008011	CCAT	2	8	23105	23112	25 %	25 %	0 %	50 %	94986466
70	NC_008011	GTAA	2	8	24819	24826	50 %	25 %	25 %	0 %	94986468
71	NC_008011	CAAT	2	8	24975	24982	50 %	25 %	0 %	25 %	94986468
72	NC_008011	ATAG	2	8	25013	25020	50 %	25 %	25 %	0 %	94986468
73	NC_008011	TAAC	2	8	25091	25098	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
74	NC_008011	TTTA	2	8	25175	25182	25 %	75 %	0 %	0 %	94986469
75	NC_008011	GTAT	2	8	26727	26734	25 %	50 %	25 %	0 %	94986470
76	NC_008011	GATT	2	8	26914	26921	25 %	50 %	25 %	0 %	94986470
77	NC_008011	AGCA	2	8	26934	26941	50 %	0 %	25 %	25 %	94986470
78	NC_008011	TGAA	2	8	26989	26996	50 %	25 %	25 %	0 %	94986470
79	NC_008011	CGAG	2	8	27001	27008	25 %	0 %	50 %	25 %	94986470
80	NC_008011	GAAG	2	8	27019	27026	50 %	0 %	50 %	0 %	94986470
81	NC_008011	GATA	2	8	27317	27324	50 %	25 %	25 %	0 %	94986470
82	NC_008011	ACTT	2	8	27489	27496	25 %	50 %	0 %	25 %	94986470
83	NC_008011	ATTT	2	8	28155	28162	25 %	75 %	0 %	0 %	94986470
84	NC_008011	ACAT	2	8	28864	28871	50 %	25 %	0 %	25 %	94986470
85	NC_008011	ACGA	2	8	29282	29289	50 %	0 %	25 %	25 %	94986470
86	NC_008011	ATTT	2	8	29501	29508	25 %	75 %	0 %	0 %	94986470
87	NC_008011	AGGA	2	8	30406	30413	50 %	0 %	50 %	0 %	94986471
88	NC_008011	TCTT	2	8	30544	30551	0 %	75 %	0 %	25 %	94986471
89	NC_008011	GCTT	2	8	30940	30947	0 %	50 %	25 %	25 %	94986471
90	NC_008011	ATTT	2	8	31633	31640	25 %	75 %	0 %	0 %	94986472
91	NC_008011	ACTT	2	8	32488	32495	25 %	50 %	0 %	25 %	94986473
92	NC_008011	AACA	2	8	32513	32520	75 %	0 %	0 %	25 %	94986473
93	NC_008011	CAGT	2	8	32737	32744	25 %	25 %	25 %	25 %	94986473
94	NC_008011	TCCT	2	8	33241	33248	0 %	50 %	0 %	50 %	94986474
95	NC_008011	TCTT	2	8	33986	33993	0 %	75 %	0 %	25 %	94986474
96	NC_008011	AAAT	2	8	34502	34509	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_008011	TAGA	2	8	34586	34593	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
98	NC_008011	TTAC	2	8	34896	34903	25 %	50 %	0 %	25 %	94986475
99	NC_008011	CTGT	2	8	35242	35249	0 %	50 %	25 %	25 %	94986475
100	NC_008011	CTTT	2	8	35340	35347	0 %	75 %	0 %	25 %	94986475
101	NC_008011	CTAG	2	8	35697	35704	25 %	25 %	25 %	25 %	94986475
102	NC_008011	TAGT	2	8	35882	35889	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
103	NC_008011	TAAG	2	8	36046	36053	50 %	25 %	25 %	0 %	94986476
104	NC_008011	TAGT	2	8	37188	37195	25 %	50 %	25 %	0 %	94986477
105	NC_008011	TTGT	2	8	37312	37319	0 %	75 %	25 %	0 %	94986477
106	NC_008011	AGTA	2	8	38017	38024	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
107	NC_008011	GTTT	2	8	38257	38264	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
108	NC_008011	GTTT	2	8	38554	38561	0 %	75 %	25 %	0 %	94986478
109	NC_008011	TCTG	2	8	38761	38768	0 %	50 %	25 %	25 %	94986478
110	NC_008011	AAAT	2	8	38820	38827	75 %	25 %	0 %	0 %	94986478
111	NC_008011	TAAG	2	8	39086	39093	50 %	25 %	25 %	0 %	94986478
112	NC_008011	AATG	2	8	39537	39544	50 %	25 %	25 %	0 %	94986478
113	NC_008011	CTGA	2	8	40171	40178	25 %	25 %	25 %	25 %	94986478
114	NC_008011	TTGT	2	8	40212	40219	0 %	75 %	25 %	0 %	94986478
115	NC_008011	AGCC	2	8	40472	40479	25 %	0 %	25 %	50 %	94986478
116	NC_008011	GTTA	2	8	40819	40826	25 %	50 %	25 %	0 %	94986478
117	NC_008011	AATA	3	12	40876	40887	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_008011	AATT	2	8	40963	40970	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_008011	CTAT	2	8	40983	40990	25 %	50 %	0 %	25 %	94986479
120	NC_008011	ATAA	2	8	42178	42185	75 %	25 %	0 %	0 %	94986480
121	NC_008011	TTGC	2	8	42403	42410	0 %	50 %	25 %	25 %	94986480
122	NC_008011	TAGA	2	8	42680	42687	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_008011	CATT	2	8	42941	42948	25 %	50 %	0 %	25 %	94986481
124	NC_008011	AGTT	2	8	42960	42967	25 %	50 %	25 %	0 %	94986481
125	NC_008011	TTTA	2	8	43341	43348	25 %	75 %	0 %	0 %	94986481
126	NC_008011	GGAT	2	8	43363	43370	25 %	25 %	50 %	0 %	94986481
127	NC_008011	ATAA	2	8	44279	44286	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_008011	TTTC	2	8	44429	44436	0 %	75 %	0 %	25 %	94986482
129	NC_008011	ACTA	2	8	44572	44579	50 %	25 %	0 %	25 %	94986483
130	NC_008011	CTTT	3	12	44598	44609	0 %	75 %	0 %	25 %	94986483
131	NC_008011	CTTG	2	8	44891	44898	0 %	50 %	25 %	25 %	94986483
132	NC_008011	AGAA	2	8	44963	44970	75 %	0 %	25 %	0 %	94986483
133	NC_008011	TTGT	2	8	45267	45274	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_008011	GTTC	2	8	45422	45429	0 %	50 %	25 %	25 %	94986484
135	NC_008011	AATG	2	8	45670	45677	50 %	25 %	25 %	0 %	94986484
136	NC_008011	ATAA	2	8	45775	45782	75 %	25 %	0 %	0 %	94986484
137	NC_008011	AATA	2	8	45833	45840	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_008011	ACAG	2	8	46065	46072	50 %	0 %	25 %	25 %	94986485
139	NC_008011	TCAG	2	8	46347	46354	25 %	25 %	25 %	25 %	94986485
140	NC_008011	TTCA	2	8	46441	46448	25 %	50 %	0 %	25 %	94986485
141	NC_008011	CAAA	2	8	46544	46551	75 %	0 %	0 %	25 %	94986485
142	NC_008011	TGAC	2	8	47104	47111	25 %	25 %	25 %	25 %	94986485
143	NC_008011	AGTT	2	8	47567	47574	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
144	NC_008011	TAAA	2	8	47628	47635	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_008011	TAAT	3	12	47636	47647	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_008011	AGTA	2	8	48111	48118	50 %	25 %	25 %	0 %	94986486
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